Cancer | Chr | Position | Mutation Type | dbSNP | Protein-change | Allele Freq | RBD |
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UCS | |||||||
UVM | |||||||
UVM |
Cancer | Type | Freq | Q-value |
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BLCA | |||
CHOL | |||
LAML | |||
LIHC | |||
PRAD | |||
THCA | |||
THYM | |||
UCS |
Cancer | P-value | Q-value |
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THYM | ||
KIRC | ||
STAD | ||
SARC | ||
MESO | ||
ACC | ||
SKCM | ||
KIRP | ||
PAAD | ||
PCPG | ||
CESC | ||
READ | ||
KICH | ||
LIHC | ||
LGG | ||
LUAD |
Transcript ID | Name | Length | RefSeq ID | Protein ID | Length | RefSeq ID | UniportKB ID |
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ENST00000493955 | SMC2-205 | 1408 | - | ENSP00000431534 | 166 (aa) | - | A0A0C4DGE5 |
ENST00000374787 | SMC2-202 | 4266 | XM_011518148 | ENSP00000363919 | 1197 (aa) | XP_011516450 | O95347 |
ENST00000374793 | SMC2-203 | 5909 | XM_006716933 | ENSP00000363925 | 1197 (aa) | XP_006716996 | O95347 |
ENST00000440179 | SMC2-204 | 705 | - | ENSP00000414999 | 145 (aa) | - | Q5T821 |
ENST00000286398 | SMC2-201 | 5992 | XM_017014211 | ENSP00000286398 | 1197 (aa) | XP_016869700 | O95347 |
ensgID | SNP | Chromosome | Position | SNP-risk | Trait | PubmedID | 95% CI | Or or BEAT | EFO ID |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ENSG00000136824 | rs2417487 | 9 | 104125300 | A | Pancreatic cancer | 29422604 | [1.05-1.12] | 1.09 | EFO_0002618 |
ENSG00000136824 | rs4742903 | 9 | 104094512 | T | High-grade serous ovarian cancer | 28346442 | [1.04130585570624-1.10789968145028] | 1.0740868 | EFO_1001516 |
ENSG00000136824 | rs7859034 | 9 | 104103411 | G | Pancreatic ductal adenocarcinoma | 30541042 | [1.08-1.16] | 1.1111112 | EFO_0002618 |
ENSG00000136824 | rs4742903 | 9 | 104094512 | C | Breast cancer | 29059683 | [0.02-0.045] unit increase | 0.0325 | EFO_0000305 |
Ensembl ID | Gene Symbol | Coverage | Identiy | Ortholog | Gene Symbol | Coverage | Identiy | Species |
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ENSG00000136824 | SMC2 | 99 | 41.379 | FBgn0027783 | SMC2 | 99 | 40.971 | Drosophila_melanogaster |
ENSG00000136824 | SMC2 | 100 | 93.103 | ENSMUSG00000028312 | Smc2 | 100 | 93.206 | Mus_musculus |
ENSG00000136824 | SMC2 | 100 | 40.690 | YFR031C | 99 | 36.984 | Saccharomyces_cerevisiae |
Go ID | Go_term | PubmedID | Evidence | Category |
---|---|---|---|---|
GO:0000228 | nuclear chromosome | 10958694. | IDA | Component |
GO:0000793 | condensed chromosome | 12589063. | IDA | Component |
GO:0000796 | condensin complex | 10958694.11136719. | IDA | Component |
GO:0003697 | single-stranded DNA binding | - | IEA | Function |
GO:0005515 | protein binding | 12589063.17113138.17268547.21633354.23728299.26496610.30021884. | IPI | Function |
GO:0005524 | ATP binding | - | IEA | Function |
GO:0005634 | nucleus | 12589063. | IDA | Component |
GO:0005654 | nucleoplasm | - | TAS | Component |
GO:0005730 | nucleolus | - | IDA | Component |
GO:0005737 | cytoplasm | 10958694.12589063. | IDA | Component |
GO:0005829 | cytosol | - | TAS | Component |
GO:0007076 | mitotic chromosome condensation | 11136719. | IDA | Process |
GO:0010032 | meiotic chromosome condensation | - | IEA | Process |
GO:0045132 | meiotic chromosome segregation | - | IEA | Process |
GO:0046982 | protein heterodimerization activity | 9789013. | IPI | Function |
GO:0051301 | cell division | - | IEA | Process |
GO:0051383 | kinetochore organization | - | IEA | Process |
GO:0070062 | extracellular exosome | 19056867. | HDA | Component |