EuRBPDB

Description

RBDs

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Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSACIG00000003248 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: urb1
Alias: mp:zf637-1-000544|zf637-1-000544
Full Name: URB1 ribosome biogenesis homolog
Gene Type: protein_coding
Species: Amphilophus_citrinellus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 11098 bases
Position: chrCCOE01000449.1:5553084-5564181
Accession: ZDB-GENE-030131-5181
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSACIP00000004210	Npa1	PF11707.8	1.4e-72	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSACIT00000004348	-	6360	-	ENSACIP00000004210	2119 (aa)	-	-

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.677	ENSG00000142207	URB1	94	44.677	Homo_sapiens
ENSACIG00000003248	urb1	99	71.092	ENSAPOG00000020308	urb1	97	70.860	Acanthochromis_polyacanthus
ENSACIG00000003248	urb1	98	44.596	ENSAMEG00000011998	URB1	96	44.777	Ailuropoda_melanoleuca
ENSACIG00000003248	urb1	99	67.922	ENSAOCG00000010364	urb1	97	67.875	Amphiprion_ocellaris
ENSACIG00000003248	urb1	98	70.126	ENSAPEG00000010758	urb1	96	70.079	Amphiprion_percula
ENSACIG00000003248	urb1	97	70.980	ENSATEG00000011790	urb1	94	70.887	Anabas_testudineus
ENSACIG00000003248	urb1	97	45.801	ENSAPLG00000012791	URB1	98	45.730	Anas_platyrhynchos
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.786	ENSACAG00000002817	URB1	94	44.736	Anolis_carolinensis
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.142	ENSANAG00000024617	URB1	94	45.142	Aotus_nancymaae
ENSACIG00000003248	urb1	99	80.027	ENSACLG00000024865	urb1	98	80.027	Astatotilapia_calliptera
ENSACIG00000003248	urb1	96	48.331	ENSAMXG00000012306	urb1	94	48.378	Astyanax_mexicanus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.481	ENSBTAG00000012412	URB1	94	44.527	Bos_taurus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.944	ENSCJAG00000009118	URB1	94	44.944	Callithrix_jacchus
ENSACIG00000003248	urb1	98	43.957	ENSCAFG00000008892	URB1	96	43.957	Canis_familiaris
ENSACIG00000003248	urb1	98	43.227	ENSCAFG00020025994	-	96	43.227	Canis_lupus_dingo
ENSACIG00000003248	urb1	98	43.767	ENSCAFG00020025987	-	96	43.636	Canis_lupus_dingo
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.104	ENSCHIG00000015645	URB1	94	44.378	Capra_hircus
ENSACIG00000003248	urb1	98	44.364	ENSTSYG00000013286	URB1	96	44.333	Carlito_syrichta
ENSACIG00000003248	urb1	96	43.202	ENSCAPG00000015589	URB1	96	43.202	Cavia_aperea
ENSACIG00000003248	urb1	96	43.998	ENSCPOG00000006748	URB1	95	43.860	Cavia_porcellus
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.012	ENSCCAG00000021299	URB1	94	45.012	Cebus_capucinus
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.875	ENSCATG00000042630	URB1	95	44.732	Cercocebus_atys
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.613	ENSCLAG00000005262	URB1	95	44.659	Chinchilla_lanigera
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.276	ENSCSAG00000009584	URB1	95	44.138	Chlorocebus_sabaeus
ENSACIG00000003248	urb1	97	46.511	ENSCPBG00000006454	URB1	95	46.394	Chrysemys_picta_bellii
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.968	ENSCANG00000031088	URB1	95	44.829	Colobus_angolensis_palliatus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.618	ENSCGRG00001010616	Urb1	95	44.480	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.578	ENSCGRG00000015840	Urb1	97	44.439	Cricetulus_griseus_crigri
ENSACIG00000003248	urb1	97	63.155	ENSCSEG00000012616	urb1	95	63.063	Cynoglossus_semilaevis
ENSACIG00000003248	urb1	94	64.762	ENSCVAG00000009076	urb1	98	66.159	Cyprinodon_variegatus
ENSACIG00000003248	urb1	97	52.054	ENSDARG00000060308	urb1	96	52.076	Danio_rerio
ENSACIG00000003248	urb1	84	47.865	ENSDNOG00000015586	URB1	97	47.865	Dasypus_novemcinctus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.516	ENSDORG00000006735	Urb1	95	44.562	Dipodomys_ordii
ENSACIG00000003248	urb1	84	54.781	ENSETEG00000009080	URB1	83	54.781	Echinops_telfairi
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.275	ENSEASG00005007711	URB1	95	44.270	Equus_asinus_asinus
ENSACIG00000003248	urb1	92	56.490	ENSECAG00000013206	URB1	95	45.085	Equus_caballus
ENSACIG00000003248	urb1	97	56.180	ENSELUG00000020516	urb1	91	63.444	Esox_lucius
ENSACIG00000003248	urb1	95	45.596	ENSFCAG00000002177	URB1	93	45.643	Felis_catus
ENSACIG00000003248	urb1	91	47.746	ENSFALG00000004636	URB1	90	47.746	Ficedula_albicollis
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.640	ENSFDAG00000007288	URB1	90	44.594	Fukomys_damarensis
ENSACIG00000003248	urb1	95	62.839	ENSFHEG00000000202	urb1	96	64.105	Fundulus_heteroclitus
ENSACIG00000003248	urb1	92	55.027	ENSGMOG00000001838	urb1	90	55.117	Gadus_morhua
ENSACIG00000003248	urb1	96	46.058	ENSGALG00000015887	URB1	94	46.108	Gallus_gallus
ENSACIG00000003248	urb1	97	65.069	ENSGAFG00000020694	urb1	97	65.117	Gambusia_affinis
ENSACIG00000003248	urb1	97	67.670	ENSGACG00000011703	urb1	96	67.902	Gasterosteus_aculeatus
ENSACIG00000003248	urb1	97	46.232	ENSGAGG00000022544	URB1	95	46.115	Gopherus_agassizii
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.512	ENSGGOG00000000285	URB1	94	44.512	Gorilla_gorilla
ENSACIG00000003248	urb1	99	79.936	ENSHBUG00000001904	urb1	98	79.936	Haplochromis_burtoni
ENSACIG00000003248	urb1	97	42.909	ENSHGLG00000004907	URB1	95	43.045	Heterocephalus_glaber_female
ENSACIG00000003248	urb1	97	43.316	ENSHGLG00100010749	URB1	95	43.454	Heterocephalus_glaber_male
ENSACIG00000003248	urb1	74	69.583	ENSHCOG00000018683	urb1	95	69.792	Hippocampus_comes
ENSACIG00000003248	urb1	97	46.845	ENSIPUG00000014721	urb1	95	47.116	Ictalurus_punctatus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.732	ENSSTOG00000004539	URB1	95	44.778	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSACIG00000003248	urb1	93	72.186	ENSKMAG00000006001	urb1	97	72.186	Kryptolebias_marmoratus
ENSACIG00000003248	urb1	97	65.799	ENSLBEG00000027208	urb1	98	65.847	Labrus_bergylta
ENSACIG00000003248	urb1	96	43.882	ENSLACG00000017059	URB1	94	43.882	Latimeria_chalumnae
ENSACIG00000003248	urb1	97	50.600	ENSLOCG00000009190	urb1	95	50.600	Lepisosteus_oculatus
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.824	ENSLAFG00000010407	URB1	95	44.824	Loxodonta_africana
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.686	ENSMFAG00000034391	URB1	92	44.593	Macaca_fascicularis
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.501	ENSMMUG00000010295	URB1	95	44.362	Macaca_mulatta
ENSACIG00000003248	urb1	97	43.967	ENSMNEG00000032981	URB1	95	43.874	Macaca_nemestrina
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.871	ENSMLEG00000041435	URB1	95	44.778	Mandrillus_leucophaeus
ENSACIG00000003248	urb1	97	67.610	ENSMAMG00000011238	urb1	95	67.610	Mastacembelus_armatus
ENSACIG00000003248	urb1	98	72.587	ENSMZEG00005011862	urb1	97	72.587	Maylandia_zebra
ENSACIG00000003248	urb1	96	46.314	ENSMGAG00000014512	URB1	96	46.410	Meleagris_gallopavo
ENSACIG00000003248	urb1	89	54.147	ENSMAUG00000010516	Urb1	95	54.147	Mesocricetus_auratus
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.244	ENSMICG00000016424	URB1	94	45.244	Microcebus_murinus
ENSACIG00000003248	urb1	98	43.907	ENSMOCG00000012613	Urb1	96	43.907	Microtus_ochrogaster
ENSACIG00000003248	urb1	97	43.590	ENSMODG00000021076	URB1	95	43.452	Monodelphis_domestica
ENSACIG00000003248	urb1	96	70.647	ENSMALG00000017411	urb1	95	70.647	Monopterus_albus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.331	MGP_CAROLIEiJ_G0020948	Urb1	94	44.331	Mus_caroli
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.290	ENSMUSG00000039929	Urb1	94	44.217	Mus_musculus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.135	MGP_PahariEiJ_G0016653	Urb1	94	44.135	Mus_pahari
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.197	MGP_SPRETEiJ_G0021854	Urb1	94	43.939	Mus_spretus
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.112	ENSMPUG00000001123	URB1	94	45.158	Mustela_putorius_furo
ENSACIG00000003248	urb1	97	43.839	ENSNGAG00000001905	Urb1	95	43.747	Nannospalax_galili
ENSACIG00000003248	urb1	80	81.977	ENSNBRG00000001049	urb1	96	81.977	Neolamprologus_brichardi
ENSACIG00000003248	urb1	92	53.931	ENSNLEG00000026872	URB1	89	53.931	Nomascus_leucogenys
ENSACIG00000003248	urb1	90	48.950	ENSMEUG00000010828	URB1	92	41.103	Notamacropus_eugenii
ENSACIG00000003248	urb1	97	42.838	ENSOPRG00000013482	URB1	95	42.766	Ochotona_princeps
ENSACIG00000003248	urb1	96	43.594	ENSODEG00000002587	URB1	95	43.871	Octodon_degus
ENSACIG00000003248	urb1	99	80.036	ENSONIG00000005599	urb1	98	80.036	Oreochromis_niloticus
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.518	ENSOCUG00000009381	URB1	94	45.442	Oryctolagus_cuniculus
ENSACIG00000003248	urb1	97	65.488	ENSORLG00000003429	urb1	95	65.488	Oryzias_latipes
ENSACIG00000003248	urb1	97	65.072	ENSORLG00020013785	urb1	97	64.798	Oryzias_latipes_hni
ENSACIG00000003248	urb1	89	73.204	ENSORLG00015019421	urb1	94	73.204	Oryzias_latipes_hsok
ENSACIG00000003248	urb1	79	68.148	ENSOMEG00000002094	urb1	97	68.148	Oryzias_melastigma
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.915	ENSOGAG00000017140	URB1	95	45.007	Otolemur_garnettii
ENSACIG00000003248	urb1	88	47.760	ENSOARG00000013679	URB1	90	47.760	Ovis_aries
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.620	ENSPPAG00000003423	URB1	94	44.600	Pan_paniscus
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.391	ENSPPRG00000023131	URB1	94	45.366	Panthera_pardus
ENSACIG00000003248	urb1	88	45.928	ENSPTIG00000016125	URB1	93	45.928	Panthera_tigris_altaica
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.507	ENSPTRG00000013852	URB1	94	44.507	Pan_troglodytes
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.871	ENSPANG00000021964	URB1	95	44.778	Papio_anubis
ENSACIG00000003248	urb1	97	51.888	ENSPKIG00000003683	urb1	94	52.238	Paramormyrops_kingsleyae
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.485	ENSPEMG00000021205	Urb1	94	44.347	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSACIG00000003248	urb1	77	32.289	ENSPMAG00000009733	URB1	99	32.269	Petromyzon_marinus
ENSACIG00000003248	urb1	96	43.744	ENSPCIG00000016350	URB1	96	43.744	Phascolarctos_cinereus
ENSACIG00000003248	urb1	95	65.832	ENSPLAG00000004371	urb1	97	65.926	Poecilia_latipinna
ENSACIG00000003248	urb1	97	66.604	ENSPMEG00000006634	urb1	95	66.698	Poecilia_mexicana
ENSACIG00000003248	urb1	97	65.893	ENSPREG00000013453	urb1	95	66.170	Poecilia_reticulata
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.610	ENSPPYG00000011359	URB1	94	44.584	Pongo_abelii
ENSACIG00000003248	urb1	91	50.058	ENSPCAG00000007430	URB1	88	50.058	Procavia_capensis
ENSACIG00000003248	urb1	96	45.265	ENSPCOG00000022695	URB1	94	45.315	Propithecus_coquereli
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.506	ENSPVAG00000000889	URB1	95	44.460	Pteropus_vampyrus
ENSACIG00000003248	urb1	98	78.438	ENSPNYG00000010589	urb1	97	78.438	Pundamilia_nyererei
ENSACIG00000003248	urb1	97	48.759	ENSPNAG00000019324	urb1	96	48.712	Pygocentrus_nattereri
ENSACIG00000003248	urb1	96	43.672	ENSRNOG00000002080	Urb1	95	43.845	Rattus_norvegicus
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.527	ENSRBIG00000033122	URB1	95	44.527	Rhinopithecus_bieti
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.573	ENSRROG00000040237	URB1	95	44.573	Rhinopithecus_roxellana
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.807	ENSSBOG00000027672	URB1	94	44.714	Saimiri_boliviensis_boliviensis
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ENSACIG00000003248	urb1	98	45.372	ENSSPUG00000012447	URB1	96	45.417	Sphenodon_punctatus
ENSACIG00000003248	urb1	99	71.025	ENSSPAG00000006325	urb1	98	71.025	Stegastes_partitus
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.160	ENSSSCG00000032024	URB1	95	43.991	Sus_scrofa
ENSACIG00000003248	urb1	74	47.108	ENSTGUG00000013442	URB1	100	47.108	Taeniopygia_guttata
ENSACIG00000003248	urb1	97	64.588	ENSTRUG00000009372	urb1	95	64.588	Takifugu_rubripes
ENSACIG00000003248	urb1	96	63.151	ENSTNIG00000016277	urb1	96	63.151	Tetraodon_nigroviridis
ENSACIG00000003248	urb1	73	49.709	ENSTBEG00000010044	URB1	64	49.709	Tupaia_belangeri
ENSACIG00000003248	urb1	88	51.592	ENSTTRG00000007712	URB1	86	51.592	Tursiops_truncatus
ENSACIG00000003248	urb1	97	44.818	ENSUAMG00000012231	URB1	94	45.039	Ursus_americanus
ENSACIG00000003248	urb1	88	46.865	ENSUMAG00000017419	URB1	94	46.469	Ursus_maritimus
ENSACIG00000003248	urb1	60	70.833	ENSVPAG00000001164	URB1	59	70.833	Vicugna_pacos
ENSACIG00000003248	urb1	91	56.311	ENSVVUG00000000551	URB1	89	56.311	Vulpes_vulpes
ENSACIG00000003248	urb1	96	44.246	ENSXETG00000009895	urb1	94	44.363	Xenopus_tropicalis
ENSACIG00000003248	urb1	97	64.190	ENSXCOG00000005500	urb1	96	67.678	Xiphophorus_couchianus
ENSACIG00000003248	urb1	97	64.605	ENSXMAG00000007253	urb1	96	67.804	Xiphophorus_maculatus