EuRBPDB

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RBDs

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Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSACIG00000003533 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: rpusd4
Alias: si:ch211-14i3.3|zgc:92006
Full Name: RNA pseudouridine synthase D4
Gene Type: protein_coding
Species: Amphilophus_citrinellus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 7929 bases
Position: chrCCOE01000295.1:102049-109977
Accession: ZDB-GENE-040801-238
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSACIP00000004477	PseudoU_synth_2	PF00849.22	8.7e-24	1	1
ENSACIP00000004472	PseudoU_synth_2	PF00849.22	8.8e-24	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSACIT00000004616	-	993	-	ENSACIP00000004472	330 (aa)	-	-
ENSACIT00000004621	-	999	-	ENSACIP00000004477	332 (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	50.617	ENSG00000165526	RPUSD4	86	50.301	Homo_sapiens
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	77.399	ENSAPOG00000011024	rpusd4	82	77.399	Acanthochromis_polyacanthus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	49.849	ENSAMEG00000000127	-	86	49.849	Ailuropoda_melanoleuca
ENSACIG00000003533	rpusd4	85	42.857	ENSAMEG00000005953	-	95	42.857	Ailuropoda_melanoleuca
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	77.160	ENSAOCG00000015409	rpusd4	81	77.160	Amphiprion_ocellaris
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	77.160	ENSAPEG00000018935	rpusd4	81	77.160	Amphiprion_percula
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	75.851	ENSATEG00000008059	rpusd4	81	75.851	Anabas_testudineus
ENSACIG00000003533	rpusd4	82	50.709	ENSAPLG00000013250	RPUSD4	99	50.000	Anas_platyrhynchos
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	49.398	ENSACAG00000000189	RPUSD4	90	49.398	Anolis_carolinensis
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	48.485	ENSANAG00000024050	RPUSD4	87	48.485	Aotus_nancymaae
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	87.117	ENSACLG00000020996	rpusd4	84	87.385	Astatotilapia_calliptera
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	60.671	ENSAMXG00000031479	rpusd4	93	59.940	Astyanax_mexicanus
ENSACIG00000003533	rpusd4	99	47.688	ENSBTAG00000020900	RPUSD4	90	47.688	Bos_taurus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	48.328	ENSCJAG00000042850	RPUSD4	82	48.328	Callithrix_jacchus
ENSACIG00000003533	rpusd4	89	52.961	ENSCAFG00000010488	RPUSD4	86	50.909	Canis_familiaris
ENSACIG00000003533	rpusd4	89	52.961	ENSCAFG00020010621	RPUSD4	86	50.909	Canis_lupus_dingo
ENSACIG00000003533	rpusd4	99	48.127	ENSCHIG00000009975	RPUSD4	90	48.127	Capra_hircus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	50.462	ENSTSYG00000008456	RPUSD4	85	50.621	Carlito_syrichta
ENSACIG00000003533	rpusd4	73	47.737	ENSCAPG00000006040	RPUSD4	93	47.154	Cavia_aperea
ENSACIG00000003533	rpusd4	99	47.550	ENSCPOG00000014971	RPUSD4	91	47.550	Cavia_porcellus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	48.328	ENSCCAG00000027838	RPUSD4	87	48.328	Cebus_capucinus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	48.466	ENSCATG00000041570	RPUSD4	85	48.466	Cercocebus_atys
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	51.227	ENSCLAG00000016553	RPUSD4	85	51.227	Chinchilla_lanigera
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	48.773	ENSCSAG00000002274	RPUSD4	85	48.773	Chlorocebus_sabaeus
ENSACIG00000003533	rpusd4	80	50.000	ENSCHOG00000010249	RPUSD4	95	50.000	Choloepus_hoffmanni
ENSACIG00000003533	rpusd4	84	54.167	ENSCPBG00000011175	RPUSD4	98	54.167	Chrysemys_picta_bellii
ENSACIG00000003533	rpusd4	93	36.810	ENSCSAVG00000000872	-	62	36.810	Ciona_savignyi
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	48.632	ENSCANG00000039684	RPUSD4	86	48.632	Colobus_angolensis_palliatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	49.408	ENSCGRG00001024141	Rpusd4	88	49.408	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	49.408	ENSCGRG00000014415	Rpusd4	88	49.408	Cricetulus_griseus_crigri
ENSACIG00000003533	rpusd4	53	63.388	ENSCSEG00000006462	-	83	63.388	Cynoglossus_semilaevis
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	72.699	ENSCVAG00000008761	rpusd4	84	72.699	Cyprinodon_variegatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	72.393	ENSCVAG00000000392	rpusd4	93	72.393	Cyprinodon_variegatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	89	61.513	ENSDARG00000012674	rpusd4	90	60.062	Danio_rerio
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	49.387	ENSDNOG00000020026	RPUSD4	85	49.387	Dasypus_novemcinctus
ENSACIG00000003533	rpusd4	90	49.511	ENSDORG00000016717	Rpusd4	88	47.633	Dipodomys_ordii
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	50.307	ENSETEG00000013953	RPUSD4	86	50.464	Echinops_telfairi
ENSACIG00000003533	rpusd4	93	49.057	ENSEASG00005022982	RPUSD4	83	49.057	Equus_asinus_asinus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	48.094	ENSECAG00000000557	RPUSD4	89	48.094	Equus_caballus
ENSACIG00000003533	rpusd4	77	56.180	ENSEEUG00000014036	RPUSD4	68	56.180	Erinaceus_europaeus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	61.607	ENSELUG00000008075	rpusd4	88	61.424	Esox_lucius
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	48.521	ENSFCAG00000029789	RPUSD4	88	48.521	Felis_catus
ENSACIG00000003533	rpusd4	97	47.147	ENSFALG00000005171	RPUSD4	98	47.147	Ficedula_albicollis
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	50.000	ENSFDAG00000014307	RPUSD4	86	50.000	Fukomys_damarensis
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	75.385	ENSFHEG00000004329	rpusd4	85	75.153	Fundulus_heteroclitus
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	64.375	ENSGMOG00000017726	rpusd4	96	64.174	Gadus_morhua
ENSACIG00000003533	rpusd4	83	52.632	ENSGALG00000024326	RPUSD4	95	47.198	Gallus_gallus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	73.252	ENSGAFG00000021559	rpusd4	85	73.030	Gambusia_affinis
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	73.292	ENSGACG00000001657	rpusd4	97	74.729	Gasterosteus_aculeatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	51.220	ENSGAGG00000000132	RPUSD4	90	51.220	Gopherus_agassizii
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	50.617	ENSGGOG00000016494	RPUSD4	86	50.301	Gorilla_gorilla
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	87.117	ENSHBUG00000022838	rpusd4	84	87.385	Haplochromis_burtoni
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	49.240	ENSHGLG00000002285	RPUSD4	86	49.240	Heterocephalus_glaber_female
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	49.240	ENSHGLG00100006385	RPUSD4	86	49.240	Heterocephalus_glaber_male
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	71.517	ENSHCOG00000006612	rpusd4	83	71.517	Hippocampus_comes
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	58.769	ENSIPUG00000023879	rusd4	85	58.359	Ictalurus_punctatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	52.188	ENSSTOG00000025280	RPUSD4	86	52.188	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	50.155	ENSJJAG00000018673	Rpusd4	86	50.155	Jaculus_jaculus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	73.313	ENSKMAG00000021805	rpusd4	85	73.313	Kryptolebias_marmoratus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	76.994	ENSLBEG00000020394	rpusd4	92	76.994	Labrus_bergylta
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	50.155	ENSLACG00000011028	RPUSD4	81	50.155	Latimeria_chalumnae
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	43.155	ENSLOCG00000003124	rpusd4	89	43.155	Lepisosteus_oculatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	93	51.411	ENSLAFG00000005211	RPUSD4	100	44.068	Loxodonta_africana
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	48.773	ENSMFAG00000039513	RPUSD4	85	48.773	Macaca_fascicularis
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	48.466	ENSMMUG00000007933	RPUSD4	85	48.466	Macaca_mulatta
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	49.080	ENSMNEG00000027414	RPUSD4	85	49.080	Macaca_nemestrina
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	48.773	ENSMLEG00000042461	RPUSD4	85	48.773	Mandrillus_leucophaeus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	75.915	ENSMAMG00000023839	rpusd4	85	75.915	Mastacembelus_armatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	87.117	ENSMZEG00005011999	rpusd4	84	87.385	Maylandia_zebra
ENSACIG00000003533	rpusd4	82	51.930	ENSMGAG00000000840	RPUSD4	98	48.943	Meleagris_gallopavo
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	49.693	ENSMAUG00000010280	Rpusd4	85	49.693	Mesocricetus_auratus
ENSACIG00000003533	rpusd4	97	49.249	ENSMICG00000015979	RPUSD4	89	52.508	Microcebus_murinus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	48.024	ENSMOCG00000000661	Rpusd4	86	48.024	Microtus_ochrogaster
ENSACIG00000003533	rpusd4	91	76.898	ENSMMOG00000021731	rpusd4	92	76.898	Mola_mola
ENSACIG00000003533	rpusd4	92	51.724	ENSMODG00000004521	RPUSD4	80	51.724	Monodelphis_domestica
ENSACIG00000003533	rpusd4	91	78.247	ENSMALG00000005839	rpusd4	96	76.656	Monopterus_albus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	49.112	MGP_CAROLIEiJ_G0031954	Rpusd4	90	48.105	Mus_caroli
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	49.704	ENSMUSG00000032044	Rpusd4	90	48.688	Mus_musculus
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	49.533	MGP_PahariEiJ_G0014819	Rpusd4	84	49.533	Mus_pahari
ENSACIG00000003533	rpusd4	99	48.105	MGP_SPRETEiJ_G0033078	Rpusd4	90	48.105	Mus_spretus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	49.849	ENSMPUG00000006608	RPUSD4	87	49.849	Mustela_putorius_furo
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	50.932	ENSMLUG00000017328	-	84	50.932	Myotis_lucifugus
ENSACIG00000003533	rpusd4	76	51.984	ENSMLUG00000029348	-	97	51.984	Myotis_lucifugus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	50.456	ENSNGAG00000020847	Rpusd4	86	50.456	Nannospalax_galili
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	85.285	ENSNBRG00000005207	rpusd4	98	84.524	Neolamprologus_brichardi
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	49.848	ENSNLEG00000007465	RPUSD4	86	49.848	Nomascus_leucogenys
ENSACIG00000003533	rpusd4	97	49.102	ENSMEUG00000004370	RPUSD4	89	49.102	Notamacropus_eugenii
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	49.240	ENSODEG00000004577	RPUSD4	86	49.240	Octodon_degus
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	87.346	ENSONIG00000018879	rpusd4	88	87.346	Oreochromis_niloticus
ENSACIG00000003533	rpusd4	86	47.651	ENSOANG00000007247	RPUSD4	95	47.508	Ornithorhynchus_anatinus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	51.988	ENSOCUG00000017039	RPUSD4	85	52.160	Oryctolagus_cuniculus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	67.173	ENSORLG00000002750	rpusd4	92	67.173	Oryzias_latipes
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	67.178	ENSORLG00020002044	rpusd4	82	67.385	Oryzias_latipes_hni
ENSACIG00000003533	rpusd4	96	66.361	ENSORLG00015020034	rpusd4	82	66.564	Oryzias_latipes_hsok
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	70.370	ENSOMEG00000004861	rpusd4	81	70.154	Oryzias_melastigma
ENSACIG00000003533	rpusd4	89	53.947	ENSOGAG00000008922	RPUSD4	86	50.751	Otolemur_garnettii
ENSACIG00000003533	rpusd4	99	48.127	ENSOARG00000012238	RPUSD4	90	48.127	Ovis_aries
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	50.617	ENSPPAG00000042883	RPUSD4	80	50.301	Pan_paniscus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	48.521	ENSPPRG00000003081	RPUSD4	88	48.521	Panthera_pardus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	48.521	ENSPTIG00000012059	RPUSD4	87	50.814	Panthera_tigris_altaica
ENSACIG00000003533	rpusd4	94	50.617	ENSPTRG00000004454	RPUSD4	86	50.301	Pan_troglodytes
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	48.466	ENSPANG00000015040	RPUSD4	85	48.466	Papio_anubis
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	57.585	ENSPKIG00000023986	rpusd4	83	57.585	Paramormyrops_kingsleyae
ENSACIG00000003533	rpusd4	87	52.189	ENSPSIG00000014268	RPUSD4	93	52.189	Pelodiscus_sinensis
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	69.304	ENSPMGG00000002806	rpusd4	91	69.304	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSACIG00000003533	rpusd4	98	42.899	ENSPEMG00000000278	Rpusd4	88	42.899	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSACIG00000003533	rpusd4	91	38.643	ENSPMAG00000008183	rpusd4	98	38.643	Petromyzon_marinus
ENSACIG00000003533	rpusd4	99	49.704	ENSPCIG00000010212	RPUSD4	91	49.704	Phascolarctos_cinereus
ENSACIG00000003533	rpusd4	95	72.508	ENSPFOG00000019030	rpusd4	87	72.508	Poecilia_formosa
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