EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSAMXG00000004051 (Gene tree)
Gene ID: 103042024
Gene Symbol: syf2
Alias: hm:zeh0031|zeh0031|zgc:113871|zgc:92835
Full Name: SYF2 pre-mRNA splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Astyanax_mexicanus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 9328 bases
Position: chr25:43345263-43354590
Accession: 103042024
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAMXP00000004142	SYF2	PF08231.12	2.1e-53	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAMXT00000004142	-	1527	XM_007238566	ENSAMXP00000004142	238 (aa)	XP_007238628	W5K981

Gene Model

Click here to download ENSAMXG00000004051's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
amex03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSAMXG00000004051's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.333	ENSG00000117614	SYF2	90	83.028	Homo_sapiens
ENSAMXG00000004051	syf2	100	87.395	ENSAPOG00000001174	syf2	100	87.395	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAMXG00000004051	syf2	99	78.390	ENSAMEG00000010115	-	96	78.390	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAMXG00000004051	syf2	82	82.564	ENSAMEG00000010134	-	100	82.564	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAMXG00000004051	syf2	94	85.268	ENSACIG00000023688	syf2	90	85.268	Amphilophus_citrinellus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	86.975	ENSAOCG00000022046	syf2	100	86.555	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000004051	syf2	93	85.973	ENSAOCG00000010912	syf2	69	85.973	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000004051	syf2	100	86.975	ENSAPEG00000018858	syf2	92	86.975	Amphiprion_percula
ENSAMXG00000004051	syf2	91	87.558	ENSATEG00000007745	syf2	100	84.034	Anabas_testudineus
ENSAMXG00000004051	syf2	84	82.000	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	82.000	Anas_platyrhynchos
ENSAMXG00000004051	syf2	86	80.882	ENSACAG00000013653	-	100	80.882	Anolis_carolinensis
ENSAMXG00000004051	syf2	70	70.060	ENSACAG00000026777	-	100	70.060	Anolis_carolinensis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.500	ENSANAG00000032473	SYF2	99	77.917	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000004051	syf2	100	83.193	ENSACLG00000019916	syf2	100	83.193	Astatotilapia_calliptera
ENSAMXG00000004051	syf2	99	78.481	ENSBTAG00000001651	SYF2	99	78.481	Bos_taurus
ENSAMXG00000004051	syf2	87	50.952	WBGene00019402	syf-2	95	48.198	Caenorhabditis_elegans
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.796	ENSCJAG00000046570	SYF2	90	83.486	Callithrix_jacchus
ENSAMXG00000004051	syf2	96	73.276	ENSCAFG00000030331	-	99	73.276	Canis_familiaris
ENSAMXG00000004051	syf2	91	82.407	ENSCAFG00000012895	-	90	81.614	Canis_familiaris
ENSAMXG00000004051	syf2	91	82.407	ENSCAFG00020021091	-	90	81.614	Canis_lupus_dingo
ENSAMXG00000004051	syf2	76	75.275	ENSCAFG00020021094	-	95	75.275	Canis_lupus_dingo
ENSAMXG00000004051	syf2	99	78.059	ENSCHIG00000020874	SYF2	97	78.059	Capra_hircus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.366	ENSTSYG00000005114	SYF2	100	77.366	Carlito_syrichta
ENSAMXG00000004051	syf2	83	82.828	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	82.828	Cavia_aperea
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.049	ENSCPOG00000005326	SYF2	100	77.049	Cavia_porcellus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.500	ENSCCAG00000022459	SYF2	99	77.917	Cebus_capucinus
ENSAMXG00000004051	syf2	92	82.569	ENSCATG00000026917	SYF2	90	82.569	Cercocebus_atys
ENSAMXG00000004051	syf2	100	78.279	ENSCLAG00000008474	SYF2	100	78.279	Chinchilla_lanigera
ENSAMXG00000004051	syf2	99	76.860	ENSCSAG00000000948	SYF2	99	76.860	Chlorocebus_sabaeus
ENSAMXG00000004051	syf2	70	64.458	ENSCHOG00000005273	-	91	64.458	Choloepus_hoffmanni
ENSAMXG00000004051	syf2	93	82.883	ENSCPBG00000025073	SYF2	94	79.747	Chrysemys_picta_bellii
ENSAMXG00000004051	syf2	93	50.446	ENSCING00000003017	-	93	50.893	Ciona_intestinalis
ENSAMXG00000004051	syf2	89	48.598	ENSCSAVG00000006627	-	98	48.598	Ciona_savignyi
ENSAMXG00000004051	syf2	92	72.936	ENSCANG00000037322	SYF2	88	72.936	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.686	ENSCGRG00001020733	Syf2	100	77.686	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAMXG00000004051	syf2	82	83.673	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	83.417	Cricetulus_griseus_crigri
ENSAMXG00000004051	syf2	92	84.404	ENSCSEG00000000117	syf2	94	83.482	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000004051	syf2	94	85.650	ENSCVAG00000019543	syf2	100	82.008	Cyprinodon_variegatus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	88.235	ENSDARG00000004706	syf2	100	88.235	Danio_rerio
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.143	ENSDNOG00000047605	SYF2	100	77.143	Dasypus_novemcinctus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.459	ENSDORG00000001274	Syf2	100	77.459	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000004051	syf2	92	55.455	FBgn0033556	CG12343	97	55.455	Drosophila_melanogaster
ENSAMXG00000004051	syf2	87	69.082	ENSETEG00000015729	SYF2	100	65.066	Echinops_telfairi
ENSAMXG00000004051	syf2	83	60.406	ENSEBUG00000015402	syf2	95	60.406	Eptatretus_burgeri
ENSAMXG00000004051	syf2	100	70.782	ENSEASG00005004232	-	100	70.782	Equus_asinus_asinus
ENSAMXG00000004051	syf2	99	77.778	ENSEASG00005004224	-	99	77.778	Equus_asinus_asinus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.869	ENSECAG00000010440	-	100	77.869	Equus_caballus
ENSAMXG00000004051	syf2	99	78.903	ENSECAG00000012023	-	96	78.903	Equus_caballus
ENSAMXG00000004051	syf2	67	71.250	ENSEEUG00000015084	SYF2	95	66.477	Erinaceus_europaeus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	87.395	ENSELUG00000003465	syf2	99	87.395	Esox_lucius
ENSAMXG00000004051	syf2	94	81.057	ENSFCAG00000043095	-	92	81.057	Felis_catus
ENSAMXG00000004051	syf2	92	83.486	ENSFCAG00000010324	-	75	83.486	Felis_catus
ENSAMXG00000004051	syf2	86	79.902	ENSFALG00000000460	SYF2	97	74.477	Ficedula_albicollis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	78.189	ENSFDAG00000008310	SYF2	100	78.189	Fukomys_damarensis
ENSAMXG00000004051	syf2	94	72.000	ENSFHEG00000007238	syf2	99	72.000	Fundulus_heteroclitus
ENSAMXG00000004051	syf2	90	89.302	ENSGMOG00000019138	syf2	96	89.302	Gadus_morhua
ENSAMXG00000004051	syf2	93	82.432	ENSGALG00000013639	SYF2	88	82.432	Gallus_gallus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	80.672	ENSGAFG00000019435	syf2	100	80.672	Gambusia_affinis
ENSAMXG00000004051	syf2	93	86.036	ENSGACG00000007305	syf2	100	82.427	Gasterosteus_aculeatus
ENSAMXG00000004051	syf2	93	82.883	ENSGAGG00000010670	SYF2	94	79.747	Gopherus_agassizii
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.333	ENSGGOG00000012796	SYF2	90	83.028	Gorilla_gorilla
ENSAMXG00000004051	syf2	100	82.773	ENSHBUG00000020477	syf2	100	82.773	Haplochromis_burtoni
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.049	ENSHGLG00000014393	SYF2	100	77.049	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000004051	syf2	93	72.523	ENSHGLG00000004304	-	100	68.908	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.049	ENSHGLG00100014722	SYF2	100	77.049	Heterocephalus_glaber_male
ENSAMXG00000004051	syf2	100	83.613	ENSHCOG00000012904	syf2	78	83.613	Hippocampus_comes
ENSAMXG00000004051	syf2	100	89.121	ENSIPUG00000019859	syf2	100	89.121	Ictalurus_punctatus
ENSAMXG00000004051	syf2	61	77.397	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	77.397	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAMXG00000004051	syf2	84	83.417	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	83.417	Jaculus_jaculus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	82.773	ENSKMAG00000013856	syf2	100	82.773	Kryptolebias_marmoratus
ENSAMXG00000004051	syf2	91	89.401	ENSLBEG00000014425	syf2	100	84.874	Labrus_bergylta
ENSAMXG00000004051	syf2	93	80.180	ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.180	Latimeria_chalumnae
ENSAMXG00000004051	syf2	100	82.773	ENSLOCG00000002728	syf2	95	82.773	Lepisosteus_oculatus
ENSAMXG00000004051	syf2	77	57.219	ENSLAFG00000030814	-	100	57.065	Loxodonta_africana
ENSAMXG00000004051	syf2	100	76.735	ENSLAFG00000023150	-	100	76.735	Loxodonta_africana
ENSAMXG00000004051	syf2	92	82.569	ENSMFAG00000041831	SYF2	90	82.569	Macaca_fascicularis
ENSAMXG00000004051	syf2	91	82.870	ENSMMUG00000002968	SYF2	90	82.569	Macaca_mulatta
ENSAMXG00000004051	syf2	92	82.569	ENSMNEG00000030180	SYF2	90	82.569	Macaca_nemestrina
ENSAMXG00000004051	syf2	92	82.569	ENSMLEG00000030248	SYF2	90	82.569	Mandrillus_leucophaeus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.454	ENSMAMG00000010403	syf2	98	84.454	Mastacembelus_armatus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	83.193	ENSMZEG00005006429	syf2	100	83.193	Maylandia_zebra
ENSAMXG00000004051	syf2	84	82.412	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	82.412	Meleagris_gallopavo
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.339	ENSMAUG00000018974	Syf2	100	79.339	Mesocricetus_auratus
ENSAMXG00000004051	syf2	84	83.417	ENSMICG00000016191	SYF2	100	83.417	Microcebus_murinus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	ENSMOCG00000022938	Syf2	100	79.752	Microtus_ochrogaster
ENSAMXG00000004051	syf2	94	85.268	ENSMMOG00000002396	syf2	94	85.268	Mola_mola
ENSAMXG00000004051	syf2	93	78.571	ENSMODG00000013951	-	98	78.571	Monodelphis_domestica
ENSAMXG00000004051	syf2	100	82.573	ENSMALG00000010706	syf2	100	82.988	Monopterus_albus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	100	79.752	Mus_caroli
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	ENSMUSG00000028821	Syf2	100	79.752	Mus_musculus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	100	79.752	Mus_pahari
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	100	79.752	Mus_spretus
ENSAMXG00000004051	syf2	93	81.532	ENSMPUG00000015801	-	90	81.532	Mustela_putorius_furo
ENSAMXG00000004051	syf2	91	82.407	ENSMPUG00000015802	-	89	82.110	Mustela_putorius_furo
ENSAMXG00000004051	syf2	100	76.891	ENSMLUG00000001885	SYF2	96	76.891	Myotis_lucifugus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	76.423	ENSNGAG00000007912	Syf2	100	76.423	Nannospalax_galili
ENSAMXG00000004051	syf2	100	74.793	ENSNBRG00000010720	syf2	99	74.793	Neolamprologus_brichardi
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.333	ENSNLEG00000035185	SYF2	90	83.028	Nomascus_leucogenys
ENSAMXG00000004051	syf2	100	76.955	ENSOPRG00000012870	SYF2	100	76.955	Ochotona_princeps
ENSAMXG00000004051	syf2	100	69.672	ENSODEG00000014338	-	100	69.672	Octodon_degus
ENSAMXG00000004051	syf2	93	81.081	ENSODEG00000017664	-	93	81.081	Octodon_degus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	83.193	ENSONIG00000008213	syf2	100	83.193	Oreochromis_niloticus
ENSAMXG00000004051	syf2	85	82.673	ENSOANG00000009552	SYF2	100	82.673	Ornithorhynchus_anatinus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.869	ENSOCUG00000013050	SYF2	100	77.869	Oryctolagus_cuniculus
ENSAMXG00000004051	syf2	98	81.116	ENSORLG00000028820	syf2	100	81.116	Oryzias_latipes
ENSAMXG00000004051	syf2	100	81.590	ENSORLG00020018333	syf2	100	81.590	Oryzias_latipes_hni
ENSAMXG00000004051	syf2	100	82.008	ENSORLG00015014665	syf2	100	82.008	Oryzias_latipes_hsok
ENSAMXG00000004051	syf2	100	82.353	ENSOMEG00000013911	syf2	100	82.353	Oryzias_melastigma
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.459	ENSOGAG00000009962	SYF2	100	77.459	Otolemur_garnettii
ENSAMXG00000004051	syf2	82	57.436	ENSOARG00000006269	-	100	57.436	Ovis_aries
ENSAMXG00000004051	syf2	99	77.406	ENSOARG00000006348	-	96	77.406	Ovis_aries
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.333	ENSPPAG00000036579	SYF2	90	83.028	Pan_paniscus
ENSAMXG00000004051	syf2	94	81.057	ENSPPRG00000001651	-	92	81.057	Panthera_pardus
ENSAMXG00000004051	syf2	92	83.486	ENSPPRG00000001638	-	89	83.486	Panthera_pardus
ENSAMXG00000004051	syf2	94	81.057	ENSPTIG00000007036	-	92	81.057	Panthera_tigris_altaica
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.796	ENSPTIG00000005711	-	80	83.486	Panthera_tigris_altaica
ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.333	ENSPTRG00000000352	SYF2	90	83.028	Pan_troglodytes
ENSAMXG00000004051	syf2	92	82.569	ENSPANG00000008139	SYF2	90	82.569	Papio_anubis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.034	ENSPKIG00000008130	syf2	100	84.034	Paramormyrops_kingsleyae
ENSAMXG00000004051	syf2	95	80.435	ENSPSIG00000011816	SYF2	89	80.435	Pelodiscus_sinensis
ENSAMXG00000004051	syf2	98	84.120	ENSPMGG00000008755	syf2	91	84.120	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	78.926	ENSPEMG00000008283	Syf2	100	78.926	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSAMXG00000004051	syf2	93	82.432	ENSPCIG00000014235	SYF2	100	76.800	Phascolarctos_cinereus
ENSAMXG00000004051	syf2	94	84.821	ENSPFOG00000004116	syf2	93	84.821	Poecilia_formosa
ENSAMXG00000004051	syf2	94	84.375	ENSPLAG00000006691	syf2	96	84.375	Poecilia_latipinna
ENSAMXG00000004051	syf2	100	78.151	ENSPMEG00000011684	syf2	99	79.654	Poecilia_mexicana
ENSAMXG00000004051	syf2	91	85.185	ENSPREG00000003009	syf2	100	80.672	Poecilia_reticulata
ENSAMXG00000004051	syf2	95	80.702	ENSPPYG00000001713	SYF2	94	80.702	Pongo_abelii
ENSAMXG00000004051	syf2	100	56.379	ENSPCOG00000027011	SYF2	100	56.379	Propithecus_coquereli
ENSAMXG00000004051	syf2	93	72.523	ENSPVAG00000005841	SYF2	91	72.523	Pteropus_vampyrus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	83.193	ENSPNYG00000004979	syf2	100	83.193	Pundamilia_nyererei
ENSAMXG00000004051	syf2	100	94.118	ENSPNAG00000015570	syf2	100	94.118	Pygocentrus_nattereri
ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	ENSRNOG00000060597	Syf2	100	79.752	Rattus_norvegicus
ENSAMXG00000004051	syf2	92	80.275	ENSRBIG00000042970	SYF2	90	80.275	Rhinopithecus_bieti
ENSAMXG00000004051	syf2	92	82.569	ENSRROG00000001347	SYF2	90	82.569	Rhinopithecus_roxellana
ENSAMXG00000004051	syf2	100	77.083	ENSSBOG00000020184	SYF2	99	77.500	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	75.000	ENSSHAG00000015630	-	100	75.000	Sarcophilus_harrisii
ENSAMXG00000004051	syf2	86	83.010	ENSSHAG00000007152	-	100	83.010	Sarcophilus_harrisii
ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.519	ENSSFOG00015023647	syf2	100	84.519	Scleropages_formosus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	80.672	ENSSMAG00000009867	syf2	100	80.672	Scophthalmus_maximus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.874	ENSSDUG00000013072	syf2	100	84.874	Seriola_dumerili
ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.874	ENSSLDG00000012677	syf2	100	84.874	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	61.475	ENSSARG00000012889	SYF2	100	61.475	Sorex_araneus
ENSAMXG00000004051	syf2	99	78.008	ENSSPUG00000005251	SYF2	95	78.008	Sphenodon_punctatus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.034	ENSSPAG00000009626	syf2	100	84.034	Stegastes_partitus
ENSAMXG00000004051	syf2	99	78.059	ENSSSCG00000037481	SYF2	96	78.059	Sus_scrofa
ENSAMXG00000004051	syf2	71	56.548	ENSTGUG00000001126	SYF2	83	56.886	Taeniopygia_guttata
ENSAMXG00000004051	syf2	100	81.250	ENSTRUG00000001499	syf2	95	81.435	Takifugu_rubripes
ENSAMXG00000004051	syf2	93	82.883	ENSTNIG00000016912	syf2	99	82.883	Tetraodon_nigroviridis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	58.197	ENSTBEG00000017370	SYF2	99	58.197	Tupaia_belangeri
ENSAMXG00000004051	syf2	100	76.230	ENSTTRG00000003550	SYF2	100	76.639	Tursiops_truncatus
ENSAMXG00000004051	syf2	99	77.966	ENSUAMG00000002897	SYF2	95	77.966	Ursus_americanus
ENSAMXG00000004051	syf2	91	81.944	ENSUMAG00000013108	SYF2	95	77.966	Ursus_maritimus
ENSAMXG00000004051	syf2	100	76.230	ENSVPAG00000005705	SYF2	100	76.230	Vicugna_pacos
ENSAMXG00000004051	syf2	86	82.439	ENSVVUG00000027181	-	100	75.502	Vulpes_vulpes
ENSAMXG00000004051	syf2	91	82.407	ENSVVUG00000027175	-	90	81.614	Vulpes_vulpes
ENSAMXG00000004051	syf2	93	78.378	ENSXETG00000022797	syf2	89	78.378	Xenopus_tropicalis
ENSAMXG00000004051	syf2	100	81.092	ENSXMAG00000022698	syf2	100	81.092	Xiphophorus_maculatus