EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSAMXG00000012404 (Gene tree)
Gene ID: 103043671
Gene Symbol: smarca2
Alias: wu:fa56c07|wu:fi27f11|zgc:66238
Full Name: probable global transcription activator SNF2L2
Gene Type: protein_coding
Species: Astyanax_mexicanus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 58412 bases
Position: chrAPWO02000029.1:723078-781489
Accession: 103043671
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAMXP00000032467	BRK	PF07533.16	2.3e-17	1	1
ENSAMXP00000033982	BRK	PF07533.16	2.3e-17	1	1
ENSAMXP00000012829	BRK	PF07533.16	3.6e-13	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAMXT00000057405	-	7273	XM_022664906	ENSAMXP00000033982	1579 (aa)	XP_022520627	UPI000BBDB8D1
ENSAMXT00000012829	-	4527	-	ENSAMXP00000012829	1508 (aa)	-	W5KZ17
ENSAMXT00000038145	-	7287	XM_022664910	ENSAMXP00000032467	1570 (aa)	XP_022520631	UPI000BBD868A

Gene Model

Click here to download ENSAMXG00000012404's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSAMXG00000012404's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSAMXG00000012404	smarca2	95	72.865	ENSAMXG00000021023	smarca4a	99	73.320
ENSAMXG00000012404	smarca2	92	73.294	ENSAMXG00000011238	-	99	74.441

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.414	ENSG00000080503	SMARCA2	99	98.000	Homo_sapiens
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	85.643	ENSAPOG00000002641	SMARCA2	100	86.310	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAMXG00000012404	smarca2	89	78.754	ENSAMEG00000012325	SMARCA2	99	87.038	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	82.846	ENSACIG00000015607	SMARCA2	99	84.129	Amphilophus_citrinellus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	85.287	ENSAOCG00000009647	-	99	86.139	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	85.268	ENSAPEG00000007646	SMARCA2	99	86.248	Amphiprion_percula
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	86.275	ENSATEG00000006916	SMARCA2	98	86.203	Anabas_testudineus
ENSAMXG00000012404	smarca2	87	80.689	ENSAPLG00000013873	SMARCA2	93	80.600	Anas_platyrhynchos
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.152	ENSACAG00000002423	SMARCA2	100	81.486	Anolis_carolinensis
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.040	ENSANAG00000026498	SMARCA2	100	82.125	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	83.593	ENSACLG00000004248	SMARCA2	99	84.357	Astatotilapia_calliptera
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.181	ENSBTAG00000007494	SMARCA2	100	82.445	Bos_taurus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.609	ENSCJAG00000010710	SMARCA2	100	81.378	Callithrix_jacchus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.051	ENSCAFG00000002013	SMARCA2	100	82.382	Canis_familiaris
ENSAMXG00000012404	smarca2	75	87.850	ENSCAFG00020026802	SMARCA2	94	87.937	Canis_lupus_dingo
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.181	ENSCHIG00000025863	SMARCA2	100	82.445	Capra_hircus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	79.596	ENSTSYG00000003858	SMARCA2	100	80.554	Carlito_syrichta
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	80.039	ENSCAPG00000002890	SMARCA2	99	80.862	Cavia_aperea
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.770	ENSCPOG00000005475	SMARCA2	100	82.305	Cavia_porcellus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.781	ENSCCAG00000030636	SMARCA2	100	81.716	Cebus_capucinus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.487	ENSCATG00000031470	SMARCA2	100	81.722	Cercocebus_atys
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.288	ENSCLAG00000014484	SMARCA2	100	82.103	Chinchilla_lanigera
ENSAMXG00000012404	smarca2	92	83.610	ENSCSAG00000008650	SMARCA2	99	82.922	Chlorocebus_sabaeus
ENSAMXG00000012404	smarca2	84	82.179	ENSCHOG00000004316	SMARCA2	86	82.179	Choloepus_hoffmanni
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.246	ENSCPBG00000025463	SMARCA2	100	82.489	Chrysemys_picta_bellii
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	82.872	ENSCANG00000039597	SMARCA2	100	82.199	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	74.886	ENSCGRG00001002323	Smarca2	100	76.822	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	80.784	ENSCSEG00000019311	SMARCA2	99	81.431	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000012404	smarca2	85	81.698	ENSCVAG00000016571	SMARCA2	98	83.283	Cyprinodon_variegatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	91.830	ENSDARG00000008904	smarca2	100	91.704	Danio_rerio
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	81.900	ENSDNOG00000006402	SMARCA2	100	82.062	Dasypus_novemcinctus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.510	ENSDORG00000014832	Smarca2	100	82.224	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000012404	smarca2	81	58.537	FBgn0000212	brm	91	53.407	Drosophila_melanogaster
ENSAMXG00000012404	smarca2	95	69.134	ENSEBUG00000011442	-	93	71.510	Eptatretus_burgeri
ENSAMXG00000012404	smarca2	86	62.046	ENSEBUG00000002449	-	93	62.719	Eptatretus_burgeri
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.920	ENSEASG00005010312	SMARCA2	100	82.132	Equus_asinus_asinus
ENSAMXG00000012404	smarca2	63	91.176	ENSEEUG00000015540	-	71	88.462	Erinaceus_europaeus
ENSAMXG00000012404	smarca2	93	84.828	ENSELUG00000010318	smarca2	99	82.140	Esox_lucius
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.940	ENSFCAG00000001568	SMARCA2	100	82.320	Felis_catus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.045	ENSFALG00000010416	SMARCA2	100	82.749	Ficedula_albicollis
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	81.145	ENSFDAG00000010502	SMARCA2	100	79.378	Fukomys_damarensis
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.451	ENSFHEG00000021250	SMARCA2	99	84.828	Fundulus_heteroclitus
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	80.594	ENSGMOG00000014229	SMARCA2	99	80.329	Gadus_morhua
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.896	ENSGALG00000010164	SMARCA2	100	82.726	Gallus_gallus
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	78.510	ENSGAFG00000001164	SMARCA2	95	79.362	Gambusia_affinis
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	83.575	ENSGACG00000014488	SMARCA2	99	83.808	Gasterosteus_aculeatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.115	ENSGAGG00000024412	SMARCA2	100	82.364	Gopherus_agassizii
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	81.368	ENSGGOG00000000513	SMARCA2	98	80.703	Gorilla_gorilla
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	84.816	ENSHBUG00000006691	SMARCA2	99	85.597	Haplochromis_burtoni
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	81.326	ENSHGLG00000005215	SMARCA2	100	79.046	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.334	ENSHGLG00100010496	SMARCA2	100	81.990	Heterocephalus_glaber_male
ENSAMXG00000012404	smarca2	82	89.208	ENSHCOG00000015348	-	96	88.911	Hippocampus_comes
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	91.661	ENSIPUG00000011060	smarca2	100	91.285	Ictalurus_punctatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.307	ENSSTOG00000006812	SMARCA2	100	81.304	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.575	ENSJJAG00000010867	Smarca2	100	82.103	Jaculus_jaculus
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.418	ENSKMAG00000015844	-	99	84.596	Kryptolebias_marmoratus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	86.262	ENSLOCG00000011499	smarca2	99	86.441	Lepisosteus_oculatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	81.701	ENSLAFG00000014061	SMARCA2	100	81.756	Loxodonta_africana
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	80.709	ENSMFAG00000003814	SMARCA2	100	81.893	Macaca_fascicularis
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.759	ENSMMUG00000015279	SMARCA2	100	81.818	Macaca_mulatta
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.303	ENSMNEG00000041069	SMARCA2	100	81.824	Macaca_nemestrina
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	80.438	ENSMLEG00000027418	SMARCA2	99	81.633	Mandrillus_leucophaeus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	84.867	ENSMAMG00000003056	SMARCA2	99	85.705	Mastacembelus_armatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	84.975	ENSMZEG00005020709	SMARCA2	99	85.759	Maylandia_zebra
ENSAMXG00000012404	smarca2	75	69.588	ENSMGAG00000005160	-	100	69.190	Meleagris_gallopavo
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.920	ENSMICG00000005162	SMARCA2	100	82.103	Microcebus_murinus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.628	ENSMOCG00000001611	Smarca2	100	81.841	Microtus_ochrogaster
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	81.310	ENSMMOG00000014196	SMARCA2	99	81.783	Mola_mola
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.976	ENSMODG00000003578	SMARCA2	100	82.416	Monodelphis_domestica
ENSAMXG00000012404	smarca2	98	84.990	ENSMALG00000009611	SMARCA2	99	85.658	Monopterus_albus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	80.740	MGP_CAROLIEiJ_G0022841	Smarca2	100	80.767	Mus_caroli
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	79.601	ENSMUSG00000024921	Smarca2	99	98.000	Mus_musculus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.001	MGP_PahariEiJ_G0014334	Smarca2	100	81.269	Mus_pahari
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	79.910	MGP_SPRETEiJ_G0023759	Smarca2	97	87.395	Mus_spretus
ENSAMXG00000012404	smarca2	80	86.797	ENSMPUG00000005171	SMARCA2	94	86.960	Mustela_putorius_furo
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	78.385	ENSMLUG00000002342	SMARCA2	99	78.312	Myotis_lucifugus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	80.038	ENSNGAG00000000108	Smarca2	99	79.848	Nannospalax_galili
ENSAMXG00000012404	smarca2	87	77.217	ENSNBRG00000017998	SMARCA2	94	81.592	Neolamprologus_brichardi
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	80.280	ENSNLEG00000008575	SMARCA2	100	81.222	Nomascus_leucogenys
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	75.483	ENSMEUG00000009812	SMARCA2	100	75.546	Notamacropus_eugenii
ENSAMXG00000012404	smarca2	80	83.043	ENSOPRG00000013474	SMARCA2	100	77.708	Ochotona_princeps
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	79.780	ENSODEG00000005452	SMARCA2	99	80.393	Octodon_degus
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.981	ENSONIG00000014163	SMARCA2	99	85.097	Oreochromis_niloticus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.150	ENSOCUG00000006320	SMARCA2	100	82.114	Oryctolagus_cuniculus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	83.968	ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	85.063	Oryzias_latipes
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	84.040	ENSORLG00015006289	SMARCA2	99	85.125	Oryzias_latipes_hsok
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	85.116	ENSOMEG00000009736	-	99	85.460	Oryzias_melastigma
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	78.378	ENSOGAG00000017053	SMARCA2	99	81.409	Otolemur_garnettii
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.055	ENSOARG00000013265	SMARCA2	100	81.847	Ovis_aries
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	77.455	ENSPPAG00000038717	SMARCA2	100	79.839	Pan_paniscus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.005	ENSPPRG00000001879	SMARCA2	100	82.382	Panthera_pardus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.300	ENSPTRG00000051168	SMARCA2	100	81.880	Pan_troglodytes
ENSAMXG00000012404	smarca2	96	77.880	ENSPANG00000025121	SMARCA2	99	77.735	Papio_anubis
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	87.287	ENSPKIG00000018469	-	99	87.484	Paramormyrops_kingsleyae
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.756	ENSPSIG00000006284	SMARCA2	100	82.022	Pelodiscus_sinensis
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	78.121	ENSPMGG00000013696	-	99	77.899	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	80.102	ENSPEMG00000019821	Smarca2	100	80.801	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSAMXG00000012404	smarca2	95	70.791	ENSPMAG00000005337	-	97	70.540	Petromyzon_marinus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	82.397	ENSPCIG00000015658	SMARCA2	100	82.478	Phascolarctos_cinereus
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.707	ENSPFOG00000001856	SMARCA2	99	85.139	Poecilia_formosa
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.010	ENSPLAG00000017829	SMARCA2	96	84.375	Poecilia_latipinna
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.000	ENSPMEG00000001815	-	99	84.365	Poecilia_mexicana
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	83.510	ENSPREG00000013800	SMARCA2	99	83.875	Poecilia_reticulata
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	82.303	ENSPPYG00000019258	SMARCA2	100	81.382	Pongo_abelii
ENSAMXG00000012404	smarca2	76	73.333	ENSPCAG00000016969	SMARCA2	78	73.333	Procavia_capensis
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	81.042	ENSPCOG00000025709	SMARCA2	100	80.251	Propithecus_coquereli
ENSAMXG00000012404	smarca2	91	83.478	ENSPVAG00000000901	SMARCA2	94	83.307	Pteropus_vampyrus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	83.031	ENSPNYG00000004533	SMARCA2	99	83.408	Pundamilia_nyererei
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	96.306	ENSPNAG00000014635	smarca2	99	96.362	Pygocentrus_nattereri
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	80.791	ENSRNOG00000011931	Smarca2	100	80.308	Rattus_norvegicus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	81.171	ENSRBIG00000038618	SMARCA2	94	88.526	Rhinopithecus_bieti
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	81.727	ENSRROG00000019271	SMARCA2	99	82.970	Rhinopithecus_roxellana
ENSAMXG00000012404	smarca2	93	88.587	ENSSBOG00000034827	SMARCA2	100	81.258	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	82.819	ENSSHAG00000007884	SMARCA2	100	82.405	Sarcophilus_harrisii
ENSAMXG00000012404	smarca2	92	87.509	ENSSFOG00015014870	SMARCA2	97	88.889	Scleropages_formosus
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	84.125	ENSSMAG00000013707	SMARCA2	99	84.490	Scophthalmus_maximus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	83.677	ENSSDUG00000008852	-	100	84.335	Seriola_dumerili
ENSAMXG00000012404	smarca2	98	83.751	ENSSLDG00000025449	SMARCA2	99	83.933	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSAMXG00000012404	smarca2	93	79.141	ENSSARG00000007888	SMARCA2	94	78.161	Sorex_araneus
ENSAMXG00000012404	smarca2	95	79.736	ENSSPUG00000001629	SMARCA2	98	77.933	Sphenodon_punctatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	86.115	ENSSPAG00000020091	-	99	86.852	Stegastes_partitus
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	83.051	ENSSSCG00000005232	SMARCA2	100	82.272	Sus_scrofa
ENSAMXG00000012404	smarca2	97	81.979	ENSTGUG00000005460	SMARCA2	100	82.453	Taeniopygia_guttata
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	83.912	ENSTRUG00000015619	SMARCA2	99	83.955	Takifugu_rubripes
ENSAMXG00000012404	smarca2	64	100.000	ENSTBEG00000008767	SMARCA2	69	100.000	Tupaia_belangeri
ENSAMXG00000012404	smarca2	93	82.782	ENSTTRG00000002033	SMARCA2	95	82.399	Tursiops_truncatus
ENSAMXG00000012404	smarca2	90	82.390	ENSUAMG00000024701	SMARCA2	99	82.436	Ursus_americanus
ENSAMXG00000012404	smarca2	84	81.266	ENSVPAG00000001204	SMARCA2	98	74.420	Vicugna_pacos
ENSAMXG00000012404	smarca2	75	87.587	ENSVVUG00000004598	SMARCA2	96	87.675	Vulpes_vulpes
ENSAMXG00000012404	smarca2	100	78.248	ENSXETG00000015299	smarca2	100	77.819	Xenopus_tropicalis
ENSAMXG00000012404	smarca2	90	81.272	ENSXCOG00000011073	SMARCA2	99	82.256	Xiphophorus_couchianus
ENSAMXG00000012404	smarca2	99	83.416	ENSXMAG00000015611	SMARCA2	99	83.780	Xiphophorus_maculatus