EuRBPDB

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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSAMXG00000019473 (Gene tree)
Gene ID: 103034142
Gene Symbol: sbno1
Alias: -
Full Name: strawberry notch homolog 1
Gene Type: protein_coding
Species: Astyanax_mexicanus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 13003 bases
Position: chr20:1638753-1651755
Accession: 103034142
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAMXP00000020052	ResIII	PF04851.15	9.5e-07	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAMXT00000020052	-	4170	XM_022680806	ENSAMXP00000020052	1389 (aa)	XP_022536527	W5LJP0

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSAMXG00000019473	sbno1	71	66.284	ENSAMXG00000015881	si:ch73-63e15.2	69	66.284
ENSAMXG00000019473	sbno1	69	67.816	ENSAMXG00000018868	sbno2a	76	67.043

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.516	ENSG00000139697	SBNO1	99	79.232	Homo_sapiens
ENSAMXG00000019473	sbno1	83	86.667	ENSAPOG00000003196	sbno1	98	86.234	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.915	ENSAMEG00000015151	SBNO1	99	79.773	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	79.323	ENSACIG00000008088	sbno1	99	79.040	Amphilophus_citrinellus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.450	ENSAOCG00000014859	sbno1	99	81.734	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.450	ENSAPEG00000006069	sbno1	99	81.734	Amphiprion_percula
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.861	ENSATEG00000006667	sbno1	100	82.365	Anabas_testudineus
ENSAMXG00000019473	sbno1	98	80.102	ENSAPLG00000015674	SBNO1	99	79.715	Anas_platyrhynchos
ENSAMXG00000019473	sbno1	98	78.720	ENSACAG00000015441	SBNO1	88	78.132	Anolis_carolinensis
ENSAMXG00000019473	sbno1	94	86.751	ENSANAG00000029958	-	99	86.667	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	78.183	ENSACLG00000024913	sbno1	100	77.754	Astatotilapia_calliptera
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	79.531	ENSBTAG00000020505	SBNO1	99	79.460	Bos_taurus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.659	ENSCJAG00000016599	SBNO1	99	79.374	Callithrix_jacchus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.986	ENSCAFG00000007503	SBNO1	97	88.294	Canis_familiaris
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	84.505	ENSCAFG00020015363	SBNO1	99	84.505	Canis_lupus_dingo
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.871	ENSCHIG00000008382	SBNO1	99	86.871	Capra_hircus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.587	ENSTSYG00000012749	SBNO1	99	80.832	Carlito_syrichta
ENSAMXG00000019473	sbno1	96	81.413	ENSCAPG00000000384	SBNO1	99	87.027	Cavia_aperea
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.027	ENSCPOG00000008109	SBNO1	99	87.027	Cavia_porcellus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	75.818	ENSCCAG00000035316	SBNO1	99	75.719	Cebus_capucinus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	78.771	ENSCATG00000008239	SBNO1	98	86.847	Cercocebus_atys
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.387	ENSCLAG00000008995	SBNO1	99	87.387	Chinchilla_lanigera
ENSAMXG00000019473	sbno1	83	83.921	ENSCSAG00000002064	SBNO1	99	83.577	Chlorocebus_sabaeus
ENSAMXG00000019473	sbno1	96	76.353	ENSCHOG00000008814	SBNO1	96	75.878	Choloepus_hoffmanni
ENSAMXG00000019473	sbno1	98	79.782	ENSCPBG00000025968	SBNO1	99	79.544	Chrysemys_picta_bellii
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	75.445	ENSCANG00000042688	-	99	75.018	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	85.612	ENSCGRG00001017470	Sbno1	99	85.612	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	85.612	ENSCGRG00000004756	Sbno1	99	85.612	Cricetulus_griseus_crigri
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	80.780	ENSCSEG00000011919	sbno1	100	80.780	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.715	ENSCVAG00000007038	sbno1	100	81.502	Cyprinodon_variegatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	88.210	ENSDARG00000099080	sbno1	99	88.354	Danio_rerio
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.952	ENSDNOG00000017147	SBNO1	99	78.182	Dasypus_novemcinctus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	72.242	ENSDORG00000015261	Sbno1	99	70.798	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000019473	sbno1	93	75.157	ENSETEG00000005620	SBNO1	93	74.528	Echinops_telfairi
ENSAMXG00000019473	sbno1	75	62.977	ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.793	Eptatretus_burgeri
ENSAMXG00000019473	sbno1	51	77.574	ENSEASG00005012595	-	92	78.028	Equus_asinus_asinus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.801	ENSECAG00000006127	SBNO1	99	80.088	Equus_caballus
ENSAMXG00000019473	sbno1	82	80.874	ENSEEUG00000003793	SBNO1	82	80.874	Erinaceus_europaeus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	85.957	ENSELUG00000002886	sbno1	99	85.319	Esox_lucius
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.228	ENSFCAG00000015331	SBNO1	99	79.516	Felis_catus
ENSAMXG00000019473	sbno1	98	79.956	ENSFALG00000009273	SBNO1	99	79.929	Ficedula_albicollis
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	79.202	ENSFDAG00000014232	SBNO1	99	83.813	Fukomys_damarensis
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.534	ENSFHEG00000007360	sbno1	100	81.250	Fundulus_heteroclitus
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	83.763	ENSGMOG00000018229	sbno1	99	83.763	Gadus_morhua
ENSAMXG00000019473	sbno1	88	80.338	ENSGALG00000003392	SBNO1	99	79.952	Gallus_gallus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.057	ENSGAFG00000003960	sbno1	100	81.702	Gambusia_affinis
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	83.308	ENSGACG00000015633	sbno1	99	83.308	Gasterosteus_aculeatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.146	ENSGAGG00000001065	SBNO1	99	86.667	Gopherus_agassizii
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.027	ENSGGOG00000015000	SBNO1	99	87.027	Gorilla_gorilla
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	72.163	ENSHBUG00000011910	sbno1	95	79.245	Haplochromis_burtoni
ENSAMXG00000019473	sbno1	94	87.296	ENSHGLG00000014165	-	99	87.207	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000019473	sbno1	91	87.525	ENSHCOG00000003246	sbno1	95	87.525	Hippocampus_comes
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	92.898	ENSIPUG00000015830	Sbno1	98	92.970	Ictalurus_punctatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.847	ENSSTOG00000023221	SBNO1	99	86.847	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.801	ENSJJAG00000001741	Sbno1	99	83.063	Jaculus_jaculus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	82.148	ENSKMAG00000009696	sbno1	99	81.935	Kryptolebias_marmoratus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.320	ENSLBEG00000007623	sbno1	100	82.390	Labrus_bergylta
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	77.147	ENSLACG00000017227	SBNO1	99	79.291	Latimeria_chalumnae
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	86.467	ENSLOCG00000005725	sbno1	97	86.467	Lepisosteus_oculatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	78.876	ENSLAFG00000002135	SBNO1	99	78.734	Loxodonta_africana
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	83.601	ENSMFAG00000031429	SBNO1	99	83.601	Macaca_fascicularis
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	83.601	ENSMMUG00000011496	SBNO1	99	83.601	Macaca_mulatta
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.847	ENSMLEG00000033260	SBNO1	99	86.847	Mandrillus_leucophaeus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.057	ENSMAMG00000005473	sbno1	100	81.560	Mastacembelus_armatus
ENSAMXG00000019473	sbno1	98	80.291	ENSMGAG00000003274	SBNO1	99	80.032	Meleagris_gallopavo
ENSAMXG00000019473	sbno1	94	84.211	ENSMICG00000006573	-	99	84.144	Microcebus_murinus
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.151	ENSMOCG00000009390	Sbno1	99	86.151	Microtus_ochrogaster
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	77.295	ENSMMOG00000008691	sbno1	99	77.399	Mola_mola
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	78.561	ENSMODG00000012470	SBNO1	98	79.004	Monodelphis_domestica
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.316	ENSMALG00000001056	sbno1	100	81.104	Monopterus_albus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.257	MGP_CAROLIEiJ_G0027749	Sbno1	95	92.105	Mus_caroli
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.342	ENSMUSG00000038095	Sbno1	94	92.105	Mus_musculus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.801	MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	92.105	Mus_pahari
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.413	MGP_SPRETEiJ_G0028747	Sbno1	95	92.105	Mus_spretus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.228	ENSMPUG00000001658	SBNO1	99	79.516	Mustela_putorius_furo
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.433	ENSMLUG00000017159	SBNO1	99	79.048	Myotis_lucifugus
ENSAMXG00000019473	sbno1	92	88.039	ENSNGAG00000012620	Sbno1	98	88.039	Nannospalax_galili
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	78.112	ENSNBRG00000019189	sbno1	100	78.040	Neolamprologus_brichardi
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	76.425	ENSNLEG00000001502	SBNO1	98	82.583	Nomascus_leucogenys
ENSAMXG00000019473	sbno1	62	75.000	ENSMEUG00000008768	-	93	76.543	Notamacropus_eugenii
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	78.521	ENSOPRG00000011054	SBNO1	99	78.394	Ochotona_princeps
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.207	ENSODEG00000009997	SBNO1	99	87.207	Octodon_degus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.219	ENSONIG00000015348	sbno1	100	80.652	Oreochromis_niloticus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	78.505	ENSOCUG00000002441	SBNO1	93	80.132	Oryctolagus_cuniculus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	80.922	ENSORLG00000001593	sbno1	100	80.979	Oryzias_latipes
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.334	ENSORLG00020015216	sbno1	100	81.321	Oryzias_latipes_hni
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.192	ENSORLG00015002726	sbno1	100	81.250	Oryzias_latipes_hsok
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	81.805	ENSOMEG00000019313	sbno1	100	81.721	Oryzias_melastigma
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	79.489	ENSOARG00000004404	SBNO1	99	79.205	Ovis_aries
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.027	ENSPPAG00000024635	SBNO1	99	87.027	Pan_paniscus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.228	ENSPPRG00000022092	SBNO1	99	79.516	Panthera_pardus
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	80.257	ENSPTIG00000017803	SBNO1	99	79.544	Panthera_tigris_altaica
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	87.027	ENSPTRG00000005597	SBNO1	99	87.027	Pan_troglodytes
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.847	ENSPANG00000011640	SBNO1	99	86.847	Papio_anubis
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	85.143	ENSPKIG00000001441	sbno1	100	85.214	Paramormyrops_kingsleyae
ENSAMXG00000019473	sbno1	92	76.040	ENSPSIG00000009256	-	99	75.751	Pelodiscus_sinensis
ENSAMXG00000019473	sbno1	98	79.650	ENSPSIG00000009572	-	99	78.898	Pelodiscus_sinensis
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.331	ENSPEMG00000016087	Sbno1	99	86.331	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	78.577	ENSPCIG00000010985	SBNO1	99	78.947	Phascolarctos_cinereus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.766	ENSPFOG00000005069	sbno1	100	82.199	Poecilia_formosa
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.553	ENSPLAG00000015015	sbno1	100	82.128	Poecilia_latipinna
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.778	ENSPMEG00000021212	sbno1	100	82.211	Poecilia_mexicana
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	82.211	ENSPREG00000017746	sbno1	100	81.644	Poecilia_reticulata
ENSAMXG00000019473	sbno1	99	79.858	ENSPPYG00000005084	SBNO1	99	79.004	Pongo_abelii
ENSAMXG00000019473	sbno1	88	73.505	ENSPCAG00000008634	SBNO1	88	73.453	Procavia_capensis
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.703	ENSPCOG00000024277	SBNO1	99	86.703	Propithecus_coquereli
ENSAMXG00000019473	sbno1	87	87.276	ENSPVAG00000015304	SBNO1	87	87.276	Pteropus_vampyrus
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	80.837	ENSPNYG00000004291	sbno1	100	80.199	Pundamilia_nyererei
ENSAMXG00000019473	sbno1	100	93.477	ENSPNAG00000015622	sbno1	100	93.477	Pygocentrus_nattereri
ENSAMXG00000019473	sbno1	95	86.511	ENSRNOG00000001064	Sbno1	99	86.667	Rattus_norvegicus
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