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Description

Ensembl ID: ENSAMXG00000029274 (Gene tree)
Gene ID: 103031029
Gene Symbol: prpf38a
Alias: fa04h11|fc83e08|wu:fa04h11|wu:fc83e08|zgc:92059
Full Name: pre-mRNA processing factor 38A
Gene Type: protein_coding
Species: Astyanax_mexicanus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 8002 bases
Position: chr13:41343511-41351512
Accession: 103031029
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAMXP00000048714	PRP38	PF03371.15	2.1e-62	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAMXT00000035518	-	5456	XM_007258342	ENSAMXP00000048714	313 (aa)	XP_007258404	UPI000440EDE7

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
amex03040	Spliceosome	KEGG

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSG00000134748	PRPF38A	100	82.428	Homo_sapiens
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	93.610	ENSAPOG00000011652	prpf38a	100	85.304	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSAMEG00000009319	PRPF38A	100	82.428	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAMXG00000029274	prpf38a	72	91.593	ENSACIG00000012292	prpf38a	74	91.593	Amphilophus_citrinellus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	93.610	ENSAOCG00000018004	prpf38a	100	85.304	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	93.610	ENSAPEG00000021414	prpf38a	100	85.304	Amphiprion_percula
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	92.760	ENSATEG00000004608	prpf38a	100	83.706	Anabas_testudineus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	79	77.823	ENSAPLG00000005827	PRPF38A	99	77.823	Anas_platyrhynchos
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	80.511	ENSACAG00000008249	PRPF38A	100	80.511	Anolis_carolinensis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSANAG00000027839	PRPF38A	100	82.428	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	55.521	ENSANAG00000029204	-	100	55.836	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	93.665	ENSACLG00000021595	prpf38a	100	84.345	Astatotilapia_calliptera
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSBTAG00000002720	PRPF38A	100	82.428	Bos_taurus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	62	62.564	WBGene00008380	prp-38	68	59.361	Caenorhabditis_elegans
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCJAG00000021594	PRPF38A	100	82.428	Callithrix_jacchus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCAFG00000003740	PRPF38A	100	82.428	Canis_familiaris
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCAFG00020010939	PRPF38A	100	82.428	Canis_lupus_dingo
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCHIG00000024730	PRPF38A	100	82.428	Capra_hircus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	86	78.889	ENSTSYG00000031994	-	95	78.889	Carlito_syrichta
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSTSYG00000009868	-	100	82.428	Carlito_syrichta
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCPOG00000005079	PRPF38A	100	82.428	Cavia_porcellus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	81.470	ENSCCAG00000026502	PRPF38A	100	81.470	Cebus_capucinus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCATG00000032296	PRPF38A	100	82.428	Cercocebus_atys
ENSAMXG00000029274	prpf38a	93	53.242	ENSCATG00000044190	-	57	55.319	Cercocebus_atys
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCLAG00000005816	PRPF38A	100	82.428	Chinchilla_lanigera
ENSAMXG00000029274	prpf38a	78	95.833	ENSCHOG00000008388	PRPF38A	77	95.833	Choloepus_hoffmanni
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	81.150	ENSCPBG00000014791	PRPF38A	100	81.150	Chrysemys_picta_bellii
ENSAMXG00000029274	prpf38a	74	70.130	ENSCSAVG00000009580	-	71	72.350	Ciona_savignyi
ENSAMXG00000029274	prpf38a	74	87.879	ENSCANG00000032608	PRPF38A	74	88.688	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	74	74.459	ENSCGRG00001002557	-	74	75.566	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCGRG00001018502	-	100	82.428	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSCGRG00000014868	Prpf38a	100	82.428	Cricetulus_griseus_crigri
ENSAMXG00000029274	prpf38a	72	91.150	ENSCSEG00000001269	prpf38a	77	91.150	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	94.570	ENSCVAG00000012305	prpf38a	100	84.665	Cyprinodon_variegatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	95.527	ENSDARG00000039213	prpf38a	100	95.527	Danio_rerio
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSDNOG00000042326	PRPF38A	100	82.428	Dasypus_novemcinctus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	92	70.690	ENSDORG00000023691	-	76	80.455	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000029274	prpf38a	92	70.690	ENSDORG00000025371	-	76	80.455	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	70.607	ENSDORG00000023857	-	100	97.917	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000029274	prpf38a	67	70.616	FBgn0050342	Prp38	57	75.000	Drosophila_melanogaster
ENSAMXG00000029274	prpf38a	76	82.008	ENSEBUG00000012588	prpf38a	71	81.614	Eptatretus_burgeri
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSEASG00005014427	PRPF38A	100	82.428	Equus_asinus_asinus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSECAG00000022628	PRPF38A	100	82.428	Equus_caballus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	95.023	ENSELUG00000021094	prpf38a	100	84.984	Esox_lucius
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSFCAG00000002518	PRPF38A	100	82.428	Felis_catus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	87	79.044	ENSFALG00000005598	-	100	79.044	Ficedula_albicollis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	99	72.930	ENSFALG00000003612	-	73	81.818	Ficedula_albicollis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.109	ENSFDAG00000011287	PRPF38A	100	82.109	Fukomys_damarensis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	90	81.625	ENSFHEG00000014317	prpf38a	75	93.665	Fundulus_heteroclitus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	53	96.988	ENSGMOG00000011384	prpf38a	54	96.988	Gadus_morhua
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.109	ENSGALG00000010627	PRPF38A	100	82.109	Gallus_gallus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	93.665	ENSGAFG00000012422	prpf38a	100	83.706	Gambusia_affinis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	91.480	ENSGACG00000005423	prpf38a	100	82.540	Gasterosteus_aculeatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	81.470	ENSGAGG00000020547	PRPF38A	100	81.470	Gopherus_agassizii
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSGGOG00000003940	PRPF38A	100	82.428	Gorilla_gorilla
ENSAMXG00000029274	prpf38a	60	95.238	ENSHBUG00000020572	prpf38a	80	95.213	Haplochromis_burtoni
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	71.746	ENSHGLG00000007918	-	71	76.471	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSHGLG00000000475	PRPF38A	100	82.428	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	71.746	ENSHGLG00100003928	-	71	76.471	Heterocephalus_glaber_male
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSHGLG00100008935	PRPF38A	100	82.428	Heterocephalus_glaber_male
ENSAMXG00000029274	prpf38a	58	92.308	ENSHCOG00000020781	prpf38a	59	92.553	Hippocampus_comes
ENSAMXG00000029274	prpf38a	90	83.039	ENSIPUG00000005757	prpf38a	100	94.212	Ictalurus_punctatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSSTOG00000015610	PRPF38A	100	82.428	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	81.789	ENSJJAG00000015811	Prpf38a	100	81.789	Jaculus_jaculus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	94.570	ENSKMAG00000006588	prpf38a	100	84.665	Kryptolebias_marmoratus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	85.304	ENSLBEG00000020585	prpf38a	100	83.387	Labrus_bergylta
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	83.387	ENSLACG00000011495	PRPF38A	100	83.387	Latimeria_chalumnae
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	84.713	ENSLOCG00000006262	prpf38a	100	83.121	Lepisosteus_oculatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSLAFG00000025862	PRPF38A	100	82.428	Loxodonta_africana
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSMFAG00000039449	PRPF38A	100	82.428	Macaca_fascicularis
ENSAMXG00000029274	prpf38a	87	79.779	ENSMMUG00000014333	PRPF38A	98	79.487	Macaca_mulatta
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSMNEG00000031221	PRPF38A	100	82.428	Macaca_nemestrina
ENSAMXG00000029274	prpf38a	93	52.901	ENSMNEG00000040242	-	65	57.971	Macaca_nemestrina
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSMLEG00000041105	PRPF38A	100	82.428	Mandrillus_leucophaeus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	94.570	ENSMAMG00000015431	prpf38a	100	85.304	Mastacembelus_armatus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	93.665	ENSMZEG00005017838	prpf38a	100	84.345	Maylandia_zebra
ENSAMXG00000029274	prpf38a	74	87.446	ENSMGAG00000011176	PRPF38A	74	88.235	Meleagris_gallopavo
ENSAMXG00000029274	prpf38a	85	82.090	ENSMAUG00000018029	-	84	84.163	Mesocricetus_auratus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSMICG00000014193	PRPF38A	100	82.428	Microcebus_murinus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSMOCG00000013080	Prpf38a	100	82.428	Microtus_ochrogaster
ENSAMXG00000029274	prpf38a	81	89.804	ENSMMOG00000016972	prpf38a	78	95.475	Mola_mola
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	79.936	ENSMODG00000000644	PRPF38A	100	79.936	Monodelphis_domestica
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	94.570	ENSMALG00000019363	prpf38a	97	84.984	Monopterus_albus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.109	MGP_CAROLIEiJ_G0026269	Prpf38a	100	82.109	Mus_caroli
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.109	ENSMUSG00000063800	Prpf38a	100	82.109	Mus_musculus
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ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	MGP_SPRETEiJ_G0027238	Prpf38a	93	91.489	Mus_spretus
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ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.748	ENSNGAG00000011884	Prpf38a	100	82.428	Nannospalax_galili
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ENSAMXG00000029274	prpf38a	93	53.925	ENSNLEG00000033398	-	94	53.035	Nomascus_leucogenys
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	79.233	ENSMEUG00000003860	PRPF38A	100	79.233	Notamacropus_eugenii
ENSAMXG00000029274	prpf38a	73	88.158	ENSOPRG00000008985	PRPF38A	92	88.688	Ochotona_princeps
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	82.428	ENSODEG00000005869	PRPF38A	100	82.428	Octodon_degus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	71	93.213	ENSONIG00000007816	prpf38a	100	84.026	Oreochromis_niloticus
ENSAMXG00000029274	prpf38a	100	50.794	ENSOANG00000009541	-	100	50.794	Ornithorhynchus_anatinus
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ENSAMXG00000029274	prpf38a	99	86.218	ENSORLG00015021393	prpf38a	99	84.295	Oryzias_latipes_hsok
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