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Description

Ensembl ID: ENSAMXG00000038960 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: msi1
Alias: fb40b12|wu:fb40b12|zgc:103751
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Astyanax_mexicanus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 32151 bases
Position: chr6:28826850-28859000
Accession: 103025583
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAMXP00000028761	RRM_1	PF00076.22	6.2e-29	1	2
ENSAMXP00000028761	RRM_1	PF00076.22	6.2e-29	2	2
ENSAMXP00000040630	RRM_1	PF00076.22	6.3e-29	1	2
ENSAMXP00000040630	RRM_1	PF00076.22	6.3e-29	2	2
ENSAMXP00000045857	RRM_1	PF00076.22	7.2e-29	1	2
ENSAMXP00000045857	RRM_1	PF00076.22	7.2e-29	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAMXT00000050880	-	4262	XM_007247123	ENSAMXP00000045857	421 (aa)	XP_007247185	-
ENSAMXT00000057025	-	4205	XM_007247124	ENSAMXP00000028761	402 (aa)	XP_007247186	-
ENSAMXT00000046316	-	4199	-	ENSAMXP00000040630	400 (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSAMXG00000038960	msi1	75	76.689	ENSAMXG00000010474	msi2b	97	76.000
ENSAMXG00000038960	msi1	75	76.159	ENSAMXG00000032796	msi2a	94	75.828

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSG00000135097	MSI1	99	85.776	Homo_sapiens
ENSAMXG00000038960	msi1	76	94.357	ENSAPOG00000023458	-	94	94.357	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.655	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	89.655	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	88.372	ENSAMEG00000013302	MSI1	87	88.372	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAMXG00000038960	msi1	71	90.493	ENSACIG00000017754	-	78	88.177	Amphilophus_citrinellus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	87.748	ENSAOCG00000009031	-	95	87.748	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.655	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	89.655	Amphiprion_ocellaris
ENSAMXG00000038960	msi1	76	94.357	ENSAPEG00000006857	-	77	94.357	Amphiprion_percula
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.655	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	89.655	Amphiprion_percula
ENSAMXG00000038960	msi1	76	82.769	ENSATEG00000023779	-	92	82.769	Anabas_testudineus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	94.322	ENSATEG00000017059	MSI1	95	94.304	Anabas_testudineus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.242	ENSACAG00000002762	MSI1	99	84.242	Anolis_carolinensis
ENSAMXG00000038960	msi1	61	84.047	ENSANAG00000027901	-	82	84.047	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000038960	msi1	81	79.603	ENSANAG00000027151	MSI1	94	83.735	Aotus_nancymaae
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSACLG00000000117	-	100	93.730	Astatotilapia_calliptera
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.969	ENSACLG00000011230	MSI1	94	89.969	Astatotilapia_calliptera
ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	84.984	Bos_taurus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	ENSCJAG00000008578	MSI1	94	83.735	Callithrix_jacchus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.434	ENSCAFG00000010283	MSI1	94	83.434	Canis_familiaris
ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.887	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	84.887	Canis_lupus_dingo
ENSAMXG00000038960	msi1	76	81.306	ENSCHIG00000024304	MSI1	98	79.403	Capra_hircus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.792	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	83.792	Carlito_syrichta
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.883	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	83.883	Cavia_aperea
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	83.735	Cavia_porcellus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSCCAG00000035567	MSI1	94	83.735	Cebus_capucinus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSCATG00000030019	MSI1	94	83.735	Cercocebus_atys
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.735	Chinchilla_lanigera
ENSAMXG00000038960	msi1	59	86.441	ENSCSAG00000002265	MSI1	85	86.441	Chlorocebus_sabaeus
ENSAMXG00000038960	msi1	79	84.591	ENSCPBG00000011349	MSI1	94	86.916	Chrysemys_picta_bellii
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.841	ENSCANG00000040651	MSI1	100	83.841	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSCGRG00001018883	Msi1	94	83.735	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.891	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	83.891	Cricetulus_griseus_crigri
ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.163	ENSCSEG00000008352	-	94	92.163	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.342	ENSCSEG00000005834	-	96	87.442	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000038960	msi1	75	88.333	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.333	Cynoglossus_semilaevis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.103	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	93.103	Cyprinodon_variegatus
ENSAMXG00000038960	msi1	63	72.018	ENSCVAG00000017463	-	89	72.018	Cyprinodon_variegatus
ENSAMXG00000038960	msi1	66	88.426	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	91	88.426	Danio_rerio
ENSAMXG00000038960	msi1	75	96.622	ENSDARG00000010710	msi1	100	97.664	Danio_rerio
ENSAMXG00000038960	msi1	79	78.979	ENSDNOG00000005713	MSI1	96	78.979	Dasypus_novemcinctus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	83.891	ENSDORG00000005610	Msi1	98	80.925	Dipodomys_ordii
ENSAMXG00000038960	msi1	76	80.488	ENSETEG00000004756	MSI1	100	80.488	Echinops_telfairi
ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	ENSEASG00005004736	MSI1	94	84.984	Equus_asinus_asinus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	ENSECAG00000017526	MSI1	94	83.735	Equus_caballus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.013	ENSELUG00000023280	-	100	84.026	Esox_lucius
ENSAMXG00000038960	msi1	76	86.136	ENSELUG00000023219	MSI1	92	86.136	Esox_lucius
ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	ENSFCAG00000011007	MSI1	94	83.735	Felis_catus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.000	ENSFALG00000007574	MSI1	100	88.000	Ficedula_albicollis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.537	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	83.537	Fukomys_damarensis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.417	ENSFHEG00000022446	MSI1	94	93.417	Fundulus_heteroclitus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.655	ENSFHEG00000003560	-	96	88.667	Fundulus_heteroclitus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	90.596	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	90.282	Gadus_morhua
ENSAMXG00000038960	msi1	76	79.012	ENSGMOG00000017838	-	91	79.012	Gadus_morhua
ENSAMXG00000038960	msi1	76	87.405	ENSGALG00000007227	MSI1	96	74.561	Gallus_gallus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.401	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	88.401	Gambusia_affinis
ENSAMXG00000038960	msi1	77	74.277	ENSGAFG00000005860	-	93	74.277	Gambusia_affinis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.790	ENSGACG00000012679	MSI1	94	92.790	Gasterosteus_aculeatus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	80.363	ENSGACG00000008674	-	94	80.363	Gasterosteus_aculeatus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	88.411	ENSGAGG00000016037	MSI1	94	88.411	Gopherus_agassizii
ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.665	ENSGGOG00000010328	MSI1	99	84.665	Gorilla_gorilla
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSHBUG00000011841	-	94	93.730	Haplochromis_burtoni
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.969	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	89.969	Haplochromis_burtoni
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.434	ENSHGLG00000012782	MSI1	94	83.434	Heterocephalus_glaber_female
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.537	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	83.537	Heterocephalus_glaber_male
ENSAMXG00000038960	msi1	75	88.333	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	88.333	Hippocampus_comes
ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.114	ENSHCOG00000012067	-	90	92.114	Hippocampus_comes
ENSAMXG00000038960	msi1	76	99.060	ENSIPUG00000001976	msi1	99	98.667	Ictalurus_punctatus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.887	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	84.887	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	73.397	ENSJJAG00000010643	-	94	73.397	Jaculus_jaculus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSJJAG00000010463	Msi1	98	81.346	Jaculus_jaculus
ENSAMXG00000038960	msi1	75	89.000	ENSKMAG00000019877	-	100	89.000	Kryptolebias_marmoratus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.163	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	92.163	Kryptolebias_marmoratus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.417	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	93.417	Labrus_bergylta
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.655	ENSLBEG00000001375	-	94	89.655	Labrus_bergylta
ENSAMXG00000038960	msi1	76	82.282	ENSLACG00000018287	MSI1	100	81.928	Latimeria_chalumnae
ENSAMXG00000038960	msi1	75	74.622	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	75.410	Loxodonta_africana
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	83.735	Macaca_fascicularis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSMMUG00000031527	MSI1	96	83.735	Macaca_mulatta
ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	ENSMNEG00000040034	MSI1	94	84.984	Macaca_nemestrina
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.841	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	83.841	Mandrillus_leucophaeus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.790	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	92.790	Mastacembelus_armatus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.028	ENSMAMG00000018426	-	95	88.667	Mastacembelus_armatus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSMZEG00005000340	-	94	93.730	Maylandia_zebra
ENSAMXG00000038960	msi1	76	89.969	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	89.969	Maylandia_zebra
ENSAMXG00000038960	msi1	53	91.716	ENSMGAG00000016518	-	100	91.716	Meleagris_gallopavo
ENSAMXG00000038960	msi1	58	87.124	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	87.124	Mesocricetus_auratus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	ENSMICG00000033181	MSI1	94	83.735	Microcebus_murinus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.434	ENSMOCG00000002286	Msi1	94	83.434	Microtus_ochrogaster
ENSAMXG00000038960	msi1	75	87.248	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	87.248	Mola_mola
ENSAMXG00000038960	msi1	75	89.562	ENSMMOG00000012265	-	96	89.562	Mola_mola
ENSAMXG00000038960	msi1	75	57.530	ENSMODG00000003189	-	100	57.530	Monodelphis_domestica
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.715	ENSMALG00000001426	-	100	88.715	Monopterus_albus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSMALG00000017889	MSI1	94	93.730	Monopterus_albus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.133	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	87.072	Mus_caroli
ENSAMXG00000038960	msi1	76	85.981	ENSMUSG00000054256	Msi1	98	87.072	Mus_musculus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	85.670	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	98	86.692	Mus_pahari
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.133	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	87.072	Mus_spretus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.887	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	84.887	Mustela_putorius_furo
ENSAMXG00000038960	msi1	75	74.702	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	74.702	Myotis_lucifugus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.891	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	83.891	Nannospalax_galili
ENSAMXG00000038960	msi1	67	88.073	ENSNBRG00000018012	MSI1	99	81.148	Neolamprologus_brichardi
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSNBRG00000000841	-	94	93.730	Neolamprologus_brichardi
ENSAMXG00000038960	msi1	75	74.390	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	74.390	Nomascus_leucogenys
ENSAMXG00000038960	msi1	76	64.329	ENSMEUG00000015759	MSI1	100	64.329	Notamacropus_eugenii
ENSAMXG00000038960	msi1	73	76.508	ENSOPRG00000016879	MSI1	100	76.508	Ochotona_princeps
ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.841	ENSODEG00000006328	MSI1	100	83.841	Octodon_degus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	86.747	ENSONIG00000019452	-	94	86.747	Oreochromis_niloticus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSONIG00000011182	MSI1	94	93.730	Oreochromis_niloticus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	85.209	ENSOCUG00000027716	MSI1	100	85.209	Oryctolagus_cuniculus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSORLG00000019978	-	94	93.730	Oryzias_latipes
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.401	ENSORLG00000029593	MSI1	94	88.401	Oryzias_latipes
ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	ENSORLG00020001208	-	65	93.730	Oryzias_latipes_hni
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.401	ENSORLG00020008266	MSI1	99	88.333	Oryzias_latipes_hni
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ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.401	ENSORLG00015003916	MSI1	99	88.333	Oryzias_latipes_hsok
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.715	ENSOMEG00000002272	-	97	88.715	Oryzias_melastigma
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ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.401	ENSPMEG00000007025	-	93	82.838	Poecilia_mexicana
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ENSAMXG00000038960	msi1	76	98.746	ENSPNAG00000019337	msi1	94	98.746	Pygocentrus_nattereri
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ENSAMXG00000038960	msi1	76	94.044	ENSSLDG00000016832	MSI1	94	94.044	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSAMXG00000038960	msi1	76	86.293	ENSSPUG00000015741	MSI1	100	86.293	Sphenodon_punctatus
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ENSAMXG00000038960	msi1	76	84.566	ENSSSCG00000029365	MSI1	100	84.566	Sus_scrofa
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ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.820	ENSTNIG00000011469	MSI1	94	89.677	Tetraodon_nigroviridis
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ENSAMXG00000038960	msi1	75	75.333	ENSXCOG00000017605	MSI1	89	75.333	Xiphophorus_couchianus
ENSAMXG00000038960	msi1	76	88.715	ENSXMAG00000018237	-	94	88.715	Xiphophorus_maculatus
ENSAMXG00000038960	msi1	82	86.592	ENSXMAG00000027103	MSI1	98	83.792	Xiphophorus_maculatus