EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSAPLG00000004322 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: SMNDC1
Alias: -
Full Name: survival motor neuron domain containing 1
Gene Type: protein_coding
Species: Anas_platyrhynchos
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 4654 bases
Position: chrKB742714.1:2348182-2352835
Accession: 101791521
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAPLP00000003829	TUDOR	PF00567.24	0.00014	1	1
ENSAPLP00000003829	SMN	PF06003.12	8.4e-18	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAPLT00000004436	SMNDC1-201	961	XM_005014487	ENSAPLP00000003829	198 (aa)	-	R0LHG1

Gene Model

Click here to download ENSAPLG00000004322's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
apla03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSAPLG00000004322's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSG00000119953	SMNDC1	83	95.960	Homo_sapiens
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSAPOG00000021772	smndc1	83	75.758	Acanthochromis_polyacanthus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSAMEG00000005251	SMNDC1	83	96.465	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.273	ENSACIG00000004819	smndc1	83	77.273	Amphilophus_citrinellus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSAOCG00000017869	smndc1	83	75.758	Amphiprion_ocellaris
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSAPEG00000007752	smndc1	83	75.758	Amphiprion_percula
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.263	ENSATEG00000006830	smndc1	83	76.263	Anabas_testudineus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSACAG00000005983	SMNDC1	83	95.960	Anolis_carolinensis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSANAG00000032875	SMNDC1	83	96.465	Aotus_nancymaae
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSACLG00000016360	smndc1	83	76.768	Astatotilapia_calliptera
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.263	ENSAMXG00000020310	smndc1	83	76.263	Astyanax_mexicanus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSBTAG00000000551	SMNDC1	83	95.960	Bos_taurus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCJAG00000018624	SMNDC1	83	96.465	Callithrix_jacchus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCAFG00000010720	SMNDC1	83	96.465	Canis_familiaris
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCAFG00020011913	SMNDC1	83	96.465	Canis_lupus_dingo
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSCHIG00000010604	SMNDC1	99	95.960	Capra_hircus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.970	ENSTSYG00000026454	SMNDC1	83	96.970	Carlito_syrichta
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	81	94.410	ENSCAPG00000009132	SMNDC1	80	94.410	Cavia_aperea
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSCPOG00000031666	SMNDC1	83	95.455	Cavia_porcellus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCCAG00000021793	SMNDC1	83	96.465	Cebus_capucinus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSCATG00000035910	SMNDC1	83	95.960	Cercocebus_atys
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSCLAG00000002838	SMNDC1	83	95.455	Chinchilla_lanigera
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCSAG00000005169	SMNDC1	83	96.465	Chlorocebus_sabaeus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	77	94.771	ENSCHOG00000002936	SMNDC1	79	94.771	Choloepus_hoffmanni
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	97.980	ENSCPBG00000012837	SMNDC1	83	97.980	Chrysemys_picta_bellii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	73.232	ENSCANG00000036994	-	80	73.232	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	86.869	ENSCANG00000034620	-	82	86.869	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCANG00000031720	-	83	96.465	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCGRG00001012973	Smndc1	83	96.465	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSCGRG00000012396	Smndc1	83	96.465	Cricetulus_griseus_crigri
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSCSEG00000015621	smndc1	83	76.768	Cynoglossus_semilaevis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.778	ENSCVAG00000020432	smndc1	83	77.778	Cyprinodon_variegatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	79.798	ENSDARG00000056235	smndc1	83	79.798	Danio_rerio
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSDNOG00000016387	SMNDC1	69	96.465	Dasypus_novemcinctus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSDORG00000023715	Smndc1	83	96.465	Dipodomys_ordii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	96	40.845	FBgn0039977	CG17454	88	40.376	Drosophila_melanogaster
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	72.637	ENSEBUG00000010929	smndc1	83	72.139	Eptatretus_burgeri
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSEASG00005014930	SMNDC1	83	96.465	Equus_asinus_asinus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSECAG00000029973	SMNDC1	83	96.465	Equus_caballus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	68.182	ENSEEUG00000013407	-	100	68.182	Erinaceus_europaeus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.273	ENSELUG00000000227	smndc1	83	77.273	Esox_lucius
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSFCAG00000027353	SMNDC1	83	96.465	Felis_catus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	100.000	ENSFALG00000002306	SMNDC1	83	100.000	Ficedula_albicollis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	94.949	ENSFDAG00000006468	SMNDC1	83	94.949	Fukomys_damarensis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSFHEG00000020150	smndc1	83	75.758	Fundulus_heteroclitus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSGMOG00000016585	smndc1	83	75.758	Gadus_morhua
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	100.000	ENSGALG00000008561	SMNDC1	83	100.000	Gallus_gallus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSGAFG00000011582	smndc1	83	75.758	Gambusia_affinis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSGACG00000009468	smndc1	83	75.758	Gasterosteus_aculeatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	97.980	ENSGAGG00000024547	SMNDC1	83	97.980	Gopherus_agassizii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSGGOG00000010071	SMNDC1	99	96.465	Gorilla_gorilla
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSHBUG00000017596	smndc1	83	76.768	Haplochromis_burtoni
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	99	62.437	ENSHGLG00000001157	-	77	56.784	Heterocephalus_glaber_female
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	94.949	ENSHGLG00000013390	-	83	94.949	Heterocephalus_glaber_female
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	94.949	ENSHGLG00100004814	-	83	94.949	Heterocephalus_glaber_male
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	99	73.096	ENSHGLG00100004278	-	79	71.212	Heterocephalus_glaber_male
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	73.367	ENSHCOG00000000783	smndc1	83	73.367	Hippocampus_comes
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	78.788	ENSIPUG00000004217	smndc1	83	78.788	Ictalurus_punctatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.970	ENSSTOG00000006088	SMNDC1	83	96.970	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSJJAG00000019974	Smndc1	83	95.960	Jaculus_jaculus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.253	ENSKMAG00000020134	smndc1	83	75.253	Kryptolebias_marmoratus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	74.242	ENSLBEG00000004598	smndc1	83	74.242	Labrus_bergylta
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	83.333	ENSLACG00000007784	SMNDC1	83	83.333	Latimeria_chalumnae
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	84.343	ENSLOCG00000012355	smndc1	83	84.343	Lepisosteus_oculatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSLAFG00000014353	SMNDC1	83	95.960	Loxodonta_africana
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSMFAG00000002433	-	83	96.465	Macaca_fascicularis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	90	88.202	ENSMFAG00000038381	-	80	89.412	Macaca_fascicularis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	90	88.202	ENSMMUG00000045875	-	80	89.412	Macaca_mulatta
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSMMUG00000007775	SMNDC1	83	96.465	Macaca_mulatta
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	83.333	ENSMNEG00000033853	-	82	83.333	Macaca_nemestrina
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSMNEG00000042963	-	83	96.465	Macaca_nemestrina
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	89.394	ENSMLEG00000040236	SMNDC1	82	88.889	Mandrillus_leucophaeus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	87	71.676	ENSMAMG00000018233	smndc1	71	71.676	Mastacembelus_armatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSMZEG00005027510	smndc1	83	76.768	Maylandia_zebra
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	99.495	ENSMGAG00000010777	SMNDC1	84	99.495	Meleagris_gallopavo
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSMAUG00000012243	-	83	96.465	Mesocricetus_auratus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	99	75.635	ENSMAUG00000005459	-	77	75.635	Mesocricetus_auratus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	82.828	ENSMICG00000031640	-	82	82.828	Microcebus_murinus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSMICG00000027336	-	99	95.455	Microcebus_murinus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSMOCG00000002458	Smndc1	83	95.960	Microtus_ochrogaster
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSMMOG00000008856	smndc1	83	75.758	Mola_mola
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSMODG00000010542	SMNDC1	83	96.465	Monodelphis_domestica
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSMALG00000017598	smndc1	83	75.758	Monopterus_albus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	94.949	MGP_CAROLIEiJ_G0023072	Smndc1	83	94.949	Mus_caroli
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSMUSG00000025024	Smndc1	83	95.455	Mus_musculus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	MGP_PahariEiJ_G0014560	Smndc1	83	95.960	Mus_pahari
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	MGP_SPRETEiJ_G0023993	Smndc1	83	95.455	Mus_spretus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSMPUG00000002089	SMNDC1	83	96.465	Mustela_putorius_furo
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSMLUG00000016007	SMNDC1	83	95.960	Myotis_lucifugus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSNGAG00000006833	Smndc1	83	96.465	Nannospalax_galili
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.273	ENSNBRG00000017089	smndc1	83	77.273	Neolamprologus_brichardi
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSNLEG00000015471	SMNDC1	83	96.465	Nomascus_leucogenys
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	99	56.500	ENSMEUG00000010120	-	100	56.219	Notamacropus_eugenii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSOPRG00000015348	SMNDC1	83	95.455	Ochotona_princeps
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	70.202	ENSODEG00000007594	-	87	66.667	Octodon_degus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.273	ENSONIG00000000434	smndc1	83	77.273	Oreochromis_niloticus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.970	ENSOANG00000001598	SMNDC1	83	96.970	Ornithorhynchus_anatinus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	70.707	ENSOCUG00000012274	-	82	73.737	Oryctolagus_cuniculus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSOCUG00000008145	-	83	95.455	Oryctolagus_cuniculus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSORLG00000005934	smndc1	79	75.758	Oryzias_latipes
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSORLG00020008796	smndc1	79	75.758	Oryzias_latipes_hni
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSORLG00015013666	smndc1	83	75.758	Oryzias_latipes_hsok
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.778	ENSOMEG00000007590	smndc1	83	77.778	Oryzias_melastigma
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSOGAG00000000571	SMNDC1	83	95.960	Otolemur_garnettii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSOARG00000009500	SMNDC1	83	95.960	Ovis_aries
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPPAG00000027815	SMNDC1	99	96.465	Pan_paniscus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPPRG00000013749	SMNDC1	83	96.465	Panthera_pardus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPTIG00000011451	SMNDC1	83	96.465	Panthera_tigris_altaica
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPTRG00000002937	SMNDC1	99	96.465	Pan_troglodytes
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPANG00000020805	-	83	96.465	Papio_anubis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	89.394	ENSPANG00000031346	-	83	89.394	Papio_anubis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	80.808	ENSPKIG00000017164	smndc1	83	80.808	Paramormyrops_kingsleyae
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	97.475	ENSPSIG00000012257	SMNDC1	83	97.475	Pelodiscus_sinensis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	73.737	ENSPMGG00000015651	smndc1	83	73.232	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPEMG00000022058	Smndc1	83	96.465	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	68.137	ENSPMAG00000007705	smndc1	83	67.157	Petromyzon_marinus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	83	69.091	ENSPCIG00000009693	-	81	69.091	Phascolarctos_cinereus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPCIG00000018419	SMNDC1	83	96.465	Phascolarctos_cinereus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.263	ENSPFOG00000017113	smndc1	83	76.263	Poecilia_formosa
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSPLAG00000010372	smndc1	83	75.758	Poecilia_latipinna
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSPMEG00000012288	smndc1	83	76.768	Poecilia_mexicana
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSPREG00000012279	smndc1	83	75.758	Poecilia_reticulata
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSPPYG00000002643	SMNDC1	83	96.465	Pongo_abelii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	77	94.118	ENSPCAG00000016183	SMNDC1	79	94.118	Procavia_capensis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSPCOG00000024343	SMNDC1	83	95.960	Propithecus_coquereli
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	68.687	ENSPVAG00000004368	SMNDC1	83	68.687	Pteropus_vampyrus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSPNYG00000024093	smndc1	86	76.768	Pundamilia_nyererei
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.273	ENSPNAG00000025285	smndc1	83	77.273	Pygocentrus_nattereri
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	94.949	ENSRNOG00000014833	Smndc1	83	94.949	Rattus_norvegicus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSRBIG00000000224	-	83	95.960	Rhinopithecus_bieti
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.778	ENSRBIG00000032452	-	81	77.778	Rhinopithecus_bieti
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	78.283	ENSRROG00000039125	-	81	78.283	Rhinopithecus_roxellana
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSRROG00000044992	-	83	96.465	Rhinopithecus_roxellana
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSSBOG00000026789	SMNDC1	99	96.465	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSSHAG00000015189	SMNDC1	99	96.465	Sarcophilus_harrisii
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	79.798	ENSSFOG00015008311	smndc1	83	79.798	Scleropages_formosus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	76.768	ENSSMAG00000020118	smndc1	83	76.768	Scophthalmus_maximus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.778	ENSSDUG00000015330	smndc1	83	77.778	Seriola_dumerili
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	77.778	ENSSLDG00000017325	smndc1	83	77.778	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.455	ENSSARG00000006063	SMNDC1	83	95.455	Sorex_araneus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	97.475	ENSSPUG00000004574	SMNDC1	83	97.475	Sphenodon_punctatus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	74.747	ENSSPAG00000000338	smndc1	83	74.747	Stegastes_partitus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSSSCG00000030507	SMNDC1	99	95.960	Sus_scrofa
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	100.000	ENSTGUG00000010599	SMNDC1	83	100.000	Taeniopygia_guttata
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	73.737	ENSTRUG00000023281	smndc1	83	73.737	Takifugu_rubripes
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	73.737	ENSTNIG00000013331	smndc1	83	73.737	Tetraodon_nigroviridis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	95.960	ENSTBEG00000014337	SMNDC1	83	95.960	Tupaia_belangeri
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSUAMG00000008142	SMNDC1	99	96.465	Ursus_americanus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSUMAG00000023722	SMNDC1	83	96.465	Ursus_maritimus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.970	ENSVPAG00000003402	SMNDC1	100	96.970	Vicugna_pacos
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	96.465	ENSVVUG00000007820	SMNDC1	83	96.465	Vulpes_vulpes
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	52	78.431	ENSXETG00000015415	SMNDC1	72	78.431	Xenopus_tropicalis
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.758	ENSXCOG00000009159	smndc1	83	75.758	Xiphophorus_couchianus
ENSAPLG00000004322	SMNDC1	100	75.253	ENSXMAG00000012755	smndc1	83	75.253	Xiphophorus_maculatus