EuRBPDB

Description

RBDs

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Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSAPOG00000020308 (Gene tree)
Gene ID: 110947876
Gene Symbol: urb1
Alias: mp:zf637-1-000544|zf637-1-000544
Full Name: URB1 ribosome biogenesis homolog
Gene Type: protein_coding
Species: Acanthochromis_polyacanthus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 12753 bases
Position: chrMVNR01000059.1:602213-614965
Accession: 110947876
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSAPOP00000016553	Npa1	PF11707.8	1.5e-83	1	1
ENSAPOP00000032040	Npa1	PF11707.8	1.5e-83	1	1
ENSAPOP00000032024	Npa1	PF11707.8	2e-56	1	2
ENSAPOP00000032024	Npa1	PF11707.8	2e-56	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSAPOT00000025570	-	6486	-	ENSAPOP00000016553	2161 (aa)	-	-
ENSAPOT00000033695	-	6393	-	ENSAPOP00000032024	2130 (aa)	-	-
ENSAPOT00000025587	-	6555	XM_022189191	ENSAPOP00000032040	2184 (aa)	XP_022044883	-

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.285	ENSG00000142207	URB1	99	42.870	Homo_sapiens
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.000	ENSAMEG00000011998	URB1	96	48.196	Ailuropoda_melanoleuca
ENSAPOG00000020308	urb1	97	70.860	ENSACIG00000003248	urb1	99	71.092	Amphilophus_citrinellus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	83.431	ENSAOCG00000010364	urb1	100	83.431	Amphiprion_ocellaris
ENSAPOG00000020308	urb1	100	83.979	ENSAPEG00000010758	urb1	100	83.979	Amphiprion_percula
ENSAPOG00000020308	urb1	99	75.588	ENSATEG00000011790	urb1	100	73.805	Anabas_testudineus
ENSAPOG00000020308	urb1	96	50.599	ENSAPLG00000012791	URB1	97	50.916	Anas_platyrhynchos
ENSAPOG00000020308	urb1	99	51.031	ENSACAG00000002817	URB1	99	43.918	Anolis_carolinensis
ENSAPOG00000020308	urb1	99	48.632	ENSANAG00000024617	URB1	97	48.185	Aotus_nancymaae
ENSAPOG00000020308	urb1	99	76.659	ENSACLG00000024865	urb1	100	74.580	Astatotilapia_calliptera
ENSAPOG00000020308	urb1	99	48.339	ENSAMXG00000012306	urb1	99	48.073	Astyanax_mexicanus
ENSAPOG00000020308	urb1	98	47.589	ENSBTAG00000012412	URB1	99	41.934	Bos_taurus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.352	ENSCJAG00000009118	URB1	99	43.137	Callithrix_jacchus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.336	ENSCAFG00000008892	URB1	99	42.293	Canis_familiaris
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.142	ENSCAFG00020025987	-	99	42.098	Canis_lupus_dingo
ENSAPOG00000020308	urb1	99	41.798	ENSCAFG00020025994	-	99	41.754	Canis_lupus_dingo
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.455	ENSCHIG00000015645	URB1	99	42.367	Capra_hircus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	42.472	ENSTSYG00000013286	URB1	99	42.385	Carlito_syrichta
ENSAPOG00000020308	urb1	97	47.059	ENSCAPG00000015589	URB1	95	46.898	Cavia_aperea
ENSAPOG00000020308	urb1	99	48.340	ENSCPOG00000006748	URB1	96	48.185	Cavia_porcellus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.758	ENSCCAG00000021299	URB1	99	43.539	Cebus_capucinus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.094	ENSCATG00000042630	URB1	99	43.200	Cercocebus_atys
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.533	ENSCLAG00000005262	URB1	99	43.490	Chinchilla_lanigera
ENSAPOG00000020308	urb1	99	50.000	ENSCSAG00000009584	URB1	96	50.602	Chlorocebus_sabaeus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	62.112	ENSCPBG00000006454	URB1	96	62.112	Chrysemys_picta_bellii
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.287	ENSCANG00000031088	URB1	99	43.374	Colobus_angolensis_palliatus
ENSAPOG00000020308	urb1	98	47.188	ENSCGRG00001010616	Urb1	97	46.590	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSAPOG00000020308	urb1	97	47.502	ENSCGRG00000015840	Urb1	97	47.343	Cricetulus_griseus_crigri
ENSAPOG00000020308	urb1	100	75.956	ENSCSEG00000012616	urb1	98	75.956	Cynoglossus_semilaevis
ENSAPOG00000020308	urb1	92	72.401	ENSCVAG00000009076	urb1	98	74.332	Cyprinodon_variegatus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	62.162	ENSDARG00000060308	urb1	97	62.162	Danio_rerio
ENSAPOG00000020308	urb1	85	46.684	ENSDNOG00000015586	URB1	99	46.632	Dasypus_novemcinctus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	47.920	ENSDORG00000006735	Urb1	97	47.843	Dipodomys_ordii
ENSAPOG00000020308	urb1	92	51.455	ENSETEG00000009080	URB1	92	51.455	Echinops_telfairi
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.187	ENSEASG00005007711	URB1	99	45.662	Equus_asinus_asinus
ENSAPOG00000020308	urb1	91	55.263	ENSECAG00000013206	URB1	99	55.263	Equus_caballus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	56.122	ENSELUG00000020516	urb1	96	64.545	Esox_lucius
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.489	ENSFCAG00000002177	URB1	99	42.489	Felis_catus
ENSAPOG00000020308	urb1	93	49.643	ENSFALG00000004636	URB1	92	49.643	Ficedula_albicollis
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.197	ENSFDAG00000007288	URB1	95	42.814	Fukomys_damarensis
ENSAPOG00000020308	urb1	100	65.270	ENSFHEG00000000202	urb1	99	66.869	Fundulus_heteroclitus
ENSAPOG00000020308	urb1	93	58.757	ENSGMOG00000001838	urb1	94	57.456	Gadus_morhua
ENSAPOG00000020308	urb1	99	45.555	ENSGALG00000015887	URB1	98	45.734	Gallus_gallus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	69.311	ENSGAFG00000020694	urb1	99	69.402	Gambusia_affinis
ENSAPOG00000020308	urb1	99	75.494	ENSGACG00000011703	urb1	97	75.336	Gasterosteus_aculeatus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	54.011	ENSGAGG00000022544	URB1	98	54.011	Gopherus_agassizii
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.320	ENSGGOG00000000285	URB1	99	42.950	Gorilla_gorilla
ENSAPOG00000020308	urb1	99	76.425	ENSHBUG00000001904	urb1	100	74.447	Haplochromis_burtoni
ENSAPOG00000020308	urb1	99	41.749	ENSHGLG00000004907	URB1	99	41.577	Heterocephalus_glaber_female
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.206	ENSHGLG00100010749	URB1	99	42.032	Heterocephalus_glaber_male
ENSAPOG00000020308	urb1	74	79.310	ENSHCOG00000018683	urb1	99	79.310	Hippocampus_comes
ENSAPOG00000020308	urb1	99	61.413	ENSIPUG00000014721	urb1	97	61.413	Ictalurus_punctatus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.166	ENSSTOG00000004539	URB1	99	42.702	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSAPOG00000020308	urb1	96	74.033	ENSKMAG00000006001	urb1	99	74.033	Kryptolebias_marmoratus
ENSAPOG00000020308	urb1	97	71.328	ENSLBEG00000027208	urb1	99	69.377	Labrus_bergylta
ENSAPOG00000020308	urb1	97	58.824	ENSLACG00000017059	URB1	94	58.824	Latimeria_chalumnae
ENSAPOG00000020308	urb1	99	69.730	ENSLOCG00000009190	urb1	97	69.730	Lepisosteus_oculatus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	47.704	ENSLAFG00000010407	URB1	99	43.239	Loxodonta_africana
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.106	ENSMFAG00000034391	URB1	97	43.142	Macaca_fascicularis
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.733	ENSMMUG00000010295	URB1	99	43.645	Macaca_mulatta
ENSAPOG00000020308	urb1	100	42.453	ENSMNEG00000032981	URB1	99	42.405	Macaca_nemestrina
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.255	ENSMLEG00000041435	URB1	99	43.205	Mandrillus_leucophaeus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	73.218	ENSMAMG00000011238	urb1	99	73.218	Mastacembelus_armatus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	74.862	ENSMZEG00005011862	urb1	100	74.725	Maylandia_zebra
ENSAPOG00000020308	urb1	97	45.692	ENSMGAG00000014512	URB1	98	45.877	Meleagris_gallopavo
ENSAPOG00000020308	urb1	91	52.861	ENSMAUG00000010516	Urb1	99	52.123	Mesocricetus_auratus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	42.938	ENSMICG00000016424	URB1	99	42.851	Microcebus_murinus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.034	ENSMOCG00000012613	Urb1	99	41.947	Microtus_ochrogaster
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.614	ENSMODG00000021076	URB1	99	42.614	Monodelphis_domestica
ENSAPOG00000020308	urb1	99	74.331	ENSMALG00000017411	urb1	97	74.331	Monopterus_albus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.147	MGP_CAROLIEiJ_G0020948	Urb1	99	42.190	Mus_caroli
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.422	ENSMUSG00000039929	Urb1	99	42.422	Mus_musculus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.360	MGP_PahariEiJ_G0016653	Urb1	99	42.316	Mus_pahari
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.236	MGP_SPRETEiJ_G0021854	Urb1	99	42.236	Mus_spretus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.188	ENSMPUG00000001123	URB1	99	43.100	Mustela_putorius_furo
ENSAPOG00000020308	urb1	98	47.096	ENSNGAG00000001905	Urb1	95	47.096	Nannospalax_galili
ENSAPOG00000020308	urb1	84	72.390	ENSNBRG00000001049	urb1	99	72.047	Neolamprologus_brichardi
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.240	ENSNLEG00000026872	URB1	99	41.855	Nomascus_leucogenys
ENSAPOG00000020308	urb1	93	47.985	ENSMEUG00000010828	URB1	96	40.305	Notamacropus_eugenii
ENSAPOG00000020308	urb1	99	41.243	ENSOPRG00000013482	URB1	99	41.243	Ochotona_princeps
ENSAPOG00000020308	urb1	98	47.994	ENSODEG00000002587	URB1	95	47.915	Octodon_degus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	76.989	ENSONIG00000005599	urb1	100	74.812	Oreochromis_niloticus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	47.773	ENSOCUG00000009381	URB1	96	47.542	Oryctolagus_cuniculus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	67.374	ENSORLG00000003429	urb1	99	67.374	Oryzias_latipes
ENSAPOG00000020308	urb1	99	66.887	ENSORLG00020013785	urb1	99	66.887	Oryzias_latipes_hni
ENSAPOG00000020308	urb1	99	65.049	ENSORLG00015019421	urb1	99	67.848	Oryzias_latipes_hsok
ENSAPOG00000020308	urb1	78	77.700	ENSOMEG00000002094	urb1	99	77.700	Oryzias_melastigma
ENSAPOG00000020308	urb1	100	42.895	ENSOGAG00000017140	URB1	99	42.764	Otolemur_garnettii
ENSAPOG00000020308	urb1	93	48.376	ENSOARG00000013679	URB1	96	48.453	Ovis_aries
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.233	ENSPPAG00000003423	URB1	99	42.863	Pan_paniscus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.477	ENSPPRG00000023131	URB1	99	42.477	Panthera_pardus
ENSAPOG00000020308	urb1	87	44.361	ENSPTIG00000016125	URB1	93	44.411	Panthera_tigris_altaica
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.145	ENSPTRG00000013852	URB1	99	42.777	Pan_troglodytes
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.211	ENSPANG00000021964	URB1	99	43.205	Papio_anubis
ENSAPOG00000020308	urb1	99	57.242	ENSPKIG00000003683	urb1	99	57.242	Paramormyrops_kingsleyae
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.813	ENSPEMG00000021205	Urb1	98	42.826	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSAPOG00000020308	urb1	77	32.101	ENSPMAG00000009733	URB1	99	32.247	Petromyzon_marinus
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.062	ENSPCIG00000016350	URB1	99	42.430	Phascolarctos_cinereus
ENSAPOG00000020308	urb1	97	69.098	ENSPLAG00000004371	urb1	100	69.143	Poecilia_latipinna
ENSAPOG00000020308	urb1	100	69.408	ENSPMEG00000006634	urb1	100	69.510	Poecilia_mexicana
ENSAPOG00000020308	urb1	100	69.200	ENSPREG00000013453	urb1	100	69.289	Poecilia_reticulata
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.895	ENSPPYG00000011359	URB1	99	42.757	Pongo_abelii
ENSAPOG00000020308	urb1	98	50.221	ENSPCAG00000007430	URB1	96	50.221	Procavia_capensis
ENSAPOG00000020308	urb1	100	42.670	ENSPCOG00000022695	URB1	99	42.702	Propithecus_coquereli
ENSAPOG00000020308	urb1	99	42.190	ENSPVAG00000000889	URB1	99	42.059	Pteropus_vampyrus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	72.362	ENSPNYG00000010589	urb1	100	72.227	Pundamilia_nyererei
ENSAPOG00000020308	urb1	99	62.162	ENSPNAG00000019324	urb1	97	62.162	Pygocentrus_nattereri
ENSAPOG00000020308	urb1	99	46.723	ENSRNOG00000002080	Urb1	96	46.569	Rattus_norvegicus
ENSAPOG00000020308	urb1	100	42.975	ENSRBIG00000033122	URB1	99	42.814	Rhinopithecus_bieti
ENSAPOG00000020308	urb1	100	43.019	ENSRROG00000040237	URB1	99	42.838	Rhinopithecus_roxellana
ENSAPOG00000020308	urb1	98	48.513	ENSSBOG00000027672	URB1	96	48.068	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSAPOG00000020308	urb1	99	43.230	ENSSHAG00000005140	URB1	100	43.206	Sarcophilus_harrisii
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