EuRBPDB

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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSCAFG00000010283 (Gene tree)
Gene ID: 611488
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Canis_familiaris
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 22824 bases
Position: chr26:16266079-16288902
Accession: 43442
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCAFP00000015120	RRM_1	PF00076.22	4.5e-33	1	2
ENSCAFP00000015120	RRM_1	PF00076.22	4.5e-33	2	2
ENSCAFP00000043228	RRM_1	PF00076.22	4.5e-21	1	2
ENSCAFP00000043228	RRM_1	PF00076.22	4.5e-21	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCAFT00000045257	-	3570	-	ENSCAFP00000043228	471 (aa)	-	J9PBP6
ENSCAFT00000016345	-	1086	XM_005636302	ENSCAFP00000015120	362 (aa)	XP_005636359	E2RK48

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
cfa03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCAFG00000010283	MSI1	51	32.979	ENSCAFG00000005307	-	85	30.435
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	35.802	ENSCAFG00000002232	-	51	35.119
ENSCAFG00000010283	MSI1	52	40.104	ENSCAFG00000006327	-	75	36.515
ENSCAFG00000010283	MSI1	53	37.186	ENSCAFG00000000687	-	75	35.065
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	39.560	ENSCAFG00000006663	-	72	37.339
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	32.973	ENSCAFG00000000389	-	72	31.878
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	41.935	ENSCAFG00000006580	-	64	38.776
ENSCAFG00000010283	MSI1	52	42.784	ENSCAFG00000019528	DAZAP1	74	42.784
ENSCAFG00000010283	MSI1	52	30.000	ENSCAFG00000017424	-	67	30.000
ENSCAFG00000010283	MSI1	51	40.196	ENSCAFG00000013497	HNRNPA3	70	38.023
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	37.297	ENSCAFG00000005164	-	75	35.484
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	43.333	ENSCAFG00000000776	-	63	43.333
ENSCAFG00000010283	MSI1	51	36.216	ENSCAFG00000017180	-	76	34.694
ENSCAFG00000010283	MSI1	52	39.378	ENSCAFG00000003493	-	60	39.378

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSG00000135097	MSI1	100	99.724	Homo_sapiens
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.978	ENSAPOG00000023458	-	100	83.978	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.516	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	83.516	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	81.102	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	81.102	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCAFG00000010283	MSI1	91	82.371	ENSACIG00000017754	-	88	75.072	Amphilophus_citrinellus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.516	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	83.516	Amphiprion_ocellaris
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	77.193	ENSAOCG00000009031	-	95	77.485	Amphiprion_ocellaris
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.978	ENSAPEG00000006857	-	84	83.978	Amphiprion_percula
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.516	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	83.516	Amphiprion_percula
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	80.163	ENSATEG00000017059	MSI1	100	80.163	Anabas_testudineus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	78.142	ENSATEG00000023779	-	100	78.142	Anabas_testudineus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	96.143	ENSACAG00000002762	MSI1	100	96.143	Anolis_carolinensis
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSANAG00000027151	MSI1	100	99.724	Aotus_nancymaae
ENSCAFG00000010283	MSI1	82	95.973	ENSANAG00000027901	-	92	95.973	Aotus_nancymaae
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.702	ENSACLG00000000117	-	100	85.044	Astatotilapia_calliptera
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.967	ENSACLG00000011230	MSI1	100	82.967	Astatotilapia_calliptera
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	83.434	ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.434	Astyanax_mexicanus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	99.724	Bos_taurus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	99.724	Callithrix_jacchus
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	99.678	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	99.678	Canis_lupus_dingo
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	94.309	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	94.309	Capra_hircus
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	99.694	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	99.694	Carlito_syrichta
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	99.634	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	99.634	Cavia_aperea
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.708	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	99.708	Cavia_porcellus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	99.724	Cebus_capucinus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSCATG00000030019	MSI1	100	99.724	Cercocebus_atys
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.708	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.708	Chinchilla_lanigera
ENSCAFG00000010283	MSI1	75	96.029	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	96.029	Chlorocebus_sabaeus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	95.580	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	95.580	Chrysemys_picta_bellii
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.695	ENSCANG00000040651	MSI1	100	99.695	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	99.724	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	99.696	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	99.696	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.242	ENSCSEG00000005834	-	100	83.242	Cynoglossus_semilaevis
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	78.299	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	Cynoglossus_semilaevis
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.873	ENSCSEG00000008352	-	100	82.873	Cynoglossus_semilaevis
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.978	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	83.978	Cyprinodon_variegatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	64	68.398	ENSCVAG00000017463	-	89	68.398	Cyprinodon_variegatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	81.098	ENSDARG00000010710	msi1	100	84.581	Danio_rerio
ENSCAFG00000010283	MSI1	80	82.096	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	82.096	Danio_rerio
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	89.666	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	89.666	Dasypus_novemcinctus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	98.802	ENSDORG00000005610	Msi1	99	95.198	Dipodomys_ordii
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	95.427	ENSETEG00000004756	MSI1	100	95.427	Echinops_telfairi
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSEASG00005004736	MSI1	100	99.724	Equus_asinus_asinus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSECAG00000017526	MSI1	100	99.724	Equus_caballus
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	80.938	ENSELUG00000023280	-	100	80.645	Esox_lucius
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	80.110	ENSELUG00000023219	MSI1	92	80.110	Esox_lucius
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	99.724	Felis_catus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	95.498	ENSFALG00000007574	MSI1	100	95.498	Ficedula_albicollis
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.390	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	99.390	Fukomys_damarensis
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.516	ENSFHEG00000003560	-	100	83.516	Fundulus_heteroclitus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	84.254	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	84.254	Fundulus_heteroclitus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	76.309	ENSGMOG00000017838	-	100	76.309	Gadus_morhua
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.320	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	82.044	Gadus_morhua
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	94.872	ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.701	Gallus_gallus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	85.088	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	85.088	Gambusia_affinis
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	64.932	ENSGAFG00000005860	-	100	64.932	Gambusia_affinis
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	80.387	ENSGACG00000008674	-	100	80.387	Gasterosteus_aculeatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.149	ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.149	Gasterosteus_aculeatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	95.304	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.304	Gopherus_agassizii
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	99.682	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	99.682	Gorilla_gorilla
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.967	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	82.967	Haplochromis_burtoni
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.702	ENSHBUG00000011841	-	100	83.702	Haplochromis_burtoni
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.448	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	99.448	Heterocephalus_glaber_female
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.390	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	99.390	Heterocephalus_glaber_male
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	80.645	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	80.645	Hippocampus_comes
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	78.415	ENSHCOG00000012067	-	100	78.415	Hippocampus_comes
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.044	ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.044	Ictalurus_punctatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	94	99.678	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	99.678	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	99.724	Jaculus_jaculus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	84.254	ENSJJAG00000010643	-	100	83.978	Jaculus_jaculus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.425	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	83.425	Kryptolebias_marmoratus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	83.284	ENSKMAG00000019877	-	100	83.284	Kryptolebias_marmoratus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.967	ENSLBEG00000001375	-	100	82.967	Labrus_bergylta
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.978	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	83.978	Labrus_bergylta
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	87.135	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.135	Latimeria_chalumnae
ENSCAFG00000010283	MSI1	50	70.000	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	70.000	Lepisosteus_oculatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	91	89.426	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	89.426	Loxodonta_africana
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.708	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	99.708	Macaca_fascicularis
ENSCAFG00000010283	MSI1	97	98.006	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	98.006	Macaca_mulatta
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	99.724	Macaca_nemestrina
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.695	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	99.695	Mandrillus_leucophaeus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.149	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	83.149	Mastacembelus_armatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	96	85.673	ENSMAMG00000018426	-	100	83.516	Mastacembelus_armatus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.967	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	82.967	Maylandia_zebra
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.702	ENSMZEG00005000340	-	100	83.702	Maylandia_zebra
ENSCAFG00000010283	MSI1	64	98.225	ENSMGAG00000016518	-	100	98.225	Meleagris_gallopavo
ENSCAFG00000010283	MSI1	71	99.588	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	99.588	Mesocricetus_auratus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	ENSMICG00000033181	MSI1	100	99.724	Microcebus_murinus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.448	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	99.448	Microtus_ochrogaster
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	80.119	ENSMMOG00000012265	-	99	80.119	Mola_mola
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	76.023	ENSMMOG00000010492	MSI1	94	76.023	Mola_mola
ENSCAFG00000010283	MSI1	91	67.470	ENSMODG00000003189	-	100	67.470	Monodelphis_domestica
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.702	ENSMALG00000017889	MSI1	100	83.702	Monopterus_albus
ENSCAFG00000010283	MSI1	98	84.751	ENSMALG00000001426	-	100	84.751	Monopterus_albus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.171	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	100	99.171	Mus_caroli
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.171	ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.171	Mus_musculus
ENSCAFG00000010283	MSI1	100	98.895	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	98.895	Mus_pahari
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