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Description

Ensembl ID: ENSCJAG00000002868 (Gene tree)
Gene ID: 100414758
Gene Symbol: SMARCA1
Alias: ISWI|NURF140|SNF2L|SNF2L1|SNF2LB|SWI|hSNF2L
Full Name: SWI/SNF related%2C matrix associated%2C actin dependent regulator of chromatin%2C subfamily a%2C member 1
Gene Type: protein_coding
Species: Callithrix_jacchus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 78542 bases
Position: chrNTIC01038833.1:2018127-2096668
Accession: 11097
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCJAP00000005287	ResIII	PF04851.15	7.4e-12	1	1
ENSCJAP00000005279	ResIII	PF04851.15	7.5e-12	1	1
ENSCJAP00000005279	DEAD	PF00270.29	1.4e-06	1	1
ENSCJAP00000005287	DEAD	PF00270.29	1.5e-06	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCJAT00000005570	SMARCA1-201	4605	-	ENSCJAP00000005279	1058 (aa)	-	F7HW32
ENSCJAT00000005578	SMARCA1-202	3213	-	ENSCJAP00000005287	1070 (aa)	-	F7HSC2

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	85.137	ENSCJAG00000002735	SMARCA5	94	85.137
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	50	41.385	ENSCJAG00000017920	CHD6	75	40.048
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	54	43.471	ENSCJAG00000002406	CHD1L	64	44.386

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.716	ENSG00000102038	SMARCA1	100	99.716	Homo_sapiens
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.709	ENSAPOG00000016035	smarca5	98	84.026	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	96.729	ENSAMEG00000015218	SMARCA1	100	96.729	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	85	84.053	ENSACIG00000016982	smarca5	99	84.152	Amphilophus_citrinellus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.709	ENSAOCG00000015578	smarca5	95	82.863	Amphiprion_ocellaris
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.709	ENSAPEG00000011117	smarca5	99	84.080	Amphiprion_percula
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	83.299	ENSATEG00000012894	smarca5	95	82.846	Anabas_testudineus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	93.279	ENSAPLG00000013149	SMARCA1	100	93.279	Anas_platyrhynchos
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	97	89.515	ENSACAG00000011376	SMARCA1	95	91.391	Anolis_carolinensis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	94.579	ENSANAG00000023098	SMARCA1	100	94.579	Aotus_nancymaae
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	96	81.158	ENSACLG00000025356	smarca5	94	83.707	Astatotilapia_calliptera
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	80.754	ENSAMXG00000005709	smarca5	94	84.000	Astyanax_mexicanus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	88	88.495	ENSAMXG00000011227	smarca1	99	90.182	Astyanax_mexicanus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	99	97.167	ENSBTAG00000002292	SMARCA1	99	97.048	Bos_taurus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	63.655	WBGene00002169	isw-1	97	63.655	Caenorhabditis_elegans
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	88.755	ENSCAFG00000018673	SMARCA1	99	88.706	Canis_familiaris
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	98.488	ENSCAFG00020001751	SMARCA1	100	98.488	Canis_lupus_dingo
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	97.267	ENSCHIG00000009837	SMARCA1	100	97.267	Capra_hircus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	98.700	ENSTSYG00000004240	SMARCA1	98	98.065	Carlito_syrichta
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	97	96.689	ENSCPOG00000013601	SMARCA1	99	95.606	Cavia_porcellus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	96.542	ENSCCAG00000030817	SMARCA1	100	96.542	Cebus_capucinus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.626	ENSCATG00000015921	SMARCA1	100	99.626	Cercocebus_atys
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	96.786	ENSCLAG00000002171	SMARCA1	100	96.786	Chinchilla_lanigera
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.622	ENSCSAG00000008460	SMARCA1	100	99.622	Chlorocebus_sabaeus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	92.607	ENSCPBG00000001146	SMARCA1	94	92.693	Chrysemys_picta_bellii
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	73.797	ENSCING00000004110	swi/snf	97	73.797	Ciona_intestinalis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	73.069	ENSCSAVG00000004620	-	100	74.165	Ciona_savignyi
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.622	ENSCANG00000007183	SMARCA1	100	99.622	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	95.751	ENSCGRG00001010776	Smarca1	98	96.150	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	95.578	ENSCGRG00000015301	Smarca1	98	96.053	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.709	ENSCSEG00000000328	smarca5	95	83.114	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	83.096	ENSCVAG00000008668	smarca5	99	83.628	Cyprinodon_variegatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	85.375	ENSDARG00000012776	smarca1	97	85.375	Danio_rerio
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	82.727	ENSDARG00000052348	smarca5	95	82.727	Danio_rerio
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	96	96.059	ENSDNOG00000004315	SMARCA1	98	96.059	Dasypus_novemcinctus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	96.135	ENSDORG00000009270	Smarca1	97	96.158	Dipodomys_ordii
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	71.262	FBgn0011604	Iswi	98	72.305	Drosophila_melanogaster
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	77	93.750	ENSETEG00000017426	SMARCA1	85	93.750	Echinops_telfairi
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	80.899	ENSEBUG00000001239	smarca5	96	80.899	Eptatretus_burgeri
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	97	92.500	ENSEASG00005008218	SMARCA1	100	93.333	Equus_asinus_asinus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	97.832	ENSECAG00000012106	SMARCA1	100	97.832	Equus_caballus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	75	97.682	ENSEEUG00000014927	SMARCA1	83	97.682	Erinaceus_europaeus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	94	86.540	ENSELUG00000010515	smarca1	98	86.927	Esox_lucius
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	98.488	ENSFCAG00000018496	SMARCA1	100	98.488	Felis_catus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	86	93.538	ENSFALG00000000209	SMARCA1	98	93.640	Ficedula_albicollis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	97.578	ENSFDAG00000009818	SMARCA1	97	97.578	Fukomys_damarensis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	99	79.103	ENSFHEG00000007687	smarca5	94	83.503	Fundulus_heteroclitus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	90.873	ENSGALG00000008431	SMARCA1	96	93.121	Gallus_gallus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	83.503	ENSGAFG00000017731	smarca5	95	83.503	Gambusia_affinis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	93.416	ENSGAGG00000023575	SMARCA1	100	93.416	Gopherus_agassizii
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	75	96.000	ENSGGOG00000012841	-	98	96.000	Gorilla_gorilla
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	96.786	ENSHGLG00000003080	SMARCA1	100	96.786	Heterocephalus_glaber_female
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	94	96.503	ENSHGLG00100001102	SMARCA1	100	96.503	Heterocephalus_glaber_male
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.538	ENSHCOG00000005458	smarca5	95	83.401	Hippocampus_comes
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	85.149	ENSIPUG00000016905	Smarca1	99	86.925	Ictalurus_punctatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	97	80.607	ENSIPUG00000005229	SMARCA5	97	82.657	Ictalurus_punctatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	98.204	ENSSTOG00000014524	SMARCA1	100	98.204	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	96.329	ENSJJAG00000002593	Smarca1	99	96.329	Jaculus_jaculus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.742	ENSKMAG00000003777	smarca5	95	83.605	Kryptolebias_marmoratus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	94	81.637	ENSLBEG00000018112	smarca5	95	82.626	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	88	83.888	ENSLBEG00000013295	SMARCA1	100	84.829	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	96	89.349	ENSLACG00000016697	SMARCA1	98	90.290	Latimeria_chalumnae
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	94	88.855	ENSLOCG00000014591	smarca1	97	88.855	Lepisosteus_oculatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	96.521	ENSLAFG00000000896	SMARCA1	100	96.521	Loxodonta_africana
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.716	ENSMFAG00000002117	SMARCA1	100	99.626	Macaca_fascicularis
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.626	ENSMMUG00000008818	SMARCA1	100	99.626	Macaca_mulatta
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.626	ENSMNEG00000041768	SMARCA1	100	99.626	Macaca_nemestrina
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.622	ENSMLEG00000043198	SMARCA1	100	99.622	Mandrillus_leucophaeus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	83.707	ENSMAMG00000014294	smarca5	96	82.583	Mastacembelus_armatus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	96	81.158	ENSMZEG00005009369	smarca5	94	83.707	Maylandia_zebra
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	91.330	ENSMGAG00000007042	SMARCA1	99	91.494	Meleagris_gallopavo
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	95.989	ENSMAUG00000008133	Smarca1	97	96.397	Mesocricetus_auratus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	98.110	ENSMICG00000015768	SMARCA1	100	98.110	Microcebus_murinus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	95.484	ENSMOCG00000009464	Smarca1	98	95.877	Microtus_ochrogaster
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	81.231	ENSMMOG00000005547	smarca5	99	81.231	Mola_mola
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	89.458	ENSMODG00000013187	-	99	89.448	Monodelphis_domestica
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.333	ENSMALG00000002081	smarca5	96	83.506	Monopterus_albus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	95.673	MGP_CAROLIEiJ_G0033034	Smarca1	98	95.973	Mus_caroli
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	95.673	ENSMUSG00000031099	Smarca1	98	95.973	Mus_musculus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	95.767	MGP_PahariEiJ_G0031579	Smarca1	100	95.767	Mus_pahari
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	95.767	MGP_SPRETEiJ_G0034192	Smarca1	100	95.767	Mus_spretus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	97.944	ENSMPUG00000017423	SMARCA1	95	97.944	Mustela_putorius_furo
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	94.403	ENSMLUG00000029614	SMARCA1	100	93.843	Myotis_lucifugus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	96.753	ENSNGAG00000006492	Smarca1	99	96.753	Nannospalax_galili
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	93	83.809	ENSNBRG00000004463	smarca5	98	83.809	Neolamprologus_brichardi
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	98.785	ENSNLEG00000015179	SMARCA1	100	98.785	Nomascus_leucogenys
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	89	82.038	ENSMEUG00000008819	SMARCA1	99	82.019	Notamacropus_eugenii
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	96.371	ENSODEG00000012163	SMARCA1	99	96.371	Octodon_degus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	96	81.256	ENSONIG00000009993	smarca5	94	83.809	Oreochromis_niloticus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	93.724	ENSOANG00000002862	SMARCA1	100	93.724	Ornithorhynchus_anatinus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	96.692	ENSOCUG00000001047	SMARCA1	100	96.692	Oryctolagus_cuniculus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.640	ENSORLG00000021998	smarca5	94	83.503	Oryzias_latipes
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.742	ENSORLG00020017679	smarca5	94	83.605	Oryzias_latipes_hni
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.640	ENSORLG00015017210	smarca5	94	83.401	Oryzias_latipes_hsok
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	92	83.640	ENSOMEG00000000086	smarca5	94	83.401	Oryzias_melastigma
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	98.185	ENSOGAG00000004399	SMARCA1	99	98.185	Otolemur_garnettii
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	97.038	ENSOARG00000014638	SMARCA1	100	98.673	Ovis_aries
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.716	ENSPPAG00000034647	SMARCA1	100	99.716	Pan_paniscus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	98.488	ENSPPRG00000008929	SMARCA1	100	98.488	Panthera_pardus
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	95	96.955	ENSPTIG00000000915	SMARCA1	98	96.955	Panthera_tigris_altaica
ENSCJAG00000002868	SMARCA1	100	99.716	ENSPTRG00000049876	SMARCA1	100	99.626	Pan_troglodytes
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