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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSCJAG00000008578 (Gene tree)
Gene ID: 100412167
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Callithrix_jacchus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 28168 bases
Position: chrNTIC01000002.1:218431-246598
Accession: 100412167
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCJAP00000015855	RRM_1	PF00076.22	7.6e-34	1	2
ENSCJAP00000015855	RRM_1	PF00076.22	7.6e-34	2	2
ENSCJAP00000015846	RRM_1	PF00076.22	1e-33	1	2
ENSCJAP00000015846	RRM_1	PF00076.22	1e-33	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCJAT00000016750	MSI1-202	3753	-	ENSCJAP00000015855	362 (aa)	XP_002753122	F7GNN3
ENSCJAT00000016741	MSI1-201	3855	-	ENSCJAP00000015846	396 (aa)	-	F7GNU9

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
cjc03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	41.209	ENSCJAG00000003245	-	65	38.174
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	42.308	ENSCJAG00000047153	-	75	39.224
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	40.526	ENSCJAG00000041746	-	72	40.526
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	41.758	ENSCJAG00000023383	-	79	41.509
ENSCJAG00000008578	MSI1	96	69.341	ENSCJAG00000013998	MSI2	91	80.531
ENSCJAG00000008578	MSI1	51	40.686	ENSCJAG00000006928	HNRNPA3	70	38.258
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	39.560	ENSCJAG00000045231	-	65	36.929
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	41.758	ENSCJAG00000023392	-	75	38.793
ENSCJAG00000008578	MSI1	51	38.298	ENSCJAG00000045179	-	68	35.776
ENSCJAG00000008578	MSI1	64	38.039	ENSCJAG00000015165	HNRNPD	82	37.011
ENSCJAG00000008578	MSI1	52	45.503	ENSCJAG00000045227	-	66	45.503
ENSCJAG00000008578	MSI1	53	39.474	ENSCJAG00000014710	TRA2B	51	39.474
ENSCJAG00000008578	MSI1	52	41.772	ENSCJAG00000005609	DAZAP1	55	41.346
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	42.308	ENSCJAG00000018864	-	76	41.584
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	46.667	ENSCJAG00000012235	HNRNPAB	82	38.768
ENSCJAG00000008578	MSI1	81	36.842	ENSCJAG00000019139	RBM38	87	42.373
ENSCJAG00000008578	MSI1	53	40.722	ENSCJAG00000013830	-	69	37.759

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSG00000135097	MSI1	100	100.000	Homo_sapiens
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.791	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	83.791	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.254	ENSAPOG00000023458	-	100	84.254	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	81.365	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	85.635	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCJAG00000008578	MSI1	91	82.675	ENSACIG00000017754	-	79	87.540	Amphilophus_citrinellus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.791	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	83.791	Amphiprion_ocellaris
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	77.485	ENSAOCG00000009031	-	97	81.155	Amphiprion_ocellaris
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.254	ENSAPEG00000006857	-	84	84.254	Amphiprion_percula
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.791	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	83.791	Amphiprion_percula
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	80.435	ENSATEG00000017059	MSI1	100	80.435	Anabas_testudineus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	78.415	ENSATEG00000023779	-	100	78.415	Anabas_testudineus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	96.419	ENSACAG00000002762	MSI1	100	96.419	Anolis_carolinensis
ENSCJAG00000008578	MSI1	82	96.309	ENSANAG00000027901	-	92	96.309	Aotus_nancymaae
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSANAG00000027151	MSI1	100	100.000	Aotus_nancymaae
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.978	ENSACLG00000000117	-	100	85.337	Astatotilapia_calliptera
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.242	ENSACLG00000011230	MSI1	100	83.242	Astatotilapia_calliptera
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	83.735	ENSAMXG00000038960	msi1	75	84.984	Astyanax_mexicanus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	100.000	Bos_taurus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	99.724	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.724	Canis_familiaris
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	100.000	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	100.000	Canis_lupus_dingo
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	94.580	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	94.580	Capra_hircus
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	100.000	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	100.000	Carlito_syrichta
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	89.776	ENSCAPG00000003919	MSI1	89	89.776	Cavia_aperea
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	100.000	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	100.000	Cavia_porcellus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	100.000	Cebus_capucinus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSCATG00000030019	MSI1	100	100.000	Cercocebus_atys
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	100.000	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	Chinchilla_lanigera
ENSCJAG00000008578	MSI1	75	96.390	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	96.390	Chlorocebus_sabaeus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	95.856	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	95.856	Chrysemys_picta_bellii
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	100.000	ENSCANG00000040651	MSI1	100	100.000	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	100.000	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	100.000	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	100.000	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	85.759	ENSCSEG00000008352	-	100	83.149	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	78.299	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.516	ENSCSEG00000005834	-	100	83.516	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000008578	MSI1	64	68.398	ENSCVAG00000017463	-	89	68.398	Cyprinodon_variegatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	87.307	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	84.254	Cyprinodon_variegatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	81.402	ENSDARG00000010710	msi1	99	86.408	Danio_rerio
ENSCJAG00000008578	MSI1	80	82.096	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	82.096	Danio_rerio
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	89.970	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	89.970	Dasypus_novemcinctus
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	99.102	ENSDORG00000005610	Msi1	99	95.480	Dipodomys_ordii
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	95.732	ENSETEG00000004756	MSI1	100	95.732	Echinops_telfairi
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSEASG00005004736	MSI1	100	100.000	Equus_asinus_asinus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSECAG00000017526	MSI1	100	100.000	Equus_caballus
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	81.232	ENSELUG00000023280	-	100	80.938	Esox_lucius
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	80.387	ENSELUG00000023219	MSI1	92	80.387	Esox_lucius
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	100.000	Felis_catus
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	95.820	ENSFALG00000007574	MSI1	100	95.820	Ficedula_albicollis
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	99.695	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	99.695	Fukomys_damarensis
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.791	ENSFHEG00000003560	-	100	83.791	Fundulus_heteroclitus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.530	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	84.530	Fundulus_heteroclitus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	76.584	ENSGMOG00000017838	-	100	76.584	Gadus_morhua
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	82.597	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	82.320	Gadus_morhua
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	95.238	ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	Gallus_gallus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	65.205	ENSGAFG00000005860	-	100	65.205	Gambusia_affinis
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	85.380	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	85.380	Gambusia_affinis
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	80.663	ENSGACG00000008674	-	100	80.663	Gasterosteus_aculeatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.830	ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	Gasterosteus_aculeatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	95.580	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	Gopherus_agassizii
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	100.000	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	100.000	Gorilla_gorilla
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.978	ENSHBUG00000011841	-	100	83.978	Haplochromis_burtoni
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.242	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	83.242	Haplochromis_burtoni
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	99.724	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	99.724	Heterocephalus_glaber_female
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	99.695	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	99.695	Heterocephalus_glaber_male
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	78.689	ENSHCOG00000012067	-	100	78.689	Hippocampus_comes
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	80.938	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	85.714	Hippocampus_comes
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	82.320	ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	Ictalurus_punctatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	94	100.000	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	100.000	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	100.000	Jaculus_jaculus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.530	ENSJJAG00000010643	-	100	84.254	Jaculus_jaculus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.702	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	83.702	Kryptolebias_marmoratus
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	83.578	ENSKMAG00000019877	-	100	88.509	Kryptolebias_marmoratus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.254	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	84.254	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.242	ENSLBEG00000001375	-	100	83.242	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	87.427	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.427	Latimeria_chalumnae
ENSCJAG00000008578	MSI1	50	70.000	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	70.000	Lepisosteus_oculatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	91	89.426	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	89.426	Loxodonta_africana
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	100.000	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	100.000	Macaca_fascicularis
ENSCJAG00000008578	MSI1	97	98.291	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	98.291	Macaca_mulatta
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	100.000	Macaca_nemestrina
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	100.000	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	100.000	Mandrillus_leucophaeus
ENSCJAG00000008578	MSI1	96	85.960	ENSMAMG00000018426	-	100	83.791	Mastacembelus_armatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.425	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	83.425	Mastacembelus_armatus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.242	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	83.242	Maylandia_zebra
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	86.687	ENSMZEG00005000340	-	100	83.978	Maylandia_zebra
ENSCJAG00000008578	MSI1	64	98.817	ENSMGAG00000016518	-	100	98.817	Meleagris_gallopavo
ENSCJAG00000008578	MSI1	71	100.000	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	100.000	Mesocricetus_auratus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	100.000	ENSMICG00000033181	MSI1	100	100.000	Microcebus_murinus
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	99.724	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	99.724	Microtus_ochrogaster
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	81.571	ENSMMOG00000012265	-	97	86.538	Mola_mola
ENSCJAG00000008578	MSI1	98	76.316	ENSMMOG00000010492	MSI1	98	79.464	Mola_mola
ENSCJAG00000008578	MSI1	91	67.771	ENSMODG00000003189	-	100	67.771	Monodelphis_domestica
ENSCJAG00000008578	MSI1	100	83.978	ENSMALG00000017889	MSI1	100	83.978	Monopterus_albus
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