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Description

Ensembl ID: ENSCJAG00000013998 (Gene tree)
Gene ID: 100390978
Gene Symbol: MSI2
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 2
Gene Type: protein_coding
Species: Callithrix_jacchus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 423142 bases
Position: chrNTIC01034389.1:102201684-102624825
Accession: 100390978
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCJAP00000054476	RRM_1	PF00076.22	2.1e-34	1	2
ENSCJAP00000054476	RRM_1	PF00076.22	2.1e-34	2	2
ENSCJAP00000025750	RRM_1	PF00076.22	4.8e-34	1	2
ENSCJAP00000025750	RRM_1	PF00076.22	4.8e-34	2	2
ENSCJAP00000025742	RRM_1	PF00076.22	1.1e-05	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCJAT00000027210	MSI2-201	987	-	ENSCJAP00000025750	328 (aa)	XP_017828114	U3EKM7
ENSCJAT00000081667	MSI2-203	756	-	ENSCJAP00000054476	251 (aa)	-	U3BMQ1
ENSCJAT00000027202	MSI2-202	795	-	ENSCJAP00000025742	264 (aa)	-	F6WGU4

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
cjc03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCJAG00000013998	MSI2	69	50.588	ENSCJAG00000045227	-	76	44.700
ENSCJAG00000013998	MSI2	71	42.857	ENSCJAG00000047341	-	81	43.243
ENSCJAG00000013998	MSI2	78	40.230	ENSCJAG00000007908	HNRNPA2B1	74	41.279
ENSCJAG00000013998	MSI2	74	47.568	ENSCJAG00000015197	-	59	45.622
ENSCJAG00000013998	MSI2	68	43.931	ENSCJAG00000047621	-	65	41.850
ENSCJAG00000013998	MSI2	76	40.625	ENSCJAG00000041746	-	85	39.091
ENSCJAG00000013998	MSI2	74	47.568	ENSCJAG00000012235	HNRNPAB	78	43.668
ENSCJAG00000013998	MSI2	64	35.616	ENSCJAG00000019682	TIAL1	60	35.616
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	39.535	ENSCJAG00000045179	-	68	35.652
ENSCJAG00000013998	MSI2	61	39.189	ENSCJAG00000040528	-	71	50.909
ENSCJAG00000013998	MSI2	69	42.857	ENSCJAG00000005504	CIRBP	74	42.857
ENSCJAG00000013998	MSI2	68	37.121	ENSCJAG00000047538	-	52	36.296
ENSCJAG00000013998	MSI2	84	40.506	ENSCJAG00000005609	DAZAP1	56	40.506
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	43.023	ENSCJAG00000018864	-	71	41.758
ENSCJAG00000013998	MSI2	66	40.260	ENSCJAG00000019139	RBM38	89	40.260
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	44.186	ENSCJAG00000006928	HNRNPA3	62	42.035
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	43.023	ENSCJAG00000047153	-	75	39.056
ENSCJAG00000013998	MSI2	59	31.667	ENSCJAG00000004092	BOLL	58	31.667
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	41.860	ENSCJAG00000003245	-	56	37.559
ENSCJAG00000013998	MSI2	63	32.000	ENSCJAG00000016946	SLIRP	96	32.000
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	44.186	ENSCJAG00000023383	-	71	44.262
ENSCJAG00000013998	MSI2	73	47.872	ENSCJAG00000015165	HNRNPD	72	40.800
ENSCJAG00000013998	MSI2	69	43.103	ENSCJAG00000006112	HNRNPA0	79	38.750
ENSCJAG00000013998	MSI2	67	38.889	ENSCJAG00000041725	-	61	36.709
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	40.698	ENSCJAG00000045231	-	70	35.857
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	31.868	ENSCJAG00000002381	TARDBP	53	31.325
ENSCJAG00000013998	MSI2	70	43.023	ENSCJAG00000023392	-	74	37.826
ENSCJAG00000013998	MSI2	72	42.391	ENSCJAG00000013830	-	67	40.708
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	80.531	ENSCJAG00000008578	MSI1	96	69.341

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSG00000153944	MSI2	100	100.000	Homo_sapiens
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	93.227	ENSAPOG00000001658	msi2a	100	88.110	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	99.107	ENSAMEG00000002697	MSI2	99	94.462	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCJAG00000013998	MSI2	89	87.500	ENSACIG00000009475	msi2a	100	67.857	Amphilophus_citrinellus
ENSCJAG00000013998	MSI2	68	77.692	ENSAOCG00000014822	msi2a	69	76.667	Amphiprion_ocellaris
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	88.110	ENSAPEG00000007706	msi2a	100	88.110	Amphiprion_percula
ENSCJAG00000013998	MSI2	94	93.165	ENSATEG00000003301	-	100	93.165	Anabas_testudineus
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	93.227	ENSATEG00000010498	msi2a	100	88.110	Anabas_testudineus
ENSCJAG00000013998	MSI2	92	97.849	ENSACAG00000005452	MSI2	74	95.455	Anolis_carolinensis
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSANAG00000037827	MSI2	100	100.000	Aotus_nancymaae
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	92.829	ENSACLG00000007752	msi2a	100	87.805	Astatotilapia_calliptera
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	95.000	ENSAMXG00000010474	msi2b	95	96.091	Astyanax_mexicanus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	93.617	ENSAMXG00000032796	msi2a	100	91.793	Astyanax_mexicanus
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	99.167	ENSBTAG00000004406	MSI2	97	99.674	Bos_taurus
ENSCJAG00000013998	MSI2	87	63.158	WBGene00003423	msi-1	76	60.643	Caenorhabditis_elegans
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	98.246	ENSCAFG00020025620	MSI2	81	93.103	Canis_lupus_dingo
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	98.476	ENSCHIG00000016580	MSI2	100	98.476	Capra_hircus
ENSCJAG00000013998	MSI2	94	95.390	ENSCPOG00000034042	MSI2	99	95.390	Cavia_porcellus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSCCAG00000033927	MSI2	100	100.000	Cebus_capucinus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSCATG00000040879	MSI2	100	100.000	Cercocebus_atys
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	94.798	ENSCLAG00000014325	MSI2	100	94.798	Chinchilla_lanigera
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSCSAG00000005633	MSI2	100	100.000	Chlorocebus_sabaeus
ENSCJAG00000013998	MSI2	90	70.000	ENSCHOG00000008660	MSI2	100	70.000	Choloepus_hoffmanni
ENSCJAG00000013998	MSI2	94	99.015	ENSCPBG00000009942	MSI2	95	91.760	Chrysemys_picta_bellii
ENSCJAG00000013998	MSI2	85	72.222	ENSCING00000018579	-	97	53.125	Ciona_intestinalis
ENSCJAG00000013998	MSI2	87	66.216	ENSCSAVG00000010397	-	76	63.750	Ciona_savignyi
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSCANG00000036414	MSI2	100	100.000	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	99.392	ENSCGRG00001013330	Msi2	100	99.392	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	99.127	ENSCGRG00000003141	Msi2	100	94.172	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	79.878	ENSCSEG00000003266	-	100	79.878	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000013998	MSI2	67	73.006	ENSCSEG00000013549	msi2a	100	73.913	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000013998	MSI2	78	75.258	ENSCSEG00000013557	msi2a	83	73.711	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	86.280	ENSCVAG00000017075	msi2a	100	87.320	Cyprinodon_variegatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	93.274	ENSDARG00000033901	msi2a	100	77.320	Danio_rerio
ENSCJAG00000013998	MSI2	92	95.588	ENSDARG00000032614	msi2b	100	98.020	Danio_rerio
ENSCJAG00000013998	MSI2	94	100.000	ENSDNOG00000014501	MSI2	100	100.000	Dasypus_novemcinctus
ENSCJAG00000013998	MSI2	78	88.832	ENSDORG00000005394	Msi2	84	88.265	Dipodomys_ordii
ENSCJAG00000013998	MSI2	67	100.000	ENSDORG00000028440	-	100	100.000	Dipodomys_ordii
ENSCJAG00000013998	MSI2	90	71.366	FBgn0260943	Rbp6	88	68.750	Drosophila_melanogaster
ENSCJAG00000013998	MSI2	90	76.316	ENSETEG00000012450	-	64	76.316	Echinops_telfairi
ENSCJAG00000013998	MSI2	84	81.221	ENSEBUG00000006732	msi2a	87	64.630	Eptatretus_burgeri
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSEASG00005002965	MSI2	97	87.429	Equus_asinus_asinus
ENSCJAG00000013998	MSI2	94	98.696	ENSECAG00000011435	MSI2	100	92.373	Equus_caballus
ENSCJAG00000013998	MSI2	82	85.375	ENSEEUG00000007810	MSI2	100	85.375	Erinaceus_europaeus
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	94.167	ENSELUG00000011747	msi2a	100	89.329	Esox_lucius
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	95.067	ENSELUG00000001361	msi2b	100	83.714	Esox_lucius
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSFCAG00000041686	MSI2	100	100.000	Felis_catus
ENSCJAG00000013998	MSI2	65	82.308	ENSFCAG00000033787	-	82	80.128	Felis_catus
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	99.103	ENSFDAG00000016118	MSI2	100	94.462	Fukomys_damarensis
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	93.227	ENSFHEG00000000084	msi2a	96	93.421	Fundulus_heteroclitus
ENSCJAG00000013998	MSI2	64	96.386	ENSGMOG00000007596	-	100	93.269	Gadus_morhua
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	91.329	ENSGALG00000005567	MSI2	100	91.329	Gallus_gallus
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	80.251	ENSGAFG00000006974	msi2a	90	94.040	Gambusia_affinis
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	92.958	ENSGAGG00000016542	MSI2	100	90.132	Gopherus_agassizii
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	99.602	ENSGGOG00000013182	MSI2	100	99.602	Gorilla_gorilla
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	92.829	ENSHBUG00000020800	msi2a	100	87.805	Haplochromis_burtoni
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	85.838	ENSHGLG00000012444	MSI2	100	85.838	Heterocephalus_glaber_female
ENSCJAG00000013998	MSI2	75	91.304	ENSHGLG00100003744	MSI2	100	91.304	Heterocephalus_glaber_male
ENSCJAG00000013998	MSI2	67	100.000	ENSHGLG00100004028	-	87	100.000	Heterocephalus_glaber_male
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	92.829	ENSHCOG00000000266	msi2a	97	84.911	Hippocampus_comes
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	86.730	ENSHCOG00000017241	-	71	81.967	Hippocampus_comes
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	94.603	ENSIPUG00000003732	msi2b	92	94.603	Ictalurus_punctatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	95	93.852	ENSIPUG00000021097	msi2a	100	87.195	Ictalurus_punctatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	94	95.390	ENSSTOG00000007884	MSI2	99	95.390	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	75	85.930	ENSJJAG00000006292	-	100	85.427	Jaculus_jaculus
ENSCJAG00000013998	MSI2	67	100.000	ENSJJAG00000009467	-	100	100.000	Jaculus_jaculus
ENSCJAG00000013998	MSI2	96	91.429	ENSKMAG00000009494	msi2a	96	91.720	Kryptolebias_marmoratus
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	93.227	ENSLBEG00000007061	msi2a	100	88.110	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	85.052	ENSLBEG00000026223	-	100	64.516	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000013998	MSI2	73	97.030	ENSLACG00000016798	MSI2	100	97.030	Latimeria_chalumnae
ENSCJAG00000013998	MSI2	91	96.413	ENSLOCG00000004675	msi2b	100	84.553	Lepisosteus_oculatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSMFAG00000003775	MSI2	100	100.000	Macaca_fascicularis
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSMMUG00000002069	MSI2	100	100.000	Macaca_mulatta
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSMNEG00000045275	MSI2	100	100.000	Macaca_nemestrina
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSMLEG00000033888	MSI2	100	100.000	Mandrillus_leucophaeus
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	92.829	ENSMAMG00000002488	-	99	92.715	Mastacembelus_armatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	97	93.227	ENSMAMG00000010503	msi2a	100	86.585	Mastacembelus_armatus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	92.378	ENSMZEG00005007676	msi2a	100	92.378	Maylandia_zebra
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	94.236	ENSMAUG00000003862	Msi2	100	94.236	Mesocricetus_auratus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	100.000	ENSMICG00000013598	-	100	100.000	Microcebus_murinus
ENSCJAG00000013998	MSI2	100	78.679	ENSMICG00000032913	-	100	79.580	Microcebus_murinus
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