EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSCJAG00000019547 (Gene tree)
Gene ID: 100408689
Gene Symbol: POLR1A
Alias: DKFZP586M0122|FLJ21915|RPA1|RPO1-4
Full Name: RNA polymerase I subunit A
Gene Type: protein_coding
Species: Callithrix_jacchus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 74903 bases
Position: chrNTIC01005557.1:21238389-21313291
Accession: 17264
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCJAP00000036331	RNA_pol_Rpb1_5	PF04998.17	1.2e-103	1	1
ENSCJAP00000036331	RNA_pol_Rpb1_4	PF05000.17	1.5e-25	1	1
ENSCJAP00000036331	RNA_pol_Rpb1_2	PF00623.20	3.5e-70	1	1
ENSCJAP00000036331	RNA_pol_Rpb1_3	PF04983.18	1.2e-35	1	1
ENSCJAP00000036331	RNA_pol_Rpb1_1	PF04997.12	2.5e-22	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCJAT00000038370	POLR1A-201	5371	-	ENSCJAP00000036331	1720 (aa)	-	F7H346

Gene Model

Click here to download ENSCJAG00000019547's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
cjc03020	RNA polymerase	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSCJAG00000019547's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCJAG00000019547	POLR1A	62	33.154	ENSCJAG00000001015	POLR3A	86	30.070

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.302	ENSG00000068654	POLR1A	100	94.302	Homo_sapiens
ENSCJAG00000019547	POLR1A	69	67.003	ENSAPOG00000017945	polr1a	99	67.172	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.535	ENSAMEG00000005807	POLR1A	100	90.574	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	63.021	ENSACIG00000022147	polr1a	100	62.890	Amphilophus_citrinellus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.527	ENSAOCG00000017336	polr1a	100	67.535	Amphiprion_ocellaris
ENSCJAG00000019547	POLR1A	95	75.000	ENSAPEG00000016105	polr1a	98	75.000	Amphiprion_percula
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.569	ENSATEG00000016773	polr1a	100	65.260	Anabas_testudineus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	86	72.764	ENSAPLG00000013871	POLR1A	99	71.911	Anas_platyrhynchos
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	69.844	ENSACAG00000012141	POLR1A	99	68.797	Anolis_carolinensis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	97.500	ENSANAG00000033927	POLR1A	100	97.500	Aotus_nancymaae
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	62.283	ENSACLG00000020541	polr1a	100	61.770	Astatotilapia_calliptera
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	88.727	ENSBTAG00000006481	POLR1A	100	88.727	Bos_taurus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	38.886	WBGene00012999	rpoa-1	98	38.362	Caenorhabditis_elegans
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.599	ENSCAFG00000007613	POLR1A	100	89.425	Canis_familiaris
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.397	ENSCAFG00020014752	POLR1A	100	89.224	Canis_lupus_dingo
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	86.443	ENSCHIG00000018204	POLR1A	99	87.508	Capra_hircus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	88.669	ENSTSYG00000002761	POLR1A	100	88.321	Carlito_syrichta
ENSCJAG00000019547	POLR1A	97	82.946	ENSCAPG00000010132	POLR1A	100	82.616	Cavia_aperea
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.456	ENSCPOG00000012350	POLR1A	100	87.282	Cavia_porcellus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	97.674	ENSCCAG00000019839	POLR1A	100	97.674	Cebus_capucinus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.767	ENSCATG00000029786	POLR1A	100	94.767	Cercocebus_atys
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.884	ENSCLAG00000005187	POLR1A	100	87.362	Chinchilla_lanigera
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.826	ENSCSAG00000016251	POLR1A	100	94.826	Chlorocebus_sabaeus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	73.973	ENSCPBG00000001115	POLR1A	99	73.815	Chrysemys_picta_bellii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	46.542	ENSCSAVG00000007184	-	91	54.851	Ciona_savignyi
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	91.749	ENSCANG00000031785	POLR1A	100	91.749	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	81.992	ENSCGRG00001006651	Polr1a	100	81.876	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCJAG00000019547	POLR1A	60	85.880	ENSCGRG00000010834	Polr1a	100	85.797	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	61.311	ENSCSEG00000020190	polr1a	100	61.485	Cynoglossus_semilaevis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	64.852	ENSCVAG00000020941	polr1a	100	64.682	Cyprinodon_variegatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	66.879	ENSDARG00000098375	polr1a	100	66.647	Danio_rerio
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	81.518	ENSDNOG00000010829	POLR1A	100	81.112	Dasypus_novemcinctus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.052	ENSDORG00000008298	Polr1a	100	86.879	Dipodomys_ordii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	72	100.000	ENSETEG00000000412	-	72	100.000	Echinops_telfairi
ENSCJAG00000019547	POLR1A	89	48.060	ENSEBUG00000005667	-	99	48.483	Eptatretus_burgeri
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.988	ENSEASG00005001625	POLR1A	100	90.988	Equus_asinus_asinus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.872	ENSECAG00000010092	POLR1A	100	91.935	Equus_caballus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.872	ENSECAG00000030510	-	100	91.935	Equus_caballus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.872	ENSECAG00000036306	-	100	91.935	Equus_caballus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	85	91.489	ENSEEUG00000000676	POLR1A	85	91.467	Erinaceus_europaeus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	67.459	ENSELUG00000012769	polr1a	99	67.188	Esox_lucius
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.174	ENSFCAG00000008966	POLR1A	100	90.000	Felis_catus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	71.119	ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.202	Ficedula_albicollis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	88.037	ENSFDAG00000013726	POLR1A	100	87.224	Fukomys_damarensis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	61.516	ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.534	Fundulus_heteroclitus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	59.593	ENSGMOG00000002230	polr1a	100	59.502	Gadus_morhua
ENSCJAG00000019547	POLR1A	90	69.300	ENSGALG00000038160	-	99	68.742	Gallus_gallus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	64.737	ENSGAFG00000015266	polr1a	100	64.224	Gambusia_affinis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	64.455	ENSGACG00000018791	polr1a	100	64.130	Gasterosteus_aculeatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	89	74.790	ENSGAGG00000004984	-	96	80.405	Gopherus_agassizii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.477	ENSGGOG00000001788	POLR1A	100	94.477	Gorilla_gorilla
ENSCJAG00000019547	POLR1A	90	64.137	ENSHBUG00000020021	polr1a	99	63.818	Haplochromis_burtoni
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.282	ENSHGLG00000006334	POLR1A	100	87.108	Heterocephalus_glaber_female
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.067	ENSHGLG00100006614	POLR1A	100	86.856	Heterocephalus_glaber_male
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	62.284	ENSHCOG00000003345	polr1a	100	61.530	Hippocampus_comes
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.817	ENSIPUG00000013174	polr1a	100	65.032	Ictalurus_punctatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	85.806	ENSSTOG00000012580	POLR1A	99	85.523	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	86.319	ENSJJAG00000013113	Polr1a	100	86.145	Jaculus_jaculus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.679	ENSKMAG00000007399	polr1a	100	65.331	Kryptolebias_marmoratus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	95	67.902	ENSLBEG00000015401	polr1a	99	67.782	Labrus_bergylta
ENSCJAG00000019547	POLR1A	53	75.952	ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.952	Latimeria_chalumnae
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	70.653	ENSLOCG00000010881	polr1a	100	69.983	Lepisosteus_oculatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	88.368	ENSLAFG00000014948	POLR1A	100	88.484	Loxodonta_africana
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.884	ENSMFAG00000046097	POLR1A	100	94.884	Macaca_fascicularis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.767	ENSMMUG00000015815	POLR1A	100	94.767	Macaca_mulatta
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.826	ENSMNEG00000043313	POLR1A	100	94.826	Macaca_nemestrina
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.302	ENSMLEG00000042428	POLR1A	100	94.302	Mandrillus_leucophaeus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.295	ENSMAMG00000016565	polr1a	100	65.507	Mastacembelus_armatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.605	ENSMZEG00005004915	polr1a	100	65.104	Maylandia_zebra
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	68.910	ENSMGAG00000013111	POLR1A	99	69.142	Meleagris_gallopavo
ENSCJAG00000019547	POLR1A	92	86.608	ENSMAUG00000008497	Polr1a	100	86.418	Mesocricetus_auratus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	91.400	ENSMICG00000000757	POLR1A	100	91.110	Microcebus_murinus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	86.277	ENSMOCG00000000122	Polr1a	100	86.161	Microtus_ochrogaster
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.159	ENSMMOG00000010216	polr1a	100	65.159	Mola_mola
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	74.468	ENSMODG00000009335	POLR1A	100	74.108	Monodelphis_domestica
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.273	ENSMALG00000013363	polr1a	100	65.238	Monopterus_albus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	85.292	MGP_CAROLIEiJ_G0028494	Polr1a	100	84.887	Mus_caroli
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	85.582	ENSMUSG00000049553	Polr1a	100	85.177	Mus_musculus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	85.582	MGP_PahariEiJ_G0022230	Polr1a	100	85.235	Mus_pahari
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	83.665	MGP_SPRETEiJ_G0029499	Polr1a	100	83.847	Mus_spretus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.477	ENSMPUG00000009135	POLR1A	100	89.302	Mustela_putorius_furo
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	88.446	ENSMLUG00000015723	POLR1A	100	88.099	Myotis_lucifugus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	86.574	ENSNGAG00000017907	Polr1a	100	86.516	Nannospalax_galili
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.721	ENSNBRG00000000519	polr1a	100	65.220	Neolamprologus_brichardi
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	92.130	ENSNLEG00000002264	POLR1A	100	92.130	Nomascus_leucogenys
ENSCJAG00000019547	POLR1A	75	93.701	ENSMEUG00000011665	-	75	93.701	Notamacropus_eugenii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	81.775	ENSOPRG00000008269	POLR1A	100	81.658	Ochotona_princeps
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.863	ENSODEG00000003542	POLR1A	100	87.340	Octodon_degus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.779	ENSONIG00000015895	polr1a	100	65.434	Oreochromis_niloticus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.773	ENSOCUG00000010138	POLR1A	100	89.773	Oryctolagus_cuniculus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	64.757	ENSORLG00000008753	polr1a	99	64.679	Oryzias_latipes
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	63.578	ENSORLG00020020726	polr1a	99	63.268	Oryzias_latipes_hni
ENSCJAG00000019547	POLR1A	95	76.596	ENSORLG00015016071	polr1a	98	76.667	Oryzias_latipes_hsok
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.709	ENSOGAG00000004031	POLR1A	100	89.709	Otolemur_garnettii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.986	ENSOARG00000020601	POLR1A	100	88.044	Ovis_aries
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.244	ENSPPAG00000042450	POLR1A	100	94.244	Pan_paniscus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.407	ENSPPRG00000006702	POLR1A	100	90.058	Panthera_pardus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.629	ENSPTIG00000018783	POLR1A	100	89.513	Panthera_tigris_altaica
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.302	ENSPTRG00000012147	POLR1A	100	94.302	Pan_troglodytes
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.651	ENSPANG00000025908	POLR1A	100	94.651	Papio_anubis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	94	77.778	ENSPKIG00000005468	polr1a	99	77.778	Paramormyrops_kingsleyae
ENSCJAG00000019547	POLR1A	63	70.236	ENSPSIG00000009321	-	99	70.631	Pelodiscus_sinensis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	54	67.556	ENSPMGG00000009718	polr1a	95	67.556	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	87.145	ENSPEMG00000022224	Polr1a	100	86.856	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	95	78.493	ENSPCIG00000004222	POLR1A	99	78.663	Phascolarctos_cinereus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.142	ENSPFOG00000005025	polr1a	100	65.006	Poecilia_formosa
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.391	ENSPLAG00000021389	polr1a	100	65.217	Poecilia_latipinna
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	63.441	ENSPMEG00000006463	polr1a	100	63.752	Poecilia_mexicana
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.373	ENSPREG00000002389	polr1a	100	65.142	Poecilia_reticulata
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	93.779	ENSPPYG00000012217	POLR1A	100	93.779	Pongo_abelii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	92	96.000	ENSPCAG00000011582	POLR1A	92	96.000	Procavia_capensis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	90.877	ENSPCOG00000026987	POLR1A	100	90.645	Propithecus_coquereli
ENSCJAG00000019547	POLR1A	95	89.338	ENSPVAG00000012674	POLR1A	95	88.693	Pteropus_vampyrus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.469	ENSPNYG00000000026	polr1a	100	64.968	Pundamilia_nyererei
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	67.014	ENSPNAG00000019223	polr1a	99	68.489	Pygocentrus_nattereri
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	86.740	ENSRNOG00000009545	Polr1a	100	86.450	Rattus_norvegicus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.070	ENSRBIG00000028335	POLR1A	100	94.070	Rhinopithecus_bieti
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	94.012	ENSRROG00000031473	POLR1A	100	94.012	Rhinopithecus_roxellana
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	37.458	YOR341W	RPA190	99	37.409	Saccharomyces_cerevisiae
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	96.919	ENSSBOG00000030262	POLR1A	100	96.919	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	73.199	ENSSHAG00000014739	POLR1A	100	73.199	Sarcophilus_harrisii
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	67.399	ENSSFOG00015019716	polr1a	100	66.455	Scleropages_formosus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.799	ENSSMAG00000014342	polr1a	100	65.509	Scophthalmus_maximus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	66.474	ENSSDUG00000014631	polr1a	100	66.416	Seriola_dumerili
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	64.730	ENSSLDG00000024095	polr1a	100	64.447	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	75	94.681	ENSSARG00000003136	-	76	94.681	Sorex_araneus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	94	78.462	ENSSPUG00000004215	POLR1A	98	78.462	Sphenodon_punctatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	63	70.635	ENSSPAG00000016341	polr1a	94	70.635	Stegastes_partitus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	83	89.348	ENSSSCG00000008226	POLR1A	99	89.318	Sus_scrofa
ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	70.488	ENSTGUG00000010704	POLR1A	100	70.405	Taeniopygia_guttata
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	63.662	ENSTRUG00000002210	polr1a	99	63.752	Takifugu_rubripes
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	60.115	ENSTNIG00000010116	polr1a	100	60.103	Tetraodon_nigroviridis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	74	95.575	ENSTBEG00000008646	POLR1A	74	95.575	Tupaia_belangeri
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	84.893	ENSTTRG00000008597	POLR1A	100	84.660	Tursiops_truncatus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	69	90.448	ENSUAMG00000012158	-	94	89.856	Ursus_americanus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	88.953	ENSUMAG00000006700	POLR1A	100	88.721	Ursus_maritimus
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	89.483	ENSVVUG00000001245	POLR1A	100	89.309	Vulpes_vulpes
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	67.611	ENSXETG00000001952	polr1a	100	68.768	Xenopus_tropicalis
ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	65.190	ENSXMAG00000004032	polr1a	100	64.859	Xiphophorus_maculatus