EuRBPDB

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RBDs

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PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSCLAG00000011329 (Gene tree)
Gene ID: 102012733
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Chinchilla_lanigera
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 29729 bases
Position: chrJH721915.1:11268650-11298378
Accession: 102012733
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCLAP00000016477	RRM_1	PF00076.22	4.1e-34	1	2
ENSCLAP00000016477	RRM_1	PF00076.22	4.1e-34	2	2
ENSCLAP00000016476	RRM_1	PF00076.22	4.9e-34	1	2
ENSCLAP00000016476	RRM_1	PF00076.22	4.9e-34	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCLAT00000016641	MSI1-202	2926	XM_005396511	ENSCLAP00000016477	342 (aa)	XP_005396568	UPI000184FD74
ENSCLAT00000016640	MSI1-201	1089	-	ENSCLAP00000016476	362 (aa)	-	-

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCLAG00000011329	MSI1	52	44.974	ENSCLAG00000006540	HNRNPD	78	41.841
ENSCLAG00000011329	MSI1	55	34.021	ENSCLAG00000015184	-	61	33.333
ENSCLAG00000011329	MSI1	50	46.961	ENSCLAG00000011022	HNRNPAB	61	48.521
ENSCLAG00000011329	MSI1	56	41.346	ENSCLAG00000009221	DAZAP1	99	44.311
ENSCLAG00000011329	MSI1	72	36.842	ENSCLAG00000005906	RBM38	61	36.842
ENSCLAG00000011329	MSI1	52	43.750	ENSCLAG00000016182	-	52	43.750
ENSCLAG00000011329	MSI1	51	42.938	ENSCLAG00000012855	HNRNPA3	76	38.153
ENSCLAG00000011329	MSI1	50	42.775	ENSCLAG00000011502	-	75	39.224
ENSCLAG00000011329	MSI1	52	34.932	ENSCLAG00000014547	TARDBP	54	33.735
ENSCLAG00000011329	MSI1	52	35.556	ENSCLAG00000007977	-	71	35.556
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	69.006	ENSCLAG00000014325	MSI2	94	71.264
ENSCLAG00000011329	MSI1	52	43.750	ENSCLAG00000014058	HNRNPA2B1	75	43.750

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSG00000135097	MSI1	98	100.000	Homo_sapiens
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSAPOG00000023458	-	94	85.965	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	85.965	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	81.365	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	81.365	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCLAG00000011329	MSI1	96	82.675	ENSACIG00000017754	-	78	82.675	Amphilophus_citrinellus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	77.485	ENSAOCG00000009031	-	95	77.778	Amphiprion_ocellaris
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	85.965	Amphiprion_ocellaris
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSAPEG00000006857	-	79	85.965	Amphiprion_percula
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	85.965	Amphiprion_percula
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	80.702	ENSATEG00000023779	-	93	80.702	Anabas_testudineus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.106	ENSATEG00000017059	MSI1	95	84.848	Anabas_testudineus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	97.076	ENSACAG00000002762	MSI1	100	93.388	Anolis_carolinensis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSANAG00000027151	MSI1	98	100.000	Aotus_nancymaae
ENSCLAG00000011329	MSI1	81	96.403	ENSANAG00000027901	-	92	96.403	Aotus_nancymaae
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSACLG00000000117	-	100	85.337	Astatotilapia_calliptera
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSACLG00000011230	MSI1	94	85.380	Astatotilapia_calliptera
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.735	ENSAMXG00000038960	msi1	76	83.735	Astyanax_mexicanus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	100.000	Bos_taurus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCJAG00000008578	MSI1	98	100.000	Callithrix_jacchus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.708	ENSCAFG00000010283	MSI1	98	99.708	Canis_familiaris
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	100.000	Canis_lupus_dingo
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	94.269	ENSCHIG00000024304	MSI1	98	94.269	Capra_hircus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	100.000	Carlito_syrichta
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	100.000	Cavia_aperea
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	100.000	Cavia_porcellus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCCAG00000035567	MSI1	98	100.000	Cebus_capucinus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCATG00000030019	MSI1	98	100.000	Cercocebus_atys
ENSCLAG00000011329	MSI1	73	96.109	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	91.727	Chlorocebus_sabaeus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	96.199	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	96.199	Chrysemys_picta_bellii
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCANG00000040651	MSI1	100	100.000	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCGRG00001018883	Msi1	98	100.000	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	100.000	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	78.299	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	Cynoglossus_semilaevis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	84.503	ENSCSEG00000008352	-	97	82.720	Cynoglossus_semilaevis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.673	ENSCSEG00000005834	-	94	85.673	Cynoglossus_semilaevis
ENSCLAG00000011329	MSI1	68	68.398	ENSCVAG00000017463	-	89	68.398	Cyprinodon_variegatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	85.965	Cyprinodon_variegatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	81.402	ENSDARG00000010710	msi1	100	85.022	Danio_rerio
ENSCLAG00000011329	MSI1	85	82.096	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	82.096	Danio_rerio
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	89.970	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	89.970	Dasypus_novemcinctus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.102	ENSDORG00000005610	Msi1	94	99.102	Dipodomys_ordii
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	95.732	ENSETEG00000004756	MSI1	100	95.732	Echinops_telfairi
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSEASG00005004736	MSI1	98	100.000	Equus_asinus_asinus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSECAG00000017526	MSI1	98	100.000	Equus_caballus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	81.232	ENSELUG00000023280	-	100	80.938	Esox_lucius
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	80.387	ENSELUG00000023219	MSI1	92	80.387	Esox_lucius
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSFCAG00000011007	MSI1	98	100.000	Felis_catus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	95.820	ENSFALG00000007574	MSI1	100	95.820	Ficedula_albicollis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.695	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	99.695	Fukomys_damarensis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSFHEG00000003560	-	94	85.965	Fundulus_heteroclitus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	86.257	ENSFHEG00000022446	MSI1	94	86.257	Fundulus_heteroclitus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.626	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	83.333	Gadus_morhua
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	77.778	ENSGMOG00000017838	-	94	77.778	Gadus_morhua
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	95.238	ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.792	Gallus_gallus
ENSCLAG00000011329	MSI1	97	67.868	ENSGAFG00000005860	-	90	67.868	Gambusia_affinis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	85.380	Gambusia_affinis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	81.871	ENSGACG00000008674	-	94	81.871	Gasterosteus_aculeatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	84.795	ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.795	Gasterosteus_aculeatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	96.199	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	91.989	Gopherus_agassizii
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	100.000	Gorilla_gorilla
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSHBUG00000011841	-	94	85.380	Haplochromis_burtoni
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	85.380	Haplochromis_burtoni
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.708	ENSHGLG00000012782	MSI1	98	99.708	Heterocephalus_glaber_female
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.695	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	99.695	Heterocephalus_glaber_male
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	80.938	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	80.938	Hippocampus_comes
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.891	ENSHCOG00000012067	-	89	83.891	Hippocampus_comes
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.918	ENSIPUG00000001976	msi1	95	83.918	Ictalurus_punctatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	100.000	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSJJAG00000010463	Msi1	98	100.000	Jaculus_jaculus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.626	ENSJJAG00000010643	-	100	80.716	Jaculus_jaculus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.088	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	85.088	Kryptolebias_marmoratus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.578	ENSKMAG00000019877	-	100	83.578	Kryptolebias_marmoratus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSLBEG00000001375	-	94	85.380	Labrus_bergylta
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	85.380	Labrus_bergylta
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	87.500	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.427	Latimeria_chalumnae
ENSCLAG00000011329	MSI1	96	89.426	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	89.426	Loxodonta_africana
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	100.000	Macaca_fascicularis
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSMMUG00000031527	MSI1	100	96.685	Macaca_mulatta
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSMNEG00000040034	MSI1	98	100.000	Macaca_nemestrina
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	100.000	Mandrillus_leucophaeus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	84.795	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	84.795	Mastacembelus_armatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	ENSMAMG00000018426	-	94	85.965	Mastacembelus_armatus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSMZEG00005000340	-	94	85.380	Maylandia_zebra
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	85.380	Maylandia_zebra
ENSCLAG00000011329	MSI1	64	98.817	ENSMGAG00000016518	-	100	98.817	Meleagris_gallopavo
ENSCLAG00000011329	MSI1	71	100.000	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	100.000	Mesocricetus_auratus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSMICG00000033181	MSI1	98	100.000	Microcebus_murinus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.708	ENSMOCG00000002286	Msi1	98	99.708	Microtus_ochrogaster
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	76.316	ENSMMOG00000010492	MSI1	94	76.316	Mola_mola
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	80.415	ENSMMOG00000012265	-	99	80.415	Mola_mola
ENSCLAG00000011329	MSI1	96	67.771	ENSMODG00000003189	-	100	67.771	Monodelphis_domestica
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.380	ENSMALG00000017889	MSI1	94	85.380	Monopterus_albus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.044	ENSMALG00000001426	-	100	85.044	Monopterus_albus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.415	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	99.415	Mus_caroli
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.415	ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.415	Mus_musculus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.123	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	98	99.123	Mus_pahari
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.415	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	99.415	Mus_spretus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	100.000	Mustela_putorius_furo
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	90.179	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	90.179	Myotis_lucifugus
ENSCLAG00000011329	MSI1	100	100.000	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	100.000	Nannospalax_galili
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