EuRBPDB

Description

RBDs

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PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSCSEG00000011032 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: RNA-binding protein Musashi homolog 1-like
Gene Type: protein_coding
Species: Cynoglossus_semilaevis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 14032 bases
Position: chrZ:14939445-14953476
Accession: 103398118
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSCSEP00000017216	RRM_1	PF00076.22	3.6e-24	1	2
ENSCSEP00000017216	RRM_1	PF00076.22	3.6e-24	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSCSET00000017430	MSI1-201	894	XM_017042884	ENSCSEP00000017216	297 (aa)	XP_016898373	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSCSEG00000011032	MSI1	53	45.238	ENSCSEG00000011636	hnrnpaba	73	40.976
ENSCSEG00000011032	MSI1	56	32.203	ENSCSEG00000003421	hnrnpa0b	71	30.802
ENSCSEG00000011032	MSI1	53	43.452	ENSCSEG00000010345	-	80	36.364
ENSCSEG00000011032	MSI1	92	57.477	ENSCSEG00000013557	msi2a	91	57.477
ENSCSEG00000011032	MSI1	59	33.333	ENSCSEG00000005274	tardbpl	58	33.333
ENSCSEG00000011032	MSI1	59	42.857	ENSCSEG00000010909	hnrnpd	80	38.554
ENSCSEG00000011032	MSI1	57	39.560	ENSCSEG00000007589	hnrnpa1a	71	39.429
ENSCSEG00000011032	MSI1	66	30.476	ENSCSEG00000014051	-	86	30.476
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	67.797	ENSCSEG00000003266	-	92	67.797
ENSCSEG00000011032	MSI1	57	40.217	ENSCSEG00000005613	HNRNPA3	93	33.750
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	95.779	ENSCSEG00000008352	-	94	95.779
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	84.098	ENSCSEG00000005834	-	94	84.098
ENSCSEG00000011032	MSI1	53	63.514	ENSCSEG00000013549	msi2a	82	63.514

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSG00000135097	MSI1	99	82.328	Homo_sapiens
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	87.129	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	84.049	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.024	ENSAPOG00000023458	-	94	89.024	Acanthochromis_polyacanthus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	64.365	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	64.365	Ailuropoda_melanoleuca
ENSCSEG00000011032	MSI1	96	88.380	ENSACIG00000017754	-	78	85.390	Amphilophus_citrinellus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	84.049	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	84.049	Amphiprion_ocellaris
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.746	ENSAOCG00000009031	-	95	88.424	Amphiprion_ocellaris
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.024	ENSAPEG00000006857	-	79	89.024	Amphiprion_percula
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	84.049	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	84.049	Amphiprion_percula
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	94.613	ENSATEG00000017059	MSI1	95	88.644	Anabas_testudineus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	80.851	ENSATEG00000023779	-	93	80.851	Anabas_testudineus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.761	ENSACAG00000002762	MSI1	99	79.646	Anolis_carolinensis
ENSCSEG00000011032	MSI1	79	78.113	ENSANAG00000027901	-	88	78.113	Aotus_nancymaae
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSANAG00000027151	MSI1	98	78.299	Aotus_nancymaae
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.602	ENSACLG00000000117	-	100	89.602	Astatotilapia_calliptera
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	84.466	ENSACLG00000011230	MSI1	94	83.841	Astatotilapia_calliptera
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.333	ENSAMXG00000038960	msi1	75	88.333	Astyanax_mexicanus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	82.919	Bos_taurus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	ENSCJAG00000008578	MSI1	98	78.299	Callithrix_jacchus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSCAFG00000010283	MSI1	98	78.299	Canis_familiaris
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.814	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	77.814	Canis_lupus_dingo
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.616	ENSCHIG00000024304	MSI1	98	77.616	Capra_hircus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.370	ENSTSYG00000033949	MSI1	100	74.522	Carlito_syrichta
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	68.690	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	75.824	Cavia_aperea
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	78.299	Cavia_porcellus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSCCAG00000035567	MSI1	98	78.299	Cebus_capucinus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	80.363	ENSCATG00000030019	MSI1	98	80.363	Cercocebus_atys
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	78.299	Chinchilla_lanigera
ENSCSEG00000011032	MSI1	72	86.547	ENSCSAG00000002265	MSI1	77	86.547	Chlorocebus_sabaeus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	86.174	ENSCPBG00000011349	MSI1	98	81.212	Chrysemys_picta_bellii
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.439	ENSCANG00000040651	MSI1	100	77.439	Colobus_angolensis_palliatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSCGRG00001018883	Msi1	98	78.299	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.508	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	77.508	Cricetulus_griseus_crigri
ENSCSEG00000011032	MSI1	66	65.421	ENSCVAG00000017463	-	88	65.421	Cyprinodon_variegatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	94.481	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	94.481	Cyprinodon_variegatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.865	ENSDARG00000010710	msi1	99	89.865	Danio_rerio
ENSCSEG00000011032	MSI1	86	82.326	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	98	82.326	Danio_rerio
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	74.367	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	74.367	Dasypus_novemcinctus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	76.946	ENSDORG00000005610	Msi1	94	76.946	Dipodomys_ordii
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	75.000	ENSETEG00000004756	MSI1	100	74.695	Echinops_telfairi
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	ENSEASG00005004736	MSI1	98	82.919	Equus_asinus_asinus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	ENSECAG00000017526	MSI1	98	78.299	Equus_caballus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	83.750	ENSELUG00000023280	-	100	83.750	Esox_lucius
ENSCSEG00000011032	MSI1	96	85.714	ENSELUG00000023219	MSI1	92	81.322	Esox_lucius
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	ENSFCAG00000011007	MSI1	98	78.299	Felis_catus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	81.333	ENSFALG00000007574	MSI1	100	81.333	Ficedula_albicollis
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.134	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	77.134	Fukomys_damarensis
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.701	ENSFHEG00000022446	MSI1	94	88.720	Fundulus_heteroclitus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	85.993	ENSFHEG00000003560	-	96	85.993	Fundulus_heteroclitus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	74.018	ENSGMOG00000017838	-	94	74.018	Gadus_morhua
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	87.117	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	86.810	Gadus_morhua
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	79.771	ENSGALG00000007227	MSI1	96	73.504	Gallus_gallus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	83.129	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	83.129	Gambusia_affinis
ENSCSEG00000011032	MSI1	97	78.000	ENSGAFG00000005860	-	90	78.000	Gambusia_affinis
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	75.882	ENSGACG00000008674	-	94	75.882	Gasterosteus_aculeatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	92.233	ENSGACG00000012679	MSI1	94	92.233	Gasterosteus_aculeatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	86.174	ENSGAGG00000016037	MSI1	94	86.174	Gopherus_agassizii
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.707	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	77.707	Gorilla_gorilla
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.602	ENSHBUG00000011841	-	94	89.602	Haplochromis_burtoni
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	83.841	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	83.841	Haplochromis_burtoni
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.006	ENSHGLG00000012782	MSI1	98	78.006	Heterocephalus_glaber_female
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.134	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	77.134	Heterocephalus_glaber_male
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	86.971	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	86.971	Hippocampus_comes
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	94.257	ENSHCOG00000012067	-	89	94.257	Hippocampus_comes
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.000	ENSIPUG00000001976	msi1	98	88.000	Ictalurus_punctatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.814	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	77.814	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	72.000	ENSJJAG00000010643	-	94	72.000	Jaculus_jaculus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	79.464	ENSJJAG00000010463	Msi1	98	79.464	Jaculus_jaculus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.264	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	89.264	Kryptolebias_marmoratus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.274	ENSKMAG00000019877	-	100	88.274	Kryptolebias_marmoratus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.286	ENSLBEG00000001375	-	94	84.098	Labrus_bergylta
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	94.175	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	94.175	Labrus_bergylta
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	79.351	ENSLACG00000018287	MSI1	100	79.351	Latimeria_chalumnae
ENSCSEG00000011032	MSI1	51	76.404	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	58	76.404	Lepisosteus_oculatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	96	75.410	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	75.082	Loxodonta_africana
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	78.299	Macaca_fascicularis
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	78.299	Macaca_mulatta
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	82.919	ENSMNEG00000040034	MSI1	98	82.919	Macaca_nemestrina
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.439	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	77.439	Mandrillus_leucophaeus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.264	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	89.264	Mastacembelus_armatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.599	ENSMAMG00000018426	-	95	88.599	Mastacembelus_armatus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	83.841	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	83.841	Maylandia_zebra
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	95.130	ENSMZEG00005000340	-	94	95.130	Maylandia_zebra
ENSCSEG00000011032	MSI1	70	87.574	ENSMGAG00000016518	-	100	87.574	Meleagris_gallopavo
ENSCSEG00000011032	MSI1	72	86.547	ENSMAUG00000016820	Msi1	92	86.547	Mesocricetus_auratus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	79.167	ENSMICG00000033181	MSI1	98	79.167	Microcebus_murinus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.006	ENSMOCG00000002286	Msi1	98	78.006	Microtus_ochrogaster
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.552	ENSMMOG00000012265	-	99	87.129	Mola_mola
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	87.622	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	87.622	Mola_mola
ENSCSEG00000011032	MSI1	96	54.217	ENSMODG00000003189	-	100	53.313	Monodelphis_domestica
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.274	ENSMALG00000001426	-	100	88.274	Monopterus_albus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	92.429	ENSMALG00000017889	MSI1	95	92.429	Monopterus_albus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	84.791	Mus_caroli
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	80.556	ENSMUSG00000054256	Msi1	98	84.791	Mus_musculus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	81.155	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	98	85.115	Mus_pahari
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	78.299	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	84.791	Mus_spretus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.814	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	77.814	Mustela_putorius_furo
ENSCSEG00000011032	MSI1	96	69.940	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	69.940	Myotis_lucifugus
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	77.508	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	77.508	Nannospalax_galili
ENSCSEG00000011032	MSI1	89	81.651	ENSNBRG00000018012	MSI1	91	81.651	Neolamprologus_brichardi
ENSCSEG00000011032	MSI1	100	95.130	ENSNBRG00000000841	-	94	95.130	Neolamprologus_brichardi
ENSCSEG00000011032	MSI1	96	68.293	ENSNLEG00000015636	MSI1	100	68.293	Nomascus_leucogenys
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