EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSDARG00000004706 (Gene tree)
Gene ID: 445043
Gene Symbol: syf2
Alias: hm:zeh0031|zeh0031|zgc:113871|zgc:92835
Full Name: SYF2 pre-mRNA-splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Danio_rerio
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 11349 bases
Position: chr13:45431660-45443008
Accession: ZDB-GENE-040801-170
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSDARP00000090723	SYF2	PF08231.12	2e-54	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSDART00000146278	-	798	-	-	- (aa)	-	-
ENSDART00000145016	-	714	-	-	- (aa)	-	-
ENSDART00000099950	-	998	-	ENSDARP00000090723	238 (aa)	-	Q6DGP2

Gene Model

Click here to download ENSDARG00000004706's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
dre03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSDARG00000004706's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.243	ENSG00000117614	SYF2	99	77.917	Homo_sapiens
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.555	ENSAPOG00000001174	syf2	100	86.555	Acanthochromis_polyacanthus
ENSDARG00000004706	syf2	82	82.564	ENSAMEG00000010134	-	100	82.564	Ailuropoda_melanoleuca
ENSDARG00000004706	syf2	99	77.273	ENSAMEG00000010115	-	99	77.273	Ailuropoda_melanoleuca
ENSDARG00000004706	syf2	97	87.391	ENSACIG00000023688	syf2	92	87.391	Amphilophus_citrinellus
ENSDARG00000004706	syf2	100	85.714	ENSAOCG00000022046	syf2	99	86.441	Amphiprion_ocellaris
ENSDARG00000004706	syf2	93	84.615	ENSAOCG00000010912	syf2	69	84.615	Amphiprion_ocellaris
ENSDARG00000004706	syf2	100	85.714	ENSAPEG00000018858	syf2	92	85.714	Amphiprion_percula
ENSDARG00000004706	syf2	100	87.395	ENSATEG00000007745	syf2	100	87.395	Anabas_testudineus
ENSDARG00000004706	syf2	84	83.920	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	83.500	Anas_platyrhynchos
ENSDARG00000004706	syf2	70	68.862	ENSACAG00000026777	-	100	68.862	Anolis_carolinensis
ENSDARG00000004706	syf2	86	80.882	ENSACAG00000013653	-	100	80.882	Anolis_carolinensis
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.333	ENSANAG00000032473	SYF2	99	78.333	Aotus_nancymaae
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.555	ENSACLG00000019916	syf2	100	86.555	Astatotilapia_calliptera
ENSDARG00000004706	syf2	100	88.235	ENSAMXG00000004051	syf2	100	88.235	Astyanax_mexicanus
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.151	ENSBTAG00000001651	SYF2	99	78.151	Bos_taurus
ENSDARG00000004706	syf2	87	49.763	WBGene00019402	syf-2	90	49.763	Caenorhabditis_elegans
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.333	ENSCJAG00000046570	SYF2	99	78.333	Callithrix_jacchus
ENSDARG00000004706	syf2	91	82.407	ENSCAFG00000012895	-	89	82.569	Canis_familiaris
ENSDARG00000004706	syf2	97	73.913	ENSCAFG00000030331	-	96	73.913	Canis_familiaris
ENSDARG00000004706	syf2	76	74.725	ENSCAFG00020021094	-	95	74.725	Canis_lupus_dingo
ENSDARG00000004706	syf2	91	82.407	ENSCAFG00020021091	-	89	82.569	Canis_lupus_dingo
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.571	ENSCHIG00000020874	SYF2	97	78.571	Capra_hircus
ENSDARG00000004706	syf2	99	77.500	ENSTSYG00000005114	SYF2	99	77.500	Carlito_syrichta
ENSDARG00000004706	syf2	83	82.828	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	82.828	Cavia_aperea
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.049	ENSCPOG00000005326	SYF2	100	77.049	Cavia_porcellus
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.333	ENSCCAG00000022459	SYF2	99	78.333	Cebus_capucinus
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.500	ENSCATG00000026917	SYF2	99	77.500	Cercocebus_atys
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.279	ENSCLAG00000008474	SYF2	100	78.279	Chinchilla_lanigera
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSCSAG00000000948	SYF2	99	77.917	Chlorocebus_sabaeus
ENSDARG00000004706	syf2	74	63.687	ENSCHOG00000005273	-	99	63.687	Choloepus_hoffmanni
ENSDARG00000004706	syf2	96	82.533	ENSCPBG00000025073	SYF2	94	81.857	Chrysemys_picta_bellii
ENSDARG00000004706	syf2	93	53.363	ENSCING00000003017	-	93	53.812	Ciona_intestinalis
ENSDARG00000004706	syf2	89	50.467	ENSCSAVG00000006627	-	98	50.467	Ciona_savignyi
ENSDARG00000004706	syf2	100	69.167	ENSCANG00000037322	SYF2	99	69.167	Colobus_angolensis_palliatus
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.099	ENSCGRG00001020733	Syf2	100	78.099	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSDARG00000004706	syf2	82	83.673	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	83.417	Cricetulus_griseus_crigri
ENSDARG00000004706	syf2	92	83.105	ENSCSEG00000000117	syf2	97	81.385	Cynoglossus_semilaevis
ENSDARG00000004706	syf2	100	83.264	ENSCVAG00000019543	syf2	100	83.264	Cyprinodon_variegatus
ENSDARG00000004706	syf2	99	79.498	ENSDNOG00000047605	SYF2	98	79.498	Dasypus_novemcinctus
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.279	ENSDORG00000001274	Syf2	100	78.279	Dipodomys_ordii
ENSDARG00000004706	syf2	92	55.455	FBgn0033556	CG12343	97	55.455	Drosophila_melanogaster
ENSDARG00000004706	syf2	94	67.265	ENSETEG00000015729	SYF2	100	65.939	Echinops_telfairi
ENSDARG00000004706	syf2	83	57.360	ENSEBUG00000015402	syf2	95	57.360	Eptatretus_burgeri
ENSDARG00000004706	syf2	92	83.945	ENSEASG00005004224	-	89	83.945	Equus_asinus_asinus
ENSDARG00000004706	syf2	99	70.711	ENSEASG00005004232	-	99	70.711	Equus_asinus_asinus
ENSDARG00000004706	syf2	94	82.511	ENSECAG00000012023	-	91	82.511	Equus_caballus
ENSDARG00000004706	syf2	92	83.945	ENSECAG00000010440	-	91	83.945	Equus_caballus
ENSDARG00000004706	syf2	72	68.182	ENSEEUG00000015084	SYF2	96	68.182	Erinaceus_europaeus
ENSDARG00000004706	syf2	100	85.714	ENSELUG00000003465	syf2	99	85.714	Esox_lucius
ENSDARG00000004706	syf2	92	83.028	ENSFCAG00000043095	-	89	83.028	Felis_catus
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.551	ENSFCAG00000010324	-	85	77.551	Felis_catus
ENSDARG00000004706	syf2	86	82.353	ENSFALG00000000460	SYF2	93	80.263	Ficedula_albicollis
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.778	ENSFDAG00000008310	SYF2	100	77.778	Fukomys_damarensis
ENSDARG00000004706	syf2	95	73.009	ENSFHEG00000007238	syf2	100	73.009	Fundulus_heteroclitus
ENSDARG00000004706	syf2	92	87.156	ENSGMOG00000019138	syf2	97	87.156	Gadus_morhua
ENSDARG00000004706	syf2	94	83.408	ENSGALG00000013639	SYF2	92	80.169	Gallus_gallus
ENSDARG00000004706	syf2	100	81.513	ENSGAFG00000019435	syf2	100	81.513	Gambusia_affinis
ENSDARG00000004706	syf2	93	87.387	ENSGACG00000007305	syf2	100	84.100	Gasterosteus_aculeatus
ENSDARG00000004706	syf2	97	82.174	ENSGAGG00000010670	SYF2	94	81.435	Gopherus_agassizii
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.243	ENSGGOG00000012796	SYF2	99	77.917	Gorilla_gorilla
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.555	ENSHBUG00000020477	syf2	99	87.826	Haplochromis_burtoni
ENSDARG00000004706	syf2	94	72.197	ENSHGLG00000004304	-	100	68.908	Heterocephalus_glaber_female
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.869	ENSHGLG00000014393	SYF2	100	77.869	Heterocephalus_glaber_female
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.869	ENSHGLG00100014722	SYF2	100	77.869	Heterocephalus_glaber_male
ENSDARG00000004706	syf2	100	84.454	ENSHCOG00000012904	syf2	78	84.454	Hippocampus_comes
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.611	ENSIPUG00000019859	syf2	100	86.611	Ictalurus_punctatus
ENSDARG00000004706	syf2	61	77.397	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	77.397	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSDARG00000004706	syf2	84	83.417	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	83.417	Jaculus_jaculus
ENSDARG00000004706	syf2	100	82.773	ENSKMAG00000013856	syf2	100	82.773	Kryptolebias_marmoratus
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.555	ENSLBEG00000014425	syf2	100	86.555	Labrus_bergylta
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.891	ENSLACG00000012064	SYF2	100	76.891	Latimeria_chalumnae
ENSDARG00000004706	syf2	100	83.193	ENSLOCG00000002728	syf2	95	83.193	Lepisosteus_oculatus
ENSDARG00000004706	syf2	77	57.609	ENSLAFG00000030814	-	100	57.609	Loxodonta_africana
ENSDARG00000004706	syf2	94	82.960	ENSLAFG00000023150	-	91	82.960	Loxodonta_africana
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSMFAG00000041831	SYF2	99	77.917	Macaca_fascicularis
ENSDARG00000004706	syf2	99	77.500	ENSMMUG00000002968	SYF2	99	77.500	Macaca_mulatta
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSMNEG00000030180	SYF2	99	77.917	Macaca_nemestrina
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.500	ENSMLEG00000030248	SYF2	99	77.500	Mandrillus_leucophaeus
ENSDARG00000004706	syf2	100	85.294	ENSMAMG00000010403	syf2	98	85.294	Mastacembelus_armatus
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.555	ENSMZEG00005006429	syf2	100	86.555	Maylandia_zebra
ENSDARG00000004706	syf2	84	83.920	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	83.920	Meleagris_gallopavo
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.512	ENSMAUG00000018974	Syf2	100	78.512	Mesocricetus_auratus
ENSDARG00000004706	syf2	84	83.417	ENSMICG00000016191	SYF2	100	83.417	Microcebus_murinus
ENSDARG00000004706	syf2	100	78.926	ENSMOCG00000022938	Syf2	100	78.926	Microtus_ochrogaster
ENSDARG00000004706	syf2	95	85.463	ENSMMOG00000002396	syf2	95	85.463	Mola_mola
ENSDARG00000004706	syf2	94	79.556	ENSMODG00000013951	-	98	79.556	Monodelphis_domestica
ENSDARG00000004706	syf2	100	82.158	ENSMALG00000010706	syf2	100	82.573	Monopterus_albus
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.752	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	100	79.752	Mus_caroli
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.752	ENSMUSG00000028821	Syf2	100	79.752	Mus_musculus
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.752	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	100	79.752	Mus_pahari
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.752	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	100	79.752	Mus_spretus
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.829	ENSMPUG00000015801	-	100	76.829	Mustela_putorius_furo
ENSDARG00000004706	syf2	91	82.407	ENSMPUG00000015802	-	89	82.569	Mustela_putorius_furo
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.333	ENSMLUG00000001885	SYF2	98	78.333	Myotis_lucifugus
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.829	ENSNGAG00000007912	Syf2	100	76.829	Nannospalax_galili
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.446	ENSNBRG00000010720	syf2	99	76.446	Neolamprologus_brichardi
ENSDARG00000004706	syf2	99	77.917	ENSNLEG00000035185	SYF2	99	77.917	Nomascus_leucogenys
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.955	ENSOPRG00000012870	SYF2	100	76.955	Ochotona_princeps
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.891	ENSODEG00000017664	-	100	76.891	Octodon_degus
ENSDARG00000004706	syf2	93	73.874	ENSODEG00000014338	-	92	73.874	Octodon_degus
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.975	ENSONIG00000008213	syf2	100	86.975	Oreochromis_niloticus
ENSDARG00000004706	syf2	85	83.168	ENSOANG00000009552	SYF2	100	83.168	Ornithorhynchus_anatinus
ENSDARG00000004706	syf2	91	83.796	ENSOCUG00000013050	SYF2	100	78.279	Oryctolagus_cuniculus
ENSDARG00000004706	syf2	98	81.974	ENSORLG00000028820	syf2	100	81.974	Oryzias_latipes
ENSDARG00000004706	syf2	100	81.092	ENSORLG00020018333	syf2	100	81.092	Oryzias_latipes_hni
ENSDARG00000004706	syf2	100	81.092	ENSORLG00015014665	syf2	100	81.092	Oryzias_latipes_hsok
ENSDARG00000004706	syf2	100	82.773	ENSOMEG00000013911	syf2	100	82.773	Oryzias_melastigma
ENSDARG00000004706	syf2	94	83.408	ENSOGAG00000009962	SYF2	91	83.408	Otolemur_garnettii
ENSDARG00000004706	syf2	82	56.923	ENSOARG00000006269	-	100	56.923	Ovis_aries
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSOARG00000006348	-	96	77.917	Ovis_aries
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.243	ENSPPAG00000036579	SYF2	99	77.917	Pan_paniscus
ENSDARG00000004706	syf2	92	83.028	ENSPPRG00000001651	-	89	83.028	Panthera_pardus
ENSDARG00000004706	syf2	99	77.049	ENSPPRG00000001638	-	89	83.945	Panthera_pardus
ENSDARG00000004706	syf2	97	79.310	ENSPTIG00000007036	-	94	79.310	Panthera_tigris_altaica
ENSDARG00000004706	syf2	91	83.796	ENSPTIG00000005711	-	80	83.636	Panthera_tigris_altaica
ENSDARG00000004706	syf2	99	78.243	ENSPTRG00000000352	SYF2	99	77.917	Pan_troglodytes
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSPANG00000008139	SYF2	99	77.917	Papio_anubis
ENSDARG00000004706	syf2	100	84.874	ENSPKIG00000008130	syf2	100	84.874	Paramormyrops_kingsleyae
ENSDARG00000004706	syf2	99	81.435	ENSPSIG00000011816	SYF2	91	81.435	Pelodiscus_sinensis
ENSDARG00000004706	syf2	96	85.590	ENSPMGG00000008755	syf2	89	85.590	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.339	ENSPEMG00000008283	Syf2	100	79.339	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSDARG00000004706	syf2	94	83.408	ENSPCIG00000014235	SYF2	100	78.000	Phascolarctos_cinereus
ENSDARG00000004706	syf2	96	85.088	ENSPFOG00000004116	syf2	94	85.088	Poecilia_formosa
ENSDARG00000004706	syf2	96	84.649	ENSPLAG00000006691	syf2	98	84.649	Poecilia_latipinna
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.832	ENSPMEG00000011684	syf2	98	82.018	Poecilia_mexicana
ENSDARG00000004706	syf2	91	87.037	ENSPREG00000003009	syf2	100	82.773	Poecilia_reticulata
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSPPYG00000001713	SYF2	99	77.917	Pongo_abelii
ENSDARG00000004706	syf2	100	54.321	ENSPCOG00000027011	SYF2	100	54.321	Propithecus_coquereli
ENSDARG00000004706	syf2	99	69.456	ENSPVAG00000005841	SYF2	98	69.456	Pteropus_vampyrus
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.555	ENSPNYG00000004979	syf2	100	86.555	Pundamilia_nyererei
ENSDARG00000004706	syf2	100	88.655	ENSPNAG00000015570	syf2	100	88.655	Pygocentrus_nattereri
ENSDARG00000004706	syf2	100	79.752	ENSRNOG00000060597	Syf2	100	79.752	Rattus_norvegicus
ENSDARG00000004706	syf2	100	76.250	ENSRBIG00000042970	SYF2	99	76.250	Rhinopithecus_bieti
ENSDARG00000004706	syf2	100	77.917	ENSRROG00000001347	SYF2	99	77.917	Rhinopithecus_roxellana
ENSDARG00000004706	syf2	91	83.333	ENSSBOG00000020184	SYF2	90	83.486	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSDARG00000004706	syf2	86	83.495	ENSSHAG00000007152	-	100	83.495	Sarcophilus_harrisii
ENSDARG00000004706	syf2	94	82.511	ENSSHAG00000015630	-	90	82.511	Sarcophilus_harrisii
ENSDARG00000004706	syf2	93	90.498	ENSSFOG00015023647	syf2	93	90.498	Scleropages_formosus
ENSDARG00000004706	syf2	100	81.933	ENSSMAG00000009867	syf2	100	81.933	Scophthalmus_maximus
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.134	ENSSDUG00000013072	syf2	100	86.134	Seriola_dumerili
ENSDARG00000004706	syf2	100	86.134	ENSSLDG00000012677	syf2	100	86.134	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSDARG00000004706	syf2	100	61.765	ENSSARG00000012889	SYF2	96	61.765	Sorex_araneus
ENSDARG00000004706	syf2	99	80.169	ENSSPUG00000005251	SYF2	92	80.169	Sphenodon_punctatus
ENSDARG00000004706	syf2	100	83.613	ENSSPAG00000009626	syf2	100	83.613	Stegastes_partitus
ENSDARG00000004706	syf2	99	79.237	ENSSSCG00000037481	SYF2	95	79.237	Sus_scrofa
ENSDARG00000004706	syf2	63	54.967	ENSTGUG00000001126	SYF2	88	56.742	Taeniopygia_guttata
ENSDARG00000004706	syf2	100	80.833	ENSTRUG00000001499	syf2	91	83.186	Takifugu_rubripes
ENSDARG00000004706	syf2	93	84.234	ENSTNIG00000016912	syf2	99	84.234	Tetraodon_nigroviridis
ENSDARG00000004706	syf2	99	59.167	ENSTBEG00000017370	SYF2	98	59.167	Tupaia_belangeri
ENSDARG00000004706	syf2	91	82.870	ENSTTRG00000003550	SYF2	95	78.814	Tursiops_truncatus
ENSDARG00000004706	syf2	97	76.793	ENSUAMG00000002897	SYF2	96	76.793	Ursus_americanus
ENSDARG00000004706	syf2	91	81.944	ENSUMAG00000013108	SYF2	96	77.215	Ursus_maritimus
ENSDARG00000004706	syf2	93	81.982	ENSVPAG00000005705	SYF2	91	81.982	Vicugna_pacos
ENSDARG00000004706	syf2	91	82.407	ENSVVUG00000027175	-	89	82.569	Vulpes_vulpes
ENSDARG00000004706	syf2	86	82.439	ENSVVUG00000027181	-	96	78.059	Vulpes_vulpes
ENSDARG00000004706	syf2	93	81.081	ENSXETG00000022797	syf2	89	81.081	Xenopus_tropicalis
ENSDARG00000004706	syf2	100	81.513	ENSXMAG00000022698	syf2	100	81.513	Xiphophorus_maculatus

Gene Ontology

Go ID	Go_term	PubmedID	Evidence	Category
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	-	ISS	Process
GO:0000974	Prp19 complex	21873635.	IBA	Component
GO:0003674	molecular_function	-	ND	Function
GO:0005634	nucleus	-	IEA	Component
GO:0005681	spliceosomal complex	-	IEA	Component
GO:0006397	mRNA processing	-	IEA	Process
GO:0008380	RNA splicing	-	IEA	Process
GO:0071007	U2-type catalytic step 2 spliceosome	-	ISS	Component
GO:0071013	catalytic step 2 spliceosome	21873635.	IBA	Component
GO:0071014	post-mRNA release spliceosomal complex	21873635.	IBA	Component