EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSEBUG00000013823 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: sbno1
Alias: -
Full Name: strawberry notch homolog 1 (Drosophila)
Gene Type: protein_coding
Species: Eptatretus_burgeri
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 152790 bases
Position: chrFYBX02010728.1:956848-1109637
Accession: ZDB-GENE-080522-2
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSEBUP00000022468	ResIII	PF04851.15	7.2e-07	1	1
ENSEBUP00000022517	ResIII	PF04851.15	7.3e-07	1	1
ENSEBUP00000022434	ResIII	PF04851.15	7.4e-07	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSEBUT00000023010	-	7979	-	ENSEBUP00000022434	1079 (aa)	-	-
ENSEBUT00000023092	-	7722	-	ENSEBUP00000022517	1070 (aa)	-	-
ENSEBUT00000023044	-	7934	-	ENSEBUP00000022468	1064 (aa)	-	-

Gene Model

Click here to download ENSEBUG00000013823's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSEBUG00000013823's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.815	ENSG00000139697	SBNO1	75	62.942	Homo_sapiens
ENSEBUG00000013823	sbno1	75	70.991	ENSAPOG00000003196	sbno1	68	71.726	Acanthochromis_polyacanthus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.268	ENSAMEG00000015151	SBNO1	75	62.407	Ailuropoda_melanoleuca
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	64.016	ENSACIG00000008088	sbno1	73	65.098	Amphilophus_citrinellus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.784	ENSAOCG00000014859	sbno1	74	62.150	Amphiprion_ocellaris
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.784	ENSAPEG00000006069	sbno1	74	62.150	Amphiprion_percula
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.886	ENSATEG00000006667	sbno1	75	61.795	Anabas_testudineus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.056	ENSAPLG00000015674	SBNO1	75	62.639	Anas_platyrhynchos
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.137	ENSACAG00000015441	SBNO1	66	63.188	Anolis_carolinensis
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSANAG00000029958	-	72	82.243	Aotus_nancymaae
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.382	ENSACLG00000024913	sbno1	73	64.230	Astatotilapia_calliptera
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.793	ENSAMXG00000019473	sbno1	75	62.977	Astyanax_mexicanus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.584	ENSBTAG00000020505	SBNO1	74	64.327	Bos_taurus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.349	ENSCJAG00000016599	SBNO1	98	63.503	Callithrix_jacchus
ENSEBUG00000013823	sbno1	68	87.179	ENSCAFG00000007503	SBNO1	68	85.859	Canis_familiaris
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	81.218	ENSCAFG00020015363	SBNO1	72	81.218	Canis_lupus_dingo
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSCHIG00000008382	SBNO1	72	84.729	Capra_hircus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSTSYG00000012749	SBNO1	74	86.802	Carlito_syrichta
ENSEBUG00000013823	sbno1	75	84.729	ENSCAPG00000000384	SBNO1	71	84.729	Cavia_aperea
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSCPOG00000008109	SBNO1	72	84.729	Cavia_porcellus
ENSEBUG00000013823	sbno1	80	80.851	ENSCCAG00000035316	SBNO1	70	80.851	Cebus_capucinus
ENSEBUG00000013823	sbno1	81	86.802	ENSCATG00000008239	SBNO1	70	86.802	Cercocebus_atys
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSCLAG00000008995	SBNO1	72	84.729	Chinchilla_lanigera
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	71.976	ENSCSAG00000002064	SBNO1	70	72.129	Chlorocebus_sabaeus
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	71.856	ENSCHOG00000008814	SBNO1	58	72.368	Choloepus_hoffmanni
ENSEBUG00000013823	sbno1	94	61.998	ENSCPBG00000025968	SBNO1	77	63.035	Chrysemys_picta_bellii
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	85.787	ENSCANG00000042688	-	76	62.104	Colobus_angolensis_palliatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.772	ENSCGRG00001017470	Sbno1	72	84.772	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.772	ENSCGRG00000004756	Sbno1	72	84.772	Cricetulus_griseus_crigri
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.536	ENSCSEG00000011919	sbno1	74	63.495	Cynoglossus_semilaevis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.633	ENSCVAG00000007038	sbno1	74	63.689	Cyprinodon_variegatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.935	ENSDARG00000099080	sbno1	75	63.526	Danio_rerio
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	68.950	ENSDNOG00000017147	SBNO1	95	64.676	Dasypus_novemcinctus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	58.677	ENSDORG00000015261	Sbno1	73	58.846	Dipodomys_ordii
ENSEBUG00000013823	sbno1	87	55.172	ENSETEG00000005620	SBNO1	70	56.170	Echinops_telfairi
ENSEBUG00000013823	sbno1	59	68.203	ENSEASG00005012595	-	88	68.865	Equus_asinus_asinus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.442	ENSECAG00000006127	SBNO1	75	62.942	Equus_caballus
ENSEBUG00000013823	sbno1	82	65.354	ENSEEUG00000003793	SBNO1	61	65.730	Erinaceus_europaeus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.460	ENSELUG00000002886	sbno1	75	61.781	Esox_lucius
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.663	ENSFCAG00000015331	SBNO1	75	62.884	Felis_catus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.776	ENSFALG00000009273	SBNO1	75	62.732	Ficedula_albicollis
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSFDAG00000014232	SBNO1	75	63.265	Fukomys_damarensis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.786	ENSFHEG00000007360	sbno1	74	64.211	Fundulus_heteroclitus
ENSEBUG00000013823	sbno1	83	67.814	ENSGMOG00000018229	sbno1	74	64.206	Gadus_morhua
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.360	ENSGALG00000003392	SBNO1	84	62.942	Gallus_gallus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.828	ENSGAFG00000003960	sbno1	74	64.922	Gambusia_affinis
ENSEBUG00000013823	sbno1	88	63.591	ENSGACG00000015633	sbno1	74	64.307	Gasterosteus_aculeatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.207	ENSGAGG00000001065	SBNO1	71	86.207	Gopherus_agassizii
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSGGOG00000015000	SBNO1	72	84.729	Gorilla_gorilla
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.285	ENSHBUG00000011910	sbno1	76	63.938	Haplochromis_burtoni
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSHGLG00000014165	-	72	81.776	Heterocephalus_glaber_female
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	84.264	ENSHCOG00000003246	sbno1	71	84.264	Hippocampus_comes
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.372	ENSIPUG00000015830	Sbno1	84	62.361	Ictalurus_punctatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSSTOG00000023221	SBNO1	72	86.802	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSJJAG00000001741	Sbno1	72	86.802	Jaculus_jaculus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.428	ENSKMAG00000009696	sbno1	74	63.382	Kryptolebias_marmoratus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.659	ENSLBEG00000007623	sbno1	74	62.150	Labrus_bergylta
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.932	ENSLACG00000017227	SBNO1	85	63.114	Latimeria_chalumnae
ENSEBUG00000013823	sbno1	95	60.960	ENSLOCG00000005725	sbno1	75	61.241	Lepisosteus_oculatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.808	ENSLAFG00000002135	SBNO1	75	62.873	Loxodonta_africana
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSMFAG00000031429	SBNO1	71	86.802	Macaca_fascicularis
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSMMUG00000011496	SBNO1	71	86.802	Macaca_mulatta
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSMLEG00000033260	SBNO1	71	86.802	Mandrillus_leucophaeus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.712	ENSMAMG00000005473	sbno1	75	63.089	Mastacembelus_armatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.360	ENSMGAG00000003274	SBNO1	84	62.942	Meleagris_gallopavo
ENSEBUG00000013823	sbno1	59	67.334	ENSMAUG00000004834	-	97	68.259	Mesocricetus_auratus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	79.188	ENSMICG00000006573	-	99	63.041	Microcebus_murinus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	83.744	ENSMOCG00000009390	Sbno1	72	83.744	Microtus_ochrogaster
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	59.381	ENSMMOG00000008691	sbno1	73	60.840	Mola_mola
ENSEBUG00000013823	sbno1	94	62.063	ENSMODG00000012470	SBNO1	75	62.374	Monodelphis_domestica
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.356	ENSMALG00000001056	sbno1	74	64.362	Monopterus_albus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.326	MGP_CAROLIEiJ_G0027749	Sbno1	95	85.965	Mus_caroli
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.326	ENSMUSG00000038095	Sbno1	94	85.965	Mus_musculus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.523	MGP_PahariEiJ_G0024329	Sbno1	95	85.965	Mus_pahari
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.588	MGP_SPRETEiJ_G0028747	Sbno1	95	85.965	Mus_spretus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.384	ENSMPUG00000001658	SBNO1	75	62.663	Mustela_putorius_furo
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.162	ENSMLUG00000017159	SBNO1	75	62.570	Myotis_lucifugus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSNGAG00000012620	Sbno1	73	86.802	Nannospalax_galili
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.271	ENSNBRG00000019189	sbno1	73	63.096	Neolamprologus_brichardi
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.869	ENSNLEG00000001502	SBNO1	75	86.869	Nomascus_leucogenys
ENSEBUG00000013823	sbno1	72	63.235	ENSMEUG00000008768	-	91	62.143	Notamacropus_eugenii
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.222	ENSOPRG00000011054	SBNO1	75	62.500	Ochotona_princeps
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSODEG00000009997	SBNO1	72	84.729	Octodon_degus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.639	ENSONIG00000015348	sbno1	75	61.730	Oreochromis_niloticus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.197	ENSOCUG00000002441	SBNO1	72	62.616	Oryctolagus_cuniculus
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	71.170	ENSORLG00000001593	sbno1	77	61.588	Oryzias_latipes
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	70.673	ENSORLG00020015216	sbno1	75	61.162	Oryzias_latipes_hni
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	71.103	ENSORLG00015002726	sbno1	75	61.645	Oryzias_latipes_hsok
ENSEBUG00000013823	sbno1	77	70.539	ENSOMEG00000019313	sbno1	75	61.610	Oryzias_melastigma
ENSEBUG00000013823	sbno1	59	67.381	ENSOGAG00000010781	-	97	66.922	Otolemur_garnettii
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.140	ENSOARG00000004404	SBNO1	75	62.791	Ovis_aries
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSPPAG00000024635	SBNO1	72	84.729	Pan_paniscus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.663	ENSPPRG00000022092	SBNO1	75	62.884	Panthera_pardus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.745	ENSPTIG00000017803	SBNO1	75	63.119	Panthera_tigris_altaica
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSPTRG00000005597	SBNO1	72	84.729	Pan_troglodytes
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSPANG00000011640	SBNO1	72	86.802	Papio_anubis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.383	ENSPKIG00000001441	sbno1	75	62.441	Paramormyrops_kingsleyae
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.514	ENSPSIG00000009572	-	74	64.609	Pelodiscus_sinensis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.410	ENSPSIG00000009256	-	81	62.059	Pelodiscus_sinensis
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.236	ENSPEMG00000016087	Sbno1	72	84.236	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.822	ENSPCIG00000010985	SBNO1	74	64.162	Phascolarctos_cinereus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.900	ENSPFOG00000005069	sbno1	75	62.696	Poecilia_formosa
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.489	ENSPLAG00000015015	sbno1	75	62.789	Poecilia_latipinna
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.694	ENSPMEG00000021212	sbno1	75	62.488	Poecilia_mexicana
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.941	ENSPREG00000017746	sbno1	73	65.209	Poecilia_reticulata
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.500	ENSPPYG00000005084	SBNO1	75	62.628	Pongo_abelii
ENSEBUG00000013823	sbno1	76	63.576	ENSPCAG00000008634	SBNO1	62	63.576	Procavia_capensis
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	88.083	ENSPCOG00000024277	SBNO1	72	88.083	Propithecus_coquereli
ENSEBUG00000013823	sbno1	73	92.053	ENSPVAG00000015304	SBNO1	60	92.053	Pteropus_vampyrus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.696	ENSPNYG00000004291	sbno1	75	61.567	Pundamilia_nyererei
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.617	ENSPNAG00000015622	sbno1	75	62.092	Pygocentrus_nattereri
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	84.729	ENSRNOG00000001064	Sbno1	72	84.729	Rattus_norvegicus
ENSEBUG00000013823	sbno1	85	86.802	ENSRROG00000034230	SBNO1	72	86.802	Rhinopithecus_roxellana
ENSEBUG00000013823	sbno1	89	63.853	ENSSBOG00000015422	SBNO1	73	64.742	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.854	ENSSFOG00015019025	sbno1	74	64.729	Scleropages_formosus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.734	ENSSMAG00000013640	sbno1	75	61.673	Scophthalmus_maximus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.907	ENSSDUG00000023480	sbno1	75	61.347	Seriola_dumerili
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	60.849	ENSSLDG00000007928	sbno1	75	61.439	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSEBUG00000013823	sbno1	75	76.327	ENSSARG00000002594	SBNO1	63	75.100	Sorex_araneus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.476	ENSSPUG00000012640	SBNO1	74	64.093	Sphenodon_punctatus
ENSEBUG00000013823	sbno1	92	61.941	ENSSPAG00000016244	sbno1	75	61.418	Stegastes_partitus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.584	ENSSSCG00000009776	SBNO1	76	63.011	Sus_scrofa
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	61.776	ENSTGUG00000005380	SBNO1	75	62.546	Taeniopygia_guttata
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.398	ENSTRUG00000018490	sbno1	74	64.723	Takifugu_rubripes
ENSEBUG00000013823	sbno1	67	58.437	ENSTNIG00000013506	sbno1	99	58.984	Tetraodon_nigroviridis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.535	ENSUAMG00000019671	SBNO1	75	62.674	Ursus_americanus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.535	ENSUMAG00000004002	SBNO1	75	62.674	Ursus_maritimus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	57.130	ENSVPAG00000007024	SBNO1	75	57.689	Vicugna_pacos
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.069	ENSVVUG00000027807	SBNO1	75	62.384	Vulpes_vulpes
ENSEBUG00000013823	sbno1	81	69.643	ENSXETG00000031930	SBNO1	99	59.873	Xenopus_tropicalis
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	62.652	ENSXCOG00000011607	sbno1	98	59.298	Xiphophorus_couchianus
ENSEBUG00000013823	sbno1	93	63.046	ENSXMAG00000002140	sbno1	74	64.575	Xiphophorus_maculatus