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Description

Ensembl ID: ENSFALG00000010082 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: POLR1A
Alias: DKFZP586M0122|FLJ21915|RPA1|RPO1-4
Full Name: RNA polymerase I subunit A
Gene Type: protein_coding
Species: Ficedula_albicollis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 29885 bases
Position: chrJH603180.1:15285452-15315336
Accession: 101813159
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSFALP00000010519	RNA_pol_Rpb1_5	PF04998.17	5e-102	1	1
ENSFALP00000010519	RNA_pol_Rpb1_4	PF05000.17	1e-24	1	1
ENSFALP00000010519	RNA_pol_Rpb1_2	PF00623.20	8.3e-70	1	1
ENSFALP00000010519	RNA_pol_Rpb1_3	PF04983.18	3.4e-38	1	1
ENSFALP00000010519	RNA_pol_Rpb1_1	PF04997.12	2.1e-22	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSFALT00000010561	POLR1A-201	6063	XM_016298145	ENSFALP00000010519	1690 (aa)	XP_016153631	U3K665

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSFALG00000010082	POLR1A	68	33.710	ENSFALG00000006913	POLR3A	76	33.484

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.011	ENSG00000068654	POLR1A	99	71.002	Homo_sapiens
ENSFALG00000010082	POLR1A	69	67.237	ENSAPOG00000017945	polr1a	99	66.477	Acanthochromis_polyacanthus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.070	ENSAMEG00000005807	POLR1A	98	74.896	Ailuropoda_melanoleuca
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	64.071	ENSACIG00000022147	polr1a	99	63.540	Amphilophus_citrinellus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	66.001	ENSAOCG00000017336	polr1a	99	68.179	Amphiprion_ocellaris
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	66.060	ENSAPEG00000016105	polr1a	97	70.229	Amphiprion_percula
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	65.961	ENSATEG00000016773	polr1a	99	65.400	Anabas_testudineus
ENSFALG00000010082	POLR1A	87	88.881	ENSAPLG00000013871	POLR1A	100	88.737	Anas_platyrhynchos
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.697	ENSACAG00000012141	POLR1A	99	70.650	Anolis_carolinensis
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.051	ENSANAG00000033927	POLR1A	99	71.051	Aotus_nancymaae
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	61.854	ENSACLG00000020541	polr1a	99	61.304	Astatotilapia_calliptera
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.236	ENSBTAG00000006481	POLR1A	99	71.412	Bos_taurus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	39.377	WBGene00012999	rpoa-1	97	38.832	Caenorhabditis_elegans
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.202	ENSCJAG00000019547	POLR1A	99	71.119	Callithrix_jacchus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.680	ENSCAFG00000007613	POLR1A	99	71.680	Canis_familiaris
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.496	ENSCAFG00020014752	POLR1A	99	71.496	Canis_lupus_dingo
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.951	ENSCHIG00000018204	POLR1A	99	70.505	Capra_hircus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.106	ENSTSYG00000002761	POLR1A	99	70.194	Carlito_syrichta
ENSFALG00000010082	POLR1A	98	67.546	ENSCAPG00000010132	POLR1A	99	67.546	Cavia_aperea
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.386	ENSCPOG00000012350	POLR1A	99	71.386	Cavia_porcellus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.892	ENSCCAG00000019839	POLR1A	99	70.809	Cebus_capucinus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.077	ENSCATG00000029786	POLR1A	99	71.261	Cercocebus_atys
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.841	ENSCLAG00000005187	POLR1A	99	70.841	Chinchilla_lanigera
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.019	ENSCSAG00000016251	POLR1A	99	71.144	Chlorocebus_sabaeus
ENSFALG00000010082	POLR1A	100	80.012	ENSCPBG00000001115	POLR1A	99	80.012	Chrysemys_picta_bellii
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	47.069	ENSCSAVG00000007184	-	99	49.541	Ciona_savignyi
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	68.227	ENSCANG00000031785	POLR1A	99	68.347	Colobus_angolensis_palliatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	96	71.895	ENSCGRG00001006651	Polr1a	99	71.895	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSFALG00000010082	POLR1A	60	70.955	ENSCGRG00000010834	Polr1a	99	71.165	Cricetulus_griseus_crigri
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	61.733	ENSCSEG00000020190	polr1a	99	61.380	Cynoglossus_semilaevis
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	63.066	ENSCVAG00000020941	polr1a	99	63.398	Cyprinodon_variegatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	67.294	ENSDARG00000098375	polr1a	99	67.294	Danio_rerio
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	67.953	ENSDNOG00000010829	POLR1A	99	67.819	Dasypus_novemcinctus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.629	ENSDORG00000008298	Polr1a	99	70.692	Dipodomys_ordii
ENSFALG00000010082	POLR1A	79	44.812	FBgn0019938	RpI1	99	43.150	Drosophila_melanogaster
ENSFALG00000010082	POLR1A	72	93.548	ENSETEG00000000412	-	71	93.548	Echinops_telfairi
ENSFALG00000010082	POLR1A	82	64.615	ENSEBUG00000005667	-	99	64.615	Eptatretus_burgeri
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.112	ENSEASG00005001625	POLR1A	99	71.697	Equus_asinus_asinus
ENSFALG00000010082	POLR1A	95	75.238	ENSECAG00000036306	-	99	75.238	Equus_caballus
ENSFALG00000010082	POLR1A	97	84.496	ENSECAG00000030510	-	99	84.496	Equus_caballus
ENSFALG00000010082	POLR1A	95	75.238	ENSECAG00000010092	POLR1A	99	75.238	Equus_caballus
ENSFALG00000010082	POLR1A	85	80.537	ENSEEUG00000000676	POLR1A	84	80.537	Erinaceus_europaeus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	66.903	ENSELUG00000012769	polr1a	98	66.667	Esox_lucius
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.228	ENSFCAG00000008966	POLR1A	99	71.873	Felis_catus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.682	ENSFDAG00000013726	POLR1A	99	70.512	Fukomys_damarensis
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	62.500	ENSFHEG00000005996	polr1a	99	61.980	Fundulus_heteroclitus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	60.757	ENSGMOG00000002230	polr1a	99	60.731	Gadus_morhua
ENSFALG00000010082	POLR1A	90	87.352	ENSGALG00000038160	-	98	87.484	Gallus_gallus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	64.689	ENSGAFG00000015266	polr1a	99	63.869	Gambusia_affinis
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	64.273	ENSGACG00000018791	polr1a	99	64.332	Gasterosteus_aculeatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	90	79.804	ENSGAGG00000004984	-	96	84.351	Gopherus_agassizii
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.128	ENSGGOG00000001788	POLR1A	99	71.119	Gorilla_gorilla
ENSFALG00000010082	POLR1A	91	63.952	ENSHBUG00000020021	polr1a	97	65.267	Haplochromis_burtoni
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.302	ENSHGLG00000006334	POLR1A	99	71.302	Heterocephalus_glaber_female
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.093	ENSHGLG00100006614	POLR1A	99	71.093	Heterocephalus_glaber_male
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	61.905	ENSHCOG00000003345	polr1a	99	61.905	Hippocampus_comes
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	67.609	ENSIPUG00000013174	polr1a	99	66.550	Ictalurus_punctatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.319	ENSSTOG00000012580	POLR1A	99	70.907	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.019	ENSJJAG00000013113	Polr1a	99	70.713	Jaculus_jaculus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	66.077	ENSKMAG00000007399	polr1a	99	65.959	Kryptolebias_marmoratus
ENSFALG00000010082	POLR1A	94	68.776	ENSLBEG00000015401	polr1a	98	67.296	Labrus_bergylta
ENSFALG00000010082	POLR1A	53	74.778	ENSLACG00000003218	polr1a	98	74.778	Latimeria_chalumnae
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.101	ENSLOCG00000010881	polr1a	99	70.481	Lepisosteus_oculatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.638	ENSLAFG00000014948	POLR1A	99	71.093	Loxodonta_africana
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.303	ENSMFAG00000046097	POLR1A	99	71.202	Macaca_fascicularis
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.303	ENSMMUG00000015815	POLR1A	99	71.202	Macaca_mulatta
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.303	ENSMNEG00000043313	POLR1A	99	71.202	Macaca_nemestrina
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.667	ENSMLEG00000042428	POLR1A	99	70.850	Mandrillus_leucophaeus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	64.971	ENSMAMG00000016565	polr1a	99	65.097	Mastacembelus_armatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	65.924	ENSMZEG00005004915	polr1a	99	65.258	Maylandia_zebra
ENSFALG00000010082	POLR1A	100	84.624	ENSMGAG00000013111	POLR1A	99	84.742	Meleagris_gallopavo
ENSFALG00000010082	POLR1A	92	70.984	ENSMAUG00000008497	Polr1a	99	71.610	Mesocricetus_auratus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.550	ENSMICG00000000757	POLR1A	99	70.775	Microcebus_murinus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.176	ENSMOCG00000000122	Polr1a	99	71.756	Microtus_ochrogaster
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	64.125	ENSMMOG00000010216	polr1a	99	63.868	Mola_mola
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	67.656	ENSMODG00000009335	POLR1A	92	73.173	Monodelphis_domestica
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	65.394	ENSMALG00000013363	polr1a	99	64.415	Monopterus_albus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.269	MGP_CAROLIEiJ_G0028494	Polr1a	99	71.210	Mus_caroli
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.202	ENSMUSG00000049553	Polr1a	99	71.269	Mus_musculus
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ENSFALG00000010082	POLR1A	99	69.550	MGP_SPRETEiJ_G0029499	Polr1a	99	70.520	Mus_spretus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.203	ENSMPUG00000009135	POLR1A	99	71.798	Mustela_putorius_furo
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.887	ENSMLUG00000015723	POLR1A	99	71.170	Myotis_lucifugus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.429	ENSNGAG00000017907	Polr1a	99	71.437	Nannospalax_galili
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	65.455	ENSNBRG00000000519	polr1a	99	65.258	Neolamprologus_brichardi
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	69.213	ENSNLEG00000002264	POLR1A	99	69.056	Nomascus_leucogenys
ENSFALG00000010082	POLR1A	75	90.476	ENSMEUG00000011665	-	74	90.476	Notamacropus_eugenii
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	66.507	ENSOPRG00000008269	POLR1A	99	66.587	Ochotona_princeps
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.926	ENSODEG00000003542	POLR1A	99	71.209	Octodon_degus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	65.845	ENSONIG00000015895	polr1a	99	65.687	Oreochromis_niloticus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	72.193	ENSOCUG00000010138	POLR1A	99	72.252	Oryctolagus_cuniculus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	65.412	ENSORLG00000008753	polr1a	99	65.452	Oryzias_latipes
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	63.995	ENSORLG00020020726	polr1a	98	63.749	Oryzias_latipes_hni
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	61.575	ENSORLG00015016071	polr1a	98	61.620	Oryzias_latipes_hsok
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	70.826	ENSOGAG00000004031	POLR1A	99	70.757	Otolemur_garnettii
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.145	ENSOARG00000020601	POLR1A	99	71.487	Ovis_aries
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.119	ENSPPAG00000042450	POLR1A	99	71.110	Pan_paniscus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.814	ENSPPRG00000006702	POLR1A	99	71.814	Panthera_pardus
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ENSFALG00000010082	POLR1A	94	76.190	ENSPKIG00000005468	polr1a	97	76.190	Paramormyrops_kingsleyae
ENSFALG00000010082	POLR1A	64	78.506	ENSPSIG00000009321	-	100	78.321	Pelodiscus_sinensis
ENSFALG00000010082	POLR1A	55	67.343	ENSPMGG00000009718	polr1a	95	67.343	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSFALG00000010082	POLR1A	99	71.512	ENSPEMG00000022224	Polr1a	99	71.948	Peromyscus_maniculatus_bairdii
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ENSFALG00000010082	POLR1A	99	64.420	ENSXMAG00000004032	polr1a	99	64.185	Xiphophorus_maculatus