EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSFDAG00000018470 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: APOBEC1
Alias: APOBEC-1|BEDP|CDAR1|HEPR
Full Name: apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1
Gene Type: protein_coding
Species: Fukomys_damarensis
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 2945 bases
Position: chrKN124175.1:908962-911906
Accession: 604
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSFDAP00000010810	APOBEC_N	PF08210.11	3.4e-27	1	1
ENSFDAP00000010810	APOBEC_C	PF05240.14	4.2e-23	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSFDAT00000030108	APOBEC1-201	895	-	ENSFDAP00000010810	208 (aa)	-	-

Gene Model

Click here to download ENSFDAG00000018470's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSFDAG00000018470's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	57	37.190	ENSFDAG00000011141	AICDA	73	37.190

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.903	ENSG00000111701	APOBEC1	88	59.903	Homo_sapiens
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	57.971	ENSAMEG00000007098	APOBEC1	88	57.971	Ailuropoda_melanoleuca
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	40.000	ENSACAG00000028578	-	87	40.000	Anolis_carolinensis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	57.971	ENSANAG00000027743	APOBEC1	83	57.971	Aotus_nancymaae
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	53.623	ENSBTAG00000014683	APOBEC1	88	53.623	Bos_taurus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.454	ENSCJAG00000005398	APOBEC1	94	58.454	Callithrix_jacchus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	57.971	ENSCAFG00000013901	APOBEC1	88	57.971	Canis_familiaris
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	57.971	ENSCAFG00020003511	APOBEC1	87	57.971	Canis_lupus_dingo
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	53.140	ENSCHIG00000011898	APOBEC1	89	50.242	Capra_hircus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	57	54.237	ENSTSYG00000029141	APOBEC1	84	54.237	Carlito_syrichta
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	71.287	ENSCAPG00000015882	-	94	71.287	Cavia_aperea
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	70.531	ENSCPOG00000033068	APOBEC1	88	70.531	Cavia_porcellus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.937	ENSCCAG00000022258	APOBEC1	88	58.937	Cebus_capucinus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	61.353	ENSCATG00000021613	APOBEC1	83	61.353	Cercocebus_atys
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	72.277	ENSCLAG00000014645	APOBEC1	88	72.277	Chinchilla_lanigera
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	91	60.317	ENSCSAG00000009817	APOBEC1	99	60.317	Chlorocebus_sabaeus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	53	58.559	ENSCHOG00000002355	-	91	58.559	Choloepus_hoffmanni
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	44.375	ENSCPBG00000017398	-	70	44.375	Chrysemys_picta_bellii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	88	43.011	ENSCPBG00000014327	-	73	40.323	Chrysemys_picta_bellii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	88	45.699	ENSCPBG00000014328	-	81	45.699	Chrysemys_picta_bellii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	87	40.884	ENSCPBG00000014329	-	50	40.884	Chrysemys_picta_bellii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	43.125	ENSCPBG00000014335	-	65	43.125	Chrysemys_picta_bellii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	74	43.871	ENSCPBG00000014331	-	67	42.484	Chrysemys_picta_bellii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	60.870	ENSCANG00000038359	APOBEC1	90	60.870	Colobus_angolensis_palliatus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	52.736	ENSCGRG00001011130	Apobec1	88	52.736	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	52.736	ENSCGRG00000008644	Apobec1	88	52.736	Cricetulus_griseus_crigri
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	56.039	ENSDNOG00000010926	APOBEC1	88	56.039	Dasypus_novemcinctus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	96	53.731	ENSDORG00000023717	Apobec1	94	53.731	Dipodomys_ordii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	60.386	ENSETEG00000004867	APOBEC1	88	60.386	Echinops_telfairi
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	57.488	ENSEASG00005015951	APOBEC1	87	57.488	Equus_asinus_asinus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	91	57.143	ENSECAG00000017163	APOBEC1	99	57.143	Equus_caballus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	95	46.193	ENSEEUG00000007530	-	94	46.193	Erinaceus_europaeus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	98	57.353	ENSEEUG00000009112	-	91	57.353	Erinaceus_europaeus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.903	ENSFCAG00000009350	APOBEC1	88	59.903	Felis_catus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	62	44.615	ENSFALG00000007257	-	66	44.615	Ficedula_albicollis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	93	43.299	ENSGAGG00000021744	-	76	43.299	Gopherus_agassizii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	41.975	ENSGAGG00000021745	-	60	41.975	Gopherus_agassizii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	43.396	ENSGAGG00000006624	-	58	43.396	Gopherus_agassizii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	91	43.523	ENSGAGG00000011837	-	88	43.478	Gopherus_agassizii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	41.875	ENSGAGG00000004947	-	79	41.875	Gopherus_agassizii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	100	80.288	ENSHGLG00000001495	APOBEC1	88	80.288	Heterocephalus_glaber_female
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	100	80.769	ENSHGLG00100002187	APOBEC1	88	80.769	Heterocephalus_glaber_male
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	43.284	ENSSTOG00000021971	APOBEC1	92	43.284	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	57.214	ENSJJAG00000022108	Apobec1	88	57.214	Jaculus_jaculus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	57.488	ENSLAFG00000030837	APOBEC1	93	57.488	Loxodonta_africana
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	61.353	ENSMFAG00000000277	APOBEC1	99	61.376	Macaca_fascicularis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	60.870	ENSMNEG00000029670	APOBEC1	88	60.870	Macaca_nemestrina
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	61.353	ENSMLEG00000036301	APOBEC1	88	61.353	Mandrillus_leucophaeus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	96	54.271	ENSMAUG00000022167	Apobec1	90	54.271	Mesocricetus_auratus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	62.802	ENSMICG00000043645	APOBEC1	90	62.802	Microcebus_murinus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	52.657	ENSMODG00000018004	APOBEC1	88	52.657	Monodelphis_domestica
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	96	55.000	ENSMUSG00000040613	Apobec1	87	55.000	Mus_musculus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	96	54.500	MGP_PahariEiJ_G0022580	-	87	54.500	Mus_pahari
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	96	55.000	MGP_SPRETEiJ_G0029857	Apobec1	87	55.000	Mus_spretus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	56.522	ENSMPUG00000017532	APOBEC1	88	56.522	Mustela_putorius_furo
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	56.219	ENSNGAG00000022607	Apobec1	88	56.219	Nannospalax_galili
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	61.836	ENSNLEG00000005342	APOBEC1	88	61.836	Nomascus_leucogenys
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	49.758	ENSMEUG00000013406	APOBEC1	88	49.758	Notamacropus_eugenii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	50.314	ENSOPRG00000009508	-	88	50.314	Ochotona_princeps
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.454	ENSOCUG00000025736	APOBEC1	78	58.454	Oryctolagus_cuniculus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.937	ENSOGAG00000026415	APOBEC1	88	58.937	Otolemur_garnettii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	53.140	ENSOARG00000002072	APOBEC1	87	53.140	Ovis_aries
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.937	ENSPPAG00000027657	APOBEC1	87	58.937	Pan_paniscus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.420	ENSPPRG00000012182	APOBEC1	88	59.420	Panthera_pardus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.420	ENSPTIG00000020280	APOBEC1	88	59.420	Panthera_tigris_altaica
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	60.386	ENSPTRG00000004614	APOBEC1	88	60.386	Pan_troglodytes
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	61.353	ENSPANG00000021027	APOBEC1	88	61.353	Papio_anubis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	88	41.081	ENSPSIG00000012568	-	78	41.081	Pelodiscus_sinensis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	61	44.860	ENSPSIG00000012791	-	68	44.860	Pelodiscus_sinensis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	54.229	ENSPEMG00000023841	Apobec1	88	54.229	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	53.140	ENSPCIG00000023973	APOBEC1	88	53.140	Phascolarctos_cinereus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	100	60.577	ENSPPYG00000004228	APOBEC1	84	60.577	Pongo_abelii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	56.604	ENSPCAG00000008733	APOBEC1	85	56.604	Procavia_capensis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	60.386	ENSPCOG00000013957	APOBEC1	92	60.386	Propithecus_coquereli
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	39.130	ENSPVAG00000010709	APOBEC1	88	39.130	Pteropus_vampyrus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	96	52.000	ENSRNOG00000015411	Apobec1	87	52.000	Rattus_norvegicus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.903	ENSRBIG00000031161	APOBEC1	88	59.903	Rhinopithecus_bieti
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.903	ENSRROG00000033576	APOBEC1	98	59.893	Rhinopithecus_roxellana
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	56.604	ENSSBOG00000030587	APOBEC1	90	56.604	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	52.174	ENSSHAG00000008925	APOBEC1	91	52.174	Sarcophilus_harrisii
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	57	56.303	ENSSARG00000011972	-	90	56.303	Sorex_araneus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	55.346	ENSSARG00000000032	-	92	55.346	Sorex_araneus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	89	38.421	ENSSPUG00000009044	-	72	38.421	Sphenodon_punctatus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	97	61.692	ENSSSCG00000000668	APOBEC1	85	61.692	Sus_scrofa
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	63	49.242	ENSTGUG00000013118	-	90	49.242	Taeniopygia_guttata
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.454	ENSTBEG00000010043	APOBEC1	88	58.454	Tupaia_belangeri
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	76	52.201	ENSTTRG00000014015	APOBEC1	85	52.201	Tursiops_truncatus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.454	ENSUAMG00000011636	APOBEC1	85	58.454	Ursus_americanus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	58.454	ENSUMAG00000016552	APOBEC1	85	58.454	Ursus_maritimus
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	56.522	ENSVPAG00000001343	APOBEC1	88	56.522	Vicugna_pacos
ENSFDAG00000018470	APOBEC1	99	59.420	ENSVVUG00000010522	APOBEC1	88	59.420	Vulpes_vulpes