EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSFHEG00000005996 (Gene tree)
Gene ID: 105918371
Gene Symbol: polr1a
Alias: fa26a03|sb:cb935|wu:fa26a03
Full Name: RNA polymerase I subunit A
Gene Type: protein_coding
Species: Fundulus_heteroclitus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 28478 bases
Position: chrKN805835.1:222239-250716
Accession: 105918371
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSFHEP00000024388	RNA_pol_Rpb1_5	PF04998.17	7.3e-99	1	1
ENSFHEP00000024388	RNA_pol_Rpb1_4	PF05000.17	2.1e-21	1	1
ENSFHEP00000024388	RNA_pol_Rpb1_2	PF00623.20	1.2e-68	1	1
ENSFHEP00000024388	RNA_pol_Rpb1_3	PF04983.18	1.7e-35	1	1
ENSFHEP00000024388	RNA_pol_Rpb1_1	PF04997.12	7.6e-22	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSFHET00000007917	-	4818	XM_012853443	ENSFHEP00000024388	1605 (aa)	XP_012708897	-

Gene Model

Click here to download ENSFHEG00000005996's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSFHEG00000005996's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSFHEG00000005996	polr1a	77	30.072	ENSFHEG00000011922	polr3a	87	30.072
ENSFHEG00000005996	polr1a	70	31.857	ENSFHEG00000001768	polr2a	58	31.926

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.781	ENSG00000068654	POLR1A	100	61.927	Homo_sapiens
ENSFHEG00000005996	polr1a	69	80.153	ENSAPOG00000017945	polr1a	99	80.068	Acanthochromis_polyacanthus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.319	ENSAMEG00000005807	POLR1A	100	66.086	Ailuropoda_melanoleuca
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	77.026	ENSACIG00000022147	polr1a	100	76.485	Amphilophus_citrinellus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	79.211	ENSAOCG00000017336	polr1a	100	79.811	Amphiprion_ocellaris
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	79.152	ENSAPEG00000016105	polr1a	100	79.752	Amphiprion_percula
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	79.349	ENSATEG00000016773	polr1a	100	79.598	Anabas_testudineus
ENSFHEG00000005996	polr1a	85	64.924	ENSAPLG00000013871	POLR1A	98	64.865	Anas_platyrhynchos
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	61.816	ENSACAG00000012141	POLR1A	99	61.163	Anolis_carolinensis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.436	ENSANAG00000033927	POLR1A	100	61.556	Aotus_nancymaae
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	74.582	ENSACLG00000020541	polr1a	100	74.955	Astatotilapia_calliptera
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.739	ENSBTAG00000006481	POLR1A	100	61.999	Bos_taurus
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	39.930	WBGene00012999	rpoa-1	77	58.696	Caenorhabditis_elegans
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.534	ENSCJAG00000019547	POLR1A	100	61.516	Callithrix_jacchus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.930	ENSCAFG00000007613	POLR1A	100	61.855	Canis_familiaris
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	63.227	ENSCAFG00020014752	POLR1A	100	63.199	Canis_lupus_dingo
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.083	ENSCHIG00000018204	POLR1A	100	61.665	Capra_hircus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.530	ENSTSYG00000002761	POLR1A	100	61.556	Carlito_syrichta
ENSFHEG00000005996	polr1a	97	59.494	ENSCAPG00000010132	POLR1A	99	59.915	Cavia_aperea
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.354	ENSCPOG00000012350	POLR1A	100	62.770	Cavia_porcellus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.632	ENSCCAG00000019839	POLR1A	100	61.753	Cebus_capucinus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.979	ENSCATG00000029786	POLR1A	100	62.159	Cercocebus_atys
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.891	ENSCLAG00000005187	POLR1A	100	61.783	Chinchilla_lanigera
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.863	ENSCSAG00000016251	POLR1A	100	62.101	Chlorocebus_sabaeus
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	63.510	ENSCPBG00000001115	POLR1A	99	63.231	Chrysemys_picta_bellii
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	46.541	ENSCSAVG00000007184	-	99	46.244	Ciona_savignyi
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	59.639	ENSCANG00000031785	POLR1A	100	59.871	Colobus_angolensis_palliatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	57.251	ENSCGRG00001006651	Polr1a	100	57.433	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSFHEG00000005996	polr1a	60	59.223	ENSCGRG00000010834	Polr1a	100	59.728	Cricetulus_griseus_crigri
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	72.976	ENSCSEG00000020190	polr1a	100	73.181	Cynoglossus_semilaevis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	81.652	ENSCVAG00000020941	polr1a	100	82.255	Cyprinodon_variegatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	68.639	ENSDARG00000098375	polr1a	100	68.042	Danio_rerio
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	58.963	ENSDNOG00000010829	POLR1A	100	59.120	Dasypus_novemcinctus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.028	ENSDORG00000008298	Polr1a	100	60.852	Dipodomys_ordii
ENSFHEG00000005996	polr1a	79	45.018	FBgn0019938	RpI1	99	43.094	Drosophila_melanogaster
ENSFHEG00000005996	polr1a	71	87.500	ENSETEG00000000412	-	72	87.500	Echinops_telfairi
ENSFHEG00000005996	polr1a	89	45.864	ENSEBUG00000005667	-	99	45.424	Eptatretus_burgeri
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.139	ENSEASG00005001625	POLR1A	100	61.534	Equus_asinus_asinus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.254	ENSECAG00000030510	-	99	66.494	Equus_caballus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.254	ENSECAG00000036306	-	99	66.494	Equus_caballus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.254	ENSECAG00000010092	POLR1A	99	66.494	Equus_caballus
ENSFHEG00000005996	polr1a	80	82.677	ENSEEUG00000000676	POLR1A	78	82.677	Erinaceus_europaeus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	69.918	ENSELUG00000012769	polr1a	99	70.199	Esox_lucius
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.087	ENSFCAG00000008966	POLR1A	100	62.065	Felis_catus
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	61.980	ENSFALG00000010082	POLR1A	99	62.500	Ficedula_albicollis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.860	ENSFDAG00000013726	POLR1A	100	62.288	Fukomys_damarensis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	66.747	ENSGMOG00000002230	polr1a	100	66.969	Gadus_morhua
ENSFHEG00000005996	polr1a	89	60.026	ENSGALG00000038160	-	98	60.273	Gallus_gallus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	79.645	ENSGAFG00000015266	polr1a	100	79.560	Gambusia_affinis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	72.932	ENSGACG00000018791	polr1a	100	73.217	Gasterosteus_aculeatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	89	65.379	ENSGAGG00000004984	-	99	64.970	Gopherus_agassizii
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.987	ENSGGOG00000001788	POLR1A	100	62.043	Gorilla_gorilla
ENSFHEG00000005996	polr1a	91	79.310	ENSHBUG00000020021	polr1a	99	79.310	Haplochromis_burtoni
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.595	ENSHGLG00000006334	POLR1A	100	62.442	Heterocephalus_glaber_female
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.413	ENSHGLG00100006614	POLR1A	100	62.260	Heterocephalus_glaber_male
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	70.675	ENSHCOG00000003345	polr1a	100	71.275	Hippocampus_comes
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	66.940	ENSIPUG00000013174	polr1a	100	66.842	Ictalurus_punctatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.243	ENSSTOG00000012580	POLR1A	100	61.114	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.472	ENSJJAG00000013113	Polr1a	100	61.405	Jaculus_jaculus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	80.355	ENSKMAG00000007399	polr1a	100	80.178	Kryptolebias_marmoratus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	74.294	ENSLBEG00000015401	polr1a	100	74.804	Labrus_bergylta
ENSFHEG00000005996	polr1a	53	66.921	ENSLACG00000003218	polr1a	100	66.594	Latimeria_chalumnae
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	67.094	ENSLOCG00000010881	polr1a	100	67.095	Lepisosteus_oculatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.231	ENSLAFG00000014948	POLR1A	100	61.838	Loxodonta_africana
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.979	ENSMFAG00000046097	POLR1A	100	62.159	Macaca_fascicularis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.863	ENSMMUG00000015815	POLR1A	100	62.043	Macaca_mulatta
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.921	ENSMNEG00000043313	POLR1A	100	62.101	Macaca_nemestrina
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.503	ENSMLEG00000042428	POLR1A	100	61.681	Mandrillus_leucophaeus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	77.092	ENSMAMG00000016565	polr1a	100	77.394	Mastacembelus_armatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	78.593	ENSMZEG00005004915	polr1a	100	78.901	Maylandia_zebra
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	59.388	ENSMGAG00000013111	POLR1A	99	59.884	Meleagris_gallopavo
ENSFHEG00000005996	polr1a	91	60.506	ENSMAUG00000008497	Polr1a	99	60.710	Mesocricetus_auratus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.858	ENSMICG00000000757	POLR1A	100	61.743	Microcebus_murinus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.449	ENSMOCG00000000122	Polr1a	100	61.610	Microtus_ochrogaster
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	74.614	ENSMMOG00000010216	polr1a	100	75.149	Mola_mola
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	60.472	ENSMODG00000009335	POLR1A	100	60.276	Monodelphis_domestica
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	76.171	ENSMALG00000013363	polr1a	100	77.273	Monopterus_albus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	60.799	MGP_CAROLIEiJ_G0028494	Polr1a	100	60.787	Mus_caroli
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	60.671	ENSMUSG00000049553	Polr1a	100	60.522	Mus_musculus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	60.751	MGP_PahariEiJ_G0022230	Polr1a	100	61.333	Mus_pahari
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	59.784	MGP_SPRETEiJ_G0029499	Polr1a	100	59.852	Mus_spretus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.957	ENSMPUG00000009135	POLR1A	100	61.985	Mustela_putorius_furo
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.778	ENSMLUG00000015723	POLR1A	100	62.067	Myotis_lucifugus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.574	ENSNGAG00000017907	Polr1a	100	61.574	Nannospalax_galili
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	78.245	ENSNBRG00000000519	polr1a	100	78.935	Neolamprologus_brichardi
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	60.311	ENSNLEG00000002264	POLR1A	100	60.312	Nomascus_leucogenys
ENSFHEG00000005996	polr1a	78	83.465	ENSMEUG00000011665	-	73	83.465	Notamacropus_eugenii
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	56.774	ENSOPRG00000008269	POLR1A	100	56.714	Ochotona_princeps
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.129	ENSODEG00000003542	POLR1A	100	61.963	Octodon_degus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	77.902	ENSONIG00000015895	polr1a	100	78.332	Oreochromis_niloticus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	62.115	ENSOCUG00000010138	POLR1A	100	61.899	Oryctolagus_cuniculus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	77.476	ENSORLG00000008753	polr1a	99	77.417	Oryzias_latipes
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	75.705	ENSORLG00020020726	polr1a	99	75.645	Oryzias_latipes_hni
ENSFHEG00000005996	polr1a	95	85.106	ENSORLG00015016071	polr1a	99	85.106	Oryzias_latipes_hsok
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.391	ENSOGAG00000004031	POLR1A	100	61.391	Otolemur_garnettii
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.410	ENSOARG00000020601	POLR1A	100	61.855	Ovis_aries
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.641	ENSPPAG00000042450	POLR1A	100	61.695	Pan_paniscus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.921	ENSPPRG00000006702	POLR1A	100	62.065	Panthera_pardus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.476	ENSPTIG00000018783	POLR1A	100	61.618	Panthera_tigris_altaica
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.410	ENSPTRG00000012147	POLR1A	100	61.637	Pan_troglodytes
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.748	ENSPANG00000025908	POLR1A	100	61.927	Papio_anubis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	67.018	ENSPKIG00000005468	polr1a	100	67.370	Paramormyrops_kingsleyae
ENSFHEG00000005996	polr1a	63	61.962	ENSPSIG00000009321	-	99	62.373	Pelodiscus_sinensis
ENSFHEG00000005996	polr1a	54	75.328	ENSPMGG00000009718	polr1a	95	75.328	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.320	ENSPEMG00000022224	Polr1a	100	61.365	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSFHEG00000005996	polr1a	95	60.920	ENSPCIG00000004222	POLR1A	99	61.074	Phascolarctos_cinereus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	81.743	ENSPFOG00000005025	polr1a	100	81.850	Poecilia_formosa
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	81.947	ENSPLAG00000021389	polr1a	100	82.162	Poecilia_latipinna
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	81.012	ENSPMEG00000006463	polr1a	100	81.202	Poecilia_mexicana
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	81.283	ENSPREG00000002389	polr1a	100	81.342	Poecilia_reticulata
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.668	ENSPPYG00000012217	POLR1A	100	61.731	Pongo_abelii
ENSFHEG00000005996	polr1a	86	64.651	ENSPCAG00000011582	POLR1A	85	63.876	Procavia_capensis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.592	ENSPCOG00000026987	POLR1A	100	61.685	Propithecus_coquereli
ENSFHEG00000005996	polr1a	94	62.537	ENSPVAG00000012674	POLR1A	92	62.987	Pteropus_vampyrus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	78.533	ENSPNYG00000000026	polr1a	100	78.842	Pundamilia_nyererei
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	67.426	ENSPNAG00000019223	polr1a	100	67.838	Pygocentrus_nattereri
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.369	ENSRNOG00000009545	Polr1a	100	61.606	Rattus_norvegicus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.806	ENSRBIG00000028335	POLR1A	100	62.159	Rhinopithecus_bieti
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.806	ENSRROG00000031473	POLR1A	100	62.159	Rhinopithecus_roxellana
ENSFHEG00000005996	polr1a	93	44.615	YOR341W	RPA190	90	38.285	Saccharomyces_cerevisiae
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.632	ENSSBOG00000030262	POLR1A	100	61.811	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	56.864	ENSSHAG00000014739	POLR1A	100	56.978	Sarcophilus_harrisii
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	67.136	ENSSFOG00015019716	polr1a	100	67.118	Scleropages_formosus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	76.996	ENSSMAG00000014342	polr1a	100	76.759	Scophthalmus_maximus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	78.125	ENSSDUG00000014631	polr1a	100	78.723	Seriola_dumerili
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	78.327	ENSSLDG00000024095	polr1a	100	77.656	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSFHEG00000005996	polr1a	68	95.122	ENSSARG00000003136	-	68	95.122	Sorex_araneus
ENSFHEG00000005996	polr1a	93	70.681	ENSSPUG00000004215	POLR1A	97	70.681	Sphenodon_punctatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	70	78.307	ENSSPAG00000016341	polr1a	99	77.778	Stegastes_partitus
ENSFHEG00000005996	polr1a	84	63.452	ENSSSCG00000008226	POLR1A	97	64.193	Sus_scrofa
ENSFHEG00000005996	polr1a	99	62.404	ENSTGUG00000010704	POLR1A	100	62.292	Taeniopygia_guttata
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	71.563	ENSTRUG00000002210	polr1a	97	74.645	Takifugu_rubripes
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	66.085	ENSTNIG00000010116	polr1a	100	66.258	Tetraodon_nigroviridis
ENSFHEG00000005996	polr1a	68	82.743	ENSTBEG00000008646	POLR1A	66	82.743	Tupaia_belangeri
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	59.815	ENSTTRG00000008597	POLR1A	100	59.582	Tursiops_truncatus
ENSFHEG00000005996	polr1a	70	62.785	ENSUAMG00000012158	-	94	62.743	Ursus_americanus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.787	ENSUMAG00000006700	POLR1A	97	64.925	Ursus_maritimus
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	61.880	ENSVVUG00000001245	POLR1A	100	61.739	Vulpes_vulpes
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	59.896	ENSXETG00000001952	polr1a	100	60.151	Xenopus_tropicalis
ENSFHEG00000005996	polr1a	100	81.519	ENSXMAG00000004032	polr1a	100	81.165	Xiphophorus_maculatus