EuRBPDB

Description

RBDs

RBPome

Expression

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSG00000117614 (Gene tree)
Gene ID: 25949
Gene Symbol: SYF2
Alias: p29|DKFZp564O2082|NTC31|fSAP29|CBPIN
Full Name: SYF2 pre-mRNA splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Homo_sapiens
Status: confidence
Strand: Minus strand
Length: 10,247 bases
Position: chr1:25,222,276-25,232,522
Accession: 19824
RBP type: canonical RBP
Summary: This gene encodes a nuclear protein that interacts with cyclin D-type binding-protein 1, which is thought to be a cell cycle regulator at the G1/S transition. Alternate transcriptional splice variants, encoding different isoforms, have been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSP00000346330	SYF2	PF08231.12	5.5e-54	1	1
ENSP00000236273	SYF2	PF08231.12	1.6e-53	1	1

RNA binding proteome (RBPome)

PID	Title	Method	Time	Author	Doi
22681889	The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts	4SURIC & HEK293	2012 May	Baltz AG	DOI: 10.1016/j.molcel.2012.05.021
22658674	Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins	RIC & Hela	2012 May 31	Castello A	DOI: 10.1016/j.cell.2012.04.031
30528433	The Human RNA-Binding Proteome and Its Dynamics during Translational Arrest	XRNAX & Hela	2018 Dec 6	Trendel J	DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.004

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENST00000476231	SYF2-204	1962	-	-	- (aa)	-	-
ENST00000474160	SYF2-203	438	-	-	- (aa)	-	-
ENST00000236273	SYF2-201	1345	-	ENSP00000236273	243 (aa)	-	O95926
ENST00000354361	SYF2-202	926	-	ENSP00000346330	201 (aa)	-	O95926

Gene Model

Click here to download ENSG00000117614's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
hsa03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSG00000117614's network

* RBP PPI network refers to all genes directly bind to RBP

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSG00000117614	SYF2	90	84.475	ENSAPOG00000001174	syf2	91	84.722	Acanthochromis_polyacanthus
ENSG00000117614	SYF2	80	96.410	ENSAMEG00000010134	-	100	96.410	Ailuropoda_melanoleuca
ENSG00000117614	SYF2	98	92.946	ENSAMEG00000010115	-	99	92.531	Ailuropoda_melanoleuca
ENSG00000117614	SYF2	99	74.699	ENSACIG00000023688	syf2	86	82.326	Amphilophus_citrinellus
ENSG00000117614	SYF2	98	80.252	ENSAOCG00000022046	syf2	99	79.832	Amphiprion_ocellaris
ENSG00000117614	SYF2	88	79.452	ENSAOCG00000010912	syf2	62	83.920	Amphiprion_ocellaris
ENSG00000117614	SYF2	95	80.932	ENSAPEG00000018858	syf2	83	85.185	Amphiprion_percula
ENSG00000117614	SYF2	89	83.410	ENSATEG00000007745	syf2	91	83.796	Anabas_testudineus
ENSG00000117614	SYF2	82	89.500	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	89.500	Anas_platyrhynchos
ENSG00000117614	SYF2	84	86.275	ENSACAG00000013653	-	100	86.275	Anolis_carolinensis
ENSG00000117614	SYF2	79	75.472	ENSACAG00000026777	-	95	75.472	Anolis_carolinensis
ENSG00000117614	SYF2	100	97.531	ENSANAG00000032473	SYF2	100	97.531	Aotus_nancymaae
ENSG00000117614	SYF2	90	81.279	ENSACLG00000019916	syf2	91	82.407	Astatotilapia_calliptera
ENSG00000117614	SYF2	90	83.028	ENSAMXG00000004051	syf2	91	83.333	Astyanax_mexicanus
ENSG00000117614	SYF2	100	92.245	ENSBTAG00000001651	SYF2	100	91.837	Bos_taurus
ENSG00000117614	SYF2	86	51.429	WBGene00019402	syf-2	90	51.185	Caenorhabditis_elegans
ENSG00000117614	SYF2	100	98.010	ENSCJAG00000046570	SYF2	100	98.010	Callithrix_jacchus
ENSG00000117614	SYF2	92	88.393	ENSCAFG00000030331	-	100	82.305	Canis_familiaris
ENSG00000117614	SYF2	99	93.852	ENSCAFG00000012895	-	99	93.852	Canis_familiaris
ENSG00000117614	SYF2	95	87.895	ENSCAFG00020021094	-	100	83.824	Canis_lupus_dingo
ENSG00000117614	SYF2	99	93.852	ENSCAFG00020021091	-	99	93.852	Canis_lupus_dingo
ENSG00000117614	SYF2	100	91.770	ENSCHIG00000020874	SYF2	100	91.770	Capra_hircus
ENSG00000117614	SYF2	100	93.827	ENSTSYG00000005114	SYF2	100	93.827	Carlito_syrichta
ENSG00000117614	SYF2	81	98.485	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	98.485	Cavia_aperea
ENSG00000117614	SYF2	98	93.802	ENSCPOG00000005326	SYF2	99	93.802	Cavia_porcellus
ENSG00000117614	SYF2	100	98.010	ENSCCAG00000022459	SYF2	100	98.010	Cebus_capucinus
ENSG00000117614	SYF2	100	97.119	ENSCATG00000026917	SYF2	100	97.119	Cercocebus_atys
ENSG00000117614	SYF2	96	96.996	ENSCLAG00000008474	SYF2	95	96.996	Chinchilla_lanigera
ENSG00000117614	SYF2	100	97.119	ENSCSAG00000000948	SYF2	100	97.119	Chlorocebus_sabaeus
ENSG00000117614	SYF2	74	77.348	ENSCHOG00000005273	-	100	75.000	Choloepus_hoffmanni
ENSG00000117614	SYF2	92	89.286	ENSCPBG00000025073	SYF2	94	87.124	Chrysemys_picta_bellii
ENSG00000117614	SYF2	87	53.521	ENSCING00000003017	-	89	53.052	Ciona_intestinalis
ENSG00000117614	SYF2	96	46.392	ENSCSAVG00000006627	-	97	51.174	Ciona_savignyi
ENSG00000117614	SYF2	100	83.951	ENSCANG00000037322	SYF2	100	83.951	Colobus_angolensis_palliatus
ENSG00000117614	SYF2	100	90.123	ENSCGRG00001020733	Syf2	100	90.123	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSG00000117614	SYF2	81	95.918	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	95.477	Cricetulus_griseus_crigri
ENSG00000117614	SYF2	90	77.982	ENSCSEG00000000117	syf2	90	78.605	Cynoglossus_semilaevis
ENSG00000117614	SYF2	90	81.735	ENSCVAG00000019543	syf2	90	81.944	Cyprinodon_variegatus
ENSG00000117614	SYF2	99	77.917	ENSDARG00000004706	syf2	99	78.243	Danio_rerio
ENSG00000117614	SYF2	99	93.827	ENSDNOG00000047605	SYF2	99	93.827	Dasypus_novemcinctus
ENSG00000117614	SYF2	99	91.736	ENSDORG00000001274	Syf2	99	91.736	Dipodomys_ordii
ENSG00000117614	SYF2	90	56.818	FBgn0033556	CG12343	92	58.454	Drosophila_melanogaster
ENSG00000117614	SYF2	94	77.293	ENSETEG00000015729	SYF2	100	78.166	Echinops_telfairi
ENSG00000117614	SYF2	89	55.495	ENSEBUG00000015402	syf2	95	60.406	Eptatretus_burgeri
ENSG00000117614	SYF2	100	91.837	ENSEASG00005004224	-	100	91.837	Equus_asinus_asinus
ENSG00000117614	SYF2	100	81.893	ENSEASG00005004232	-	100	81.893	Equus_asinus_asinus
ENSG00000117614	SYF2	98	93.724	ENSECAG00000010440	-	98	93.724	Equus_caballus
ENSG00000117614	SYF2	100	92.245	ENSECAG00000012023	-	100	92.245	Equus_caballus
ENSG00000117614	SYF2	75	80.874	ENSEEUG00000015084	SYF2	100	80.874	Erinaceus_europaeus
ENSG00000117614	SYF2	96	80.252	ENSELUG00000003465	syf2	100	80.252	Esox_lucius
ENSG00000117614	SYF2	100	94.286	ENSFCAG00000010324	-	85	93.878	Felis_catus
ENSG00000117614	SYF2	99	94.262	ENSFCAG00000043095	-	99	93.852	Felis_catus
ENSG00000117614	SYF2	84	84.804	ENSFALG00000000460	SYF2	88	84.259	Ficedula_albicollis
ENSG00000117614	SYF2	100	93.416	ENSFDAG00000008310	SYF2	100	93.416	Fukomys_damarensis
ENSG00000117614	SYF2	90	67.273	ENSFHEG00000007238	syf2	100	63.677	Fundulus_heteroclitus
ENSG00000117614	SYF2	90	83.028	ENSGMOG00000019138	syf2	96	84.186	Gadus_morhua
ENSG00000117614	SYF2	92	88.393	ENSGALG00000013639	SYF2	99	82.000	Gallus_gallus
ENSG00000117614	SYF2	95	75.424	ENSGAFG00000019435	syf2	91	80.556	Gambusia_affinis
ENSG00000117614	SYF2	88	83.256	ENSGACG00000007305	syf2	90	83.256	Gasterosteus_aculeatus
ENSG00000117614	SYF2	92	89.732	ENSGAGG00000010670	SYF2	94	87.554	Gopherus_agassizii
ENSG00000117614	SYF2	100	100.000	ENSGGOG00000012796	SYF2	100	100.000	Gorilla_gorilla
ENSG00000117614	SYF2	90	81.279	ENSHBUG00000020477	syf2	93	82.407	Haplochromis_burtoni
ENSG00000117614	SYF2	93	83.700	ENSHGLG00000004304	-	99	79.583	Heterocephalus_glaber_female
ENSG00000117614	SYF2	100	93.443	ENSHGLG00000014393	SYF2	100	93.443	Heterocephalus_glaber_female
ENSG00000117614	SYF2	100	93.443	ENSHGLG00100014722	SYF2	100	93.443	Heterocephalus_glaber_male
ENSG00000117614	SYF2	98	78.008	ENSHCOG00000012904	syf2	79	77.178	Hippocampus_comes
ENSG00000117614	SYF2	91	83.258	ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	Ictalurus_punctatus
ENSG00000117614	SYF2	60	97.260	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	97.260	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSG00000117614	SYF2	82	97.487	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	97.487	Jaculus_jaculus
ENSG00000117614	SYF2	98	76.987	ENSKMAG00000013856	syf2	91	82.407	Kryptolebias_marmoratus
ENSG00000117614	SYF2	90	83.105	ENSLBEG00000014425	syf2	91	83.796	Labrus_bergylta
ENSG00000117614	SYF2	99	80.417	ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.574	Latimeria_chalumnae
ENSG00000117614	SYF2	97	80.851	ENSLOCG00000002728	syf2	92	80.851	Lepisosteus_oculatus
ENSG00000117614	SYF2	100	92.653	ENSLAFG00000023150	-	100	92.653	Loxodonta_africana
ENSG00000117614	SYF2	75	64.674	ENSLAFG00000030814	-	100	64.674	Loxodonta_africana
ENSG00000117614	SYF2	100	97.531	ENSMFAG00000041831	SYF2	100	97.531	Macaca_fascicularis
ENSG00000117614	SYF2	100	97.531	ENSMMUG00000002968	SYF2	100	97.531	Macaca_mulatta
ENSG00000117614	SYF2	100	97.531	ENSMNEG00000030180	SYF2	100	97.531	Macaca_nemestrina
ENSG00000117614	SYF2	100	97.119	ENSMLEG00000030248	SYF2	100	97.119	Mandrillus_leucophaeus
ENSG00000117614	SYF2	89	81.567	ENSMAMG00000010403	syf2	90	81.944	Mastacembelus_armatus
ENSG00000117614	SYF2	95	78.390	ENSMZEG00005006429	syf2	91	82.407	Maylandia_zebra
ENSG00000117614	SYF2	82	89.950	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	89.950	Meleagris_gallopavo
ENSG00000117614	SYF2	100	90.123	ENSMAUG00000018974	Syf2	100	90.123	Mesocricetus_auratus
ENSG00000117614	SYF2	89	97.753	ENSMICG00000016191	SYF2	100	97.990	Microcebus_murinus
ENSG00000117614	SYF2	100	91.358	ENSMOCG00000022938	Syf2	100	90.123	Microtus_ochrogaster
ENSG00000117614	SYF2	90	79.909	ENSMMOG00000002396	syf2	90	80.093	Mola_mola
ENSG00000117614	SYF2	93	88.106	ENSMODG00000013951	-	95	88.991	Monodelphis_domestica
ENSG00000117614	SYF2	96	76.349	ENSMALG00000010706	syf2	90	82.949	Monopterus_albus
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	100	90.535	Mus_caroli
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	ENSMUSG00000028821	Syf2	100	90.535	Mus_musculus
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	100	90.535	Mus_pahari
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	100	90.535	Mus_spretus
ENSG00000117614	SYF2	98	94.167	ENSMPUG00000015801	-	98	93.750	Mustela_putorius_furo
ENSG00000117614	SYF2	99	94.262	ENSMPUG00000015802	-	99	94.262	Mustela_putorius_furo
ENSG00000117614	SYF2	98	93.697	ENSMLUG00000001885	SYF2	98	92.917	Myotis_lucifugus
ENSG00000117614	SYF2	100	92.276	ENSNGAG00000007912	Syf2	100	92.276	Nannospalax_galili
ENSG00000117614	SYF2	97	72.083	ENSNBRG00000010720	syf2	100	69.583	Neolamprologus_brichardi
ENSG00000117614	SYF2	100	99.502	ENSNLEG00000035185	SYF2	100	99.502	Nomascus_leucogenys
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	ENSOPRG00000012870	SYF2	100	90.947	Ochotona_princeps
ENSG00000117614	SYF2	96	94.850	ENSODEG00000017664	-	98	94.850	Octodon_degus
ENSG00000117614	SYF2	96	84.979	ENSODEG00000014338	-	98	84.979	Octodon_degus
ENSG00000117614	SYF2	90	81.279	ENSONIG00000008213	syf2	91	81.944	Oreochromis_niloticus
ENSG00000117614	SYF2	83	90.099	ENSOANG00000009552	SYF2	100	90.099	Ornithorhynchus_anatinus
ENSG00000117614	SYF2	100	94.672	ENSOCUG00000013050	SYF2	100	94.672	Oryctolagus_cuniculus
ENSG00000117614	SYF2	90	82.648	ENSORLG00000028820	syf2	99	79.565	Oryzias_latipes
ENSG00000117614	SYF2	96	78.481	ENSORLG00020018333	syf2	91	83.333	Oryzias_latipes_hni
ENSG00000117614	SYF2	90	82.569	ENSORLG00015014665	syf2	91	83.333	Oryzias_latipes_hsok
ENSG00000117614	SYF2	90	83.562	ENSOMEG00000013911	syf2	91	83.796	Oryzias_melastigma
ENSG00000117614	SYF2	99	93.802	ENSOGAG00000009962	SYF2	99	93.802	Otolemur_garnettii
ENSG00000117614	SYF2	80	67.179	ENSOARG00000006269	-	100	67.179	Ovis_aries
ENSG00000117614	SYF2	100	92.308	ENSOARG00000006348	-	100	91.903	Ovis_aries
ENSG00000117614	SYF2	100	100.000	ENSPPAG00000036579	SYF2	100	100.000	Pan_paniscus
ENSG00000117614	SYF2	99	94.262	ENSPPRG00000001651	-	99	93.852	Panthera_pardus
ENSG00000117614	SYF2	100	94.309	ENSPPRG00000001638	-	100	93.902	Panthera_pardus
ENSG00000117614	SYF2	99	93.852	ENSPTIG00000007036	-	99	93.443	Panthera_tigris_altaica
ENSG00000117614	SYF2	93	96.460	ENSPTIG00000005711	-	82	96.460	Panthera_tigris_altaica
ENSG00000117614	SYF2	100	100.000	ENSPTRG00000000352	SYF2	100	100.000	Pan_troglodytes
ENSG00000117614	SYF2	100	97.531	ENSPANG00000008139	SYF2	100	97.531	Papio_anubis
ENSG00000117614	SYF2	95	80.258	ENSPKIG00000008130	syf2	92	84.259	Paramormyrops_kingsleyae
ENSG00000117614	SYF2	96	86.266	ENSPSIG00000011816	SYF2	91	86.266	Pelodiscus_sinensis
ENSG00000117614	SYF2	97	77.966	ENSPMGG00000008755	syf2	84	82.407	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	ENSPEMG00000008283	Syf2	100	90.947	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSG00000117614	SYF2	93	93.333	ENSPCIG00000014235	SYF2	86	94.907	Phascolarctos_cinereus
ENSG00000117614	SYF2	90	80.275	ENSPFOG00000004116	syf2	89	80.556	Poecilia_formosa
ENSG00000117614	SYF2	90	80.275	ENSPLAG00000006691	syf2	92	80.930	Poecilia_latipinna
ENSG00000117614	SYF2	96	73.504	ENSPMEG00000011684	syf2	97	73.077	Poecilia_mexicana
ENSG00000117614	SYF2	89	81.019	ENSPREG00000003009	syf2	91	81.019	Poecilia_reticulata
ENSG00000117614	SYF2	100	98.765	ENSPPYG00000001713	SYF2	100	98.765	Pongo_abelii
ENSG00000117614	SYF2	100	77.114	ENSPCOG00000027011	SYF2	100	77.114	Propithecus_coquereli
ENSG00000117614	SYF2	99	81.893	ENSPVAG00000005841	SYF2	99	81.893	Pteropus_vampyrus
ENSG00000117614	SYF2	90	81.279	ENSPNYG00000004979	syf2	91	82.407	Pundamilia_nyererei
ENSG00000117614	SYF2	100	79.424	ENSPNAG00000015570	syf2	100	79.012	Pygocentrus_nattereri
ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.535	Rattus_norvegicus
ENSG00000117614	SYF2	100	95.062	ENSRBIG00000042970	SYF2	100	95.062	Rhinopithecus_bieti
ENSG00000117614	SYF2	100	97.531	ENSRROG00000001347	SYF2	100	97.531	Rhinopithecus_roxellana
ENSG00000117614	SYF2	100	96.708	ENSSBOG00000020184	SYF2	100	96.708	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSG00000117614	SYF2	84	93.204	ENSSHAG00000007152	-	100	93.204	Sarcophilus_harrisii
ENSG00000117614	SYF2	93	91.556	ENSSHAG00000015630	-	87	92.593	Sarcophilus_harrisii
ENSG00000117614	SYF2	93	81.057	ENSSFOG00015023647	syf2	91	84.259	Scleropages_formosus
ENSG00000117614	SYF2	90	81.651	ENSSMAG00000009867	syf2	91	81.944	Scophthalmus_maximus
ENSG00000117614	SYF2	90	83.028	ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	Seriola_dumerili
ENSG00000117614	SYF2	90	83.028	ENSSLDG00000012677	syf2	91	83.333	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSG00000117614	SYF2	100	74.590	ENSSARG00000012889	SYF2	100	74.590	Sorex_araneus
ENSG00000117614	SYF2	95	86.580	ENSSPUG00000005251	SYF2	85	88.889	Sphenodon_punctatus
ENSG00000117614	SYF2	96	78.151	ENSSPAG00000009626	syf2	91	83.333	Stegastes_partitus
ENSG00000117614	SYF2	99	91.358	ENSSSCG00000037481	SYF2	99	91.358	Sus_scrofa
ENSG00000117614	SYF2	58	73.504	ENSTGUG00000001126	SYF2	80	60.870	Taeniopygia_guttata
ENSG00000117614	SYF2	100	74.486	ENSTRUG00000001499	syf2	86	81.860	Takifugu_rubripes
ENSG00000117614	SYF2	90	80.275	ENSTNIG00000016912	syf2	97	80.556	Tetraodon_nigroviridis
ENSG00000117614	SYF2	100	70.782	ENSTBEG00000017370	SYF2	99	70.370	Tupaia_belangeri
ENSG00000117614	SYF2	100	92.213	ENSTTRG00000003550	SYF2	100	92.623	Tursiops_truncatus
ENSG00000117614	SYF2	99	93.033	ENSUAMG00000002897	SYF2	99	92.623	Ursus_americanus
ENSG00000117614	SYF2	99	93.443	ENSUMAG00000013108	SYF2	99	93.033	Ursus_maritimus
ENSG00000117614	SYF2	100	92.623	ENSVPAG00000005705	SYF2	100	92.213	Vicugna_pacos
ENSG00000117614	SYF2	99	93.852	ENSVVUG00000027175	-	99	93.852	Vulpes_vulpes
ENSG00000117614	SYF2	84	96.585	ENSVVUG00000027181	-	100	89.919	Vulpes_vulpes
ENSG00000117614	SYF2	96	83.262	ENSXETG00000022797	syf2	94	83.262	Xenopus_tropicalis
ENSG00000117614	SYF2	88	80.930	ENSXMAG00000022698	syf2	91	80.556	Xiphophorus_maculatus

Gene Ontology

Go ID	Go_term	PubmedID	Evidence	Category
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	11991638.	IC	Process
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	28076346.	IDA	Process
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	-	TAS	Process
GO:0000974	Prp19 complex	21873635.	IBA	Component
GO:0001701	in utero embryonic development	-	IEA	Process
GO:0003723	RNA binding	22658674.22681889.	HDA	Function
GO:0005515	protein binding	25416956.	IPI	Function
GO:0005634	nucleus	28076346.	IDA	Component
GO:0005634	nucleus	11118353.	NAS	Component
GO:0005654	nucleoplasm	-	TAS	Component
GO:0007095	mitotic G2 DNA damage checkpoint	-	IEA	Process
GO:0007369	gastrulation	-	IEA	Process
GO:0008284	positive regulation of cell proliferation	-	IEA	Process
GO:0016607	nuclear speck	-	IDA	Component
GO:0048568	embryonic organ development	-	IEA	Process
GO:0071007	U2-type catalytic step 2 spliceosome	28076346.	IDA	Component
GO:0071013	catalytic step 2 spliceosome	21873635.	IBA	Component
GO:0071013	catalytic step 2 spliceosome	11991638.	IDA	Component
GO:0071014	post-mRNA release spliceosomal complex	21873635.	IBA	Component