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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSGACG00000012679 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Gasterosteus_aculeatus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 15511 bases
Position: chrgroupXIII:14741286-14756796
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSGACP00000016769	RRM_1	PF00076.22	4.6e-33	1	2
ENSGACP00000016769	RRM_1	PF00076.22	4.6e-33	2	2
ENSGACP00000016768	RRM_1	PF00076.22	5.8e-33	1	2
ENSGACP00000016768	RRM_1	PF00076.22	5.8e-33	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSGACT00000016802	MSI1-201	1193	-	ENSGACP00000016768	349 (aa)	-	G3PGP3
ENSGACT00000016803	MSI1-202	972	-	ENSGACP00000016769	323 (aa)	-	G3PGP4

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSGACG00000012679	MSI1	56	43.889	ENSGACG00000020830	-	76	38.956
ENSGACG00000012679	MSI1	55	40.556	ENSGACG00000009435	-	70	34.259
ENSGACG00000012679	MSI1	54	32.402	ENSGACG00000019028	rbm14b	68	32.402
ENSGACG00000012679	MSI1	53	43.784	ENSGACG00000008259	dazap1	53	43.085
ENSGACG00000012679	MSI1	54	37.853	ENSGACG00000016447	hnrnpa0b	77	35.498
ENSGACG00000012679	MSI1	100	82.548	ENSGACG00000008674	-	100	82.548
ENSGACG00000012679	MSI1	56	76.923	ENSGACG00000020302	MSI2	100	76.923
ENSGACG00000012679	MSI1	58	46.524	ENSGACG00000018116	hnrnpaba	79	38.519
ENSGACG00000012679	MSI1	58	39.894	ENSGACG00000004477	hnrnpa3	68	36.402
ENSGACG00000012679	MSI1	52	35.329	ENSGACG00000012164	tardbp	55	35.329
ENSGACG00000012679	MSI1	59	44.920	ENSGACG00000015669	hnrnpd	58	44.048

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSG00000135097	MSI1	99	84.914	Homo_sapiens
ENSGACG00000012679	MSI1	100	90.598	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	90.598	Acanthochromis_polyacanthus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.708	ENSAPOG00000023458	-	100	97.708	Acanthochromis_polyacanthus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	91.845	ENSAMEG00000013302	MSI1	80	91.845	Ailuropoda_melanoleuca
ENSGACG00000012679	MSI1	50	92.222	ENSACIG00000018210	zgc:110796	98	92.222	Amphilophus_citrinellus
ENSGACG00000012679	MSI1	93	85.761	ENSACIG00000017754	-	78	88.026	Amphilophus_citrinellus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	90.598	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	90.598	Amphiprion_ocellaris
ENSGACG00000012679	MSI1	94	90.064	ENSAOCG00000009031	-	95	90.064	Amphiprion_ocellaris
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.708	ENSAPEG00000006857	-	84	97.708	Amphiprion_percula
ENSGACG00000012679	MSI1	100	90.598	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	90.598	Amphiprion_percula
ENSGACG00000012679	MSI1	100	93.803	ENSATEG00000017059	MSI1	100	93.803	Anabas_testudineus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	82.535	ENSATEG00000023779	-	100	82.535	Anabas_testudineus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	84.488	ENSACAG00000002762	MSI1	100	84.211	Anolis_carolinensis
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSANAG00000027151	MSI1	100	83.425	Aotus_nancymaae
ENSGACG00000012679	MSI1	96	76.119	ENSANAG00000027901	-	100	76.119	Aotus_nancymaae
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.708	ENSACLG00000000117	-	100	98.171	Astatotilapia_calliptera
ENSGACG00000012679	MSI1	100	91.168	ENSACLG00000011230	MSI1	100	91.168	Astatotilapia_calliptera
ENSGACG00000012679	MSI1	94	92.790	ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.790	Astyanax_mexicanus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	84.783	Bos_taurus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.830	Callithrix_jacchus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.149	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.149	Canis_familiaris
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.887	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	84.887	Canis_lupus_dingo
ENSGACG00000012679	MSI1	100	81.199	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	81.199	Capra_hircus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.098	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	84.098	Carlito_syrichta
ENSGACG00000012679	MSI1	94	83.883	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	83.883	Cavia_aperea
ENSGACG00000012679	MSI1	95	84.593	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	84.795	Cavia_porcellus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	83.425	Cebus_capucinus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSCATG00000030019	MSI1	100	83.425	Cercocebus_atys
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.795	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	84.795	Chinchilla_lanigera
ENSGACG00000012679	MSI1	76	88.934	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	84.116	Chlorocebus_sabaeus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	86.895	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	86.895	Chrysemys_picta_bellii
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.146	ENSCANG00000040651	MSI1	100	84.146	Colobus_angolensis_palliatus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	83.425	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.195	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	84.195	Cricetulus_griseus_crigri
ENSGACG00000012679	MSI1	94	92.233	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	92.233	Cynoglossus_semilaevis
ENSGACG00000012679	MSI1	100	89.744	ENSCSEG00000005834	-	100	89.744	Cynoglossus_semilaevis
ENSGACG00000012679	MSI1	100	95.989	ENSCSEG00000008352	-	100	95.989	Cynoglossus_semilaevis
ENSGACG00000012679	MSI1	55	65.672	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	65.672	Cyprinodon_variegatus
ENSGACG00000012679	MSI1	62	72.018	ENSCVAG00000017463	-	89	72.018	Cyprinodon_variegatus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	96.562	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	96.562	Cyprinodon_variegatus
ENSGACG00000012679	MSI1	79	90.278	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	98	90.278	Danio_rerio
ENSGACG00000012679	MSI1	94	92.230	ENSDARG00000010710	msi1	100	93.925	Danio_rerio
ENSGACG00000012679	MSI1	50	85.870	ENSDARG00000041299	zgc:110796	98	89.130	Danio_rerio
ENSGACG00000012679	MSI1	94	82.278	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	82.278	Dasypus_novemcinctus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	83.533	ENSDORG00000005610	Msi1	94	83.533	Dipodomys_ordii
ENSGACG00000012679	MSI1	94	80.793	ENSETEG00000004756	MSI1	100	80.793	Echinops_telfairi
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSEASG00005004736	MSI1	100	83.425	Equus_asinus_asinus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSECAG00000017526	MSI1	100	83.425	Equus_caballus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	90.544	ENSELUG00000023219	MSI1	92	90.544	Esox_lucius
ENSGACG00000012679	MSI1	94	86.890	ENSELUG00000023280	-	100	86.585	Esox_lucius
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	83.425	Felis_catus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	88.667	ENSFALG00000007574	MSI1	100	88.667	Ficedula_albicollis
ENSGACG00000012679	MSI1	94	83.841	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	83.841	Fukomys_damarensis
ENSGACG00000012679	MSI1	100	90.598	ENSFHEG00000003560	-	100	90.598	Fundulus_heteroclitus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.135	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	97.135	Fundulus_heteroclitus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	81.408	ENSGMOG00000017838	-	100	81.408	Gadus_morhua
ENSGACG00000012679	MSI1	100	93.983	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	93.696	Gadus_morhua
ENSGACG00000012679	MSI1	94	88.168	ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.448	Gallus_gallus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	76.577	ENSGAFG00000005860	-	100	76.577	Gambusia_affinis
ENSGACG00000012679	MSI1	94	90.578	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	90.578	Gambusia_affinis
ENSGACG00000012679	MSI1	100	87.048	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.048	Gopherus_agassizii
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.713	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	84.713	Gorilla_gorilla
ENSGACG00000012679	MSI1	100	91.168	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	91.168	Haplochromis_burtoni
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.708	ENSHBUG00000011841	-	100	97.708	Haplochromis_burtoni
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.149	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	83.149	Heterocephalus_glaber_female
ENSGACG00000012679	MSI1	94	83.841	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	83.841	Heterocephalus_glaber_male
ENSGACG00000012679	MSI1	94	88.673	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	88.673	Hippocampus_comes
ENSGACG00000012679	MSI1	100	91.785	ENSHCOG00000012067	-	100	91.785	Hippocampus_comes
ENSGACG00000012679	MSI1	100	91.117	ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.117	Ictalurus_punctatus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.887	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	84.887	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	83.425	Jaculus_jaculus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	73.178	ENSJJAG00000010643	-	100	73.178	Jaculus_jaculus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	96.562	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	96.562	Kryptolebias_marmoratus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	89.644	ENSKMAG00000019877	-	100	89.644	Kryptolebias_marmoratus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	90.598	ENSLBEG00000001375	-	100	90.598	Labrus_bergylta
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.421	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	97.421	Labrus_bergylta
ENSGACG00000012679	MSI1	94	83.918	ENSLACG00000018287	MSI1	100	84.012	Latimeria_chalumnae
ENSGACG00000012679	MSI1	56	77.273	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	77.273	Lepisosteus_oculatus
ENSGACG00000012679	MSI1	91	74.924	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	75.082	Loxodonta_africana
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.795	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	84.795	Macaca_fascicularis
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.795	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	83.908	Macaca_mulatta
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	83.425	Macaca_nemestrina
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.146	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	84.146	Mandrillus_leucophaeus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	90.028	ENSMAMG00000018426	-	100	90.028	Mastacembelus_armatus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	96.848	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	96.848	Mastacembelus_armatus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	91.168	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	91.168	Maylandia_zebra
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.708	ENSMZEG00005000340	-	100	97.708	Maylandia_zebra
ENSGACG00000012679	MSI1	68	94.083	ENSMGAG00000016518	-	100	94.083	Meleagris_gallopavo
ENSGACG00000012679	MSI1	69	91.518	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	89.300	Mesocricetus_auratus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.425	ENSMICG00000033181	MSI1	100	83.425	Microcebus_murinus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	83.149	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	83.149	Microtus_ochrogaster
ENSGACG00000012679	MSI1	100	84.242	ENSMMOG00000012265	-	100	84.242	Mola_mola
ENSGACG00000012679	MSI1	94	91.089	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	90.759	Mola_mola
ENSGACG00000012679	MSI1	91	57.229	ENSMODG00000003189	-	100	57.229	Monodelphis_domestica
ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.994	ENSMALG00000017889	MSI1	100	97.994	Monopterus_albus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	91.159	ENSMALG00000001426	-	100	91.159	Monopterus_albus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	82.873	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	86.692	Mus_caroli
ENSGACG00000012679	MSI1	100	82.873	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	86.728	Mus_musculus
ENSGACG00000012679	MSI1	100	85.185	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	85.185	Mus_pahari
ENSGACG00000012679	MSI1	100	82.873	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	86.692	Mus_spretus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.887	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	84.887	Mustela_putorius_furo
ENSGACG00000012679	MSI1	91	75.595	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	75.595	Myotis_lucifugus
ENSGACG00000012679	MSI1	94	84.195	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	84.195	Nannospalax_galili
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