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RBDs

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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSGAGG00000016037 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Gopherus_agassizii
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 38637 bases
Position: chrPPEB01002433.1:52255-90891
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSGAGP00000021845	RRM_1	PF00076.22	2.2e-34	1	2
ENSGAGP00000021845	RRM_1	PF00076.22	2.2e-34	2	2
ENSGAGP00000021841	RRM_1	PF00076.22	2.6e-34	1	2
ENSGAGP00000021841	RRM_1	PF00076.22	2.6e-34	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSGAGT00000024882	MSI1-201	1320	-	ENSGAGP00000021841	351 (aa)	-	-
ENSGAGT00000024886	MSI1-202	1263	-	ENSGAGP00000021845	332 (aa)	-	-

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSGAGG00000016037	MSI1	58	41.451	ENSGAGG00000006799	HNRNPA2B1	94	39.560
ENSGAGG00000016037	MSI1	51	44.444	ENSGAGG00000005632	HNRNPA0	60	43.478
ENSGAGG00000016037	MSI1	57	38.418	ENSGAGG00000014290	DAZAP1	53	38.418
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	74.194	ENSGAGG00000016542	MSI2	100	72.492
ENSGAGG00000016037	MSI1	53	47.429	ENSGAGG00000007175	HNRNPAB	77	39.453
ENSGAGG00000016037	MSI1	52	40.141	ENSGAGG00000010635	-	69	37.113
ENSGAGG00000016037	MSI1	64	36.047	ENSGAGG00000001187	RBM38	53	36.047
ENSGAGG00000016037	MSI1	57	46.561	ENSGAGG00000003646	HNRNPDL	87	39.552
ENSGAGG00000016037	MSI1	60	33.735	ENSGAGG00000009283	TARDBP	54	32.796
ENSGAGG00000016037	MSI1	57	46.196	ENSGAGG00000003656	HNRNPD	77	40.075

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSG00000135097	MSI1	100	95.580	Homo_sapiens
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.749	ENSAPOG00000023458	-	100	87.749	Acanthochromis_polyacanthus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	86.402	Acanthochromis_polyacanthus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	73.077	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	73.077	Ailuropoda_melanoleuca
ENSGAGG00000016037	MSI1	90	88.026	ENSACIG00000017754	-	78	88.026	Amphilophus_citrinellus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	86.402	Amphiprion_ocellaris
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	84.936	ENSAOCG00000009031	-	95	84.936	Amphiprion_ocellaris
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.749	ENSAPEG00000006857	-	84	87.749	Amphiprion_percula
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	86.402	Amphiprion_percula
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	84.911	ENSATEG00000017059	MSI1	100	84.911	Anabas_testudineus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	80.845	ENSATEG00000023779	-	100	80.845	Anabas_testudineus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.291	ENSACAG00000002762	MSI1	100	95.291	Anolis_carolinensis
ENSGAGG00000016037	MSI1	83	94.138	ENSANAG00000027901	-	89	94.138	Aotus_nancymaae
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSANAG00000027151	MSI1	100	95.580	Aotus_nancymaae
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.464	ENSACLG00000000117	-	100	88.485	Astatotilapia_calliptera
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSACLG00000011230	MSI1	100	86.402	Astatotilapia_calliptera
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	88.411	ENSAMXG00000038960	msi1	75	88.411	Astyanax_mexicanus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	96.188	Bos_taurus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	95.580	Callithrix_jacchus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.304	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	95.304	Canis_familiaris
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.141	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	96.141	Canis_lupus_dingo
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	90.244	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	90.244	Capra_hircus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.024	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	96.024	Carlito_syrichta
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	95.604	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	95.604	Cavia_aperea
ENSGAGG00000016037	MSI1	97	94.587	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	96.199	Cavia_porcellus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	95.580	Cebus_capucinus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSCATG00000030019	MSI1	100	95.580	Cercocebus_atys
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	91.989	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	96.199	Chinchilla_lanigera
ENSGAGG00000016037	MSI1	77	94.585	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	94.585	Chlorocebus_sabaeus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	99.715	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	99.715	Chrysemys_picta_bellii
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.037	ENSCANG00000040651	MSI1	100	96.037	Colobus_angolensis_palliatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	95.580	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.049	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	96.049	Cricetulus_griseus_crigri
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	86.174	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	86.174	Cynoglossus_semilaevis
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.952	ENSCSEG00000008352	-	100	87.952	Cynoglossus_semilaevis
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.119	ENSCSEG00000005834	-	100	86.119	Cynoglossus_semilaevis
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	89.157	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	89.157	Cyprinodon_variegatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	63	71.364	ENSCVAG00000017463	-	89	71.364	Cyprinodon_variegatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	53	61.940	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	61.940	Cyprinodon_variegatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	79	86.697	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	86.697	Danio_rerio
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	89.262	ENSDARG00000010710	msi1	100	88.889	Danio_rerio
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	92.138	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	92.138	Dasypus_novemcinctus
ENSGAGG00000016037	MSI1	98	91.525	ENSDORG00000005610	Msi1	99	91.525	Dipodomys_ordii
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	92.073	ENSETEG00000004756	MSI1	100	92.073	Echinops_telfairi
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSEASG00005004736	MSI1	100	95.580	Equus_asinus_asinus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSECAG00000017526	MSI1	100	95.580	Equus_caballus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	84.259	ENSELUG00000023280	-	100	84.259	Esox_lucius
ENSGAGG00000016037	MSI1	96	83.136	ENSELUG00000023219	MSI1	92	83.191	Esox_lucius
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	95.580	Felis_catus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	99.667	ENSFALG00000007574	MSI1	100	99.667	Ficedula_albicollis
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	95.732	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	95.732	Fukomys_damarensis
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSFHEG00000003560	-	100	86.402	Fundulus_heteroclitus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	88.034	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	88.034	Fundulus_heteroclitus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	85.755	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	85.755	Gadus_morhua
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	78.310	ENSGMOG00000017838	-	100	78.310	Gadus_morhua
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	99.618	ENSGALG00000007227	MSI1	98	85.934	Gallus_gallus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	71.940	ENSGAFG00000005860	-	100	71.940	Gambusia_affinis
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	87.915	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	87.915	Gambusia_affinis
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	80.663	ENSGACG00000008674	-	100	80.663	Gasterosteus_aculeatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.048	ENSGACG00000012679	MSI1	100	87.048	Gasterosteus_aculeatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.178	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	96.178	Gorilla_gorilla
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	86.402	Haplochromis_burtoni
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.464	ENSHBUG00000011841	-	100	87.464	Haplochromis_burtoni
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.304	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	95.304	Heterocephalus_glaber_female
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	95.732	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	95.732	Heterocephalus_glaber_male
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	88.424	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	88.424	Hippocampus_comes
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	83.036	ENSHCOG00000012067	-	100	83.036	Hippocampus_comes
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	84.900	ENSIPUG00000001976	msi1	99	87.417	Ictalurus_punctatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.141	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	96.141	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	81.924	ENSJJAG00000010643	-	100	81.924	Jaculus_jaculus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	95.580	Jaculus_jaculus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.179	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	87.179	Kryptolebias_marmoratus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	90.997	ENSKMAG00000019877	-	100	90.997	Kryptolebias_marmoratus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSLBEG00000001375	-	100	86.402	Labrus_bergylta
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	88.855	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	88.855	Labrus_bergylta
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	87.135	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.135	Latimeria_chalumnae
ENSGAGG00000016037	MSI1	55	71.818	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	71.818	Lepisosteus_oculatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	91	85.498	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	85.498	Loxodonta_africana
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.199	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	96.199	Macaca_fascicularis
ENSGAGG00000016037	MSI1	99	94.118	ENSMMUG00000031527	MSI1	99	94.118	Macaca_mulatta
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	95.580	Macaca_nemestrina
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.037	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	96.037	Mandrillus_leucophaeus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.179	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	87.179	Mastacembelus_armatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	96	88.166	ENSMAMG00000018426	-	100	86.119	Mastacembelus_armatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	88.855	ENSMZEG00005000340	-	100	88.855	Maylandia_zebra
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	86.402	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	86.402	Maylandia_zebra
ENSGAGG00000016037	MSI1	70	99.408	ENSMGAG00000016518	-	100	99.408	Meleagris_gallopavo
ENSGAGG00000016037	MSI1	69	99.177	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	99.177	Mesocricetus_auratus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.580	ENSMICG00000033181	MSI1	100	95.580	Microcebus_murinus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.304	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	95.304	Microtus_ochrogaster
ENSGAGG00000016037	MSI1	98	81.846	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	81.846	Mola_mola
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	83.133	ENSMMOG00000012265	-	100	83.133	Mola_mola
ENSGAGG00000016037	MSI1	91	65.060	ENSMODG00000003189	-	100	65.060	Monodelphis_domestica
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	89.389	ENSMALG00000001426	-	100	89.389	Monopterus_albus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.464	ENSMALG00000017889	MSI1	100	87.464	Monopterus_albus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.028	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	98.859	Mus_caroli
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.028	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.765	Mus_musculus
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	97.721	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	97.721	Mus_pahari
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.028	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	98.859	Mus_spretus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	96.141	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	96.141	Mustela_putorius_furo
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	86.310	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	86.310	Myotis_lucifugus
ENSGAGG00000016037	MSI1	98	90.223	ENSNGAG00000014508	Msi1	97	90.223	Nannospalax_galili
ENSGAGG00000016037	MSI1	100	88.855	ENSNBRG00000000841	-	100	88.855	Neolamprologus_brichardi
ENSGAGG00000016037	MSI1	88	81.301	ENSNBRG00000018012	MSI1	99	81.301	Neolamprologus_brichardi
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ENSGAGG00000016037	MSI1	90	90.301	ENSPMGG00000000514	MSI1	97	90.301	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSGAGG00000016037	MSI1	94	72.424	ENSPMGG00000007743	-	92	70.033	Periophthalmus_magnuspinnatus
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ENSGAGG00000016037	MSI1	94	78.526	ENSXCOG00000017605	MSI1	89	78.526	Xiphophorus_couchianus
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