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Description

Ensembl ID: ENSGALG00000007227 (Gene tree)
Gene ID: 416979
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Gallus_gallus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 27456 bases
Position: chr15:9624166-9651621
Accession: 7330
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSGALP00000008910	RRM_1	PF00076.22	2.8e-34	1	2
ENSGALP00000008910	RRM_1	PF00076.22	2.8e-34	2	2
ENSGALP00000073863	RRM_1	PF00076.22	3.2e-34	1	2
ENSGALP00000073863	RRM_1	PF00076.22	3.2e-34	2	2
ENSGALP00000068174	RRM_1	PF00076.22	3.3e-15	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSGALT00000106182	MSI1-202	1612	-	ENSGALP00000073863	398 (aa)	-	-
ENSGALT00000101007	MSI1-201	2410	-	ENSGALP00000068174	390 (aa)	-	UPI000739C19F
ENSGALT00000008924	MSI1-203	1555	-	ENSGALP00000008910	379 (aa)	-	F1NSZ7

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
gga03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSG00000135097	MSI1	94	95.238	Homo_sapiens
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.215	ENSAPOG00000023458	-	94	89.695	Acanthochromis_polyacanthus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	89.695	Acanthochromis_polyacanthus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	82.222	ENSAMEG00000013302	MSI1	84	100.000	Ailuropoda_melanoleuca
ENSGALG00000007227	MSI1	94	80.994	ENSACIG00000017754	-	78	82.625	Amphilophus_citrinellus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	73.371	ENSAOCG00000009031	-	95	78.626	Amphiprion_ocellaris
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	89.695	Amphiprion_ocellaris
ENSGALG00000007227	MSI1	95	77.895	ENSAPEG00000006857	-	79	89.695	Amphiprion_percula
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	89.695	Amphiprion_percula
ENSGALG00000007227	MSI1	98	70.380	ENSATEG00000023779	-	93	85.932	Anabas_testudineus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	73.280	ENSATEG00000017059	MSI1	95	89.313	Anabas_testudineus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.990	ENSACAG00000002762	MSI1	94	96.679	Anolis_carolinensis
ENSGALG00000007227	MSI1	74	92.857	ENSANAG00000027901	-	90	92.857	Aotus_nancymaae
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSANAG00000027151	MSI1	94	95.238	Aotus_nancymaae
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSACLG00000011230	MSI1	94	89.695	Astatotilapia_calliptera
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.959	ENSACLG00000000117	-	100	88.931	Astatotilapia_calliptera
ENSGALG00000007227	MSI1	96	74.561	ENSAMXG00000038960	msi1	76	87.405	Astyanax_mexicanus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	95.238	Bos_taurus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSCJAG00000008578	MSI1	94	95.238	Callithrix_jacchus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.701	ENSCAFG00000010283	MSI1	94	94.872	Canis_familiaris
ENSGALG00000007227	MSI1	93	85.882	ENSCAFG00020020585	MSI1	99	85.882	Canis_lupus_dingo
ENSGALG00000007227	MSI1	98	82.161	ENSCHIG00000024304	MSI1	95	88.214	Capra_hircus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.236	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	95.238	Carlito_syrichta
ENSGALG00000007227	MSI1	90	86.598	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	94.909	Cavia_aperea
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.792	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	95.238	Cavia_porcellus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSCCAG00000035567	MSI1	94	95.238	Cebus_capucinus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSCATG00000030019	MSI1	94	95.238	Cercocebus_atys
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.792	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	95.238	Chinchilla_lanigera
ENSGALG00000007227	MSI1	68	94.585	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	94.585	Chlorocebus_sabaeus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.189	ENSCPBG00000011349	MSI1	94	99.618	Chrysemys_picta_bellii
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.275	ENSCANG00000040651	MSI1	99	95.238	Colobus_angolensis_palliatus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSCGRG00001018883	Msi1	94	95.238	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSGALG00000007227	MSI1	90	88.473	ENSCGRG00000002191	Msi1	73	95.238	Cricetulus_griseus_crigri
ENSGALG00000007227	MSI1	96	73.504	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	79.771	Cynoglossus_semilaevis
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.806	ENSCSEG00000008352	-	94	87.786	Cynoglossus_semilaevis
ENSGALG00000007227	MSI1	98	74.555	ENSCSEG00000005834	-	94	88.550	Cynoglossus_semilaevis
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.882	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	89.313	Cyprinodon_variegatus
ENSGALG00000007227	MSI1	56	70.909	ENSCVAG00000017463	-	89	70.909	Cyprinodon_variegatus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	75.148	ENSDARG00000010710	msi1	100	88.426	Danio_rerio
ENSGALG00000007227	MSI1	80	69.380	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	87.156	Danio_rerio
ENSGALG00000007227	MSI1	96	78.771	ENSDNOG00000005713	MSI1	92	90.458	Dasypus_novemcinctus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	83.029	ENSDORG00000005610	Msi1	94	95.238	Dipodomys_ordii
ENSGALG00000007227	MSI1	96	82.353	ENSETEG00000004756	MSI1	99	90.476	Echinops_telfairi
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSEASG00005004736	MSI1	94	95.238	Equus_asinus_asinus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSECAG00000017526	MSI1	94	95.238	Equus_caballus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	72.253	ENSELUG00000023280	-	100	83.588	Esox_lucius
ENSGALG00000007227	MSI1	96	74.541	ENSELUG00000023219	MSI1	92	82.979	Esox_lucius
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSFCAG00000011007	MSI1	94	95.238	Felis_catus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	85.000	ENSFALG00000007574	MSI1	87	100.000	Ficedula_albicollis
ENSGALG00000007227	MSI1	96	85.994	ENSFDAG00000019586	MSI1	99	94.872	Fukomys_damarensis
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSFHEG00000003560	-	94	88.931	Fundulus_heteroclitus
ENSGALG00000007227	MSI1	99	75.879	ENSFHEG00000022446	MSI1	94	89.695	Fundulus_heteroclitus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	69.388	ENSGMOG00000017838	-	99	69.388	Gadus_morhua
ENSGALG00000007227	MSI1	98	74.680	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	86.641	Gadus_morhua
ENSGALG00000007227	MSI1	98	61.600	ENSGAFG00000005860	-	99	61.600	Gambusia_affinis
ENSGALG00000007227	MSI1	96	75.741	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	88.168	Gambusia_affinis
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.448	ENSGACG00000012679	MSI1	94	88.168	Gasterosteus_aculeatus
ENSGALG00000007227	MSI1	95	75.000	ENSGACG00000008674	-	94	84.838	Gasterosteus_aculeatus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	85.934	ENSGAGG00000016037	MSI1	94	99.618	Gopherus_agassizii
ENSGALG00000007227	MSI1	93	86.006	ENSGGOG00000010328	MSI1	99	86.006	Gorilla_gorilla
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	89.695	Haplochromis_burtoni
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.959	ENSHBUG00000011841	-	94	88.931	Haplochromis_burtoni
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.701	ENSHGLG00000012782	MSI1	94	94.872	Heterocephalus_glaber_female
ENSGALG00000007227	MSI1	96	85.994	ENSHGLG00100016848	MSI1	99	94.872	Heterocephalus_glaber_male
ENSGALG00000007227	MSI1	96	75.499	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	83.206	Hippocampus_comes
ENSGALG00000007227	MSI1	98	71.543	ENSHCOG00000012067	-	89	87.786	Hippocampus_comes
ENSGALG00000007227	MSI1	98	74.169	ENSIPUG00000001976	msi1	95	87.405	Ictalurus_punctatus
ENSGALG00000007227	MSI1	93	85.882	ENSSTOG00000009799	MSI1	99	85.882	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSGALG00000007227	MSI1	94	76.620	ENSJJAG00000010643	-	96	76.620	Jaculus_jaculus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSJJAG00000010463	Msi1	94	95.238	Jaculus_jaculus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	77.208	ENSKMAG00000019877	-	100	84.733	Kryptolebias_marmoratus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.703	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	88.550	Kryptolebias_marmoratus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.882	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	88.931	Labrus_bergylta
ENSGALG00000007227	MSI1	96	77.557	ENSLBEG00000001375	-	94	89.695	Labrus_bergylta
ENSGALG00000007227	MSI1	96	78.552	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.546	Latimeria_chalumnae
ENSGALG00000007227	MSI1	90	76.667	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	82.545	Loxodonta_africana
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.792	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	95.238	Macaca_fascicularis
ENSGALG00000007227	MSI1	97	85.233	ENSMMUG00000031527	MSI1	96	95.238	Macaca_mulatta
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSMNEG00000040034	MSI1	94	95.238	Macaca_nemestrina
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.275	ENSMLEG00000003921	MSI1	99	95.238	Mandrillus_leucophaeus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.703	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	88.168	Mastacembelus_armatus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	76.989	ENSMAMG00000018426	-	94	89.313	Mastacembelus_armatus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.613	ENSMZEG00005000340	-	94	88.931	Maylandia_zebra
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.318	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	89.695	Maylandia_zebra
ENSGALG00000007227	MSI1	61	100.000	ENSMGAG00000016518	-	100	100.000	Meleagris_gallopavo
ENSGALG00000007227	MSI1	64	98.765	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	98.851	Mesocricetus_auratus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.957	ENSMICG00000033181	MSI1	94	95.238	Microcebus_murinus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.701	ENSMOCG00000002286	Msi1	94	94.872	Microtus_ochrogaster
ENSGALG00000007227	MSI1	98	71.774	ENSMMOG00000012265	-	96	85.496	Mola_mola
ENSGALG00000007227	MSI1	79	93.304	ENSMMOG00000010492	MSI1	93	93.304	Mola_mola
ENSGALG00000007227	MSI1	89	61.584	ENSMODG00000003189	-	99	61.584	Monodelphis_domestica
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.959	ENSMALG00000017889	MSI1	94	88.931	Monopterus_albus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	76.353	ENSMALG00000001426	-	100	88.550	Monopterus_albus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.445	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	94	94.505	Mus_caroli
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.445	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.473	Mus_musculus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.189	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	94	98.092	Mus_pahari
ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.445	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	94	94.505	Mus_spretus
ENSGALG00000007227	MSI1	93	85.882	ENSMPUG00000003168	MSI1	99	85.882	Mustela_putorius_furo
ENSGALG00000007227	MSI1	96	79.006	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	83.929	Myotis_lucifugus
ENSGALG00000007227	MSI1	96	81.654	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	95.238	Nannospalax_galili
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.613	ENSNBRG00000000841	-	94	88.931	Neolamprologus_brichardi
ENSGALG00000007227	MSI1	87	66.434	ENSNBRG00000018012	MSI1	99	81.707	Neolamprologus_brichardi
ENSGALG00000007227	MSI1	90	76.751	ENSNLEG00000015636	MSI1	99	76.751	Nomascus_leucogenys
ENSGALG00000007227	MSI1	93	67.787	ENSMEUG00000015759	MSI1	99	67.787	Notamacropus_eugenii
ENSGALG00000007227	MSI1	94	81.214	ENSOPRG00000016879	MSI1	99	85.769	Ochotona_princeps
ENSGALG00000007227	MSI1	96	86.275	ENSODEG00000006328	MSI1	99	95.238	Octodon_degus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.336	ENSONIG00000019452	-	94	86.081	Oreochromis_niloticus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.959	ENSONIG00000011182	MSI1	94	88.931	Oreochromis_niloticus
ENSGALG00000007227	MSI1	93	85.588	ENSOCUG00000027716	MSI1	99	85.588	Oryctolagus_cuniculus
ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.471	ENSORLG00000019978	-	94	89.313	Oryzias_latipes
ENSGALG00000007227	MSI1	98	75.064	ENSORLG00000029593	MSI1	94	88.931	Oryzias_latipes
ENSGALG00000007227	MSI1	95	78.158	ENSORLG00020001208	-	67	89.313	Oryzias_latipes_hni
ENSGALG00000007227	MSI1	96	77.273	ENSORLG00020008266	MSI1	99	85.115	Oryzias_latipes_hni
ENSGALG00000007227	MSI1	96	77.273	ENSORLG00015003916	MSI1	99	85.115	Oryzias_latipes_hsok
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