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PPI

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Description

Ensembl ID: ENSIPUG00000001976 (Gene tree)
Gene ID: 108264917
Gene Symbol: msi1
Alias: fb40b12|wu:fb40b12|zgc:103751
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Ictalurus_punctatus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 21452 bases
Position: chr5:565125-586576
Accession: 108264917
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSIPUP00000002775	RRM_1	PF00076.22	1.5e-32	1	2
ENSIPUP00000002775	RRM_1	PF00076.22	1.5e-32	2	2
ENSIPUP00000002794	RRM_1	PF00076.22	2.8e-28	1	2
ENSIPUP00000002794	RRM_1	PF00076.22	2.8e-28	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSIPUT00000002941	-	918	-	ENSIPUP00000002794	305 (aa)	-	-
ENSIPUT00000002922	-	4624	XM_017466920	ENSIPUP00000002775	346 (aa)	XP_017322409	A0A2D0QVS2

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
ipu03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSIPUG00000001976	msi1	53	46.486	ENSIPUG00000020220	hnrnpab	76	40.711
ENSIPUG00000001976	msi1	86	39.744	ENSIPUG00000006899	dazap1	76	36.905
ENSIPUG00000001976	msi1	93	79.724	ENSIPUG00000003732	msi2b	96	70.957
ENSIPUG00000001976	msi1	57	39.394	ENSIPUG00000001991	-	78	41.304
ENSIPUG00000001976	msi1	52	45.251	ENSIPUG00000024951	hnrnpdl	83	39.600
ENSIPUG00000001976	msi1	53	46.429	ENSIPUG00000024954	hnrnpd	85	37.313
ENSIPUG00000001976	msi1	56	37.791	ENSIPUG00000022440	-	72	41.379
ENSIPUG00000001976	msi1	55	37.278	ENSIPUG00000019815	RO32	67	36.364
ENSIPUG00000001976	msi1	55	39.855	ENSIPUG00000002023	hnrnpa1a	87	36.842
ENSIPUG00000001976	msi1	54	37.589	ENSIPUG00000004992	tardbp	68	37.589
ENSIPUG00000001976	msi1	93	80.093	ENSIPUG00000021097	msi2a	100	72.327
ENSIPUG00000001976	msi1	51	48.108	ENSIPUG00000018218	HNRNPAB	79	40.217
ENSIPUG00000001976	msi1	53	38.889	ENSIPUG00000022432	hnrnpa1b	62	38.889

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSG00000135097	MSI1	99	84.914	Homo_sapiens
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.319	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	88.319	Acanthochromis_polyacanthus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	92.837	ENSAPOG00000023458	-	100	92.837	Acanthochromis_polyacanthus
ENSIPUG00000001976	msi1	98	66.575	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	66.575	Ailuropoda_melanoleuca
ENSIPUG00000001976	msi1	95	89.583	ENSACIG00000017754	-	78	86.288	Amphilophus_citrinellus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.319	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	88.319	Amphiprion_ocellaris
ENSIPUG00000001976	msi1	99	87.417	ENSAOCG00000009031	-	95	87.417	Amphiprion_ocellaris
ENSIPUG00000001976	msi1	100	92.837	ENSAPEG00000006857	-	84	92.837	Amphiprion_percula
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.319	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	88.319	Amphiprion_percula
ENSIPUG00000001976	msi1	99	93.939	ENSATEG00000017059	MSI1	95	94.006	Anabas_testudineus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	83.125	ENSATEG00000023779	-	100	80.282	Anabas_testudineus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	83.102	ENSACAG00000002762	MSI1	100	83.102	Anolis_carolinensis
ENSIPUG00000001976	msi1	96	74.328	ENSANAG00000027901	-	92	79.801	Aotus_nancymaae
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSANAG00000027151	MSI1	100	82.320	Aotus_nancymaae
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.977	ENSACLG00000000117	-	100	94.207	Astatotilapia_calliptera
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.604	ENSACLG00000011230	MSI1	100	88.604	Astatotilapia_calliptera
ENSIPUG00000001976	msi1	99	98.667	ENSAMXG00000038960	msi1	76	99.060	Astyanax_mexicanus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	84.026	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	84.026	Bos_taurus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	82.320	Callithrix_jacchus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.044	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	82.044	Canis_familiaris
ENSIPUG00000001976	msi1	99	80.386	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	84.244	Canis_lupus_dingo
ENSIPUG00000001976	msi1	100	80.109	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	80.109	Capra_hircus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.511	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	83.180	Carlito_syrichta
ENSIPUG00000001976	msi1	95	83.150	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	83.150	Cavia_aperea
ENSIPUG00000001976	msi1	96	83.721	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	83.918	Cavia_porcellus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	82.320	Cebus_capucinus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSCATG00000030019	MSI1	100	82.320	Cercocebus_atys
ENSIPUG00000001976	msi1	95	83.918	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	83.918	Chinchilla_lanigera
ENSIPUG00000001976	msi1	78	82.418	ENSCSAG00000002265	MSI1	94	82.418	Chlorocebus_sabaeus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	87.417	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	84.900	Chrysemys_picta_bellii
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.573	ENSCANG00000040651	MSI1	100	83.232	Colobus_angolensis_palliatus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	82.320	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.394	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	83.283	Cricetulus_griseus_crigri
ENSIPUG00000001976	msi1	100	87.464	ENSCSEG00000005834	-	100	87.464	Cynoglossus_semilaevis
ENSIPUG00000001976	msi1	98	88.000	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	88.000	Cynoglossus_semilaevis
ENSIPUG00000001976	msi1	100	90.544	ENSCSEG00000008352	-	100	90.544	Cynoglossus_semilaevis
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.691	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	91.691	Cyprinodon_variegatus
ENSIPUG00000001976	msi1	77	71.560	ENSCVAG00000017463	-	89	71.560	Cyprinodon_variegatus
ENSIPUG00000001976	msi1	50	62.687	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	62.687	Cyprinodon_variegatus
ENSIPUG00000001976	msi1	80	88.889	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	98	88.889	Danio_rerio
ENSIPUG00000001976	msi1	99	95.946	ENSDARG00000010710	msi1	100	96.729	Danio_rerio
ENSIPUG00000001976	msi1	95	81.329	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	81.329	Dasypus_novemcinctus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.394	ENSDORG00000005610	Msi1	94	82.635	Dipodomys_ordii
ENSIPUG00000001976	msi1	99	76.524	ENSETEG00000004756	MSI1	100	79.878	Echinops_telfairi
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSEASG00005004736	MSI1	100	82.320	Equus_asinus_asinus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	84.026	ENSECAG00000017526	MSI1	100	82.320	Equus_caballus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	84.026	ENSELUG00000023280	-	100	84.451	Esox_lucius
ENSIPUG00000001976	msi1	95	86.819	ENSELUG00000023219	MSI1	92	86.819	Esox_lucius
ENSIPUG00000001976	msi1	99	84.026	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	82.320	Felis_catus
ENSIPUG00000001976	msi1	95	88.000	ENSFALG00000007574	MSI1	100	88.000	Ficedula_albicollis
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.268	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	82.927	Fukomys_damarensis
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.977	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	91.977	Fundulus_heteroclitus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.319	ENSFHEG00000003560	-	100	88.319	Fundulus_heteroclitus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	78.310	ENSGMOG00000017838	-	100	78.310	Gadus_morhua
ENSIPUG00000001976	msi1	100	89.112	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	88.825	Gadus_morhua
ENSIPUG00000001976	msi1	95	87.405	ENSGALG00000007227	MSI1	98	74.169	Gallus_gallus
ENSIPUG00000001976	msi1	98	76.589	ENSGAFG00000005860	-	100	68.466	Gambusia_affinis
ENSIPUG00000001976	msi1	95	89.058	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	89.058	Gambusia_affinis
ENSIPUG00000001976	msi1	97	81.503	ENSGACG00000008674	-	100	79.501	Gasterosteus_aculeatus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.117	ENSGACG00000012679	MSI1	100	91.117	Gasterosteus_aculeatus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	87.417	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	84.900	Gopherus_agassizii
ENSIPUG00000001976	msi1	99	80.192	ENSGGOG00000010328	MSI1	99	84.026	Gorilla_gorilla
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.977	ENSHBUG00000011841	-	100	91.977	Haplochromis_burtoni
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.604	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	88.604	Haplochromis_burtoni
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.044	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	82.044	Heterocephalus_glaber_female
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.268	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	82.927	Heterocephalus_glaber_male
ENSIPUG00000001976	msi1	99	91.582	ENSHCOG00000012067	-	100	86.119	Hippocampus_comes
ENSIPUG00000001976	msi1	99	88.000	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	88.000	Hippocampus_comes
ENSIPUG00000001976	msi1	99	80.386	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	84.244	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	82.320	Jaculus_jaculus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	71.565	ENSJJAG00000010643	-	100	71.633	Jaculus_jaculus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	90.544	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	90.544	Kryptolebias_marmoratus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	88.000	ENSKMAG00000019877	-	100	88.000	Kryptolebias_marmoratus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	89.333	ENSLBEG00000001375	-	100	88.319	Labrus_bergylta
ENSIPUG00000001976	msi1	99	92.667	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	91.691	Labrus_bergylta
ENSIPUG00000001976	msi1	99	80.606	ENSLACG00000018287	MSI1	100	82.849	Latimeria_chalumnae
ENSIPUG00000001976	msi1	50	68.750	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	71.818	Lepisosteus_oculatus
ENSIPUG00000001976	msi1	97	75.082	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	75.082	Loxodonta_africana
ENSIPUG00000001976	msi1	95	83.918	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	83.918	Macaca_fascicularis
ENSIPUG00000001976	msi1	95	83.918	ENSMMUG00000031527	MSI1	96	83.046	Macaca_mulatta
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	82.320	Macaca_nemestrina
ENSIPUG00000001976	msi1	99	79.573	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	83.232	Mandrillus_leucophaeus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.117	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	91.117	Mastacembelus_armatus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	88.333	ENSMAMG00000018426	-	100	87.179	Mastacembelus_armatus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	93.000	ENSMZEG00005000340	-	100	91.977	Maylandia_zebra
ENSIPUG00000001976	msi1	100	88.604	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	88.604	Maylandia_zebra
ENSIPUG00000001976	msi1	70	91.716	ENSMGAG00000016518	-	100	91.716	Meleagris_gallopavo
ENSIPUG00000001976	msi1	71	87.850	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	87.243	Mesocricetus_auratus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.320	ENSMICG00000033181	MSI1	100	82.320	Microcebus_murinus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	82.044	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	82.044	Microtus_ochrogaster
ENSIPUG00000001976	msi1	100	87.379	ENSMMOG00000012265	-	100	87.379	Mola_mola
ENSIPUG00000001976	msi1	99	86.333	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	86.333	Mola_mola
ENSIPUG00000001976	msi1	97	55.723	ENSMODG00000003189	-	100	56.928	Monodelphis_domestica
ENSIPUG00000001976	msi1	99	88.000	ENSMALG00000001426	-	100	89.329	Monopterus_albus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	91.977	ENSMALG00000017889	MSI1	100	91.977	Monopterus_albus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	81.768	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	99	85.985	Mus_caroli
ENSIPUG00000001976	msi1	100	81.768	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	85.802	Mus_musculus
ENSIPUG00000001976	msi1	100	84.046	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	99	85.606	Mus_pahari
ENSIPUG00000001976	msi1	100	81.768	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	99	85.985	Mus_spretus
ENSIPUG00000001976	msi1	99	80.386	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	84.244	Mustela_putorius_furo
ENSIPUG00000001976	msi1	95	74.107	ENSMLUG00000010313	MSI1	100	74.107	Myotis_lucifugus
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