EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSIPUG00000019859 (Gene tree)
Gene ID: 100528559
Gene Symbol: syf2
Alias: -
Full Name: SYF2 pre-mRNA splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Ictalurus_punctatus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 5914 bases
Position: chr3:32703365-32709278
Accession: 100528559
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSIPUP00000029445	SYF2	PF08231.12	4.1e-54	1	1
ENSIPUP00000029423	SYF2	PF08231.12	4.3e-54	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSIPUT00000030611	-	2973	-	ENSIPUP00000029423	242 (aa)	-	-
ENSIPUT00000030634	-	2626	-	ENSIPUP00000029445	238 (aa)	-	-

Gene Model

Click here to download ENSIPUG00000019859's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
ipu03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSIPUG00000019859's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	ENSG00000117614	SYF2	91	83.258	Homo_sapiens
ENSIPUG00000019859	syf2	93	89.686	ENSAPOG00000001174	syf2	100	87.029	Acanthochromis_polyacanthus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.432	ENSAMEG00000010115	-	91	82.432	Ailuropoda_melanoleuca
ENSIPUG00000019859	syf2	82	83.590	ENSAMEG00000010134	-	100	83.590	Ailuropoda_melanoleuca
ENSIPUG00000019859	syf2	95	84.649	ENSACIG00000023688	syf2	94	82.627	Amphilophus_citrinellus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	86.611	ENSAOCG00000022046	syf2	97	88.596	Amphiprion_ocellaris
ENSIPUG00000019859	syf2	93	85.586	ENSAOCG00000010912	syf2	69	85.586	Amphiprion_ocellaris
ENSIPUG00000019859	syf2	100	86.611	ENSAPEG00000018858	syf2	92	86.611	Amphiprion_percula
ENSIPUG00000019859	syf2	91	88.940	ENSATEG00000007745	syf2	100	85.774	Anabas_testudineus
ENSIPUG00000019859	syf2	84	83.000	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	83.000	Anas_platyrhynchos
ENSIPUG00000019859	syf2	86	79.902	ENSACAG00000013653	-	100	79.902	Anolis_carolinensis
ENSIPUG00000019859	syf2	70	67.665	ENSACAG00000026777	-	100	67.665	Anolis_carolinensis
ENSIPUG00000019859	syf2	91	85.185	ENSANAG00000032473	SYF2	90	84.404	Aotus_nancymaae
ENSIPUG00000019859	syf2	93	86.547	ENSACLG00000019916	syf2	100	84.100	Astatotilapia_calliptera
ENSIPUG00000019859	syf2	100	89.121	ENSAMXG00000004051	syf2	100	89.121	Astyanax_mexicanus
ENSIPUG00000019859	syf2	99	79.339	ENSBTAG00000001651	SYF2	99	80.342	Bos_taurus
ENSIPUG00000019859	syf2	87	51.185	WBGene00019402	syf-2	94	49.099	Caenorhabditis_elegans
ENSIPUG00000019859	syf2	91	85.185	ENSCJAG00000046570	SYF2	91	83.710	Callithrix_jacchus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	77.376	ENSCAFG00000030331	-	94	77.376	Canis_familiaris
ENSIPUG00000019859	syf2	91	83.796	ENSCAFG00000012895	-	90	82.432	Canis_familiaris
ENSIPUG00000019859	syf2	76	75.275	ENSCAFG00020021094	-	95	75.275	Canis_lupus_dingo
ENSIPUG00000019859	syf2	91	83.796	ENSCAFG00020021091	-	90	82.432	Canis_lupus_dingo
ENSIPUG00000019859	syf2	99	78.750	ENSCHIG00000020874	SYF2	99	79.412	Capra_hircus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.601	ENSTSYG00000005114	SYF2	100	78.601	Carlito_syrichta
ENSIPUG00000019859	syf2	83	83.838	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	83.838	Cavia_aperea
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.689	ENSCPOG00000005326	SYF2	100	78.689	Cavia_porcellus
ENSIPUG00000019859	syf2	91	85.185	ENSCCAG00000022459	SYF2	91	83.710	Cebus_capucinus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.353	ENSCATG00000026917	SYF2	91	82.353	Cercocebus_atys
ENSIPUG00000019859	syf2	92	84.545	ENSCLAG00000008474	SYF2	90	84.545	Chinchilla_lanigera
ENSIPUG00000019859	syf2	99	78.298	ENSCSAG00000000948	SYF2	98	77.637	Chlorocebus_sabaeus
ENSIPUG00000019859	syf2	70	65.868	ENSCHOG00000005273	-	91	65.868	Choloepus_hoffmanni
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.182	ENSCPBG00000025073	SYF2	93	81.739	Chrysemys_picta_bellii
ENSIPUG00000019859	syf2	89	53.738	ENSCING00000003017	-	89	54.206	Ciona_intestinalis
ENSIPUG00000019859	syf2	89	50.000	ENSCSAVG00000006627	-	98	50.000	Ciona_savignyi
ENSIPUG00000019859	syf2	93	72.851	ENSCANG00000037322	SYF2	90	72.851	Colobus_angolensis_palliatus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.926	ENSCGRG00001020733	Syf2	100	78.926	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSIPUG00000019859	syf2	82	84.694	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	84.422	Cricetulus_griseus_crigri
ENSIPUG00000019859	syf2	92	82.569	ENSCSEG00000000117	syf2	99	78.661	Cynoglossus_semilaevis
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.845	ENSCVAG00000019543	syf2	100	82.845	Cyprinodon_variegatus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	86.611	ENSDARG00000004706	syf2	100	86.611	Danio_rerio
ENSIPUG00000019859	syf2	99	78.926	ENSDNOG00000047605	SYF2	99	78.926	Dasypus_novemcinctus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.689	ENSDORG00000001274	Syf2	100	78.689	Dipodomys_ordii
ENSIPUG00000019859	syf2	94	53.778	FBgn0033556	CG12343	99	53.778	Drosophila_melanogaster
ENSIPUG00000019859	syf2	87	69.903	ENSETEG00000015729	SYF2	99	66.376	Echinops_telfairi
ENSIPUG00000019859	syf2	83	59.391	ENSEBUG00000015402	syf2	95	59.391	Eptatretus_burgeri
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.776	ENSEASG00005004224	-	100	78.776	Equus_asinus_asinus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	71.074	ENSEASG00005004232	-	100	71.074	Equus_asinus_asinus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.776	ENSECAG00000012023	-	100	78.776	Equus_caballus
ENSIPUG00000019859	syf2	97	80.769	ENSECAG00000010440	-	98	80.769	Equus_caballus
ENSIPUG00000019859	syf2	74	68.715	ENSEEUG00000015084	SYF2	98	68.715	Erinaceus_europaeus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	85.477	ENSELUG00000003465	syf2	99	85.477	Esox_lucius
ENSIPUG00000019859	syf2	93	84.163	ENSFCAG00000010324	-	76	84.163	Felis_catus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	83.258	ENSFCAG00000043095	-	90	83.258	Felis_catus
ENSIPUG00000019859	syf2	86	80.882	ENSFALG00000000460	SYF2	90	79.279	Ficedula_albicollis
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.189	ENSFDAG00000008310	SYF2	100	78.189	Fukomys_damarensis
ENSIPUG00000019859	syf2	94	71.681	ENSFHEG00000007238	syf2	100	71.681	Fundulus_heteroclitus
ENSIPUG00000019859	syf2	92	87.273	ENSGMOG00000019138	syf2	98	87.273	Gadus_morhua
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.562	ENSGALG00000013639	SYF2	87	83.562	Gallus_gallus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.845	ENSGAFG00000019435	syf2	100	82.845	Gambusia_affinis
ENSIPUG00000019859	syf2	91	89.401	ENSGACG00000007305	syf2	100	84.519	Gasterosteus_aculeatus
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.636	ENSGAGG00000010670	SYF2	93	82.174	Gopherus_agassizii
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	ENSGGOG00000012796	SYF2	91	83.258	Gorilla_gorilla
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.353	ENSHBUG00000020477	syf2	100	84.100	Haplochromis_burtoni
ENSIPUG00000019859	syf2	92	73.394	ENSHGLG00000004304	-	91	73.394	Heterocephalus_glaber_female
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.945	ENSHGLG00000014393	SYF2	89	83.945	Heterocephalus_glaber_female
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.945	ENSHGLG00100014722	SYF2	89	83.945	Heterocephalus_glaber_male
ENSIPUG00000019859	syf2	100	84.454	ENSHCOG00000012904	syf2	78	84.454	Hippocampus_comes
ENSIPUG00000019859	syf2	61	79.452	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	79.452	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSIPUG00000019859	syf2	84	84.422	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	84.422	Jaculus_jaculus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	83.264	ENSKMAG00000013856	syf2	100	83.264	Kryptolebias_marmoratus
ENSIPUG00000019859	syf2	91	90.783	ENSLBEG00000014425	syf2	100	86.611	Labrus_bergylta
ENSIPUG00000019859	syf2	92	81.279	ENSLACG00000012064	SYF2	92	81.279	Latimeria_chalumnae
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.092	ENSLOCG00000002728	syf2	95	81.092	Lepisosteus_oculatus
ENSIPUG00000019859	syf2	77	58.696	ENSLAFG00000030814	-	100	58.696	Loxodonta_africana
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.367	ENSLAFG00000023150	-	100	78.367	Loxodonta_africana
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.353	ENSMFAG00000041831	SYF2	91	82.353	Macaca_fascicularis
ENSIPUG00000019859	syf2	91	83.796	ENSMMUG00000002968	SYF2	91	82.353	Macaca_mulatta
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.353	ENSMNEG00000030180	SYF2	91	82.353	Macaca_nemestrina
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.353	ENSMLEG00000030248	SYF2	91	82.353	Mandrillus_leucophaeus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.353	ENSMAMG00000010403	syf2	98	83.682	Mastacembelus_armatus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	83.682	ENSMZEG00005006429	syf2	100	83.682	Maylandia_zebra
ENSIPUG00000019859	syf2	84	83.417	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	83.417	Meleagris_gallopavo
ENSIPUG00000019859	syf2	100	80.247	ENSMAUG00000018974	Syf2	100	80.247	Mesocricetus_auratus
ENSIPUG00000019859	syf2	84	84.422	ENSMICG00000016191	SYF2	100	84.422	Microcebus_murinus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	80.165	ENSMOCG00000022938	Syf2	100	80.165	Microtus_ochrogaster
ENSIPUG00000019859	syf2	95	84.513	ENSMMOG00000002396	syf2	95	84.513	Mola_mola
ENSIPUG00000019859	syf2	92	80.455	ENSMODG00000013951	-	96	80.455	Monodelphis_domestica
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.988	ENSMALG00000010706	syf2	100	83.402	Monopterus_albus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.070	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	100	81.070	Mus_caroli
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.070	ENSMUSG00000028821	Syf2	100	81.070	Mus_musculus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.070	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	100	81.070	Mus_pahari
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.070	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	100	81.070	Mus_spretus
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.486	ENSMPUG00000015801	-	89	83.486	Mustela_putorius_furo
ENSIPUG00000019859	syf2	91	83.796	ENSMPUG00000015802	-	90	82.353	Mustela_putorius_furo
ENSIPUG00000019859	syf2	99	77.917	ENSMLUG00000001885	SYF2	98	77.917	Myotis_lucifugus
ENSIPUG00000019859	syf2	96	81.659	ENSNGAG00000007912	Syf2	92	81.659	Nannospalax_galili
ENSIPUG00000019859	syf2	100	74.180	ENSNBRG00000010720	syf2	99	75.000	Neolamprologus_brichardi
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	ENSNLEG00000035185	SYF2	91	83.258	Nomascus_leucogenys
ENSIPUG00000019859	syf2	100	78.601	ENSOPRG00000012870	SYF2	100	78.601	Ochotona_princeps
ENSIPUG00000019859	syf2	92	82.727	ENSODEG00000017664	-	92	82.727	Octodon_degus
ENSIPUG00000019859	syf2	92	74.091	ENSODEG00000014338	-	91	74.091	Octodon_degus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	86.099	ENSONIG00000008213	syf2	100	83.682	Oreochromis_niloticus
ENSIPUG00000019859	syf2	85	83.168	ENSOANG00000009552	SYF2	100	83.168	Ornithorhynchus_anatinus
ENSIPUG00000019859	syf2	91	85.185	ENSOCUG00000013050	SYF2	90	84.091	Oryctolagus_cuniculus
ENSIPUG00000019859	syf2	97	83.691	ENSORLG00000028820	syf2	100	83.691	Oryzias_latipes
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.773	ENSORLG00020018333	syf2	100	82.773	Oryzias_latipes_hni
ENSIPUG00000019859	syf2	100	83.682	ENSORLG00015014665	syf2	100	83.682	Oryzias_latipes_hsok
ENSIPUG00000019859	syf2	100	83.613	ENSOMEG00000013911	syf2	100	83.613	Oryzias_melastigma
ENSIPUG00000019859	syf2	92	84.545	ENSOGAG00000009962	SYF2	90	84.545	Otolemur_garnettii
ENSIPUG00000019859	syf2	99	78.279	ENSOARG00000006348	-	99	78.279	Ovis_aries
ENSIPUG00000019859	syf2	82	56.923	ENSOARG00000006269	-	100	56.923	Ovis_aries
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	ENSPPAG00000036579	SYF2	91	83.258	Pan_paniscus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	84.163	ENSPPRG00000001638	-	90	84.163	Panthera_pardus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	83.258	ENSPPRG00000001651	-	90	83.258	Panthera_pardus
ENSIPUG00000019859	syf2	91	85.185	ENSPTIG00000005711	-	80	84.404	Panthera_tigris_altaica
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.636	ENSPTIG00000007036	-	89	83.636	Panthera_tigris_altaica
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	ENSPTRG00000000352	SYF2	91	83.258	Pan_troglodytes
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.353	ENSPANG00000008139	SYF2	91	82.353	Papio_anubis
ENSIPUG00000019859	syf2	100	85.294	ENSPKIG00000008130	syf2	100	85.294	Paramormyrops_kingsleyae
ENSIPUG00000019859	syf2	95	80.435	ENSPSIG00000011816	SYF2	89	80.435	Pelodiscus_sinensis
ENSIPUG00000019859	syf2	99	82.627	ENSPMGG00000008755	syf2	92	82.627	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	79.752	ENSPEMG00000008283	Syf2	100	79.752	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.945	ENSPCIG00000014235	SYF2	87	83.945	Phascolarctos_cinereus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.481	ENSPFOG00000004116	syf2	100	81.481	Poecilia_formosa
ENSIPUG00000019859	syf2	95	85.088	ENSPLAG00000006691	syf2	98	85.088	Poecilia_latipinna
ENSIPUG00000019859	syf2	100	80.335	ENSPMEG00000011684	syf2	98	82.895	Poecilia_mexicana
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.092	ENSPREG00000003009	syf2	100	82.845	Poecilia_reticulata
ENSIPUG00000019859	syf2	93	83.258	ENSPPYG00000001713	SYF2	91	83.258	Pongo_abelii
ENSIPUG00000019859	syf2	99	55.602	ENSPCOG00000027011	SYF2	99	55.602	Propithecus_coquereli
ENSIPUG00000019859	syf2	100	69.959	ENSPVAG00000005841	SYF2	99	69.959	Pteropus_vampyrus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	86.547	ENSPNYG00000004979	syf2	100	84.100	Pundamilia_nyererei
ENSIPUG00000019859	syf2	100	89.121	ENSPNAG00000015570	syf2	100	89.121	Pygocentrus_nattereri
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.070	ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.070	Rattus_norvegicus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	80.090	ENSRBIG00000042970	SYF2	91	80.090	Rhinopithecus_bieti
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.353	ENSRROG00000001347	SYF2	91	82.353	Rhinopithecus_roxellana
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.722	ENSSBOG00000020184	SYF2	91	83.258	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.945	ENSSHAG00000015630	-	100	77.108	Sarcophilus_harrisii
ENSIPUG00000019859	syf2	86	83.981	ENSSHAG00000007152	-	100	83.981	Sarcophilus_harrisii
ENSIPUG00000019859	syf2	99	84.746	ENSSFOG00015023647	syf2	96	86.147	Scleropages_formosus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	80.335	ENSSMAG00000009867	syf2	100	80.335	Scophthalmus_maximus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.773	ENSSDUG00000013072	syf2	100	84.100	Seriola_dumerili
ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.773	ENSSLDG00000012677	syf2	100	84.100	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSIPUG00000019859	syf2	99	62.810	ENSSARG00000012889	SYF2	99	62.810	Sorex_araneus
ENSIPUG00000019859	syf2	92	83.182	ENSSPUG00000005251	SYF2	87	83.182	Sphenodon_punctatus
ENSIPUG00000019859	syf2	100	83.264	ENSSPAG00000009626	syf2	100	83.264	Stegastes_partitus
ENSIPUG00000019859	syf2	99	78.512	ENSSSCG00000037481	SYF2	99	78.512	Sus_scrofa
ENSIPUG00000019859	syf2	63	56.291	ENSTGUG00000001126	SYF2	81	57.647	Taeniopygia_guttata
ENSIPUG00000019859	syf2	100	80.417	ENSTRUG00000001499	syf2	91	83.628	Takifugu_rubripes
ENSIPUG00000019859	syf2	92	84.862	ENSTNIG00000016912	syf2	98	84.862	Tetraodon_nigroviridis
ENSIPUG00000019859	syf2	100	60.082	ENSTBEG00000017370	SYF2	99	60.082	Tupaia_belangeri
ENSIPUG00000019859	syf2	91	84.259	ENSTTRG00000003550	SYF2	99	78.008	Tursiops_truncatus
ENSIPUG00000019859	syf2	93	82.432	ENSUAMG00000002897	SYF2	90	82.432	Ursus_americanus
ENSIPUG00000019859	syf2	91	83.333	ENSUMAG00000013108	SYF2	90	81.982	Ursus_maritimus
ENSIPUG00000019859	syf2	94	83.408	ENSVPAG00000005705	SYF2	91	83.408	Vicugna_pacos
ENSIPUG00000019859	syf2	91	83.796	ENSVVUG00000027175	-	90	82.432	Vulpes_vulpes
ENSIPUG00000019859	syf2	86	83.902	ENSVVUG00000027181	-	90	82.432	Vulpes_vulpes
ENSIPUG00000019859	syf2	99	75.527	ENSXETG00000022797	syf2	99	73.984	Xenopus_tropicalis
ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.092	ENSXMAG00000022698	syf2	100	83.264	Xiphophorus_maculatus