EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSLACG00000003218 (Gene tree)
Gene ID: 102360807
Gene Symbol: polr1a (1 of many)
Alias: fa26a03|sb:cb935|wu:fa26a03
Full Name: RNA polymerase I subunit A
Gene Type: protein_coding
Species: Latimeria_chalumnae
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 59902 bases
Position: chrJH130356.1:74565-134466
Accession: 102360807
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSLACP00000003611	RNA_pol_Rpb1_4	PF05000.17	9.1e-08	1	1
ENSLACP00000003611	RNA_pol_Rpb1_2	PF00623.20	2.4e-71	1	1
ENSLACP00000003611	RNA_pol_Rpb1_3	PF04983.18	8.1e-39	1	1
ENSLACP00000003611	RNA_pol_Rpb1_1	PF04997.12	1.8e-25	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSLACT00000003644	-	2923	XM_006013059	ENSLACP00000003611	917 (aa)	XP_006013121	H3A1U0

Gene Model

Click here to download ENSLACG00000003218's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
lcm03020	RNA polymerase	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSLACG00000003218's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.931	ENSG00000068654	POLR1A	55	76.931	Homo_sapiens
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.607	ENSAPOG00000017945	polr1a	77	70.607	Acanthochromis_polyacanthus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	77.158	ENSAMEG00000005807	POLR1A	94	77.015	Ailuropoda_melanoleuca
ENSLACG00000003218	polr1a	100	66.196	ENSACIG00000022147	polr1a	52	66.196	Amphilophus_citrinellus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	71.227	ENSAOCG00000017336	polr1a	50	77.288	Amphiprion_ocellaris
ENSLACG00000003218	polr1a	100	71.118	ENSAPEG00000016105	polr1a	53	71.118	Amphiprion_percula
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.870	ENSATEG00000016773	polr1a	53	70.870	Anabas_testudineus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	72.717	ENSACAG00000012141	POLR1A	53	72.717	Anolis_carolinensis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.279	ENSANAG00000033927	POLR1A	53	76.279	Aotus_nancymaae
ENSLACG00000003218	polr1a	100	65.652	ENSACLG00000020541	polr1a	52	65.652	Astatotilapia_calliptera
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.739	ENSBTAG00000006481	POLR1A	53	76.739	Bos_taurus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	36.815	WBGene00012999	rpoa-1	54	36.608	Caenorhabditis_elegans
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.952	ENSCJAG00000019547	POLR1A	53	75.952	Callithrix_jacchus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.605	ENSCAFG00000007613	POLR1A	53	76.605	Canis_familiaris
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.714	ENSCAFG00020014752	POLR1A	90	77.095	Canis_lupus_dingo
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.739	ENSCHIG00000018204	POLR1A	58	76.522	Capra_hircus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.272	ENSTSYG00000002761	POLR1A	53	75.272	Carlito_syrichta
ENSLACG00000003218	polr1a	95	74.914	ENSCAPG00000010132	POLR1A	54	75.258	Cavia_aperea
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.843	ENSCPOG00000012350	POLR1A	53	75.843	Cavia_porcellus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.496	ENSCCAG00000019839	POLR1A	53	76.496	Cebus_capucinus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.279	ENSCATG00000029786	POLR1A	53	76.279	Cercocebus_atys
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.522	ENSCLAG00000005187	POLR1A	53	76.522	Chinchilla_lanigera
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.279	ENSCSAG00000016251	POLR1A	53	76.279	Chlorocebus_sabaeus
ENSLACG00000003218	polr1a	83	84.422	ENSCHOG00000003766	-	76	84.422	Choloepus_hoffmanni
ENSLACG00000003218	polr1a	99	78.993	ENSCPBG00000001115	POLR1A	54	78.993	Chrysemys_picta_bellii
ENSLACG00000003218	polr1a	99	46.882	ENSCSAVG00000007184	-	54	46.838	Ciona_savignyi
ENSLACG00000003218	polr1a	100	71.600	ENSCANG00000031785	POLR1A	52	71.600	Colobus_angolensis_palliatus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	67.935	ENSCGRG00001006651	Polr1a	51	67.935	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSLACG00000003218	polr1a	100	65.147	ENSCSEG00000020190	polr1a	53	65.147	Cynoglossus_semilaevis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.326	ENSCVAG00000020941	polr1a	53	70.326	Cyprinodon_variegatus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	72.579	ENSDARG00000098375	polr1a	53	72.579	Danio_rerio
ENSLACG00000003218	polr1a	99	74.454	ENSDNOG00000010829	POLR1A	53	74.454	Dasypus_novemcinctus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	74.510	ENSDORG00000008298	Polr1a	53	74.510	Dipodomys_ordii
ENSLACG00000003218	polr1a	99	42.191	FBgn0019938	RpI1	53	42.191	Drosophila_melanogaster
ENSLACG00000003218	polr1a	80	48.725	ENSEBUG00000005667	-	51	48.598	Eptatretus_burgeri
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.630	ENSEASG00005001625	POLR1A	53	76.630	Equus_asinus_asinus
ENSLACG00000003218	polr1a	93	84.413	ENSECAG00000030510	-	51	84.413	Equus_caballus
ENSLACG00000003218	polr1a	93	84.413	ENSECAG00000036306	-	51	84.413	Equus_caballus
ENSLACG00000003218	polr1a	93	84.413	ENSECAG00000010092	POLR1A	51	84.413	Equus_caballus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	72.628	ENSELUG00000012769	polr1a	53	72.628	Esox_lucius
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.413	ENSFCAG00000008966	POLR1A	53	76.413	Felis_catus
ENSLACG00000003218	polr1a	98	74.778	ENSFALG00000010082	POLR1A	53	74.778	Ficedula_albicollis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.170	ENSFDAG00000013726	POLR1A	53	76.170	Fukomys_damarensis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	66.594	ENSFHEG00000005996	polr1a	53	66.921	Fundulus_heteroclitus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	60.523	ENSGMOG00000002230	polr1a	52	60.523	Gadus_morhua
ENSLACG00000003218	polr1a	99	73.523	ENSGALG00000038160	-	58	73.523	Gallus_gallus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	69.097	ENSGAFG00000015266	polr1a	53	69.097	Gambusia_affinis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	68.723	ENSGACG00000018791	polr1a	53	68.939	Gasterosteus_aculeatus
ENSLACG00000003218	polr1a	81	80.135	ENSGAGG00000004984	-	89	80.135	Gopherus_agassizii
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.931	ENSGGOG00000001788	POLR1A	53	76.931	Gorilla_gorilla
ENSLACG00000003218	polr1a	100	67.283	ENSHBUG00000020021	polr1a	59	67.283	Haplochromis_burtoni
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.304	ENSHGLG00000006334	POLR1A	53	76.304	Heterocephalus_glaber_female
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.784	ENSHGLG00100006614	POLR1A	54	75.784	Heterocephalus_glaber_male
ENSLACG00000003218	polr1a	100	64.340	ENSHCOG00000003345	polr1a	99	55.235	Hippocampus_comes
ENSLACG00000003218	polr1a	100	71.024	ENSIPUG00000013174	polr1a	53	71.024	Ictalurus_punctatus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.965	ENSSTOG00000012580	POLR1A	53	76.965	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.982	ENSJJAG00000013113	Polr1a	53	76.982	Jaculus_jaculus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.044	ENSKMAG00000007399	polr1a	53	70.044	Kryptolebias_marmoratus
ENSLACG00000003218	polr1a	89	76.786	ENSLBEG00000015401	polr1a	50	76.575	Labrus_bergylta
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.336	ENSLOCG00000010881	polr1a	53	76.336	Lepisosteus_oculatus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.815	ENSLAFG00000014948	POLR1A	53	76.815	Loxodonta_africana
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.279	ENSMFAG00000046097	POLR1A	53	76.279	Macaca_fascicularis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.170	ENSMMUG00000015815	POLR1A	53	76.170	Macaca_mulatta
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.279	ENSMNEG00000043313	POLR1A	53	76.279	Macaca_nemestrina
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.170	ENSMLEG00000042428	POLR1A	53	76.170	Mandrillus_leucophaeus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.588	ENSMAMG00000016565	polr1a	53	70.588	Mastacembelus_armatus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.499	ENSMZEG00005004915	polr1a	53	70.499	Maylandia_zebra
ENSLACG00000003218	polr1a	99	73.776	ENSMGAG00000013111	POLR1A	53	73.776	Meleagris_gallopavo
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.931	ENSMICG00000000757	POLR1A	53	76.931	Microcebus_murinus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	75.896	ENSMOCG00000000122	Polr1a	55	75.896	Microtus_ochrogaster
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.774	ENSMMOG00000010216	polr1a	54	70.774	Mola_mola
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.163	ENSMODG00000009335	POLR1A	53	75.461	Monodelphis_domestica
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.915	ENSMALG00000013363	polr1a	53	70.915	Monopterus_albus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.009	MGP_CAROLIEiJ_G0028494	Polr1a	99	62.590	Mus_caroli
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.227	ENSMUSG00000049553	Polr1a	99	62.230	Mus_musculus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.009	MGP_PahariEiJ_G0022230	Polr1a	99	63.309	Mus_pahari
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.336	MGP_SPRETEiJ_G0029499	Polr1a	99	62.230	Mus_spretus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.848	ENSMPUG00000009135	POLR1A	53	76.848	Mustela_putorius_furo
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.273	ENSMLUG00000015723	POLR1A	53	76.273	Myotis_lucifugus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.362	ENSNGAG00000017907	Polr1a	53	76.362	Nannospalax_galili
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.499	ENSNBRG00000000519	polr1a	53	70.499	Neolamprologus_brichardi
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.471	ENSNLEG00000002264	POLR1A	53	76.471	Nomascus_leucogenys
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.294	ENSOPRG00000008269	POLR1A	54	70.294	Ochotona_princeps
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.630	ENSODEG00000003542	POLR1A	53	76.630	Octodon_degus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.499	ENSONIG00000015895	polr1a	54	70.499	Oreochromis_niloticus
ENSLACG00000003218	polr1a	79	68.486	ENSOANG00000012384	-	100	69.074	Ornithorhynchus_anatinus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.605	ENSOCUG00000010138	POLR1A	53	76.605	Oryctolagus_cuniculus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.467	ENSORLG00000008753	polr1a	53	70.467	Oryzias_latipes
ENSLACG00000003218	polr1a	100	68.872	ENSORLG00020020726	polr1a	53	68.872	Oryzias_latipes_hni
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.931	ENSOGAG00000004031	POLR1A	53	76.931	Otolemur_garnettii
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.030	ENSOARG00000020601	POLR1A	53	76.030	Ovis_aries
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.605	ENSPPAG00000042450	POLR1A	53	76.605	Pan_paniscus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.413	ENSPPRG00000006702	POLR1A	53	76.413	Panthera_pardus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.486	ENSPTIG00000018783	POLR1A	53	75.486	Panthera_tigris_altaica
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.605	ENSPTRG00000012147	POLR1A	53	76.605	Pan_troglodytes
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.279	ENSPANG00000025908	POLR1A	53	76.279	Papio_anubis
ENSLACG00000003218	polr1a	100	74.591	ENSPKIG00000005468	polr1a	53	74.591	Paramormyrops_kingsleyae
ENSLACG00000003218	polr1a	97	68.722	ENSPMGG00000009718	polr1a	89	68.722	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.009	ENSPEMG00000022224	Polr1a	53	76.009	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.974	ENSPCIG00000004222	POLR1A	56	75.974	Phascolarctos_cinereus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	69.348	ENSPFOG00000005025	polr1a	54	68.534	Poecilia_formosa
ENSLACG00000003218	polr1a	100	69.565	ENSPLAG00000021389	polr1a	53	69.565	Poecilia_latipinna
ENSLACG00000003218	polr1a	100	66.231	ENSPMEG00000006463	polr1a	52	66.703	Poecilia_mexicana
ENSLACG00000003218	polr1a	100	69.891	ENSPREG00000002389	polr1a	53	69.891	Poecilia_reticulata
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.626	ENSPPYG00000012217	POLR1A	53	75.626	Pongo_abelii
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.931	ENSPCOG00000026987	POLR1A	53	76.931	Propithecus_coquereli
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.499	ENSPNYG00000000026	polr1a	53	70.499	Pundamilia_nyererei
ENSLACG00000003218	polr1a	100	71.600	ENSPNAG00000019223	polr1a	50	76.769	Pygocentrus_nattereri
ENSLACG00000003218	polr1a	99	76.227	ENSRNOG00000009545	Polr1a	53	76.227	Rattus_norvegicus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.952	ENSRBIG00000028335	POLR1A	53	75.952	Rhinopithecus_bieti
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.843	ENSRROG00000031473	POLR1A	53	75.843	Rhinopithecus_roxellana
ENSLACG00000003218	polr1a	99	38.501	YOR341W	RPA190	56	38.501	Saccharomyces_cerevisiae
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.144	ENSSBOG00000030262	POLR1A	53	76.144	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSLACG00000003218	polr1a	99	72.668	ENSSHAG00000014739	POLR1A	53	72.668	Sarcophilus_harrisii
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.791	ENSSFOG00015019716	polr1a	53	75.791	Scleropages_formosus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.076	ENSSMAG00000014342	polr1a	53	70.076	Scophthalmus_maximus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	70.684	ENSSDUG00000014631	polr1a	53	70.684	Seriola_dumerili
ENSLACG00000003218	polr1a	100	66.703	ENSSLDG00000024095	polr1a	53	66.162	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSLACG00000003218	polr1a	99	75.490	ENSSPUG00000004215	POLR1A	56	75.410	Sphenodon_punctatus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	66.196	ENSSPAG00000016341	polr1a	91	67.372	Stegastes_partitus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.848	ENSSSCG00000008226	POLR1A	64	76.848	Sus_scrofa
ENSLACG00000003218	polr1a	97	74.582	ENSTGUG00000010704	POLR1A	53	74.582	Taeniopygia_guttata
ENSLACG00000003218	polr1a	100	68.519	ENSTRUG00000002210	polr1a	92	65.088	Takifugu_rubripes
ENSLACG00000003218	polr1a	100	63.922	ENSTNIG00000010116	polr1a	54	63.922	Tetraodon_nigroviridis
ENSLACG00000003218	polr1a	96	75.819	ENSTTRG00000008597	POLR1A	51	75.819	Tursiops_truncatus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	75.626	ENSUMAG00000006700	POLR1A	91	76.089	Ursus_maritimus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	76.496	ENSVVUG00000001245	POLR1A	53	76.496	Vulpes_vulpes
ENSLACG00000003218	polr1a	100	74.809	ENSXETG00000001952	polr1a	64	74.891	Xenopus_tropicalis
ENSLACG00000003218	polr1a	74	76.007	ENSXCOG00000013384	polr1a	91	76.007	Xiphophorus_couchianus
ENSLACG00000003218	polr1a	100	69.565	ENSXMAG00000004032	polr1a	54	69.815	Xiphophorus_maculatus