EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSLACG00000012064 (Gene tree)
Gene ID: 102345275
Gene Symbol: SYF2
Alias: CBPIN|DKFZp564O2082|NTC31|fSAP29|p29
Full Name: SYF2 pre-mRNA splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Latimeria_chalumnae
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 9293 bases
Position: chrJH126592.1:671215-680507
Accession: 102345275
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSLACP00000013709	SYF2	PF08231.12	2.6e-55	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSLACT00000013806	SYF2-201	717	XM_005988747	ENSLACP00000013709	238 (aa)	XP_005988809	H3AVN8

Gene Model

Click here to download ENSLACG00000012064's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
lcm03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSLACG00000012064's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.574	ENSG00000117614	SYF2	99	80.417	Homo_sapiens
ENSLACG00000012064	SYF2	93	82.805	ENSAPOG00000001174	syf2	97	79.221	Acanthochromis_polyacanthus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSAMEG00000010115	-	90	85.780	Ailuropoda_melanoleuca
ENSLACG00000012064	SYF2	82	84.615	ENSAMEG00000010134	-	100	84.615	Ailuropoda_melanoleuca
ENSLACG00000012064	SYF2	93	79.638	ENSACIG00000023688	syf2	88	79.638	Amphilophus_citrinellus
ENSLACG00000012064	SYF2	97	80.087	ENSAOCG00000022046	syf2	98	80.087	Amphiprion_ocellaris
ENSLACG00000012064	SYF2	90	78.505	ENSAOCG00000010912	syf2	67	78.505	Amphiprion_ocellaris
ENSLACG00000012064	SYF2	97	80.087	ENSAPEG00000018858	syf2	89	80.087	Amphiprion_percula
ENSLACG00000012064	SYF2	91	82.407	ENSATEG00000007745	syf2	97	77.922	Anabas_testudineus
ENSLACG00000012064	SYF2	84	85.427	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	85.427	Anas_platyrhynchos
ENSLACG00000012064	SYF2	70	73.653	ENSACAG00000026777	-	100	73.653	Anolis_carolinensis
ENSLACG00000012064	SYF2	86	84.314	ENSACAG00000013653	-	100	84.314	Anolis_carolinensis
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.574	ENSANAG00000032473	SYF2	90	86.239	Aotus_nancymaae
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.090	ENSACLG00000019916	syf2	93	80.090	Astatotilapia_calliptera
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.180	ENSAMXG00000004051	syf2	93	80.180	Astyanax_mexicanus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSBTAG00000001651	SYF2	92	85.780	Bos_taurus
ENSLACG00000012064	SYF2	87	53.810	WBGene00019402	syf-2	98	50.435	Caenorhabditis_elegans
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.574	ENSCJAG00000046570	SYF2	99	80.417	Callithrix_jacchus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	79.452	ENSCAFG00000030331	-	93	79.452	Canis_familiaris
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSCAFG00000012895	-	89	85.780	Canis_familiaris
ENSLACG00000012064	SYF2	76	76.923	ENSCAFG00020021094	-	95	76.923	Canis_lupus_dingo
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSCAFG00020021091	-	89	85.780	Canis_lupus_dingo
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSCHIG00000020874	SYF2	90	85.780	Capra_hircus
ENSLACG00000012064	SYF2	97	81.277	ENSTSYG00000005114	SYF2	97	81.277	Carlito_syrichta
ENSLACG00000012064	SYF2	83	84.848	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	84.848	Cavia_aperea
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.321	ENSCPOG00000005326	SYF2	89	85.321	Cavia_porcellus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.574	ENSCCAG00000022459	SYF2	90	86.239	Cebus_capucinus
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSCATG00000026917	SYF2	99	80.417	Cercocebus_atys
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	ENSCLAG00000008474	SYF2	89	86.239	Chinchilla_lanigera
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSCSAG00000000948	SYF2	99	80.417	Chlorocebus_sabaeus
ENSLACG00000012064	SYF2	68	69.325	ENSCHOG00000005273	-	100	63.333	Choloepus_hoffmanni
ENSLACG00000012064	SYF2	92	87.156	ENSCPBG00000025073	SYF2	88	87.156	Chrysemys_picta_bellii
ENSLACG00000012064	SYF2	95	51.754	ENSCING00000003017	-	95	52.193	Ciona_intestinalis
ENSLACG00000012064	SYF2	89	50.935	ENSCSAVG00000006627	-	98	50.935	Ciona_savignyi
ENSLACG00000012064	SYF2	99	70.417	ENSCANG00000037322	SYF2	99	70.417	Colobus_angolensis_palliatus
ENSLACG00000012064	SYF2	95	81.938	ENSCGRG00001020733	Syf2	94	81.938	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSLACG00000012064	SYF2	82	84.694	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	84.422	Cricetulus_griseus_crigri
ENSLACG00000012064	SYF2	92	77.982	ENSCSEG00000000117	syf2	97	74.892	Cynoglossus_semilaevis
ENSLACG00000012064	SYF2	93	82.353	ENSCVAG00000019543	syf2	92	82.353	Cyprinodon_variegatus
ENSLACG00000012064	SYF2	100	76.891	ENSDARG00000004706	syf2	100	76.891	Danio_rerio
ENSLACG00000012064	SYF2	92	87.156	ENSDNOG00000047605	SYF2	89	87.156	Dasypus_novemcinctus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	ENSDORG00000001274	Syf2	89	86.239	Dipodomys_ordii
ENSLACG00000012064	SYF2	92	55.204	FBgn0033556	CG12343	98	54.299	Drosophila_melanogaster
ENSLACG00000012064	SYF2	86	72.059	ENSETEG00000015729	SYF2	89	72.059	Echinops_telfairi
ENSLACG00000012064	SYF2	83	59.898	ENSEBUG00000015402	syf2	95	59.898	Eptatretus_burgeri
ENSLACG00000012064	SYF2	92	77.064	ENSEASG00005004232	-	90	77.064	Equus_asinus_asinus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSEASG00005004224	-	89	86.697	Equus_asinus_asinus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSECAG00000012023	-	89	86.697	Equus_caballus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSECAG00000010440	-	91	86.697	Equus_caballus
ENSLACG00000012064	SYF2	66	73.248	ENSEEUG00000015084	SYF2	86	73.248	Erinaceus_europaeus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	83.784	ENSELUG00000003465	syf2	93	83.784	Esox_lucius
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSFCAG00000010324	-	75	86.697	Felis_catus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	85.333	ENSFCAG00000043095	-	91	85.333	Felis_catus
ENSLACG00000012064	SYF2	86	82.353	ENSFALG00000000460	SYF2	89	81.364	Ficedula_albicollis
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSFDAG00000008310	SYF2	90	85.780	Fukomys_damarensis
ENSLACG00000012064	SYF2	93	68.919	ENSFHEG00000007238	syf2	100	67.699	Fundulus_heteroclitus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	82.192	ENSGMOG00000019138	syf2	98	82.192	Gadus_morhua
ENSLACG00000012064	SYF2	94	83.482	ENSGALG00000013639	SYF2	89	83.482	Gallus_gallus
ENSLACG00000012064	SYF2	97	78.355	ENSGAFG00000019435	syf2	97	78.355	Gambusia_affinis
ENSLACG00000012064	SYF2	99	75.732	ENSGACG00000007305	syf2	90	81.860	Gasterosteus_aculeatus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	87.615	ENSGAGG00000010670	SYF2	95	82.203	Gopherus_agassizii
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSGGOG00000012796	SYF2	99	80.000	Gorilla_gorilla
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.090	ENSHBUG00000020477	syf2	95	80.090	Haplochromis_burtoni
ENSLACG00000012064	SYF2	95	72.000	ENSHGLG00000004304	-	94	72.444	Heterocephalus_glaber_female
ENSLACG00000012064	SYF2	95	83.556	ENSHGLG00000014393	SYF2	92	83.556	Heterocephalus_glaber_female
ENSLACG00000012064	SYF2	95	83.556	ENSHGLG00100014722	SYF2	92	83.556	Heterocephalus_glaber_male
ENSLACG00000012064	SYF2	94	80.269	ENSHCOG00000012904	syf2	73	80.269	Hippocampus_comes
ENSLACG00000012064	SYF2	92	81.279	ENSIPUG00000019859	syf2	92	81.279	Ictalurus_punctatus
ENSLACG00000012064	SYF2	61	81.507	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	81.507	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSLACG00000012064	SYF2	84	84.925	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	84.925	Jaculus_jaculus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	82.353	ENSKMAG00000013856	syf2	93	82.353	Kryptolebias_marmoratus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	83.333	ENSLBEG00000014425	syf2	97	78.017	Labrus_bergylta
ENSLACG00000012064	SYF2	97	81.034	ENSLOCG00000002728	syf2	92	81.034	Lepisosteus_oculatus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSLAFG00000023150	-	96	82.051	Loxodonta_africana
ENSLACG00000012064	SYF2	77	58.696	ENSLAFG00000030814	-	100	58.696	Loxodonta_africana
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSMFAG00000041831	SYF2	99	80.417	Macaca_fascicularis
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSMMUG00000002968	SYF2	99	80.417	Macaca_mulatta
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSMNEG00000030180	SYF2	99	80.417	Macaca_nemestrina
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSMLEG00000030248	SYF2	99	80.417	Mandrillus_leucophaeus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	82.407	ENSMAMG00000010403	syf2	96	77.586	Mastacembelus_armatus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.090	ENSMZEG00005006429	syf2	93	80.090	Maylandia_zebra
ENSLACG00000012064	SYF2	84	84.925	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	84.925	Meleagris_gallopavo
ENSLACG00000012064	SYF2	95	82.379	ENSMAUG00000018974	Syf2	94	82.379	Mesocricetus_auratus
ENSLACG00000012064	SYF2	84	85.930	ENSMICG00000016191	SYF2	100	85.930	Microcebus_murinus
ENSLACG00000012064	SYF2	97	82.174	ENSMOCG00000022938	Syf2	95	82.174	Microtus_ochrogaster
ENSLACG00000012064	SYF2	97	77.586	ENSMMOG00000002396	syf2	97	77.586	Mola_mola
ENSLACG00000012064	SYF2	92	83.182	ENSMODG00000013951	-	96	83.182	Monodelphis_domestica
ENSLACG00000012064	SYF2	97	78.355	ENSMALG00000010706	syf2	96	77.922	Monopterus_albus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	90	86.239	Mus_caroli
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	ENSMUSG00000028821	Syf2	90	86.239	Mus_musculus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	90	86.239	Mus_pahari
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	90	86.239	Mus_spretus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSMPUG00000015802	-	89	85.780	Mustela_putorius_furo
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSMPUG00000015801	-	89	85.780	Mustela_putorius_furo
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSMLUG00000001885	SYF2	89	86.111	Myotis_lucifugus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSNGAG00000007912	Syf2	89	85.780	Nannospalax_galili
ENSLACG00000012064	SYF2	100	68.067	ENSNBRG00000010720	syf2	99	67.227	Neolamprologus_brichardi
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSNLEG00000035185	SYF2	99	80.417	Nomascus_leucogenys
ENSLACG00000012064	SYF2	92	83.945	ENSOPRG00000012870	SYF2	90	83.945	Ochotona_princeps
ENSLACG00000012064	SYF2	92	83.929	ENSODEG00000017664	-	94	83.929	Octodon_degus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	75.000	ENSODEG00000014338	-	93	75.000	Octodon_degus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.090	ENSONIG00000008213	syf2	93	80.090	Oreochromis_niloticus
ENSLACG00000012064	SYF2	85	83.663	ENSOANG00000009552	SYF2	100	83.663	Ornithorhynchus_anatinus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	87.037	ENSOCUG00000013050	SYF2	96	82.128	Oryctolagus_cuniculus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	81.944	ENSORLG00000028820	syf2	93	81.944	Oryzias_latipes
ENSLACG00000012064	SYF2	91	81.944	ENSORLG00020018333	syf2	91	81.944	Oryzias_latipes_hni
ENSLACG00000012064	SYF2	92	80.909	ENSORLG00015014665	syf2	92	80.909	Oryzias_latipes_hsok
ENSLACG00000012064	SYF2	92	82.569	ENSOMEG00000013911	syf2	92	82.569	Oryzias_melastigma
ENSLACG00000012064	SYF2	94	84.375	ENSOGAG00000009962	SYF2	92	84.375	Otolemur_garnettii
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.000	ENSOARG00000006348	-	89	85.000	Ovis_aries
ENSLACG00000012064	SYF2	82	57.436	ENSOARG00000006269	-	100	57.436	Ovis_aries
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSPPAG00000036579	SYF2	99	80.000	Pan_paniscus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSPPRG00000001638	-	89	86.697	Panthera_pardus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	85.333	ENSPPRG00000001651	-	91	85.333	Panthera_pardus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	87.037	ENSPTIG00000005711	-	80	85.909	Panthera_tigris_altaica
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.697	ENSPTIG00000007036	-	89	86.697	Panthera_tigris_altaica
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSPTRG00000000352	SYF2	99	80.000	Pan_troglodytes
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSPANG00000008139	SYF2	99	80.417	Papio_anubis
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.995	ENSPKIG00000008130	syf2	94	80.995	Paramormyrops_kingsleyae
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSPSIG00000011816	SYF2	85	85.780	Pelodiscus_sinensis
ENSLACG00000012064	SYF2	93	81.900	ENSPMGG00000008755	syf2	86	81.900	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSLACG00000012064	SYF2	95	82.379	ENSPEMG00000008283	Syf2	94	82.379	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSLACG00000012064	SYF2	94	83.036	ENSPCIG00000014235	SYF2	90	83.036	Phascolarctos_cinereus
ENSLACG00000012064	SYF2	97	78.261	ENSPFOG00000004116	syf2	95	78.261	Poecilia_formosa
ENSLACG00000012064	SYF2	97	77.826	ENSPLAG00000006691	syf2	99	77.826	Poecilia_latipinna
ENSLACG00000012064	SYF2	100	73.529	ENSPMEG00000011684	syf2	100	74.249	Poecilia_mexicana
ENSLACG00000012064	SYF2	91	81.944	ENSPREG00000003009	syf2	97	77.826	Poecilia_reticulata
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSPPYG00000001713	SYF2	99	80.417	Pongo_abelii
ENSLACG00000012064	SYF2	97	55.745	ENSPCOG00000027011	SYF2	95	55.745	Propithecus_coquereli
ENSLACG00000012064	SYF2	91	76.389	ENSPVAG00000005841	SYF2	88	76.389	Pteropus_vampyrus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.090	ENSPNYG00000004979	syf2	93	80.090	Pundamilia_nyererei
ENSLACG00000012064	SYF2	97	79.310	ENSPNAG00000015570	syf2	97	79.310	Pygocentrus_nattereri
ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	ENSRNOG00000060597	Syf2	90	86.239	Rattus_norvegicus
ENSLACG00000012064	SYF2	99	77.917	ENSRBIG00000042970	SYF2	99	77.500	Rhinopithecus_bieti
ENSLACG00000012064	SYF2	99	80.417	ENSRROG00000001347	SYF2	99	80.417	Rhinopithecus_roxellana
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSSBOG00000020184	SYF2	90	85.780	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSLACG00000012064	SYF2	92	84.404	ENSSHAG00000015630	-	88	84.404	Sarcophilus_harrisii
ENSLACG00000012064	SYF2	86	84.466	ENSSHAG00000007152	-	100	84.466	Sarcophilus_harrisii
ENSLACG00000012064	SYF2	93	81.900	ENSSFOG00015023647	syf2	93	81.900	Scleropages_formosus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	80.090	ENSSMAG00000009867	syf2	93	80.090	Scophthalmus_maximus
ENSLACG00000012064	SYF2	99	77.637	ENSSDUG00000013072	syf2	99	77.311	Seriola_dumerili
ENSLACG00000012064	SYF2	92	82.569	ENSSLDG00000012677	syf2	97	78.448	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSLACG00000012064	SYF2	92	66.972	ENSSARG00000012889	SYF2	89	66.972	Sorex_araneus
ENSLACG00000012064	SYF2	96	81.897	ENSSPUG00000005251	SYF2	92	81.897	Sphenodon_punctatus
ENSLACG00000012064	SYF2	93	81.448	ENSSPAG00000009626	syf2	93	81.448	Stegastes_partitus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.780	ENSSSCG00000037481	SYF2	89	85.780	Sus_scrofa
ENSLACG00000012064	SYF2	63	56.954	ENSTGUG00000001126	SYF2	82	58.084	Taeniopygia_guttata
ENSLACG00000012064	SYF2	93	81.982	ENSTRUG00000001499	syf2	89	81.982	Takifugu_rubripes
ENSLACG00000012064	SYF2	93	79.279	ENSTNIG00000016912	syf2	99	79.279	Tetraodon_nigroviridis
ENSLACG00000012064	SYF2	92	66.055	ENSTBEG00000017370	SYF2	87	65.138	Tupaia_belangeri
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSTTRG00000003550	SYF2	89	85.780	Tursiops_truncatus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.321	ENSUAMG00000002897	SYF2	89	85.321	Ursus_americanus
ENSLACG00000012064	SYF2	91	85.648	ENSUMAG00000013108	SYF2	89	85.321	Ursus_maritimus
ENSLACG00000012064	SYF2	92	85.321	ENSVPAG00000005705	SYF2	89	85.321	Vicugna_pacos
ENSLACG00000012064	SYF2	91	86.111	ENSVVUG00000027175	-	89	85.780	Vulpes_vulpes
ENSLACG00000012064	SYF2	86	84.878	ENSVVUG00000027181	-	88	84.404	Vulpes_vulpes
ENSLACG00000012064	SYF2	92	82.569	ENSXETG00000022797	syf2	88	82.569	Xenopus_tropicalis
ENSLACG00000012064	SYF2	97	78.355	ENSXMAG00000022698	syf2	97	78.355	Xiphophorus_maculatus