EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSLOCG00000003124 (Gene tree)
Gene ID: -
Gene Symbol: rpusd4
Alias: si:ch211-14i3.3|zgc:92006
Full Name: RNA pseudouridine synthase D4
Gene Type: protein_coding
Species: Lepisosteus_oculatus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 6182 bases
Position: chrLG5:3730549-3736730
Accession: ZDB-GENE-040801-238
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSLOCP00000003681	PseudoU_synth_2	PF00849.22	1.8e-22	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSLOCT00000003688	-	1467	-	ENSLOCP00000003681	355 (aa)	-	W5M5M3

Gene Model

Click here to download ENSLOCG00000003124's gene model file

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSLOCG00000003124's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	47.213	ENSG00000165526	RPUSD4	86	46.341	Homo_sapiens
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	46.687	ENSAPOG00000011024	rpusd4	82	46.687	Acanthochromis_polyacanthus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.789	ENSAMEG00000000127	-	86	46.789	Ailuropoda_melanoleuca
ENSLOCG00000003124	rpusd4	89	43.155	ENSACIG00000003533	rpusd4	98	43.155	Amphilophus_citrinellus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	45.665	ENSAOCG00000015409	rpusd4	85	45.665	Amphiprion_ocellaris
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	46.243	ENSAPEG00000018935	rpusd4	85	46.243	Amphiprion_percula
ENSLOCG00000003124	rpusd4	93	45.014	ENSATEG00000008059	rpusd4	86	45.014	Anabas_testudineus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	74	48.227	ENSAPLG00000013250	RPUSD4	99	47.987	Anas_platyrhynchos
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.239	ENSACAG00000000189	RPUSD4	89	47.561	Anolis_carolinensis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	46.667	ENSANAG00000024050	RPUSD4	88	46.667	Aotus_nancymaae
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	45.272	ENSACLG00000020996	rpusd4	89	45.272	Astatotilapia_calliptera
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	47.478	ENSAMXG00000031479	rpusd4	94	47.478	Astyanax_mexicanus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	48.765	ENSBTAG00000020900	RPUSD4	85	49.074	Bos_taurus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.951	ENSCJAG00000042850	RPUSD4	82	46.951	Callithrix_jacchus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	47.309	ENSCAFG00000010488	RPUSD4	92	47.309	Canis_familiaris
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	47.309	ENSCAFG00020010621	RPUSD4	92	47.309	Canis_lupus_dingo
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.080	ENSCHIG00000009975	RPUSD4	85	49.693	Capra_hircus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	50.153	ENSTSYG00000008456	RPUSD4	86	50.153	Carlito_syrichta
ENSLOCG00000003124	rpusd4	64	45.122	ENSCAPG00000006040	RPUSD4	94	45.122	Cavia_aperea
ENSLOCG00000003124	rpusd4	91	47.536	ENSCPOG00000014971	RPUSD4	91	47.536	Cavia_porcellus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	48.182	ENSCCAG00000027838	RPUSD4	87	48.182	Cebus_capucinus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	45.732	ENSCATG00000041570	RPUSD4	86	45.732	Cercocebus_atys
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.231	ENSCLAG00000016553	RPUSD4	85	49.231	Chinchilla_lanigera
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.646	ENSCSAG00000002274	RPUSD4	86	46.646	Chlorocebus_sabaeus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	71	48.889	ENSCHOG00000010249	RPUSD4	94	49.259	Choloepus_hoffmanni
ENSLOCG00000003124	rpusd4	76	49.827	ENSCPBG00000011175	RPUSD4	99	49.827	Chrysemys_picta_bellii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	31.579	ENSCSAVG00000000872	-	63	31.579	Ciona_savignyi
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	45.732	ENSCANG00000039684	RPUSD4	86	46.037	Colobus_angolensis_palliatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	95	46.348	ENSCGRG00001024141	Rpusd4	93	46.348	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSLOCG00000003124	rpusd4	95	46.348	ENSCGRG00000014415	Rpusd4	93	46.348	Cricetulus_griseus_crigri
ENSLOCG00000003124	rpusd4	55	51.759	ENSCSEG00000006462	-	85	51.759	Cynoglossus_semilaevis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	89	47.181	ENSCVAG00000000392	rpusd4	95	47.181	Cyprinodon_variegatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	89	47.181	ENSCVAG00000008761	rpusd4	85	47.181	Cyprinodon_variegatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	95	44.663	ENSDARG00000012674	rpusd4	97	44.663	Danio_rerio
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	49.848	ENSDNOG00000020026	RPUSD4	87	49.848	Dasypus_novemcinctus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	90	46.356	ENSDORG00000016717	Rpusd4	90	46.647	Dipodomys_ordii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	48.765	ENSETEG00000013953	RPUSD4	86	49.074	Echinops_telfairi
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.531	ENSEASG00005022982	RPUSD4	85	47.531	Equus_asinus_asinus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	48.457	ENSECAG00000000557	RPUSD4	85	48.457	Equus_caballus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	68	56.627	ENSEEUG00000014036	RPUSD4	68	56.627	Erinaceus_europaeus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	99	46.053	ENSELUG00000008075	rpusd4	97	46.053	Esox_lucius
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	48.624	ENSFCAG00000029789	RPUSD4	86	48.930	Felis_catus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	48.297	ENSFALG00000005171	RPUSD4	95	48.297	Ficedula_albicollis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	48.765	ENSFDAG00000014307	RPUSD4	86	48.765	Fukomys_damarensis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	100	43.421	ENSFHEG00000004329	rpusd4	95	43.421	Fundulus_heteroclitus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	42.508	ENSGMOG00000017726	rpusd4	96	42.508	Gadus_morhua
ENSLOCG00000003124	rpusd4	74	47.518	ENSGALG00000024326	RPUSD4	94	44.118	Gallus_gallus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	100	42.448	ENSGAFG00000021559	rpusd4	95	42.448	Gambusia_affinis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	90	44.282	ENSGACG00000001657	rpusd4	99	44.282	Gasterosteus_aculeatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	97	47.956	ENSGAGG00000000132	RPUSD4	99	47.956	Gopherus_agassizii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	47.500	ENSGGOG00000016494	RPUSD4	86	46.951	Gorilla_gorilla
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	45.272	ENSHBUG00000022838	rpusd4	89	45.272	Haplochromis_burtoni
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.383	ENSHGLG00000002285	RPUSD4	85	49.383	Heterocephalus_glaber_female
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.383	ENSHGLG00100006385	RPUSD4	85	49.383	Heterocephalus_glaber_male
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	45.181	ENSHCOG00000006612	rpusd4	84	45.181	Hippocampus_comes
ENSLOCG00000003124	rpusd4	91	47.839	ENSIPUG00000023879	rusd4	89	47.839	Ictalurus_punctatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.231	ENSSTOG00000025280	RPUSD4	88	49.231	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	97	45.856	ENSJJAG00000018673	Rpusd4	95	45.856	Jaculus_jaculus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	96	44.709	ENSKMAG00000021805	rpusd4	97	44.709	Kryptolebias_marmoratus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	93	44.568	ENSLBEG00000020394	rpusd4	92	45.758	Labrus_bergylta
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	50.462	ENSLACG00000011028	RPUSD4	82	50.462	Latimeria_chalumnae
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	49.541	ENSLAFG00000005211	RPUSD4	100	44.170	Loxodonta_africana
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.341	ENSMFAG00000039513	RPUSD4	86	46.341	Macaca_fascicularis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.646	ENSMMUG00000007933	RPUSD4	86	46.646	Macaca_mulatta
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.341	ENSMNEG00000027414	RPUSD4	86	46.341	Macaca_nemestrina
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.341	ENSMLEG00000042461	RPUSD4	86	46.341	Mandrillus_leucophaeus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	97	42.857	ENSMAMG00000023839	rpusd4	97	42.857	Mastacembelus_armatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	45.272	ENSMZEG00005011999	rpusd4	89	45.272	Maylandia_zebra
ENSLOCG00000003124	rpusd4	73	47.500	ENSMGAG00000000840	RPUSD4	99	46.296	Meleagris_gallopavo
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	48.930	ENSMAUG00000010280	Rpusd4	86	48.930	Mesocricetus_auratus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	95	48.056	ENSMICG00000015979	RPUSD4	94	48.056	Microcebus_murinus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	91	45.000	ENSMOCG00000000661	Rpusd4	89	45.000	Microtus_ochrogaster
ENSLOCG00000003124	rpusd4	81	44.695	ENSMMOG00000021731	rpusd4	92	44.695	Mola_mola
ENSLOCG00000003124	rpusd4	82	47.419	ENSMODG00000004521	RPUSD4	79	47.419	Monodelphis_domestica
ENSLOCG00000003124	rpusd4	81	45.928	ENSMALG00000005839	rpusd4	95	45.110	Monopterus_albus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	47.879	MGP_CAROLIEiJ_G0031954	Rpusd4	87	47.879	Mus_caroli
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	47.416	ENSMUSG00000032044	Rpusd4	87	48.640	Mus_musculus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	47.130	MGP_PahariEiJ_G0014819	Rpusd4	86	47.130	Mus_pahari
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	47.720	MGP_SPRETEiJ_G0033078	Rpusd4	86	47.720	Mus_spretus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	47.720	ENSMPUG00000006608	RPUSD4	86	47.720	Mustela_putorius_furo
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	49.057	ENSMLUG00000017328	-	83	49.057	Myotis_lucifugus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	66	46.457	ENSMLUG00000029348	-	99	46.457	Myotis_lucifugus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	49.240	ENSNGAG00000020847	Rpusd4	86	49.240	Nannospalax_galili
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.095	ENSNBRG00000005207	rpusd4	94	47.095	Neolamprologus_brichardi
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.037	ENSNLEG00000007465	RPUSD4	86	46.037	Nomascus_leucogenys
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.368	ENSMEUG00000004370	RPUSD4	86	47.368	Notamacropus_eugenii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.383	ENSODEG00000004577	RPUSD4	85	49.383	Octodon_degus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	45.845	ENSONIG00000018879	rpusd4	89	46.567	Oreochromis_niloticus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	77	44.898	ENSOANG00000007247	RPUSD4	94	44.932	Ornithorhynchus_anatinus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.390	ENSOCUG00000017039	RPUSD4	85	49.847	Oryctolagus_cuniculus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	46.526	ENSORLG00000002750	rpusd4	89	45.897	Oryzias_latipes
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	45.970	ENSORLG00020002044	rpusd4	82	45.970	Oryzias_latipes_hni
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	45.970	ENSORLG00015020034	rpusd4	82	45.970	Oryzias_latipes_hsok
ENSLOCG00000003124	rpusd4	93	44.759	ENSOMEG00000004861	rpusd4	86	44.759	Oryzias_melastigma
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	50.156	ENSOGAG00000008922	RPUSD4	86	49.697	Otolemur_garnettii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	49.080	ENSOARG00000012238	RPUSD4	84	49.693	Ovis_aries
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	46.875	ENSPPAG00000042883	RPUSD4	80	46.341	Pan_paniscus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	49.390	ENSPPRG00000003081	RPUSD4	86	49.695	Panthera_pardus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	49.390	ENSPTIG00000012059	RPUSD4	86	49.695	Panthera_tigris_altaica
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	46.875	ENSPTRG00000004454	RPUSD4	86	46.341	Pan_troglodytes
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.341	ENSPANG00000015040	RPUSD4	86	46.341	Papio_anubis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	98	51.491	ENSPKIG00000023986	rpusd4	93	51.491	Paramormyrops_kingsleyae
ENSLOCG00000003124	rpusd4	80	51.485	ENSPSIG00000014268	RPUSD4	95	51.485	Pelodiscus_sinensis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	42.560	ENSPMGG00000002806	rpusd4	89	42.991	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	48.125	ENSPEMG00000000278	Rpusd4	86	48.125	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	80	35.417	ENSPMAG00000008183	rpusd4	96	35.417	Petromyzon_marinus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.385	ENSPCIG00000010212	RPUSD4	88	47.385	Phascolarctos_cinereus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	99	42.670	ENSPFOG00000019030	rpusd4	98	42.670	Poecilia_formosa
ENSLOCG00000003124	rpusd4	99	43.158	ENSPLAG00000016848	rpusd4	94	43.158	Poecilia_latipinna
ENSLOCG00000003124	rpusd4	99	42.105	ENSPMEG00000017534	rpusd4	94	42.246	Poecilia_mexicana
ENSLOCG00000003124	rpusd4	85	44.785	ENSPREG00000005689	rpusd4	83	44.785	Poecilia_reticulata
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	45.732	ENSPPYG00000004043	RPUSD4	86	46.037	Pongo_abelii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	67	60.256	ENSPCAG00000000753	RPUSD4	68	60.256	Procavia_capensis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	44.343	ENSPCOG00000020694	RPUSD4	86	44.343	Propithecus_coquereli
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.840	ENSPVAG00000000988	RPUSD4	86	48.765	Pteropus_vampyrus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	45.272	ENSPNYG00000009652	rpusd4	89	45.272	Pundamilia_nyererei
ENSLOCG00000003124	rpusd4	97	44.142	ENSPNAG00000012264	rpusd4	96	44.142	Pygocentrus_nattereri
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	47.720	ENSRNOG00000011567	Rpusd4	86	47.720	Rattus_norvegicus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.177	ENSRBIG00000034842	RPUSD4	86	46.037	Rhinopithecus_bieti
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	46.177	ENSRROG00000039753	RPUSD4	86	46.037	Rhinopithecus_roxellana
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	47.273	ENSSBOG00000030413	RPUSD4	87	47.273	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	80	47.841	ENSSHAG00000008304	RPUSD4	99	47.841	Sarcophilus_harrisii
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	51.929	ENSSFOG00015006203	rpusd4	91	51.929	Scleropages_formosus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	94	44.350	ENSSMAG00000020978	rpusd4	88	44.540	Scophthalmus_maximus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	45.238	ENSSDUG00000013399	rpusd4	87	45.238	Seriola_dumerili
ENSLOCG00000003124	rpusd4	88	45.238	ENSSLDG00000023507	rpusd4	87	45.238	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	94	49.014	ENSSPUG00000001401	RPUSD4	97	49.577	Sphenodon_punctatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	93	46.857	ENSSPAG00000012163	rpusd4	89	46.857	Stegastes_partitus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.531	ENSSSCG00000015233	RPUSD4	85	48.457	Sus_scrofa
ENSLOCG00000003124	rpusd4	79	49.664	ENSTGUG00000000773	RPUSD4	99	49.664	Taeniopygia_guttata
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	42.000	ENSTRUG00000012283	rpusd4	89	42.000	Takifugu_rubripes
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	44.985	ENSTNIG00000014676	rpusd4	83	44.985	Tetraodon_nigroviridis
ENSLOCG00000003124	rpusd4	86	47.531	ENSTTRG00000001555	RPUSD4	85	47.840	Tursiops_truncatus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	87	47.095	ENSUMAG00000002219	RPUSD4	86	47.095	Ursus_maritimus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	56	57.073	ENSVPAG00000001066	RPUSD4	77	57.353	Vicugna_pacos
ENSLOCG00000003124	rpusd4	92	47.863	ENSVVUG00000020101	RPUSD4	92	47.863	Vulpes_vulpes
ENSLOCG00000003124	rpusd4	89	45.161	ENSXCOG00000004676	rpusd4	89	44.868	Xiphophorus_couchianus
ENSLOCG00000003124	rpusd4	89	45.748	ENSXMAG00000023351	rpusd4	86	45.748	Xiphophorus_maculatus