EuRBPDB

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RBDs

RBPome

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PPI

Paralogs

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSMUSG00000009470 (Gene tree)
Gene ID: 238799
Gene Symbol: Tnpo1
Alias: D13Ertd688e|Kpnb2
Full Name: transportin 1
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_musculus
Status: confidence
Strand: Minus strand
Length: 87366 bases
Position: chr13:98839019-98926384
Accession: 2681523
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSMUSP00000136496	IBN_N	PF03810.19	1e-16	1	1
ENSMUSP00000136917	IBN_N	PF03810.19	1e-15	1	1
ENSMUSP00000105026	IBN_N	PF03810.19	1.3e-15	1	1
ENSMUSP00000105028	IBN_N	PF03810.19	1.3e-15	1	1

RNA binding proteome (RBPome)

PID	Title	Method	Time	Author	Doi
27768875	High Resolution Mapping of RNA Binding Regions in the Nuclear Proteome of Embryonic Stem Cells	nIC & mESC	2016.09	He C	DOI: 10.1016/j.molcel.2016.09.034
23912277	The RNA binding protein repertoire of embryonic stem cells	IC & mESC	2013 Aug 4	Kwon SC	DOI: 10.1038/nsmb.2638
27452465	The Cardiomyocyte RNA Binding Proteome: Links to Intermediary Metabolism and Heart Disease	IC & HL_1	2016 Jul 21	Liao Y	DOI: 10.1016/j.celrep.2016.06.084

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSMUST00000109399	-	8445	XM_006517636	ENSMUSP00000105026	890 (aa)	XP_006517699	Q8BFY9
ENSMUST00000224022	-	3128	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000179271	-	614	-	ENSMUSP00000136496	178 (aa)	-	J3QMX2
ENSMUST00000109401	-	8453	-	ENSMUSP00000105028	898 (aa)	-	Q8BFY9
ENSMUST00000179301	-	2503	-	ENSMUSP00000136917	807 (aa)	-	Q3TKD0
ENSMUST00000224099	-	2265	-	-	- (aa)	-	-

Gene Model

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	85.821	ENSMUSG00000031691	Tnpo2	99	85.569

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSG00000083312	TNPO1	100	100.000	Homo_sapiens
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.928	ENSAPOG00000003453	tnpo1	100	93.708	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSAMEG00000007147	TNPO1	99	98.775	Ailuropoda_melanoleuca
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSACIG00000003711	tnpo1	99	93.023	Amphilophus_citrinellus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	94.052	ENSAOCG00000008154	tnpo1	100	93.820	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	94.052	ENSAPEG00000001112	tnpo1	100	93.820	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.680	ENSATEG00000010408	tnpo1	100	93.371	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	92.634	ENSAPLG00000009619	-	97	93.448	Anas_platyrhynchos
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	97.026	ENSACAG00000009599	TNPO1	100	96.629	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	88.427	ENSANAG00000025351	-	100	88.196	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSANAG00000022453	-	100	99.220	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	67.978	ENSANAG00000027118	-	99	63.978	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSACLG00000027223	tnpo1	100	91.685	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.258	ENSAMXG00000009842	tnpo1	100	92.265	Astyanax_mexicanus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSBTAG00000007979	TNPO1	100	99.443	Bos_taurus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCJAG00000016409	TNPO1	100	99.332	Callithrix_jacchus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	99.417	ENSCAFG00000008081	TNPO1	100	99.417	Canis_familiaris
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCAFG00020017397	TNPO1	100	96.517	Canis_lupus_dingo
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCHIG00000023462	TNPO1	100	99.332	Capra_hircus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	95.367	ENSTSYG00000001871	TNPO1	97	97.895	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	63	93.750	ENSCCAG00000020805	-	76	91.597	Cebus_capucinus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCCAG00000026472	TNPO1	100	99.220	Cebus_capucinus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCATG00000043792	TNPO1	100	99.666	Cercocebus_atys
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCLAG00000016191	TNPO1	100	99.220	Chinchilla_lanigera
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCSAG00000015616	TNPO1	100	99.555	Chlorocebus_sabaeus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	86.245	ENSCHOG00000001746	TNPO1	100	86.777	Choloepus_hoffmanni
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	97.893	ENSCPBG00000000260	TNPO1	94	97.643	Chrysemys_picta_bellii
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	80	78.169	ENSCING00000021247	-	99	78.169	Ciona_intestinalis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	75.866	ENSCSAVG00000010981	-	99	75.421	Ciona_savignyi
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCANG00000004353	TNPO1	100	99.666	Colobus_angolensis_palliatus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSCGRG00001016580	Tnpo1	100	100.000	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	100.000	ENSCGRG00000010366	Tnpo1	100	100.000	Cricetulus_griseus_crigri
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	92.565	ENSCSEG00000012674	tnpo1	100	92.247	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.556	ENSCVAG00000001010	tnpo1	100	93.146	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	92.822	ENSDARG00000035390	tnpo1	100	92.368	Danio_rerio
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	99.438	ENSDNOG00000006647	TNPO1	100	93.415	Dasypus_novemcinctus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	93	99.398	ENSDORG00000006476	Tnpo1	100	99.397	Dipodomys_ordii
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	58.032	FBgn0035693	CG8219	99	57.336	Drosophila_melanogaster
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	89	99.543	ENSETEG00000017805	TNPO1	90	99.251	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	94	85.469	ENSEBUG00000001895	tnpo1	100	85.238	Eptatretus_burgeri
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSEASG00005018055	TNPO1	100	99.666	Equus_asinus_asinus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	99.443	ENSECAG00000024424	TNPO1	100	99.443	Equus_caballus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	89.888	ENSELUG00000002821	tnpo1	100	86.275	Esox_lucius
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSFCAG00000013181	TNPO1	100	99.666	Felis_catus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	97.753	ENSFALG00000010292	TNPO1	100	97.303	Ficedula_albicollis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSFDAG00000013345	TNPO1	100	99.332	Fukomys_damarensis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSFHEG00000019234	tnpo1	100	93.490	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	92.135	ENSGMOG00000000347	tnpo1	99	90.146	Gadus_morhua
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	97.753	ENSGALG00000015014	TNPO1	100	96.629	Gallus_gallus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.258	ENSGAFG00000000943	tnpo1	100	92.265	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSGACG00000015841	tnpo1	99	93.034	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	97.646	ENSGAGG00000013419	TNPO1	100	97.416	Gopherus_agassizii
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	83.146	ENSGGOG00000022535	-	99	82.905	Gorilla_gorilla
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSGGOG00000026800	TNPO1	100	99.666	Gorilla_gorilla
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSHBUG00000008068	tnpo1	100	93.258	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSHGLG00000000970	-	100	98.998	Heterocephalus_glaber_female
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	68	85.950	ENSHGLG00000001198	-	93	84.821	Heterocephalus_glaber_female
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	75.167	ENSHGLG00100000963	-	99	76.860	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	98.832	ENSHGLG00100017090	-	99	98.832	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	98.876	ENSSTOG00000021784	-	100	98.876	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSJJAG00000010244	Tnpo1	97	99.663	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.804	ENSKMAG00000018195	tnpo1	100	93.483	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.258	ENSLBEG00000009521	tnpo1	96	90.136	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	91.248	ENSLACG00000012199	TNPO1	100	89.419	Latimeria_chalumnae
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	95.539	ENSLOCG00000011092	tnpo1	98	95.190	Lepisosteus_oculatus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	97	98.851	ENSLAFG00000011796	TNPO1	100	98.845	Loxodonta_africana
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMFAG00000003636	TNPO1	100	99.666	Macaca_fascicularis
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	99.555	ENSMMUG00000020923	TNPO1	100	99.555	Macaca_mulatta
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMNEG00000044581	TNPO1	100	99.666	Macaca_nemestrina
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMLEG00000030740	TNPO1	100	99.666	Mandrillus_leucophaeus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.680	ENSMAMG00000001357	tnpo1	100	93.371	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSMZEG00005004913	tnpo1	100	93.034	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMAUG00000020550	Tnpo1	100	100.000	Mesocricetus_auratus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMICG00000008468	TNPO1	99	95.521	Microcebus_murinus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMOCG00000009301	Tnpo1	99	100.000	Microtus_ochrogaster
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	92.697	ENSMMOG00000005551	tnpo1	99	92.526	Mola_mola
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	97.674	ENSMODG00000001721	TNPO1	80	97.660	Monodelphis_domestica
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	92.441	ENSMALG00000009782	tnpo1	100	92.247	Monopterus_albus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	MGP_CAROLIEiJ_G0018826	Tnpo1	100	100.000	Mus_caroli
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	MGP_PahariEiJ_G0015901	Tnpo1	100	100.000	Mus_pahari
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	MGP_SPRETEiJ_G0019708	Tnpo1	100	100.000	Mus_spretus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSMPUG00000014387	TNPO1	100	99.555	Mustela_putorius_furo
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	98.969	ENSMLUG00000016317	TNPO1	100	98.952	Myotis_lucifugus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	99.777	ENSNGAG00000021263	Tnpo1	100	99.777	Nannospalax_galili
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSNBRG00000009998	tnpo1	99	92.894	Neolamprologus_brichardi
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSNLEG00000004572	TNPO1	100	99.666	Nomascus_leucogenys
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	97	99.419	ENSOPRG00000012390	TNPO1	91	92.966	Ochotona_princeps
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	69	87.805	ENSODEG00000009802	-	96	86.614	Octodon_degus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	99.438	ENSODEG00000001771	TNPO1	100	98.998	Octodon_degus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	93.820	ENSONIG00000011151	tnpo1	99	92.522	Oreochromis_niloticus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	98.057	ENSOANG00000015785	TNPO1	100	97.805	Ornithorhynchus_anatinus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	96	92.874	ENSOCUG00000013318	TNPO1	100	92.874	Oryctolagus_cuniculus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	98	92.571	ENSORLG00000003182	tnpo1	99	92.607	Oryzias_latipes
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	93.159	ENSORLG00020011559	tnpo1	99	92.897	Oryzias_latipes_hni
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	93.284	ENSORLG00015019113	tnpo1	99	93.010	Oryzias_latipes_hsok
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	99	93.284	ENSOMEG00000014567	tnpo1	99	92.897	Oryzias_melastigma
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSOGAG00000000808	TNPO1	100	99.555	Otolemur_garnettii
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSOARG00000005038	TNPO1	84	99.443	Ovis_aries
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSPPAG00000042518	TNPO1	100	99.666	Pan_paniscus
ENSMUSG00000009470	Tnpo1	100	100.000	ENSPPRG00000022336	TNPO1	100	99.666	Panthera_pardus
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