EuRBPDB

Description

RBDs

RBPome

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Gene Model

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PPI

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSMUSG00000020290 (Gene tree)
Gene ID: 103573
Gene Symbol: Xpo1
Alias: Crm1
Full Name: exportin 1
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_musculus
Status: confidence
Strand: Plus strand
Length: 42209 bases
Position: chr11:23256041-23298249
Accession: 2144013
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSMUSP00000020538	CRM1_C	PF08767.11	3.8e-134	1	1
ENSMUSP00000099933	CRM1_C	PF08767.11	3.8e-134	1	1
ENSMUSP00000099934	CRM1_C	PF08767.11	3.8e-134	1	1
ENSMUSP00000105178	CRM1_C	PF08767.11	3.8e-134	1	1
ENSMUSP00000117846	CRM1_C	PF08767.11	4.3e-19	1	1
ENSMUSP00000020538	Xpo1	PF08389.12	1.3e-40	1	1
ENSMUSP00000099933	Xpo1	PF08389.12	1.3e-40	1	1
ENSMUSP00000099934	Xpo1	PF08389.12	1.3e-40	1	1
ENSMUSP00000105178	Xpo1	PF08389.12	1.3e-40	1	1
ENSMUSP00000020538	IBN_N	PF03810.19	5.6e-12	1	1
ENSMUSP00000099933	IBN_N	PF03810.19	5.6e-12	1	1
ENSMUSP00000099934	IBN_N	PF03810.19	5.6e-12	1	1
ENSMUSP00000105178	IBN_N	PF03810.19	5.6e-12	1	1

RNA binding proteome (RBPome)

PID	Title	Method	Time	Author	Doi
23912277	The RNA binding protein repertoire of embryonic stem cells	IC & mESC	2013 Aug 4	Kwon SC	DOI: 10.1038/nsmb.2638

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSMUST00000150750	-	698	-	ENSMUSP00000117846	233 (aa)	-	F6YA11
ENSMUST00000020538	-	5145	-	ENSMUSP00000020538	1071 (aa)	-	Q6P5F9
ENSMUST00000136235	-	463	-	ENSMUSP00000123634	59 (aa)	-	A2AKT6
ENSMUST00000102869	-	6004	XM_006514430	ENSMUSP00000099933	1071 (aa)	XP_006514493	Q6P5F9
ENSMUST00000149371	-	2902	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000109551	-	4906	-	ENSMUSP00000105178	1071 (aa)	-	Q6P5F9
ENSMUST00000102870	-	3471	-	ENSMUSP00000099934	1071 (aa)	-	Q6P5F9

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
mmu03008	Ribosome biogenesis in eukaryotes	KEGG
mmu03013	RNA transport	KEGG
mmu05164	Influenza A	KEGG
mmu05166	Human T-cell leukemia virus 1 infection	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSG00000082898	XPO1	100	100.000	Homo_sapiens
ENSMUSG00000020290	Xpo1	88	89.574	ENSAPOG00000002354	xpo1a	100	89.574	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.518	ENSAPOG00000004984	-	100	95.518	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.067	ENSAMEG00000003460	XPO1	100	99.067	Ailuropoda_melanoleuca
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	81.227	ENSACIG00000010259	xpo1a	100	91.915	Amphilophus_citrinellus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	88	95.745	ENSACIG00000010818	-	100	95.745	Amphilophus_citrinellus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	91.317	ENSAOCG00000018914	xpo1a	100	91.317	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.518	ENSAOCG00000010121	-	100	95.518	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.518	ENSAPEG00000007038	-	100	95.518	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000020290	Xpo1	91	91.761	ENSAPEG00000006583	xpo1a	99	91.761	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	90.943	ENSATEG00000020750	xpo1a	100	90.943	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.518	ENSATEG00000008816	-	100	95.518	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.880	ENSAPLG00000004008	XPO1	100	98.880	Anas_platyrhynchos
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.693	ENSACAG00000002501	XPO1	100	98.693	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSANAG00000020802	XPO1	100	98.039	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000020290	Xpo1	88	92.234	ENSACLG00000015669	xpo1a	100	92.234	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.331	ENSACLG00000015192	-	100	95.331	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.892	ENSAMXG00000012704	xpo1b	100	95.892	Astyanax_mexicanus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	82.310	ENSAMXG00000003069	xpo1a	100	93.114	Astyanax_mexicanus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSBTAG00000013254	XPO1	100	99.160	Bos_taurus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	55.957	WBGene00002078	xpo-1	99	51.571	Caenorhabditis_elegans
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSCJAG00000008877	XPO1	100	98.039	Callithrix_jacchus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSCAFG00000003050	XPO1	100	99.160	Canis_familiaris
ENSMUSG00000020290	Xpo1	93	98.996	ENSCAFG00020026910	XPO1	99	98.996	Canis_lupus_dingo
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSCHIG00000018132	XPO1	100	99.160	Capra_hircus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSTSYG00000004330	XPO1	100	99.160	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000020290	Xpo1	94	78.824	ENSCAPG00000006454	-	100	95.213	Cavia_aperea
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	97.852	ENSCPOG00000034053	XPO1	100	97.852	Cavia_porcellus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	79.314	ENSCCAG00000037445	XPO1	100	79.499	Cebus_capucinus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	96.100	ENSCATG00000032674	XPO1	100	97.766	Cercocebus_atys
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.066	ENSCLAG00000012953	XPO1	100	99.066	Chinchilla_lanigera
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSCSAG00000014606	XPO1	100	98.039	Chlorocebus_sabaeus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	83.755	ENSCHOG00000012088	XPO1	83	98.962	Choloepus_hoffmanni
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.786	ENSCPBG00000026239	XPO1	100	98.786	Chrysemys_picta_bellii
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	80.633	ENSCING00000024562	-	100	80.633	Ciona_intestinalis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	79.739	ENSCSAVG00000005965	-	99	79.739	Ciona_savignyi
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	94.118	ENSCANG00000028883	XPO1	100	98.404	Colobus_angolensis_palliatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.346	ENSCGRG00001000263	Xpo1	100	99.346	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.346	ENSCGRG00000001520	Xpo1	100	99.346	Cricetulus_griseus_crigri
ENSMUSG00000020290	Xpo1	88	94.574	ENSCSEG00000001693	XPO1	100	94.574	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	90.756	ENSCVAG00000016558	xpo1a	100	90.756	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.425	ENSCVAG00000016788	-	100	95.425	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	92.717	ENSDARG00000078041	xpo1a	100	94.272	Danio_rerio
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	96.265	ENSDARG00000063229	xpo1b	100	96.265	Danio_rerio
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.066	ENSDNOG00000005805	XPO1	100	99.066	Dasypus_novemcinctus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	92	95.521	ENSDORG00000013050	Xpo1	100	95.521	Dipodomys_ordii
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	71.040	FBgn0020497	emb	99	71.040	Drosophila_melanogaster
ENSMUSG00000020290	Xpo1	94	97.634	ENSETEG00000018045	XPO1	94	97.634	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	78.700	ENSEBUG00000012580	-	100	87.242	Eptatretus_burgeri
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSEASG00005007223	XPO1	100	99.160	Equus_asinus_asinus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSECAG00000024920	XPO1	100	99.219	Equus_caballus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	92	100.000	ENSEEUG00000009479	XPO1	92	100.000	Erinaceus_europaeus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	85.171	ENSELUG00000014306	-	99	92.291	Esox_lucius
ENSMUSG00000020290	Xpo1	88	94.468	ENSELUG00000012707	xpo1a	100	94.468	Esox_lucius
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSFCAG00000002702	XPO1	100	99.160	Felis_catus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.599	ENSFALG00000010989	XPO1	100	98.599	Ficedula_albicollis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	97.479	ENSFDAG00000014716	XPO1	100	97.479	Fukomys_damarensis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	94	82.197	ENSFHEG00000018974	-	98	97.165	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	90.850	ENSFHEG00000002412	xpo1a	100	90.850	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	92.250	ENSGMOG00000004441	xpo1a	100	92.250	Gadus_morhua
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	89.542	ENSGMOG00000019063	-	100	89.542	Gadus_morhua
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.880	ENSGALG00000029476	XPO1	100	98.880	Gallus_gallus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	91	95.469	ENSGAFG00000003355	-	98	95.469	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	80.866	ENSGAFG00000004408	xpo1a	100	91.809	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	90.850	ENSGACG00000019736	xpo1a	100	90.850	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.238	ENSGACG00000002743	-	100	95.238	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.693	ENSGAGG00000017558	XPO1	100	98.693	Gopherus_agassizii
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSGGOG00000034878	XPO1	100	98.039	Gorilla_gorilla
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.425	ENSHBUG00000020037	-	100	95.425	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	91.503	ENSHBUG00000007128	xpo1a	100	91.503	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.973	ENSHGLG00000003115	XPO1	100	98.973	Heterocephalus_glaber_female
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.973	ENSHGLG00100012227	XPO1	100	98.973	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000020290	Xpo1	88	94.574	ENSHCOG00000006949	XPO1	100	94.574	Hippocampus_comes
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.892	ENSIPUG00000012891	Xpo1	100	95.892	Ictalurus_punctatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	93.371	ENSIPUG00000024394	XPO1	100	93.371	Ictalurus_punctatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.973	ENSSTOG00000016122	XPO1	100	98.973	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.066	ENSJJAG00000020468	Xpo1	100	99.066	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	94.958	ENSKMAG00000016218	-	100	94.958	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	90.756	ENSKMAG00000004830	xpo1a	100	90.756	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	81.227	ENSLBEG00000002104	xpo1a	100	89.407	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.518	ENSLBEG00000005740	-	100	95.518	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	77.285	ENSLACG00000018213	XPO1	100	77.285	Latimeria_chalumnae
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	96.359	ENSLOCG00000016095	xpo1b	99	96.359	Lepisosteus_oculatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.786	ENSLAFG00000014553	XPO1	100	98.786	Loxodonta_africana
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSMFAG00000038679	XPO1	100	98.039	Macaca_fascicularis
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSMMUG00000006941	XPO1	100	98.039	Macaca_mulatta
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	98.039	ENSMNEG00000030909	XPO1	100	98.039	Macaca_nemestrina
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	96.372	ENSMLEG00000032004	XPO1	100	96.372	Mandrillus_leucophaeus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.425	ENSMAMG00000010568	-	100	95.425	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	91.317	ENSMAMG00000023037	xpo1a	100	91.317	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	95.331	ENSMZEG00005018158	-	98	95.469	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	91.503	ENSMZEG00005005105	xpo1a	100	91.503	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000020290	Xpo1	99	83.755	ENSMGAG00000001496	-	99	98.621	Meleagris_gallopavo
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.346	ENSMAUG00000006769	Xpo1	100	99.346	Mesocricetus_auratus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.160	ENSMICG00000027770	XPO1	100	99.160	Microcebus_murinus
ENSMUSG00000020290	Xpo1	100	99.627	ENSMOCG00000012169	Xpo1	100	99.627	Microtus_ochrogaster
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