EuRBPDB

Description

RBDs

RBPome

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Gene Model

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PPI

Paralogs

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSMUSG00000054256 (Gene tree)
Gene ID: 17690
Gene Symbol: Msi1
Alias: Msi1|Msi1h|Musahi1|m-Msi-1
Full Name: musashi RNA-binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_musculus
Status: confidence
Strand: Plus strand
Length: 26100 bases
Position: chr5:115429599-115455698
Accession: 107376
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSMUSP00000120516	RRM_1	PF00076.22	8.8e-33	1	2
ENSMUSP00000120516	RRM_1	PF00076.22	8.8e-33	2	2
ENSMUSP00000070415	RRM_1	PF00076.22	5.5e-30	1	2
ENSMUSP00000070415	RRM_1	PF00076.22	5.5e-30	2	2
ENSMUSP00000144032	RRM_1	PF00076.22	2e-28	1	2
ENSMUSP00000144032	RRM_1	PF00076.22	2e-28	2	2
ENSMUSP00000143900	RRM_1	PF00076.22	1.6e-14	1	1

RNA binding proteome (RBPome)

PID	Title	Method	Time	Author	Doi
23912277	The RNA binding protein repertoire of embryonic stem cells	IC & mESC	2013 Aug 4	Kwon SC	DOI: 10.1038/nsmb.2638

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSMUST00000150779	-	3133	XM_006530177	ENSMUSP00000120516	362 (aa)	XP_006530240	Q61474
ENSMUST00000151444	-	2636	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000145005	-	367	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000145840	-	581	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000139918	-	806	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000067168	-	1254	XM_006530180	ENSMUSP00000070415	325 (aa)	XP_006530243	F8WJA5
ENSMUST00000136586	-	726	XM_006530181	ENSMUSP00000143900	196 (aa)	XP_006530244	A0A0J9YTX9
ENSMUST00000131079	-	807	-	ENSMUSP00000144032	269 (aa)	-	A0A0J9YU67
ENSMUST00000130849	-	599	-	-	- (aa)	-	-

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
mmu03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSMUSG00000054256	Msi1	58	48.052	ENSMUSG00000020358	Hnrnpab	79	40.800
ENSMUSG00000054256	Msi1	61	51.064	ENSMUSG00000027510	Rbm38	66	46.809
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	75.665	ENSMUSG00000069769	Msi2	100	90.323
ENSMUSG00000054256	Msi1	61	43.750	ENSMUSG00000004980	Hnrnpa2b1	91	41.379
ENSMUSG00000054256	Msi1	54	37.179	ENSMUSG00000022858	Tra2b	69	37.179
ENSMUSG00000054256	Msi1	51	38.983	ENSMUSG00000045193	Cirbp	87	40.351
ENSMUSG00000054256	Msi1	59	40.625	ENSMUSG00000059005	Hnrnpa3	67	41.509
ENSMUSG00000054256	Msi1	57	42.949	ENSMUSG00000007836	Hnrnpa0	59	43.646
ENSMUSG00000054256	Msi1	58	48.052	ENSMUSG00000029328	Hnrnpdl	75	39.676
ENSMUSG00000054256	Msi1	56	41.379	ENSMUSG00000030846	Tial1	69	31.469
ENSMUSG00000054256	Msi1	62	40.476	ENSMUSG00000092086	Gm6793	67	38.723
ENSMUSG00000054256	Msi1	59	49.485	ENSMUSG00000000568	Hnrnpd	100	68.000
ENSMUSG00000054256	Msi1	59	40.625	ENSMUSG00000046434	Hnrnpa1	90	39.004
ENSMUSG00000054256	Msi1	88	42.308	ENSMUSG00000069565	Dazap1	98	44.311
ENSMUSG00000054256	Msi1	62	34.021	ENSMUSG00000041459	Tardbp	79	34.021

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSG00000135097	MSI1	100	99.448	Homo_sapiens
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.963	ENSAPOG00000023458	-	100	83.702	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	89.354	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	83.242	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	100.000	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	81.102	Ailuropoda_melanoleuca
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	88.722	ENSACIG00000017754	-	78	82.371	Amphilophus_citrinellus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.963	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	83.242	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	82.510	ENSAOCG00000009031	-	95	79.321	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.963	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	83.242	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.963	ENSAPEG00000006857	-	84	83.702	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	88.973	ENSATEG00000017059	MSI1	95	87.147	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	84.735	ENSATEG00000023779	-	100	78.415	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	95.868	ENSACAG00000002762	MSI1	100	95.868	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.448	ENSANAG00000027151	MSI1	100	99.448	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000054256	Msi1	90	87.692	ENSANAG00000027901	-	92	95.638	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.346	ENSACLG00000000117	-	100	87.346	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.346	ENSACLG00000011230	MSI1	100	82.692	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	87.072	ENSAMXG00000038960	msi1	76	85.981	Astyanax_mexicanus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	99.448	Bos_taurus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	99.448	Callithrix_jacchus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.171	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	99.171	Canis_familiaris
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	95.820	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	99.357	Canis_lupus_dingo
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	94.309	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	94.309	Capra_hircus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.388	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	99.388	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	95.238	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	99.267	Cavia_aperea
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.415	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	99.415	Cavia_porcellus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.448	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	99.448	Cebus_capucinus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.448	ENSCATG00000030019	MSI1	100	99.448	Cercocebus_atys
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.415	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	99.415	Chinchilla_lanigera
ENSMUSG00000054256	Msi1	78	99.526	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	95.668	Chlorocebus_sabaeus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.765	ENSCPBG00000011349	MSI1	98	98.765	Chrysemys_picta_bellii
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.390	ENSCANG00000040651	MSI1	100	99.390	Colobus_angolensis_palliatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.448	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	99.448	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	96.049	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	99.392	Cricetulus_griseus_crigri
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	84.791	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	80.556	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	87.452	ENSCSEG00000008352	-	100	82.597	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.654	ENSCSEG00000005834	-	100	82.967	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000054256	Msi1	54	58.586	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	61.194	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	89.354	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	83.702	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	86	57.219	ENSCVAG00000017463	-	89	71.364	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	86	85.780	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	85.780	Danio_rerio
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	88.931	ENSDARG00000010710	msi1	100	88.426	Danio_rerio
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	92.138	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	92.138	Dasypus_novemcinctus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	98.503	ENSDORG00000005610	Msi1	99	94.915	Dipodomys_ordii
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	95.122	ENSETEG00000004756	MSI1	100	95.122	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSEASG00005004736	MSI1	100	99.448	Equus_asinus_asinus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSECAG00000017526	MSI1	100	99.448	Equus_caballus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	83.333	ENSELUG00000023280	-	100	83.333	Esox_lucius
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	82.267	ENSELUG00000023219	MSI1	92	82.267	Esox_lucius
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	99.448	Felis_catus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.667	ENSFALG00000007574	MSI1	100	98.667	Ficedula_albicollis
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.085	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	99.085	Fukomys_damarensis
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	88.272	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	83.978	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	89.734	ENSFHEG00000003560	-	100	83.242	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	78.593	ENSGMOG00000017838	-	100	76.033	Gadus_morhua
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	85.494	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	81.768	Gadus_morhua
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.473	ENSGALG00000007227	MSI1	98	86.445	Gallus_gallus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.346	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	87.346	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	72.556	ENSGAFG00000005860	-	100	64.932	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	80.663	ENSGACG00000008674	-	100	80.663	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	86.728	ENSGACG00000012679	MSI1	100	82.873	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	98.765	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	95.028	Gopherus_agassizii
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	95.860	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	99.363	Gorilla_gorilla
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.346	ENSHBUG00000011841	-	100	83.425	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.346	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	82.692	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.171	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	99.171	Heterocephalus_glaber_female
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.085	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	99.085	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	87.072	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	83.025	Hippocampus_comes
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.925	ENSHCOG00000012067	-	100	78.142	Hippocampus_comes
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	85.802	ENSIPUG00000001976	msi1	100	81.768	Ictalurus_punctatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	95.820	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	99.357	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	90.206	ENSJJAG00000010643	-	100	83.702	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.448	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	99.448	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.037	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	83.149	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	90.114	ENSKMAG00000019877	-	100	85.802	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	89.354	ENSLBEG00000001375	-	100	83.242	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	88.973	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	83.702	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	86.269	ENSLACG00000018287	MSI1	100	87.135	Latimeria_chalumnae
ENSMUSG00000054256	Msi1	56	65.000	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	70.000	Lepisosteus_oculatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	85.801	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	89.124	Loxodonta_africana
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.415	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	99.415	Macaca_fascicularis
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	96.119	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	97.721	Macaca_mulatta
ENSMUSG00000054256	Msi1	100	99.490	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	99.448	Macaca_nemestrina
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	99.390	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	99.390	Mandrillus_leucophaeus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	88.973	ENSMAMG00000018426	-	100	83.242	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	86.728	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	82.873	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000054256	Msi1	98	88.593	ENSMZEG00005000340	-	100	83.425	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000054256	Msi1	99	87.346	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	82.692	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000054256	Msi1	77	98.225	ENSMGAG00000016518	-	100	98.225	Meleagris_gallopavo
ENSMUSG00000054256	Msi1	78	99.526	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	99.177	Mesocricetus_auratus
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