EuRBPDB

Description

RBDs

Expression

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Paralogs

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSMUSG00000073079 (Gene tree)
Gene ID: 24067
Gene Symbol: Srp54a
Alias: 54K subunit of signal recognition particle|54kDa|Srp54
Full Name: signal recognition particle 54A
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_musculus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 35106 bases
Position: chr12:55080262-55115367
Accession: 1346087
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSMUSP00000021407	SRP54	PF00448.22	4.8e-78	1	1
ENSMUSP00000152764	SRP54	PF00448.22	4.8e-78	1	1
ENSMUSP00000152448	SRP54_N	PF02881.19	3.9e-21	1	1
ENSMUSP00000021407	SRP54_N	PF02881.19	3.9e-20	1	1
ENSMUSP00000152764	SRP54_N	PF02881.19	3.9e-20	1	1
ENSMUSP00000152541	SRP54_N	PF02881.19	4.9e-20	1	1

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSMUST00000021407	-	1515	XM_006515868	ENSMUSP00000021407	504 (aa)	XP_006515931	P14576
ENSMUST00000221479	-	1026	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000220578	-	4498	-	ENSMUSP00000152764	504 (aa)	-	P14576
ENSMUST00000222027	-	428	-	ENSMUSP00000152541	89 (aa)	-	A0A1W2P809
ENSMUST00000223111	-	580	-	-	- (aa)	-	-
ENSMUST00000221655	-	472	-	ENSMUSP00000152448	110 (aa)	-	A0A1Y7VJJ0

Gene Model

Click here to download ENSMUSG00000073079's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
mmu03060	Protein export	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSMUSG00000073079's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMUSG00000112449	Srp54b	100	100.000
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.206

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSG00000100883	SRP54	100	100.000	Homo_sapiens
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSAPOG00000011314	srp54	100	96.032	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSAMEG00000015544	SRP54	100	99.802	Ailuropoda_melanoleuca
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSACIG00000022831	srp54	97	94.878	Amphilophus_citrinellus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSAOCG00000019401	srp54	100	96.032	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSAPEG00000001977	srp54	100	96.032	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSATEG00000013877	srp54	100	96.429	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSAPLG00000010125	SRP54	95	98.523	Anas_platyrhynchos
ENSMUSG00000073079	Srp54a	86	95.392	ENSACAG00000010631	-	100	95.392	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSACAG00000002103	-	100	98.413	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	65	81.873	ENSACAG00000001124	-	100	81.873	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSANAG00000022133	SRP54	100	99.802	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSACLG00000015866	srp54	100	96.230	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	95.833	ENSAMXG00000032669	SRP54	100	95.833	Astyanax_mexicanus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSBTAG00000019085	SRP54	100	99.802	Bos_taurus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	98	71.888	WBGene00009012	F21D5.7	100	71.888	Caenorhabditis_elegans
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCJAG00000006581	SRP54	100	99.802	Callithrix_jacchus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCAFG00000013331	SRP54	100	99.802	Canis_familiaris
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCAFG00020023427	SRP54	100	99.802	Canis_lupus_dingo
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCHIG00000026345	SRP54	100	99.802	Capra_hircus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSTSYG00000002680	-	100	99.603	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	90.000	ENSTSYG00000035333	-	93	88.421	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	70.000	ENSCAPG00000008780	SRP54	100	64.286	Cavia_aperea
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.405	ENSCPOG00000003691	SRP54	100	99.405	Cavia_porcellus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	90	99.524	ENSCCAG00000024179	SRP54	100	99.761	Cebus_capucinus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCATG00000034083	SRP54	100	99.802	Cercocebus_atys
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCLAG00000015076	SRP54	100	99.802	Chinchilla_lanigera
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCSAG00000015575	SRP54	100	99.802	Chlorocebus_sabaeus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCHOG00000008986	SRP54	100	87.734	Choloepus_hoffmanni
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSCPBG00000026195	SRP54	100	99.008	Chrysemys_picta_bellii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	84.545	ENSCING00000007380	-	100	81.746	Ciona_intestinalis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCANG00000028532	SRP54	100	99.802	Colobus_angolensis_palliatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCGRG00001009525	-	100	99.802	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSCGRG00000009453	-	89	99.740	Cricetulus_griseus_crigri
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSCSEG00000012392	srp54	100	95.238	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSCVAG00000010395	srp54	100	96.032	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSDARG00000098367	srp54	100	96.230	Danio_rerio
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSDNOG00000032525	SRP54	100	99.802	Dasypus_novemcinctus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	87	100.000	ENSDORG00000005159	-	97	84.821	Dipodomys_ordii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	79.091	FBgn0010747	Srp54k	98	77.309	Drosophila_melanogaster
ENSMUSG00000073079	Srp54a	83	58.373	ENSETEG00000012102	-	99	58.373	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	98.611	ENSETEG00000016307	-	100	98.611	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	88.182	ENSEBUG00000009437	-	100	87.302	Eptatretus_burgeri
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSEASG00005002057	SRP54	100	99.802	Equus_asinus_asinus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSECAG00000018042	SRP54	98	99.598	Equus_caballus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	83.532	ENSEEUG00000001511	SRP54	100	83.532	Erinaceus_europaeus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSELUG00000003395	srp54	100	95.437	Esox_lucius
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSFCAG00000032033	SRP54	100	99.603	Felis_catus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSFALG00000005995	SRP54	100	98.611	Ficedula_albicollis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSFDAG00000016767	SRP54	100	99.802	Fukomys_damarensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSFHEG00000004263	srp54	100	95.635	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	95	90.167	ENSGMOG00000011391	srp54	100	90.167	Gadus_morhua
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSGALG00000023135	SRP54	100	98.611	Gallus_gallus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSGAFG00000011586	srp54	100	96.230	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSGACG00000004181	srp54	100	95.635	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSGAGG00000014766	SRP54	100	99.008	Gopherus_agassizii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSGGOG00000002926	SRP54	100	99.802	Gorilla_gorilla
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSHBUG00000005678	srp54	100	96.230	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSHGLG00000002850	SRP54	100	99.802	Heterocephalus_glaber_female
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSHGLG00100005263	SRP54	100	99.802	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	71.171	ENSHGLG00100007281	-	100	69.109	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	94.246	ENSHCOG00000021127	srp54	100	94.246	Hippocampus_comes
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	95.437	ENSIPUG00000001420	srp54	100	95.437	Ictalurus_punctatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSSTOG00000016023	SRP54	100	99.802	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSJJAG00000013417	-	100	94.643	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	87	76.364	ENSJJAG00000016404	-	100	76.364	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSKMAG00000007707	srp54	100	95.635	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSLBEG00000021122	srp54	100	96.032	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSLBEG00000018690	srp54	100	96.032	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	98.182	ENSLACG00000017890	SRP54	100	96.032	Latimeria_chalumnae
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSLOCG00000009440	srp54	100	97.024	Lepisosteus_oculatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSLAFG00000012007	SRP54	100	99.802	Loxodonta_africana
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMFAG00000044371	SRP54	100	99.802	Macaca_fascicularis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMMUG00000015073	FAM177A1	100	99.802	Macaca_mulatta
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMNEG00000006947	SRP54	100	99.802	Macaca_nemestrina
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMLEG00000042251	SRP54	100	99.802	Mandrillus_leucophaeus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSMAMG00000004803	srp54	100	96.230	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSMZEG00005027528	srp54	100	96.230	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	93.874	ENSMGAG00000012481	SRP54	100	93.874	Meleagris_gallopavo
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMAUG00000014447	-	100	100.000	Mesocricetus_auratus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMICG00000010270	SRP54	100	99.802	Microcebus_murinus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	87	100.000	ENSMOCG00000000948	-	100	100.000	Microtus_ochrogaster
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSMMOG00000020303	srp54	98	94.407	Mola_mola
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.603	ENSMODG00000023150	-	100	99.603	Monodelphis_domestica
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.603	ENSMODG00000012925	-	100	99.603	Monodelphis_domestica
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSMALG00000009163	srp54	98	95.711	Monopterus_albus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	MGP_CAROLIEiJ_G0017754	-	100	100.000	Mus_caroli
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	MGP_PahariEiJ_G0029510	-	100	100.000	Mus_pahari
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMPUG00000016302	SRP54	100	99.802	Mustela_putorius_furo
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSMLUG00000008958	SRP54	100	99.206	Myotis_lucifugus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSNGAG00000019806	-	100	89.881	Nannospalax_galili
ENSMUSG00000073079	Srp54a	87	95.909	ENSNBRG00000006000	srp54	100	95.909	Neolamprologus_brichardi
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSNLEG00000003496	SRP54	100	99.802	Nomascus_leucogenys
ENSMUSG00000073079	Srp54a	67	100.000	ENSMEUG00000000138	-	76	100.000	Notamacropus_eugenii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	71.818	ENSOPRG00000014502	-	60	100.000	Ochotona_princeps
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSODEG00000004865	SRP54	100	99.802	Octodon_degus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSONIG00000011768	srp54	100	96.230	Oreochromis_niloticus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSOANG00000014051	SRP54	100	99.802	Ornithorhynchus_anatinus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSOCUG00000007838	SRP54	100	99.206	Oryctolagus_cuniculus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSORLG00000010027	srp54	100	96.032	Oryzias_latipes
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSORLG00020001878	srp54	100	96.032	Oryzias_latipes_hni
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSORLG00015021866	srp54	100	96.032	Oryzias_latipes_hsok
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSOMEG00000020952	srp54	100	95.833	Oryzias_melastigma
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSOGAG00000012188	SRP54	100	99.802	Otolemur_garnettii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSOARG00000007160	SRP54	100	99.802	Ovis_aries
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSPPAG00000017434	SRP54	100	99.802	Pan_paniscus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSPPRG00000014047	SRP54	100	98.611	Panthera_pardus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSPTIG00000000744	SRP54	96	99.603	Panthera_tigris_altaica
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSPTRG00000006259	FAM177A1	100	99.802	Pan_troglodytes
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSPANG00000023853	SRP54	100	99.802	Papio_anubis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	95.833	ENSPKIG00000001953	srp54	100	95.833	Paramormyrops_kingsleyae
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSPSIG00000006476	SRP54	100	98.810	Pelodiscus_sinensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSPMGG00000004127	srp54	99	93.261	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSPEMG00000019634	-	100	87.103	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	89.091	ENSPMAG00000006078	-	100	88.889	Petromyzon_marinus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.603	ENSPCIG00000016175	SRP54	100	99.603	Phascolarctos_cinereus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSPFOG00000008870	srp54	100	96.230	Poecilia_formosa
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSPLAG00000009889	srp54	100	96.230	Poecilia_latipinna
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSPMEG00000008601	srp54	100	96.230	Poecilia_mexicana
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSPREG00000004505	srp54	100	96.230	Poecilia_reticulata
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	94.643	ENSPPYG00000005739	SRP54	100	94.643	Pongo_abelii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSPCAG00000006268	SRP54	100	95.635	Procavia_capensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.822	ENSPCOG00000022473	SRP54	100	97.822	Propithecus_coquereli
ENSMUSG00000073079	Srp54a	92	95.238	ENSPVAG00000010056	SRP54	82	100.000	Pteropus_vampyrus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSPNYG00000009717	srp54	100	96.230	Pundamilia_nyererei
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.032	ENSPNAG00000008544	srp54	100	96.032	Pygocentrus_nattereri
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSRNOG00000032776	Srp54a	100	99.802	Rattus_norvegicus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSRROG00000041292	SRP54	100	99.802	Rhinopithecus_roxellana
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	45.763	YPR088C	SRP54	95	48.467	Saccharomyces_cerevisiae
ENSMUSG00000073079	Srp54a	94	99.789	ENSSBOG00000035145	SRP54	100	99.789	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	68	99.708	ENSSHAG00000000671	SRP54	100	99.708	Sarcophilus_harrisii
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.429	ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	Scleropages_formosus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	95.455	ENSSMAG00000002441	srp54	100	90.075	Scophthalmus_maximus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSSDUG00000018586	srp54	100	95.833	Seriola_dumerili
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSSLDG00000010476	srp54	100	95.635	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSSARG00000002744	SRP54	100	99.802	Sorex_araneus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSSPUG00000013101	SRP54	100	99.008	Sphenodon_punctatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSSPAG00000002354	srp54	100	96.032	Stegastes_partitus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSSSCG00000001955	SRP54	100	99.802	Sus_scrofa
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	99.091	ENSTGUG00000011945	-	95	98.523	Taeniopygia_guttata
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSTRUG00000007057	srp54	100	95.238	Takifugu_rubripes
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.364	ENSTNIG00000002589	srp54	100	94.841	Tetraodon_nigroviridis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	89	91.275	ENSTBEG00000011409	SRP54	100	91.275	Tupaia_belangeri
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSTTRG00000000928	SRP54	100	89.881	Tursiops_truncatus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSUAMG00000012385	SRP54	100	99.618	Ursus_americanus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSUMAG00000011234	SRP54	100	99.802	Ursus_maritimus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSVPAG00000005668	SRP54	100	99.578	Vicugna_pacos
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000	ENSVVUG00000019962	SRP54	100	99.802	Vulpes_vulpes
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	98.182	ENSXETG00000012290	srp54	100	82.446	Xenopus_tropicalis
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSXCOG00000004658	srp54	96	96.163	Xiphophorus_couchianus
ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	97.273	ENSXMAG00000018315	srp54	100	96.230	Xiphophorus_maculatus

Gene Ontology

Go ID	Go_term	PubmedID	Evidence	Category
GO:0003924	GTPase activity	-	ISO	Function
GO:0005525	GTP binding	-	ISO	Function
GO:0005634	nucleus	-	ISO	Component
GO:0005730	nucleolus	-	ISO	Component
GO:0005737	cytoplasm	-	ISO	Component
GO:0005786	signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting	-	ISO	Component
GO:0005829	cytosol	-	ISO	Component
GO:0006614	SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane	-	ISO	Process
GO:0008144	drug binding	-	ISO	Function
GO:0008312	7S RNA binding	-	ISO	Function
GO:0019003	GDP binding	-	ISO	Function
GO:0030942	endoplasmic reticulum signal peptide binding	-	ISO	Function
GO:0043021	ribonucleoprotein complex binding	-	ISO	Function