EuRBPDB

Description

RBDs

Expression

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Paralogs

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSMUSG00000079108 (Gene tree)
Gene ID: 100101806
Gene Symbol: Srp54c
Alias: E330029E12Rik
Full Name: signal recognition particle 54C
Gene Type: protein_coding
Species: Mus_musculus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 33669 bases
Position: chr12:55230168-55263836
Accession: 3714359
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSMUSP00000132835	SRP54	PF00448.22	5e-78	1	1
ENSMUSP00000151681	SRP54	PF00448.22	5e-78	1	1
ENSMUSP00000132835	SRP54_N	PF02881.19	4.4e-20	1	1
ENSMUSP00000151681	SRP54_N	PF02881.19	4.4e-20	1	1

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSMUST00000218879	-	3642	XM_006515318	ENSMUSP00000151681	504 (aa)	XP_006515381	E9PXC0
ENSMUST00000164243	-	2317	-	ENSMUSP00000132835	504 (aa)	-	E9PXC0

Gene Model

Click here to download ENSMUSG00000079108's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
mmu03060	Protein export	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSMUSG00000079108's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.206	ENSMUSG00000112449	Srp54b	100	99.206
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.206	ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	100.000

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSG00000100883	SRP54	100	100.000	Homo_sapiens
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSAPOG00000011314	srp54	100	95.238	Acanthochromis_polyacanthus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSAMEG00000015544	SRP54	100	99.008	Ailuropoda_melanoleuca
ENSMUSG00000079108	Srp54c	89	93.987	ENSACIG00000022831	srp54	97	93.987	Amphilophus_citrinellus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSAOCG00000019401	srp54	100	95.238	Amphiprion_ocellaris
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSAPEG00000001977	srp54	100	95.238	Amphiprion_percula
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.635	ENSATEG00000013877	srp54	100	95.635	Anabas_testudineus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	94	97.679	ENSAPLG00000010125	SRP54	95	97.679	Anas_platyrhynchos
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	97.619	ENSACAG00000002103	-	100	97.619	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	65	80.967	ENSACAG00000001124	-	100	80.967	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	86	94.470	ENSACAG00000010631	-	100	94.470	Anolis_carolinensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSANAG00000022133	SRP54	100	99.008	Aotus_nancymaae
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSACLG00000015866	srp54	100	95.437	Astatotilapia_calliptera
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.040	ENSAMXG00000032669	SRP54	100	95.040	Astyanax_mexicanus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSBTAG00000019085	SRP54	100	99.008	Bos_taurus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	98	71.687	WBGene00009012	F21D5.7	100	71.687	Caenorhabditis_elegans
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCJAG00000006581	SRP54	100	99.008	Callithrix_jacchus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCAFG00000013331	SRP54	100	99.008	Canis_familiaris
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCAFG00020023427	SRP54	100	99.008	Canis_lupus_dingo
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCHIG00000026345	SRP54	100	99.008	Capra_hircus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.810	ENSTSYG00000002680	-	100	98.810	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000079108	Srp54c	94	87.579	ENSTSYG00000035333	-	93	87.579	Carlito_syrichta
ENSMUSG00000079108	Srp54c	94	63.878	ENSCAPG00000008780	SRP54	100	63.878	Cavia_aperea
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.611	ENSCPOG00000003691	SRP54	100	98.611	Cavia_porcellus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	90	98.571	ENSCCAG00000024179	SRP54	100	98.807	Cebus_capucinus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCATG00000034083	SRP54	100	99.008	Cercocebus_atys
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCLAG00000015076	SRP54	100	99.008	Chinchilla_lanigera
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCSAG00000015575	SRP54	100	99.008	Chlorocebus_sabaeus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	95	86.902	ENSCHOG00000008986	SRP54	100	86.902	Choloepus_hoffmanni
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.214	ENSCPBG00000026195	SRP54	100	98.214	Chrysemys_picta_bellii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	81.151	ENSCING00000007380	-	100	81.151	Ciona_intestinalis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCANG00000028532	SRP54	100	99.008	Colobus_angolensis_palliatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSCGRG00001009525	-	100	99.008	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSMUSG00000079108	Srp54c	76	99.221	ENSCGRG00000009453	-	89	99.221	Cricetulus_griseus_crigri
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.444	ENSCSEG00000012392	srp54	100	94.444	Cynoglossus_semilaevis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.635	ENSCVAG00000010395	srp54	100	95.635	Cyprinodon_variegatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSDARG00000098367	srp54	100	95.437	Danio_rerio
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSDNOG00000032525	SRP54	100	99.008	Dasypus_novemcinctus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	89	83.929	ENSDORG00000005159	-	97	83.929	Dipodomys_ordii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	96	77.320	FBgn0010747	Srp54k	98	76.908	Drosophila_melanogaster
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	97.817	ENSETEG00000016307	-	100	97.817	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000079108	Srp54c	83	58.852	ENSETEG00000012102	-	99	58.852	Echinops_telfairi
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	86.508	ENSEBUG00000009437	-	100	86.508	Eptatretus_burgeri
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSEASG00005002057	SRP54	100	99.008	Equus_asinus_asinus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	99	98.795	ENSECAG00000018042	SRP54	98	98.795	Equus_caballus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	82.738	ENSEEUG00000001511	SRP54	100	82.738	Erinaceus_europaeus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.643	ENSELUG00000003395	srp54	100	94.643	Esox_lucius
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.810	ENSFCAG00000032033	SRP54	100	98.810	Felis_catus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	97.817	ENSFALG00000005995	SRP54	100	97.817	Ficedula_albicollis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSFDAG00000016767	SRP54	100	99.008	Fukomys_damarensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.841	ENSFHEG00000004263	srp54	100	94.841	Fundulus_heteroclitus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	95	89.540	ENSGMOG00000011391	srp54	100	89.540	Gadus_morhua
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	97.817	ENSGALG00000023135	SRP54	100	97.817	Gallus_gallus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSGAFG00000011586	srp54	100	95.437	Gambusia_affinis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.841	ENSGACG00000004181	srp54	100	94.841	Gasterosteus_aculeatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.214	ENSGAGG00000014766	SRP54	100	98.214	Gopherus_agassizii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSGGOG00000002926	SRP54	100	99.008	Gorilla_gorilla
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSHBUG00000005678	srp54	100	95.437	Haplochromis_burtoni
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSHGLG00000002850	SRP54	100	99.008	Heterocephalus_glaber_female
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	68.713	ENSHGLG00100007281	-	100	68.713	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSHGLG00100005263	SRP54	100	99.008	Heterocephalus_glaber_male
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	93.452	ENSHCOG00000021127	srp54	100	93.452	Hippocampus_comes
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.643	ENSIPUG00000001420	srp54	100	94.643	Ictalurus_punctatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSSTOG00000016023	SRP54	100	99.008	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	87	76.364	ENSJJAG00000016404	-	100	76.364	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	93.849	ENSJJAG00000013417	-	100	93.849	Jaculus_jaculus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.841	ENSKMAG00000007707	srp54	100	94.841	Kryptolebias_marmoratus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSLBEG00000021122	srp54	100	95.238	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSLBEG00000018690	srp54	100	95.238	Labrus_bergylta
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSLACG00000017890	SRP54	100	95.238	Latimeria_chalumnae
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	96.230	ENSLOCG00000009440	srp54	100	96.230	Lepisosteus_oculatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSLAFG00000012007	SRP54	100	99.008	Loxodonta_africana
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSMFAG00000044371	SRP54	100	99.008	Macaca_fascicularis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSMMUG00000015073	FAM177A1	100	99.008	Macaca_mulatta
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSMNEG00000006947	SRP54	100	99.008	Macaca_nemestrina
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSMLEG00000042251	SRP54	100	99.008	Mandrillus_leucophaeus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSMAMG00000004803	srp54	100	95.437	Mastacembelus_armatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSMZEG00005027528	srp54	100	95.437	Maylandia_zebra
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	93.083	ENSMGAG00000012481	SRP54	100	93.083	Meleagris_gallopavo
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.206	ENSMAUG00000014447	-	100	99.206	Mesocricetus_auratus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSMICG00000010270	SRP54	100	99.008	Microcebus_murinus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	87	99.091	ENSMOCG00000000948	-	100	99.091	Microtus_ochrogaster
ENSMUSG00000079108	Srp54c	89	93.512	ENSMMOG00000020303	srp54	98	93.512	Mola_mola
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.810	ENSMODG00000012925	-	100	98.810	Monodelphis_domestica
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.810	ENSMODG00000023150	-	100	98.810	Monodelphis_domestica
ENSMUSG00000079108	Srp54c	89	93.973	ENSMALG00000009163	srp54	99	93.973	Monopterus_albus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.206	MGP_CAROLIEiJ_G0017754	-	100	99.206	Mus_caroli
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.206	MGP_PahariEiJ_G0029510	-	100	99.206	Mus_pahari
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSMPUG00000016302	SRP54	100	99.008	Mustela_putorius_furo
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.413	ENSMLUG00000008958	SRP54	100	98.413	Myotis_lucifugus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	89.087	ENSNGAG00000019806	-	100	89.087	Nannospalax_galili
ENSMUSG00000079108	Srp54c	87	95.000	ENSNBRG00000006000	srp54	100	95.000	Neolamprologus_brichardi
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSNLEG00000003496	SRP54	100	99.008	Nomascus_leucogenys
ENSMUSG00000079108	Srp54c	67	100.000	ENSMEUG00000000138	-	76	100.000	Notamacropus_eugenii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	58	100.000	ENSOPRG00000014502	-	60	100.000	Ochotona_princeps
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSODEG00000004865	SRP54	100	99.008	Octodon_degus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSONIG00000011768	srp54	100	95.437	Oreochromis_niloticus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSOANG00000014051	SRP54	100	99.008	Ornithorhynchus_anatinus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.413	ENSOCUG00000007838	SRP54	100	98.413	Oryctolagus_cuniculus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSORLG00000010027	srp54	100	95.238	Oryzias_latipes
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSORLG00020001878	srp54	100	95.238	Oryzias_latipes_hni
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSORLG00015021866	srp54	100	95.238	Oryzias_latipes_hsok
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.040	ENSOMEG00000020952	srp54	100	95.040	Oryzias_melastigma
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSOGAG00000012188	SRP54	100	99.008	Otolemur_garnettii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSOARG00000007160	SRP54	100	99.008	Ovis_aries
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSPPAG00000017434	SRP54	100	99.008	Pan_paniscus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	97.817	ENSPPRG00000014047	SRP54	100	97.817	Panthera_pardus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.810	ENSPTIG00000000744	SRP54	96	98.810	Panthera_tigris_altaica
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSPTRG00000006259	FAM177A1	100	99.008	Pan_troglodytes
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSPANG00000023853	SRP54	100	99.008	Papio_anubis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.040	ENSPKIG00000001953	srp54	100	95.040	Paramormyrops_kingsleyae
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.016	ENSPSIG00000006476	SRP54	100	98.016	Pelodiscus_sinensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	91	92.391	ENSPMGG00000004127	srp54	99	92.391	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	86.310	ENSPEMG00000019634	-	100	86.310	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	88.095	ENSPMAG00000006078	-	100	88.095	Petromyzon_marinus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.810	ENSPCIG00000016175	SRP54	100	98.810	Phascolarctos_cinereus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSPFOG00000008870	srp54	100	95.437	Poecilia_formosa
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSPLAG00000009889	srp54	100	95.437	Poecilia_latipinna
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSPMEG00000008601	srp54	100	95.437	Poecilia_mexicana
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSPREG00000004505	srp54	100	95.437	Poecilia_reticulata
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	93.849	ENSPPYG00000005739	SRP54	100	93.849	Pongo_abelii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.841	ENSPCAG00000006268	SRP54	100	94.841	Procavia_capensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	97.030	ENSPCOG00000022473	SRP54	100	97.030	Propithecus_coquereli
ENSMUSG00000079108	Srp54c	63	100.000	ENSPVAG00000010056	SRP54	82	100.000	Pteropus_vampyrus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSPNYG00000009717	srp54	100	95.437	Pundamilia_nyererei
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSPNAG00000008544	srp54	100	95.238	Pygocentrus_nattereri
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSRNOG00000032776	Srp54a	100	99.008	Rattus_norvegicus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSRROG00000041292	SRP54	100	99.008	Rhinopithecus_roxellana
ENSMUSG00000079108	Srp54c	86	53.288	YPR088C	SRP54	95	48.467	Saccharomyces_cerevisiae
ENSMUSG00000079108	Srp54c	94	98.945	ENSSBOG00000035145	SRP54	100	98.945	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	68	98.542	ENSSHAG00000000671	SRP54	100	98.542	Sarcophilus_harrisii
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.635	ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.635	Scleropages_formosus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	89.326	ENSSMAG00000002441	srp54	100	89.326	Scophthalmus_maximus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.040	ENSSDUG00000018586	srp54	100	95.040	Seriola_dumerili
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.841	ENSSLDG00000010476	srp54	100	94.841	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSSARG00000002744	SRP54	100	99.008	Sorex_araneus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	98.214	ENSSPUG00000013101	SRP54	100	98.214	Sphenodon_punctatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.238	ENSSPAG00000002354	srp54	100	95.238	Stegastes_partitus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSSSCG00000001955	SRP54	100	99.008	Sus_scrofa
ENSMUSG00000079108	Srp54c	94	97.679	ENSTGUG00000011945	-	95	97.679	Taeniopygia_guttata
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.444	ENSTRUG00000007057	srp54	100	94.444	Takifugu_rubripes
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	94.048	ENSTNIG00000002589	srp54	100	94.048	Tetraodon_nigroviridis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	89	90.380	ENSTBEG00000011409	SRP54	100	90.380	Tupaia_belangeri
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	89.087	ENSTTRG00000000928	SRP54	100	89.087	Tursiops_truncatus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	52	99.618	ENSUAMG00000012385	SRP54	100	99.618	Ursus_americanus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSUMAG00000011234	SRP54	100	99.008	Ursus_maritimus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	94	98.734	ENSVPAG00000005668	SRP54	100	98.734	Vicugna_pacos
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	99.008	ENSVVUG00000019962	SRP54	100	99.008	Vulpes_vulpes
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	81.657	ENSXETG00000012290	srp54	100	81.657	Xenopus_tropicalis
ENSMUSG00000079108	Srp54c	88	95.260	ENSXCOG00000004658	srp54	96	95.260	Xiphophorus_couchianus
ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.437	ENSXMAG00000018315	srp54	100	95.437	Xiphophorus_maculatus

Gene Ontology

Go ID	Go_term	PubmedID	Evidence	Category
GO:0003674	molecular_function	-	ND	Function
GO:0005575	cellular_component	-	ND	Component
GO:0008150	biological_process	-	ND	Process