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Description

Ensembl ID: ENSNLEG00000017149 (Gene tree)
Gene ID: 100585556
Gene Symbol: RPA1
Alias: HSSB|REPA1|RF-A|RP-A|RPA70
Full Name: replication protein A1
Gene Type: protein_coding
Species: Nomascus_leucogenys
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 70548 bases
Position: chr19:79641908-79712455
Accession: 100585556
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSNLEP00000020837	tRNA_anti-codon	PF01336.25	5.1e-12	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSNLET00000021880	RPA1-201	2845	XM_003277816	ENSNLEP00000020837	616 (aa)	XP_003277864	G1S5P9

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
nle03030	DNA replication	KEGG
nle03420	Nucleotide excision repair	KEGG
nle03430	Mismatch repair	KEGG
nle03440	Homologous recombination	KEGG
nle03460	Fanconi anemia pathway	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSNLEG00000017149	RPA1	94	60.560	ENSAPOG00000019409	RPA1	84	60.560	Acanthochromis_polyacanthus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.969	ENSAPOG00000011658	rpa1	99	62.969	Acanthochromis_polyacanthus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	87.685	ENSAMEG00000007706	RPA1	98	87.685	Ailuropoda_melanoleuca
ENSNLEG00000017149	RPA1	95	58.574	ENSACIG00000012881	RPA1	99	58.206	Amphilophus_citrinellus
ENSNLEG00000017149	RPA1	95	57.797	ENSACIG00000007277	rpa1	99	57.868	Amphilophus_citrinellus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.029	ENSAOCG00000023376	rpa1	99	62.931	Amphiprion_ocellaris
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.685	ENSAOCG00000009003	RPA1	99	54.839	Amphiprion_ocellaris
ENSNLEG00000017149	RPA1	91	63.946	ENSAPEG00000019132	RPA1	84	63.946	Amphiprion_percula
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.866	ENSAPEG00000008634	rpa1	99	62.764	Amphiprion_percula
ENSNLEG00000017149	RPA1	94	63.918	ENSATEG00000022024	rpa1	99	63.746	Anabas_testudineus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.186	ENSATEG00000006443	RPA1	99	53.905	Anabas_testudineus
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	64.749	ENSAPLG00000012442	RPA1	100	64.749	Anas_platyrhynchos
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.843	ENSACAG00000014490	RPA1	99	62.720	Anolis_carolinensis
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	94.205	ENSANAG00000023456	RPA1	100	93.698	Aotus_nancymaae
ENSNLEG00000017149	RPA1	93	63.589	ENSACLG00000006640	rpa1	99	63.589	Astatotilapia_calliptera
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	57.524	ENSACLG00000005223	RPA1	99	57.210	Astatotilapia_calliptera
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.052	ENSAMXG00000008418	rpa1	99	62.927	Astyanax_mexicanus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	89.123	ENSBTAG00000009711	RPA1	100	89.123	Bos_taurus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	93.831	ENSCJAG00000001848	RPA1	100	93.831	Callithrix_jacchus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	88.655	ENSCAFG00000019249	RPA1	100	88.149	Canis_familiaris
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	88.655	ENSCAFG00020009847	RPA1	100	88.149	Canis_lupus_dingo
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	89.286	ENSCHIG00000026308	RPA1	100	89.286	Capra_hircus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	91.248	ENSTSYG00000003482	-	100	90.438	Carlito_syrichta
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	87.987	ENSCPOG00000000035	RPA1	100	87.987	Cavia_porcellus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	83.306	ENSCCAG00000010981	RPA1	100	83.306	Cebus_capucinus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	89.106	ENSCLAG00000005185	-	99	88.599	Chinchilla_lanigera
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	83.766	ENSCLAG00000015045	-	100	83.766	Chinchilla_lanigera
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	84.441	ENSCSAG00000013833	RPA1	100	84.441	Chlorocebus_sabaeus
ENSNLEG00000017149	RPA1	71	92.255	ENSCHOG00000009454	-	100	92.255	Choloepus_hoffmanni
ENSNLEG00000017149	RPA1	95	86.224	ENSCHOG00000013540	-	100	86.224	Choloepus_hoffmanni
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	77.073	ENSCPBG00000020377	RPA1	99	76.667	Chrysemys_picta_bellii
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	42.062	ENSCING00000023482	-	98	41.951	Ciona_intestinalis
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	91.240	ENSCANG00000030911	RPA1	100	91.240	Colobus_angolensis_palliatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	87.237	ENSCGRG00001008197	Rpa1	99	86.893	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSNLEG00000017149	RPA1	81	86.220	ENSCGRG00000000582	Rpa1	99	85.799	Cricetulus_griseus_crigri
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	52.866	ENSCSEG00000012726	RPA1	98	53.322	Cynoglossus_semilaevis
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.275	ENSCSEG00000013066	rpa1	99	61.111	Cynoglossus_semilaevis
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.399	ENSCVAG00000019431	rpa1	99	64.261	Cyprinodon_variegatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	96	53.775	ENSCVAG00000013446	-	96	53.775	Cyprinodon_variegatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.415	ENSDARG00000003938	rpa1	99	63.415	Danio_rerio
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	88.633	ENSDNOG00000017218	RPA1	99	88.633	Dasypus_novemcinctus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	89.448	ENSDORG00000006199	Rpa1	100	89.448	Dipodomys_ordii
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	42.326	FBgn0010173	RpA-70	98	42.003	Drosophila_melanogaster
ENSNLEG00000017149	RPA1	83	81.884	ENSETEG00000017608	RPA1	82	81.884	Echinops_telfairi
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	90.050	ENSEASG00005009372	RPA1	100	87.399	Equus_asinus_asinus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	90.113	ENSECAG00000023886	RPA1	100	89.610	Equus_caballus
ENSNLEG00000017149	RPA1	68	89.524	ENSEEUG00000002186	-	68	89.524	Erinaceus_europaeus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.551	ENSELUG00000021071	rpa1	99	61.389	Esox_lucius
ENSNLEG00000017149	RPA1	88	57.459	ENSELUG00000006136	RPA1	99	56.906	Esox_lucius
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	87.540	ENSFCAG00000006306	RPA1	99	86.872	Felis_catus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	74.313	ENSFALG00000006575	RPA1	99	73.990	Ficedula_albicollis
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	89.414	ENSFDAG00000007720	RPA1	99	89.414	Fukomys_damarensis
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.842	ENSFHEG00000003580	rpa1	99	61.702	Fundulus_heteroclitus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	58.987	ENSGMOG00000010382	rpa1	99	58.987	Gadus_morhua
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	73.906	ENSGALG00000003072	RPA1	99	73.744	Gallus_gallus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.768	ENSGAFG00000012916	rpa1	99	62.745	Gambusia_affinis
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.381	ENSGAFG00000020953	RPA1	99	54.711	Gambusia_affinis
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.075	ENSGACG00000010856	rpa1	99	60.586	Gasterosteus_aculeatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	77.073	ENSGAGG00000013611	RPA1	99	76.260	Gopherus_agassizii
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	93.344	ENSGGOG00000014186	RPA1	100	93.344	Gorilla_gorilla
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.969	ENSHBUG00000017773	rpa1	99	63.029	Haplochromis_burtoni
ENSNLEG00000017149	RPA1	96	53.434	ENSHBUG00000009348	RPA1	99	53.434	Haplochromis_burtoni
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	88.925	ENSHGLG00000008846	RPA1	100	88.925	Heterocephalus_glaber_female
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	88.925	ENSHGLG00100017755	-	100	88.925	Heterocephalus_glaber_male
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	84.765	ENSHGLG00100000799	-	100	84.253	Heterocephalus_glaber_male
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	76.299	ENSHGLG00100002005	-	100	76.299	Heterocephalus_glaber_male
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	44.156	ENSHCOG00000000351	RPA1	99	43.942	Hippocampus_comes
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.426	ENSHCOG00000001401	rpa1	99	61.564	Hippocampus_comes
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.987	ENSIPUG00000004400	rpa1	99	62.987	Ictalurus_punctatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	81.908	ENSSTOG00000022475	RPA1	98	81.908	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	95	89.643	ENSJJAG00000000876	Rpa1	98	88.946	Jaculus_jaculus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.480	ENSKMAG00000005605	rpa1	99	62.480	Kryptolebias_marmoratus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.911	ENSKMAG00000000234	RPA1	99	54.080	Kryptolebias_marmoratus
ENSNLEG00000017149	RPA1	97	63.554	ENSLBEG00000002281	RPA1	80	63.554	Labrus_bergylta
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.378	ENSLBEG00000021604	rpa1	99	62.276	Labrus_bergylta
ENSNLEG00000017149	RPA1	80	67.742	ENSLACG00000007210	RPA1	96	68.908	Latimeria_chalumnae
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	67.752	ENSLOCG00000006397	rpa1	99	67.264	Lepisosteus_oculatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	87.118	ENSLAFG00000015354	RPA1	99	86.452	Loxodonta_africana
ENSNLEG00000017149	RPA1	82	95.455	ENSMFAG00000036138	-	100	95.455	Macaca_fascicularis
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	88.636	ENSMMUG00000002442	-	100	88.636	Macaca_mulatta
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	95.868	ENSMMUG00000011604	-	100	95.868	Macaca_mulatta
ENSNLEG00000017149	RPA1	89	91.332	ENSMNEG00000029837	-	100	91.332	Macaca_nemestrina
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	93.182	ENSMNEG00000031632	-	100	93.182	Macaca_nemestrina
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	89.786	ENSMLEG00000038768	-	100	89.786	Mandrillus_leucophaeus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.458	ENSMAMG00000017993	rpa1	99	63.355	Mastacembelus_armatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	53.264	ENSMAMG00000020097	RPA1	84	62.277	Mastacembelus_armatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	57.524	ENSMZEG00005024731	RPA1	99	57.210	Maylandia_zebra
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.969	ENSMZEG00005007551	rpa1	99	63.029	Maylandia_zebra
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	73.443	ENSMGAG00000005315	RPA1	98	73.279	Meleagris_gallopavo
ENSNLEG00000017149	RPA1	97	88.000	ENSMAUG00000010474	Rpa1	99	88.000	Mesocricetus_auratus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	90.438	ENSMICG00000012867	RPA1	100	89.935	Microcebus_murinus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	86.482	ENSMOCG00000013019	Rpa1	99	85.971	Microtus_ochrogaster
ENSNLEG00000017149	RPA1	97	56.594	ENSMMOG00000010868	RPA1	97	56.594	Mola_mola
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.211	ENSMMOG00000014292	rpa1	99	62.437	Mola_mola
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	83.415	ENSMODG00000010549	RPA1	99	82.899	Monodelphis_domestica
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.934	ENSMALG00000011453	rpa1	99	63.666	Monopterus_albus
ENSNLEG00000017149	RPA1	94	62.100	ENSMALG00000001208	RPA1	77	62.100	Monopterus_albus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	86.062	MGP_CAROLIEiJ_G0016734	Rpa1	99	85.390	Mus_caroli
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	83.949	ENSMUSG00000000751	Rpa1	99	83.280	Mus_musculus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	86.774	MGP_PahariEiJ_G0017871	Rpa1	99	86.268	Mus_pahari
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	83.974	MGP_SPRETEiJ_G0017577	Rpa1	99	83.307	Mus_spretus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	87.500	ENSMPUG00000013119	RPA1	100	87.500	Mustela_putorius_furo
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	85.531	ENSMLUG00000006113	RPA1	100	85.024	Myotis_lucifugus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	85.270	ENSNGAG00000004522	Rpa1	97	85.270	Nannospalax_galili
ENSNLEG00000017149	RPA1	96	56.661	ENSNBRG00000009672	RPA1	95	55.892	Neolamprologus_brichardi
ENSNLEG00000017149	RPA1	94	63.385	ENSNBRG00000020595	rpa1	99	63.385	Neolamprologus_brichardi
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	72.259	ENSMEUG00000006714	RPA1	99	72.259	Notamacropus_eugenii
ENSNLEG00000017149	RPA1	95	87.124	ENSODEG00000009038	RPA1	96	86.767	Octodon_degus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.489	ENSONIG00000013135	rpa1	99	63.505	Oreochromis_niloticus
ENSNLEG00000017149	RPA1	98	81.592	ENSOANG00000010880	RPA1	99	81.063	Ornithorhynchus_anatinus
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	85.139	ENSOCUG00000001504	RPA1	100	85.139	Oryctolagus_cuniculus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.116	ENSORLG00000003368	RPA1	99	53.139	Oryzias_latipes
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	62.908	ENSORLG00000004856	rpa1	99	62.764	Oryzias_latipes
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	51.579	ENSORLG00020015284	RPA1	83	63.470	Oryzias_latipes_hni
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.072	ENSORLG00020008980	rpa1	99	62.927	Oryzias_latipes_hni
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	63.072	ENSORLG00015013982	rpa1	99	62.927	Oryzias_latipes_hsok
ENSNLEG00000017149	RPA1	66	62.808	ENSORLG00015005867	-	97	60.748	Oryzias_latipes_hsok
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.348	ENSORLG00015020383	RPA1	99	53.894	Oryzias_latipes_hsok
ENSNLEG00000017149	RPA1	96	54.992	ENSOMEG00000011040	RPA1	99	56.357	Oryzias_melastigma
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.626	ENSOMEG00000004704	rpa1	99	61.165	Oryzias_melastigma
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ENSNLEG00000017149	RPA1	100	89.789	ENSOGAG00000005581	-	100	89.123	Otolemur_garnettii
ENSNLEG00000017149	RPA1	100	89.123	ENSOARG00000014479	RPA1	100	89.123	Ovis_aries
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ENSNLEG00000017149	RPA1	99	54.531	ENSPMGG00000000543	RPA1	99	55.965	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSNLEG00000017149	RPA1	99	88.111	ENSPEMG00000021061	Rpa1	99	87.439	Peromyscus_maniculatus_bairdii
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ENSNLEG00000017149	RPA1	99	57.210	ENSPNYG00000024165	RPA1	99	56.897	Pundamilia_nyererei
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ENSNLEG00000017149	RPA1	99	31.621	YAR007C	RFA1	70	37.955	Saccharomyces_cerevisiae
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ENSNLEG00000017149	RPA1	99	64.032	ENSTNIG00000016199	rpa1	99	63.961	Tetraodon_nigroviridis
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ENSNLEG00000017149	RPA1	91	61.896	ENSXCOG00000010068	rpa1	94	61.939	Xiphophorus_couchianus
ENSNLEG00000017149	RPA1	95	55.802	ENSXCOG00000009899	-	99	55.707	Xiphophorus_couchianus
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ENSNLEG00000017149	RPA1	99	61.928	ENSXMAG00000004102	rpa1	99	63.158	Xiphophorus_maculatus