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Description

Ensembl ID: ENSORLG00000013485 (Gene tree)
Gene ID: 101172647
Gene Symbol: prpf38a
Alias: -
Full Name: pre-mRNA processing factor 38A
Gene Type: protein_coding
Species: Oryzias_latipes
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 129854 bases
Position: chr4:23599415-23729268
Accession: 101172647
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSORLP00000027134	PRP38	PF03371.15	7e-63	1	1
ENSORLP00000016912	PRP38	PF03371.15	8.2e-63	1	1
ENSORLP00000030881	PRP38	PF03371.15	9.1e-63	1	1
ENSORLP00000040107	PRP38	PF03371.15	9.1e-63	1	1
ENSORLP00000026976	PRP38	PF03371.15	9.1e-63	1	1
ENSORLP00000033206	PRP38	PF03371.15	9.2e-63	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSORLT00000032712	-	1388	-	ENSORLP00000030881	309 (aa)	-	-
ENSORLT00000045533	-	1437	-	ENSORLP00000033206	309 (aa)	-	-
ENSORLT00000043686	-	1388	-	ENSORLP00000040107	309 (aa)	-	-
ENSORLT00000038614	-	1346	-	ENSORLP00000027134	281 (aa)	-	-
ENSORLT00000037584	-	1721	XM_023954432	ENSORLP00000026976	309 (aa)	XP_023810200	UPI000CE28A3D
ENSORLT00000016913	-	1226	-	ENSORLP00000016912	296 (aa)	-	H2MEA7

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
ola03040	Spliceosome	KEGG

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSG00000134748	PRPF38A	96	82.333	Homo_sapiens
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	96.104	ENSAPOG00000011652	prpf38a	99	96.104	Acanthochromis_polyacanthus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSAMEG00000009319	PRPF38A	96	82.333	Ailuropoda_melanoleuca
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	92.793	ENSACIG00000012292	prpf38a	96	87.075	Amphilophus_citrinellus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	96.104	ENSAOCG00000018004	prpf38a	99	96.104	Amphiprion_ocellaris
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	96.104	ENSAPEG00000021414	prpf38a	99	96.104	Amphiprion_percula
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	93.665	ENSATEG00000004608	prpf38a	99	94.481	Anabas_testudineus
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	78.138	ENSAPLG00000005827	PRPF38A	95	77.872	Anas_platyrhynchos
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	80.128	ENSACAG00000008249	PRPF38A	96	80.000	Anolis_carolinensis
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	56.190	ENSANAG00000029204	-	96	56.000	Aotus_nancymaae
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSANAG00000027839	PRPF38A	96	82.333	Aotus_nancymaae
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	92.760	ENSACLG00000021595	prpf38a	99	93.831	Astatotilapia_calliptera
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	84.615	ENSAMXG00000029274	prpf38a	99	86.538	Astyanax_mexicanus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSBTAG00000002720	PRPF38A	96	82.333	Bos_taurus
ENSORLG00000013485	prpf38a	69	63.077	WBGene00008380	prp-38	59	64.894	Caenorhabditis_elegans
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCJAG00000021594	PRPF38A	96	82.333	Callithrix_jacchus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCAFG00000003740	PRPF38A	96	82.333	Canis_familiaris
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCAFG00020010939	PRPF38A	96	82.333	Canis_lupus_dingo
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCHIG00000024730	PRPF38A	96	82.333	Capra_hircus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSTSYG00000009868	-	96	82.333	Carlito_syrichta
ENSORLG00000013485	prpf38a	86	79.554	ENSTSYG00000031994	-	91	79.377	Carlito_syrichta
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	83.871	ENSCPOG00000005079	PRPF38A	96	84.564	Cavia_porcellus
ENSORLG00000013485	prpf38a	82	89.610	ENSCCAG00000026502	PRPF38A	96	82.000	Cebus_capucinus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCATG00000032296	PRPF38A	96	82.333	Cercocebus_atys
ENSORLG00000013485	prpf38a	97	53.633	ENSCATG00000044190	-	57	56.383	Cercocebus_atys
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCLAG00000005816	PRPF38A	96	82.333	Chinchilla_lanigera
ENSORLG00000013485	prpf38a	77	95.833	ENSCHOG00000008388	PRPF38A	74	95.833	Choloepus_hoffmanni
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	81.410	ENSCPBG00000014791	PRPF38A	96	81.333	Chrysemys_picta_bellii
ENSORLG00000013485	prpf38a	82	67.100	ENSCSAVG00000009580	-	71	70.507	Ciona_savignyi
ENSORLG00000013485	prpf38a	82	89.610	ENSCANG00000032608	PRPF38A	100	82.274	Colobus_angolensis_palliatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCGRG00001018502	-	96	82.333	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSORLG00000013485	prpf38a	88	72.797	ENSCGRG00001002557	-	74	76.923	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSCGRG00000014868	Prpf38a	96	82.333	Cricetulus_griseus_crigri
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	93.213	ENSCSEG00000001269	prpf38a	100	87.075	Cynoglossus_semilaevis
ENSORLG00000013485	prpf38a	100	96.440	ENSCVAG00000012305	prpf38a	100	96.440	Cyprinodon_variegatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	83.974	ENSDARG00000039213	prpf38a	99	85.897	Danio_rerio
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSDNOG00000042326	PRPF38A	97	82.274	Dasypus_novemcinctus
ENSORLG00000013485	prpf38a	90	76.772	ENSDORG00000023691	-	75	82.569	Dipodomys_ordii
ENSORLG00000013485	prpf38a	84	97.917	ENSDORG00000023857	-	95	97.917	Dipodomys_ordii
ENSORLG00000013485	prpf38a	90	76.772	ENSDORG00000025371	-	75	82.569	Dipodomys_ordii
ENSORLG00000013485	prpf38a	97	55.814	FBgn0050342	Prp38	57	75.532	Drosophila_melanogaster
ENSORLG00000013485	prpf38a	84	81.172	ENSEBUG00000012588	prpf38a	96	73.579	Eptatretus_burgeri
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSEASG00005014427	PRPF38A	96	82.333	Equus_asinus_asinus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSECAG00000022628	PRPF38A	96	82.333	Equus_caballus
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	93.213	ENSELUG00000021094	prpf38a	100	93.559	Esox_lucius
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSFCAG00000002518	PRPF38A	96	82.333	Felis_catus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	77.104	ENSFALG00000003612	-	73	84.862	Ficedula_albicollis
ENSORLG00000013485	prpf38a	86	79.336	ENSFALG00000005598	-	96	79.151	Ficedula_albicollis
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	83.548	ENSFDAG00000011287	PRPF38A	96	82.000	Fukomys_damarensis
ENSORLG00000013485	prpf38a	94	83.154	ENSFHEG00000014317	prpf38a	100	95.254	Fundulus_heteroclitus
ENSORLG00000013485	prpf38a	59	97.590	ENSGMOG00000011384	prpf38a	54	97.590	Gadus_morhua
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.051	ENSGALG00000010627	PRPF38A	96	82.000	Gallus_gallus
ENSORLG00000013485	prpf38a	100	96.117	ENSGAFG00000012422	prpf38a	100	96.117	Gambusia_affinis
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	92.825	ENSGACG00000005423	prpf38a	100	93.569	Gasterosteus_aculeatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	54	90.588	ENSGACG00000000182	-	100	90.588	Gasterosteus_aculeatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	81.410	ENSGAGG00000020547	PRPF38A	96	81.333	Gopherus_agassizii
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSGGOG00000003940	PRPF38A	96	82.333	Gorilla_gorilla
ENSORLG00000013485	prpf38a	67	95.238	ENSHBUG00000020572	prpf38a	80	95.213	Haplochromis_burtoni
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSHGLG00000000475	PRPF38A	96	82.333	Heterocephalus_glaber_female
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	73.871	ENSHGLG00000007918	-	96	71.622	Heterocephalus_glaber_female
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	73.871	ENSHGLG00100003928	-	96	71.622	Heterocephalus_glaber_male
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSHGLG00100008935	PRPF38A	96	82.333	Heterocephalus_glaber_male
ENSORLG00000013485	prpf38a	65	93.956	ENSHCOG00000020781	prpf38a	59	94.149	Hippocampus_comes
ENSORLG00000013485	prpf38a	94	82.079	ENSIPUG00000005757	prpf38a	96	84.950	Ictalurus_punctatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSSTOG00000015610	PRPF38A	96	82.333	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	81.731	ENSJJAG00000015811	Prpf38a	96	81.667	Jaculus_jaculus
ENSORLG00000013485	prpf38a	100	96.440	ENSKMAG00000006588	prpf38a	100	96.440	Kryptolebias_marmoratus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	94.156	ENSLBEG00000020585	prpf38a	99	94.156	Labrus_bergylta
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSLACG00000011495	PRPF38A	96	82.333	Latimeria_chalumnae
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	91.909	ENSLOCG00000006262	prpf38a	96	92.256	Lepisosteus_oculatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSLAFG00000025862	PRPF38A	96	82.333	Loxodonta_africana
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSMFAG00000039449	PRPF38A	96	82.333	Macaca_fascicularis
ENSORLG00000013485	prpf38a	86	79.705	ENSMMUG00000014333	PRPF38A	94	79.231	Macaca_mulatta
ENSORLG00000013485	prpf38a	97	53.633	ENSMNEG00000040242	-	68	58.140	Macaca_nemestrina
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSMNEG00000031221	PRPF38A	96	82.333	Macaca_nemestrina
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSMLEG00000041105	PRPF38A	96	82.333	Mandrillus_leucophaeus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	96.104	ENSMAMG00000015431	prpf38a	99	96.104	Mastacembelus_armatus
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	92.760	ENSMZEG00005017838	prpf38a	99	93.831	Maylandia_zebra
ENSORLG00000013485	prpf38a	82	89.177	ENSMGAG00000011176	PRPF38A	100	81.940	Meleagris_gallopavo
ENSORLG00000013485	prpf38a	89	84.091	ENSMAUG00000018029	-	84	85.520	Mesocricetus_auratus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSMICG00000014193	PRPF38A	96	82.333	Microcebus_murinus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSMOCG00000013080	Prpf38a	96	82.333	Microtus_ochrogaster
ENSORLG00000013485	prpf38a	90	89.764	ENSMMOG00000016972	prpf38a	96	88.926	Mola_mola
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	80.192	ENSMODG00000000644	PRPF38A	96	80.066	Monodelphis_domestica
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	95.475	ENSMALG00000019363	prpf38a	97	95.779	Monopterus_albus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.051	MGP_CAROLIEiJ_G0026269	Prpf38a	96	82.000	Mus_caroli
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.051	ENSMUSG00000063800	Prpf38a	96	82.000	Mus_musculus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.051	MGP_PahariEiJ_G0028602	Prpf38a	96	82.000	Mus_pahari
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	81.731	MGP_SPRETEiJ_G0027238	Prpf38a	93	93.085	Mus_spretus
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSMPUG00000006896	PRPF38A	96	82.333	Mustela_putorius_furo
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	84.194	ENSNGAG00000011884	Prpf38a	96	82.333	Nannospalax_galili
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	91.441	ENSNBRG00000004013	prpf38a	94	85.714	Neolamprologus_brichardi
ENSORLG00000013485	prpf38a	92	81.315	ENSNLEG00000017999	PRPF38A	89	81.227	Nomascus_leucogenys
ENSORLG00000013485	prpf38a	97	57.045	ENSNLEG00000033398	-	60	52.968	Nomascus_leucogenys
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	64.214	ENSNLEG00000012592	-	98	57.667	Nomascus_leucogenys
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	78.526	ENSMEUG00000003860	PRPF38A	96	78.333	Notamacropus_eugenii
ENSORLG00000013485	prpf38a	81	89.912	ENSOPRG00000008985	PRPF38A	92	90.498	Ochotona_princeps
ENSORLG00000013485	prpf38a	99	82.372	ENSODEG00000005869	PRPF38A	96	82.333	Octodon_degus
ENSORLG00000013485	prpf38a	79	92.308	ENSONIG00000007816	prpf38a	99	93.506	Oreochromis_niloticus
ENSORLG00000013485	prpf38a	82	45.923	ENSOANG00000009541	-	96	48.675	Ornithorhynchus_anatinus
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