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Description

Ensembl ID: ENSORLG00000020820 (Gene tree)
Gene ID: 101161713
Gene Symbol: SMARCA2
Alias: -
Full Name: probable global transcription activator SNF2L2
Gene Type: protein_coding
Species: Oryzias_latipes
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 57815 bases
Position: chr9:1008267-1066081
Accession: 101161713
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSORLP00000037533	ResIII	PF04851.15	1.9e-07	1	1
ENSORLP00000025785	ResIII	PF04851.15	3.1e-07	1	1
ENSORLP00000037533	BRK	PF07533.16	2.3e-17	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSORLT00000039803	SMARCA2-201	7703	XM_023958129	ENSORLP00000037533	1581 (aa)	XP_023813897	UPI0005CC04AE
ENSORLT00000025786	SMARCA2-202	4062	-	ENSORLP00000025785	1353 (aa)	-	H2N2U5

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSORLG00000020820	SMARCA2	95	70.517	ENSORLG00000015452	smarca4a	99	71.978
ENSORLG00000020820	SMARCA2	95	72.352	ENSORLG00000003955	-	98	71.828
ENSORLG00000020820	SMARCA2	51	47.000	ENSORLG00000000987	hells	76	47.000

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.403	ENSG00000080503	SMARCA2	99	98.000	Homo_sapiens
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	92.691	ENSAPOG00000002641	SMARCA2	100	92.569	Acanthochromis_polyacanthus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	74.897	ENSAMEG00000012325	SMARCA2	99	85.223	Ailuropoda_melanoleuca
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	88.541	ENSACIG00000015607	SMARCA2	100	88.353	Amphilophus_citrinellus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	92.695	ENSAOCG00000009647	-	100	92.506	Amphiprion_ocellaris
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	92.817	ENSAPEG00000007646	SMARCA2	100	92.758	Amphiprion_percula
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	92.263	ENSATEG00000006916	SMARCA2	98	92.061	Anabas_testudineus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	76.446	ENSAPLG00000013873	SMARCA2	95	76.330	Anas_platyrhynchos
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.449	ENSACAG00000002423	SMARCA2	100	79.261	Anolis_carolinensis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.673	ENSANAG00000026498	SMARCA2	100	79.587	Aotus_nancymaae
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	89.716	ENSACLG00000004248	SMARCA2	100	89.590	Astatotilapia_calliptera
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	85.063	ENSAMXG00000012404	smarca2	100	83.968	Astyanax_mexicanus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.425	ENSBTAG00000007494	SMARCA2	100	79.523	Bos_taurus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.470	ENSCJAG00000010710	SMARCA2	100	79.461	Callithrix_jacchus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.375	ENSCAFG00000002013	SMARCA2	100	79.386	Canis_familiaris
ENSORLG00000020820	SMARCA2	77	85.336	ENSCAFG00020026802	SMARCA2	94	86.524	Canis_lupus_dingo
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.487	ENSCHIG00000025863	SMARCA2	100	79.523	Capra_hircus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	76.272	ENSTSYG00000003858	SMARCA2	99	80.000	Carlito_syrichta
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.007	ENSCAPG00000002890	SMARCA2	99	78.011	Cavia_aperea
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	80.013	ENSCPOG00000005475	SMARCA2	100	80.100	Cavia_porcellus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.810	ENSCCAG00000030636	SMARCA2	100	79.962	Cebus_capucinus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.336	ENSCATG00000031470	SMARCA2	100	79.523	Cercocebus_atys
ENSORLG00000020820	SMARCA2	79	86.193	ENSCLAG00000014484	SMARCA2	100	79.762	Chinchilla_lanigera
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.536	ENSCSAG00000008650	SMARCA2	99	80.656	Chlorocebus_sabaeus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	88	82.764	ENSCHOG00000004316	SMARCA2	86	81.841	Choloepus_hoffmanni
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.712	ENSCPBG00000025463	SMARCA2	100	83.024	Chrysemys_picta_bellii
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.931	ENSCANG00000039597	SMARCA2	100	79.837	Colobus_angolensis_palliatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	72.787	ENSCGRG00001002323	Smarca2	100	74.859	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	85.394	ENSCSEG00000019311	SMARCA2	98	85.147	Cynoglossus_semilaevis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	95	88.293	ENSCVAG00000016571	SMARCA2	98	88.293	Cyprinodon_variegatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	83.887	ENSDARG00000008904	smarca2	100	83.145	Danio_rerio
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	77.410	ENSDNOG00000006402	SMARCA2	100	79.687	Dasypus_novemcinctus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	79.015	ENSDORG00000014832	Smarca2	100	80.100	Dipodomys_ordii
ENSORLG00000020820	SMARCA2	75	63.585	FBgn0000212	brm	76	59.657	Drosophila_melanogaster
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	70.661	ENSEBUG00000011442	-	97	68.176	Eptatretus_burgeri
ENSORLG00000020820	SMARCA2	88	60.140	ENSEBUG00000002449	-	96	60.765	Eptatretus_burgeri
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.438	ENSEASG00005010312	SMARCA2	100	79.661	Equus_asinus_asinus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	60	91.176	ENSEEUG00000015540	-	69	78.378	Erinaceus_europaeus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	81.731	ENSELUG00000010318	smarca2	99	81.258	Esox_lucius
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.113	ENSFCAG00000001568	SMARCA2	100	79.161	Felis_catus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.511	ENSFALG00000010416	SMARCA2	100	80.689	Ficedula_albicollis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.961	ENSFDAG00000010502	SMARCA2	100	78.108	Fukomys_damarensis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	90.619	ENSFHEG00000021250	SMARCA2	100	90.744	Fundulus_heteroclitus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	81.384	ENSGMOG00000014229	SMARCA2	99	82.129	Gadus_morhua
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.825	ENSGALG00000010164	SMARCA2	100	79.511	Gallus_gallus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	95	86.738	ENSGAFG00000001164	SMARCA2	95	81.956	Gambusia_affinis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	87.627	ENSGACG00000014488	SMARCA2	99	87.056	Gasterosteus_aculeatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.662	ENSGAGG00000024412	SMARCA2	100	79.349	Gopherus_agassizii
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	77.256	ENSGGOG00000000513	SMARCA2	100	77.736	Gorilla_gorilla
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	90.698	ENSHBUG00000006691	SMARCA2	100	90.766	Haplochromis_burtoni
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	79.871	ENSHGLG00000005215	SMARCA2	98	79.936	Heterocephalus_glaber_female
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	79.781	ENSHGLG00100010496	SMARCA2	100	80.252	Heterocephalus_glaber_male
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	82.353	ENSHCOG00000015348	-	95	87.700	Hippocampus_comes
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	83.297	ENSIPUG00000011060	smarca2	100	81.184	Ictalurus_punctatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	79.677	ENSSTOG00000006812	SMARCA2	100	79.874	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.571	ENSJJAG00000010867	Smarca2	100	79.611	Jaculus_jaculus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	91.573	ENSKMAG00000015844	-	100	91.448	Kryptolebias_marmoratus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	52	62.708	ENSLACG00000000270	SMARCA2	99	67.929	Latimeria_chalumnae
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	83.175	ENSLOCG00000011499	smarca2	99	82.127	Lepisosteus_oculatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.978	ENSLAFG00000014061	SMARCA2	100	79.203	Loxodonta_africana
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.966	ENSMFAG00000003814	SMARCA2	100	79.560	Macaca_fascicularis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.722	ENSMMUG00000015279	SMARCA2	100	79.837	Macaca_mulatta
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.394	ENSMNEG00000041069	SMARCA2	100	79.648	Macaca_nemestrina
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.875	ENSMLEG00000027418	SMARCA2	100	78.994	Mandrillus_leucophaeus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	91.204	ENSMAMG00000003056	SMARCA2	100	91.068	Mastacembelus_armatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	91.184	ENSMZEG00005020709	SMARCA2	100	91.189	Maylandia_zebra
ENSORLG00000020820	SMARCA2	85	63.144	ENSMGAG00000005160	-	100	68.074	Meleagris_gallopavo
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.141	ENSMICG00000005162	SMARCA2	100	79.661	Microcebus_murinus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.457	ENSMOCG00000001611	Smarca2	100	79.811	Microtus_ochrogaster
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	87.914	ENSMMOG00000014196	SMARCA2	99	85.249	Mola_mola
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.016	ENSMODG00000003578	SMARCA2	100	79.749	Monodelphis_domestica
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	90.044	ENSMALG00000009611	SMARCA2	99	89.352	Monopterus_albus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	77.874	MGP_CAROLIEiJ_G0022841	Smarca2	100	79.513	Mus_caroli
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	77.931	ENSMUSG00000024921	Smarca2	99	98.000	Mus_musculus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	96	80.612	MGP_PahariEiJ_G0014334	Smarca2	100	79.562	Mus_pahari
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	77.874	MGP_SPRETEiJ_G0023759	Smarca2	96	90.909	Mus_spretus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	79	84.789	ENSMPUG00000005171	SMARCA2	94	84.867	Mustela_putorius_furo
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	75.871	ENSMLUG00000002342	SMARCA2	99	76.164	Myotis_lucifugus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.766	ENSNGAG00000000108	Smarca2	99	78.321	Nannospalax_galili
ENSORLG00000020820	SMARCA2	94	80.260	ENSNBRG00000017998	SMARCA2	94	85.455	Neolamprologus_brichardi
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	78.484	ENSNLEG00000008575	SMARCA2	100	78.553	Nomascus_leucogenys
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	73.267	ENSMEUG00000009812	SMARCA2	100	72.795	Notamacropus_eugenii
ENSORLG00000020820	SMARCA2	79	81.013	ENSOPRG00000013474	SMARCA2	100	75.374	Ochotona_princeps
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	77.990	ENSODEG00000005452	SMARCA2	98	79.518	Octodon_degus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	90.587	ENSONIG00000014163	SMARCA2	99	90.651	Oreochromis_niloticus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	54	82.477	ENSOANG00000008299	-	95	89.353	Ornithorhynchus_anatinus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	79	86.155	ENSOCUG00000006320	SMARCA2	100	79.089	Oryctolagus_cuniculus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	99.620	ENSORLG00015006289	SMARCA2	100	99.620	Oryzias_latipes_hsok
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	96.395	ENSOMEG00000009736	-	100	96.395	Oryzias_melastigma
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	78.034	ENSOGAG00000017053	SMARCA2	99	78.580	Otolemur_garnettii
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	77.841	ENSOARG00000013265	SMARCA2	100	78.944	Ovis_aries
ENSORLG00000020820	SMARCA2	93	85.989	ENSPPAG00000038717	SMARCA2	100	78.742	Pan_paniscus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.185	ENSPPRG00000001879	SMARCA2	100	79.224	Panthera_pardus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.511	ENSPTRG00000051168	SMARCA2	100	79.762	Pan_troglodytes
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	75.894	ENSPANG00000025121	SMARCA2	100	75.955	Papio_anubis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	84.025	ENSPKIG00000018469	-	100	83.082	Paramormyrops_kingsleyae
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.174	ENSPSIG00000006284	SMARCA2	100	79.013	Pelodiscus_sinensis
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	83.047	ENSPMGG00000013696	-	98	81.772	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	97	78.440	ENSPEMG00000019821	Smarca2	100	79.099	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSORLG00000020820	SMARCA2	50	74.930	ENSPMAG00000001030	-	100	79.804	Petromyzon_marinus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	66.644	ENSPMAG00000005337	-	97	69.682	Petromyzon_marinus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	79.078	ENSPCIG00000015658	SMARCA2	100	79.874	Phascolarctos_cinereus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	90.670	ENSPFOG00000001856	SMARCA2	100	90.294	Poecilia_formosa
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	90.512	ENSPLAG00000017829	SMARCA2	96	90.070	Poecilia_latipinna
ENSORLG00000020820	SMARCA2	99	90.443	ENSPMEG00000001815	-	99	89.832	Poecilia_mexicana
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	89.838	ENSPREG00000013800	SMARCA2	100	89.526	Poecilia_reticulata
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ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	88.278	ENSXCOG00000011073	SMARCA2	99	88.061	Xiphophorus_couchianus
ENSORLG00000020820	SMARCA2	100	89.484	ENSXMAG00000015611	SMARCA2	100	89.235	Xiphophorus_maculatus