EuRBPDB

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RBDs

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PPI

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Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSPFOG00000013113 (Gene tree)
Gene ID: 103141372
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Poecilia_formosa
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 27179 bases
Position: chrKI519692.1:1786335-1813513
Accession: 103141372
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSPFOP00000013250	RRM_1	PF00076.22	6.9e-33	1	2
ENSPFOP00000013250	RRM_1	PF00076.22	6.9e-33	2	2
ENSPFOP00000026221	RRM_1	PF00076.22	1.3e-32	1	2
ENSPFOP00000026221	RRM_1	PF00076.22	1.3e-32	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSPFOT00000024574	MSI1-202	4030	-	ENSPFOP00000026221	430 (aa)	-	A0A096M480
ENSPFOT00000013268	MSI1-201	4318	-	ENSPFOP00000013250	349 (aa)	XP_007557067	A0A087Y5E7

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSPFOG00000013113	MSI1	54	44.681	ENSPFOG00000002596	hnrnpd	82	36.842
ENSPFOG00000013113	MSI1	52	40.957	ENSPFOG00000001825	-	62	42.045
ENSPFOG00000013113	MSI1	52	46.111	ENSPFOG00000008278	hnrnpaba	80	38.783
ENSPFOG00000013113	MSI1	54	33.511	ENSPFOG00000016117	tardbp	55	35.119
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	91.738	ENSPFOG00000008319	-	86	91.738
ENSPFOG00000013113	MSI1	55	74.286	ENSPFOG00000019337	MSI2	97	74.286
ENSPFOG00000013113	MSI1	54	41.053	ENSPFOG00000014049	hnrnpa3	79	37.354
ENSPFOG00000013113	MSI1	59	40.826	ENSPFOG00000002387	dazap1	53	40.826
ENSPFOG00000013113	MSI1	52	46.111	ENSPFOG00000012650	-	83	38.783

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSG00000135097	MSI1	99	93.714	Homo_sapiens
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.308	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	92.308	Acanthochromis_polyacanthus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.854	ENSAPOG00000023458	-	100	98.854	Acanthochromis_polyacanthus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	67.717	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	67.085	Ailuropoda_melanoleuca
ENSPFOG00000013113	MSI1	91	85.366	ENSACIG00000017754	-	81	89.069	Amphilophus_citrinellus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	89.058	ENSAOCG00000009031	-	93	97.468	Amphiprion_ocellaris
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.308	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	92.308	Amphiprion_ocellaris
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.308	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	92.308	Amphiprion_percula
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.854	ENSAPEG00000006857	-	84	98.854	Amphiprion_percula
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	94.648	ENSATEG00000017059	MSI1	100	94.648	Anabas_testudineus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.225	ENSATEG00000023779	-	100	84.225	Anabas_testudineus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	85.319	ENSACAG00000002762	MSI1	100	85.319	Anolis_carolinensis
ENSPFOG00000013113	MSI1	82	85.315	ENSANAG00000027901	-	88	85.315	Aotus_nancymaae
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSANAG00000027151	MSI1	100	84.254	Aotus_nancymaae
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.877	ENSACLG00000011230	MSI1	100	92.877	Astatotilapia_calliptera
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.854	ENSACLG00000000117	-	100	99.390	Astatotilapia_calliptera
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	93.730	ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	Astyanax_mexicanus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	91.928	Bos_taurus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	84.254	Callithrix_jacchus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.978	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.978	Canis_familiaris
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	86.174	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	86.174	Canis_lupus_dingo
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	82.016	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	82.016	Capra_hircus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.321	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	85.321	Carlito_syrichta
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	76.997	ENSCAPG00000003919	MSI1	89	76.997	Cavia_aperea
ENSPFOG00000013113	MSI1	95	85.756	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	85.965	Cavia_porcellus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	84.254	Cebus_capucinus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSCATG00000030019	MSI1	100	84.254	Cercocebus_atys
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.965	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	Chinchilla_lanigera
ENSPFOG00000013113	MSI1	78	84.116	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	84.116	Chlorocebus_sabaeus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	87.749	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	87.749	Chrysemys_picta_bellii
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.366	ENSCANG00000040651	MSI1	100	85.366	Colobus_angolensis_palliatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	84.254	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.410	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	85.410	Cricetulus_griseus_crigri
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	89.024	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	94.170	Cynoglossus_semilaevis
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	97.135	ENSCSEG00000008352	-	100	97.135	Cynoglossus_semilaevis
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	91.453	ENSCSEG00000005834	-	100	91.453	Cynoglossus_semilaevis
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	99.427	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	99.427	Cyprinodon_variegatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	51	66.418	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	66.418	Cyprinodon_variegatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	62	74.312	ENSCVAG00000017463	-	89	74.312	Cyprinodon_variegatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	79	92.130	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	98	92.130	Danio_rerio
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	89.206	ENSDARG00000010710	msi1	100	95.327	Danio_rerio
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	82.911	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	82.911	Dasypus_novemcinctus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	84.731	ENSDORG00000005610	Msi1	94	84.731	Dipodomys_ordii
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	82.012	ENSETEG00000004756	MSI1	100	82.012	Echinops_telfairi
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSEASG00005004736	MSI1	94	91.964	Equus_asinus_asinus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSECAG00000017526	MSI1	100	84.254	Equus_caballus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	87.195	ENSELUG00000023280	-	98	94.619	Esox_lucius
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	90.544	ENSELUG00000023219	MSI1	92	90.544	Esox_lucius
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	84.254	Felis_catus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	90.000	ENSFALG00000007574	MSI1	100	90.000	Ficedula_albicollis
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.061	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	85.061	Fukomys_damarensis
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	99.140	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	99.140	Fundulus_heteroclitus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.308	ENSFHEG00000003560	-	100	92.308	Fundulus_heteroclitus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.099	ENSGMOG00000017838	-	100	83.099	Gadus_morhua
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	95.415	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	95.129	Gadus_morhua
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	89.313	ENSGALG00000007227	MSI1	90	92.857	Gallus_gallus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	76.136	ENSGAFG00000005860	-	90	88.542	Gambusia_affinis
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	92.097	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	92.097	Gambusia_affinis
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.211	ENSGACG00000008674	-	100	84.211	Gasterosteus_aculeatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	97.135	ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.135	Gasterosteus_aculeatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	87.749	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	87.749	Gopherus_agassizii
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.987	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	85.987	Gorilla_gorilla
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.854	ENSHBUG00000011841	-	100	98.854	Haplochromis_burtoni
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.877	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	92.877	Haplochromis_burtoni
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.978	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	83.978	Heterocephalus_glaber_female
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.061	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	85.061	Heterocephalus_glaber_male
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.068	ENSHCOG00000012067	-	100	92.068	Hippocampus_comes
ENSPFOG00000013113	MSI1	91	90.794	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	94.170	Hippocampus_comes
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.264	ENSIPUG00000001976	msi1	100	92.264	Ictalurus_punctatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	86.174	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	86.174	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	84.254	Jaculus_jaculus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	72.652	ENSJJAG00000010643	-	100	71.944	Jaculus_jaculus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	86.890	ENSKMAG00000019877	-	100	94.170	Kryptolebias_marmoratus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	97.135	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	97.135	Kryptolebias_marmoratus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.308	ENSLBEG00000001375	-	100	92.308	Labrus_bergylta
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.281	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	98.281	Labrus_bergylta
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	84.795	ENSLACG00000018287	MSI1	100	92.070	Latimeria_chalumnae
ENSPFOG00000013113	MSI1	52	80.000	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	80.000	Lepisosteus_oculatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	91	76.133	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	78.802	Loxodonta_africana
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.965	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	85.965	Macaca_fascicularis
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.965	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	84.615	Macaca_mulatta
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSMNEG00000040034	MSI1	94	91.964	Macaca_nemestrina
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	85.366	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	85.366	Mandrillus_leucophaeus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	97.994	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	97.994	Mastacembelus_armatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	91.738	ENSMAMG00000018426	-	100	91.738	Mastacembelus_armatus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	92.877	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	92.877	Maylandia_zebra
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.854	ENSMZEG00005000340	-	100	98.854	Maylandia_zebra
ENSPFOG00000013113	MSI1	63	94.675	ENSMGAG00000016518	-	100	94.675	Meleagris_gallopavo
ENSPFOG00000013113	MSI1	70	89.712	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	89.712	Mesocricetus_auratus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	84.254	ENSMICG00000033181	MSI1	100	84.254	Microcebus_murinus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.978	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	83.978	Microtus_ochrogaster
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	86.322	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	96.983	Mola_mola
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	81.948	ENSMMOG00000012265	-	97	93.897	Mola_mola
ENSPFOG00000013113	MSI1	91	58.434	ENSMODG00000003189	-	100	58.434	Monodelphis_domestica
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	98.567	ENSMALG00000017889	MSI1	100	98.567	Monopterus_albus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	92.378	ENSMALG00000001426	-	100	95.516	Monopterus_albus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.702	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	100	91.489	Mus_caroli
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.702	ENSMUSG00000054256	Msi1	100	91.489	Mus_musculus
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	86.040	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	100	91.489	Mus_pahari
ENSPFOG00000013113	MSI1	100	83.702	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	100	91.489	Mus_spretus
ENSPFOG00000013113	MSI1	94	86.174	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	86.174	Mustela_putorius_furo
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