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Description

Ensembl ID: ENSPMEG00000012796 (Gene tree)
Gene ID: 106906559
Gene Symbol: MSI1
Alias: -
Full Name: RNA-binding protein Musashi homolog 1
Gene Type: protein_coding
Species: Poecilia_mexicana
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 27424 bases
Position: chrKQ553356.1:24382-51805
Accession: 106906559
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSPMEP00000010746	RRM_1	PF00076.22	6.5e-33	1	2
ENSPMEP00000010746	RRM_1	PF00076.22	6.5e-33	2	2
ENSPMEP00000027968	RRM_1	PF00076.22	7.8e-33	1	2
ENSPMEP00000027968	RRM_1	PF00076.22	7.8e-33	2	2
ENSPMEP00000010720	RRM_1	PF00076.22	3.6e-17	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSPMET00000031127	MSI1-203	4682	XM_014971881	ENSPMEP00000027968	349 (aa)	XP_014827367	UPI000443CFB3
ENSPMET00000017653	MSI1-201	966	-	ENSPMEP00000010720	321 (aa)	-	-
ENSPMET00000031114	MSI1-202	4625	XM_014971883	ENSPMEP00000010746	330 (aa)	XP_014827369	UPI00072E50E2

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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSPMEG00000012796	MSI1	57	69.853	ENSPMEG00000013247	msi2a	75	69.853
ENSPMEG00000012796	MSI1	57	44.681	ENSPMEG00000000152	hnrnpd	71	48.193
ENSPMEG00000012796	MSI1	53	35.593	ENSPMEG00000017025	HNRNPA0	96	35.593
ENSPMEG00000012796	MSI1	55	46.111	ENSPMEG00000023285	-	83	38.783
ENSPMEG00000012796	MSI1	55	40.957	ENSPMEG00000002425	-	56	40.957
ENSPMEG00000012796	MSI1	55	46.111	ENSPMEG00000019974	hnrnpaba	80	38.783
ENSPMEG00000012796	MSI1	74	43.590	ENSPMEG00000014575	dazap1	51	47.059
ENSPMEG00000012796	MSI1	57	41.053	ENSPMEG00000006390	hnrnpa3	93	33.856
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	91.168	ENSPMEG00000007025	-	93	85.623

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSG00000135097	MSI1	99	87.931	Homo_sapiens
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.854	ENSAPOG00000023458	-	100	98.854	Acanthochromis_polyacanthus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.308	ENSAPOG00000003191	MSI1	100	92.308	Acanthochromis_polyacanthus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	68.785	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	68.508	Ailuropoda_melanoleuca
ENSPMEG00000012796	MSI1	90	90.615	ENSACIG00000017754	-	78	90.615	Amphilophus_citrinellus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.308	ENSAOCG00000003804	MSI1	100	92.308	Amphiprion_ocellaris
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	92.949	ENSAOCG00000009031	-	95	92.949	Amphiprion_ocellaris
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.308	ENSAPEG00000003245	MSI1	100	92.308	Amphiprion_percula
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.854	ENSAPEG00000006857	-	84	98.854	Amphiprion_percula
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.225	ENSATEG00000023779	-	100	84.225	Anabas_testudineus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	94.648	ENSATEG00000017059	MSI1	100	94.648	Anabas_testudineus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	85.319	ENSACAG00000002762	MSI1	100	85.319	Anolis_carolinensis
ENSPMEG00000012796	MSI1	82	85.315	ENSANAG00000027901	-	88	85.315	Aotus_nancymaae
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSANAG00000027151	MSI1	100	84.254	Aotus_nancymaae
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.854	ENSACLG00000000117	-	100	99.390	Astatotilapia_calliptera
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.877	ENSACLG00000011230	MSI1	100	92.877	Astatotilapia_calliptera
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	93.730	ENSAMXG00000038960	msi1	76	93.730	Astyanax_mexicanus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	87.267	Bos_taurus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSCJAG00000008578	MSI1	100	87.307	Callithrix_jacchus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.978	ENSCAFG00000010283	MSI1	100	83.978	Canis_familiaris
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	86.174	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	86.174	Canis_lupus_dingo
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	82.016	ENSCHIG00000024304	MSI1	100	82.016	Capra_hircus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.321	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	85.321	Carlito_syrichta
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	76.997	ENSCAPG00000003919	MSI1	89	76.997	Cavia_aperea
ENSPMEG00000012796	MSI1	95	85.756	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	85.965	Cavia_porcellus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSCCAG00000035567	MSI1	100	84.254	Cebus_capucinus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSCATG00000030019	MSI1	100	84.254	Cercocebus_atys
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.965	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	85.965	Chinchilla_lanigera
ENSPMEG00000012796	MSI1	74	88.934	ENSCSAG00000002265	MSI1	96	84.116	Chlorocebus_sabaeus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	87.749	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	87.749	Chrysemys_picta_bellii
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.366	ENSCANG00000040651	MSI1	100	85.366	Colobus_angolensis_palliatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSCGRG00001018883	Msi1	100	84.254	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.410	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	85.410	Cricetulus_griseus_crigri
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	91.453	ENSCSEG00000005834	-	100	91.453	Cynoglossus_semilaevis
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	97.135	ENSCSEG00000008352	-	100	97.135	Cynoglossus_semilaevis
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	94.498	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	94.498	Cynoglossus_semilaevis
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	99.427	ENSCVAG00000009100	MSI1	100	99.427	Cyprinodon_variegatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	62	74.312	ENSCVAG00000017463	-	89	74.312	Cyprinodon_variegatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	54	66.418	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	94	66.418	Cyprinodon_variegatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	79	92.130	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	98	92.130	Danio_rerio
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	94.932	ENSDARG00000010710	msi1	100	95.327	Danio_rerio
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	82.911	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	82.911	Dasypus_novemcinctus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	84.731	ENSDORG00000005610	Msi1	94	84.731	Dipodomys_ordii
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	82.012	ENSETEG00000004756	MSI1	100	82.012	Echinops_telfairi
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	85.423	ENSEASG00005004736	MSI1	100	85.423	Equus_asinus_asinus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSECAG00000017526	MSI1	100	84.254	Equus_caballus
ENSPMEG00000012796	MSI1	96	89.583	ENSELUG00000023219	MSI1	92	90.544	Esox_lucius
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	87.578	ENSELUG00000023280	-	100	87.267	Esox_lucius
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSFCAG00000011007	MSI1	100	84.254	Felis_catus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	90.000	ENSFALG00000007574	MSI1	100	90.000	Ficedula_albicollis
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.061	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	85.061	Fukomys_damarensis
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	99.140	ENSFHEG00000022446	MSI1	100	99.140	Fundulus_heteroclitus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.308	ENSFHEG00000003560	-	100	92.308	Fundulus_heteroclitus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.099	ENSGMOG00000017838	-	100	83.099	Gadus_morhua
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	95.415	ENSGMOG00000001006	MSI1	99	95.129	Gadus_morhua
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	89.313	ENSGALG00000007227	MSI1	98	76.882	Gallus_gallus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	92.097	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	92.097	Gambusia_affinis
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	80.480	ENSGAFG00000005860	-	100	80.480	Gambusia_affinis
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	97.135	ENSGACG00000012679	MSI1	100	97.135	Gasterosteus_aculeatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.211	ENSGACG00000008674	-	100	84.211	Gasterosteus_aculeatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	89.157	ENSGAGG00000016037	MSI1	100	89.157	Gopherus_agassizii
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.987	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	85.987	Gorilla_gorilla
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.854	ENSHBUG00000011841	-	100	98.854	Haplochromis_burtoni
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.877	ENSHBUG00000021921	MSI1	100	92.877	Haplochromis_burtoni
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.978	ENSHGLG00000012782	MSI1	100	83.978	Heterocephalus_glaber_female
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.061	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	85.061	Heterocephalus_glaber_male
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.068	ENSHCOG00000012067	-	100	92.068	Hippocampus_comes
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	90.939	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	90.939	Hippocampus_comes
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.264	ENSIPUG00000001976	msi1	100	92.264	Ictalurus_punctatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	86.174	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	86.174	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSJJAG00000010463	Msi1	100	84.254	Jaculus_jaculus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	74.636	ENSJJAG00000010643	-	100	74.636	Jaculus_jaculus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	92.233	ENSKMAG00000019877	-	100	92.233	Kryptolebias_marmoratus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	97.135	ENSKMAG00000011251	MSI1	100	97.135	Kryptolebias_marmoratus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.308	ENSLBEG00000001375	-	100	92.308	Labrus_bergylta
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.281	ENSLBEG00000008789	MSI1	100	98.281	Labrus_bergylta
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	84.795	ENSLACG00000018287	MSI1	100	84.795	Latimeria_chalumnae
ENSPMEG00000012796	MSI1	55	80.000	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	71	80.000	Lepisosteus_oculatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	91	76.133	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	77.049	Loxodonta_africana
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.965	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	85.965	Macaca_fascicularis
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.965	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	84.615	Macaca_mulatta
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	85.423	ENSMNEG00000040034	MSI1	100	85.423	Macaca_nemestrina
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.366	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	85.366	Mandrillus_leucophaeus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	91.738	ENSMAMG00000018426	-	100	91.738	Mastacembelus_armatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	97.994	ENSMAMG00000002279	MSI1	100	97.994	Mastacembelus_armatus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	92.877	ENSMZEG00005026892	MSI1	100	92.877	Maylandia_zebra
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.854	ENSMZEG00005000340	-	100	98.854	Maylandia_zebra
ENSPMEG00000012796	MSI1	67	94.675	ENSMGAG00000016518	-	100	94.675	Meleagris_gallopavo
ENSPMEG00000012796	MSI1	68	91.964	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	89.712	Mesocricetus_auratus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	84.254	ENSMICG00000033181	MSI1	100	84.254	Microcebus_murinus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.978	ENSMOCG00000002286	Msi1	100	83.978	Microtus_ochrogaster
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	86.667	ENSMMOG00000012265	-	100	86.667	Mola_mola
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	91.613	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	91.613	Mola_mola
ENSPMEG00000012796	MSI1	91	58.434	ENSMODG00000003189	-	100	58.434	Monodelphis_domestica
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	98.567	ENSMALG00000017889	MSI1	100	98.567	Monopterus_albus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	92.378	ENSMALG00000001426	-	100	92.378	Monopterus_albus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.702	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	89.354	Mus_caroli
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.702	ENSMUSG00000054256	Msi1	98	89.354	Mus_musculus
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	86.040	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	98	88.973	Mus_pahari
ENSPMEG00000012796	MSI1	100	83.702	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	89.354	Mus_spretus
ENSPMEG00000012796	MSI1	94	86.174	ENSMPUG00000003168	MSI1	100	86.174	Mustela_putorius_furo
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ENSPMEG00000012796	MSI1	94	85.410	ENSNGAG00000014508	Msi1	91	85.410	Nannospalax_galili
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