EuRBPDB

Description

RBDs

Expression

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSRNOG00000038025 (Gene tree)
Gene ID: 291317
Gene Symbol: Rpp38
Alias: LOC291317|MGC124666
Full Name: ribonuclease P/MRP subunit p38
Gene Type: protein_coding
Species: Rattus_norvegicus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 3540 bases
Position: chr17:78915604-78919143
Accession: 1307474
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSRNOP00000054664	Ribosomal_L7Ae	PF01248.26	1.5e-13	1	1

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSRNOT00000057855	-	1193	XM_006254267	ENSRNOP00000054664	272 (aa)	XP_006254329	Q497C2

Gene Model

Click here to download ENSRNOG00000038025's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
rno03008	Ribosome biogenesis in eukaryotes	KEGG
rno03013	RNA transport	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSRNOG00000038025's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	72.760	ENSG00000152464	RPP38	100	72.619	Homo_sapiens
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.756	ENSAPOG00000001240	rpp38	96	46.182	Acanthochromis_polyacanthus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	70.504	ENSAMEG00000018832	RPP38	98	70.504	Ailuropoda_melanoleuca
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	45.600	ENSACIG00000011592	rpp38	92	47.471	Amphilophus_citrinellus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	44.484	ENSAOCG00000017293	rpp38	97	44.912	Amphiprion_ocellaris
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	46.209	ENSAPEG00000002315	rpp38	96	46.619	Amphiprion_percula
ENSRNOG00000038025	Rpp38	96	46.739	ENSATEG00000000731	rpp38	98	46.739	Anabas_testudineus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	91	47.148	ENSAPLG00000002054	RPP38	95	49.815	Anas_platyrhynchos
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.420	ENSACLG00000016962	rpp38	97	45.113	Astatotilapia_calliptera
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.802	ENSACLG00000016958	rpp38	97	45.489	Astatotilapia_calliptera
ENSRNOG00000038025	Rpp38	89	43.373	ENSAMXG00000025023	rpp38	92	44.444	Astyanax_mexicanus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	66.667	ENSBTAG00000007702	RPP38	98	67.742	Bos_taurus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	69.395	ENSCAFG00000024373	RPP38	99	69.751	Canis_familiaris
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	69.395	ENSCAFG00020008008	RPP38	99	69.751	Canis_lupus_dingo
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	66.308	ENSCHIG00000012484	RPP38	98	67.384	Capra_hircus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	71.326	ENSCPOG00000003981	RPP38	98	71.685	Cavia_porcellus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	74.194	ENSCLAG00000010194	RPP38	98	74.194	Chinchilla_lanigera
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	73.585	ENSCSAG00000019055	RPP38	98	74.101	Chlorocebus_sabaeus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	73.835	ENSCHOG00000004335	RPP38	98	74.194	Choloepus_hoffmanni
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	80.657	ENSCGRG00001001395	Rpp38	98	81.022	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	80.657	ENSCGRG00000017441	Rpp38	98	81.022	Cricetulus_griseus_crigri
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	43.284	ENSCSEG00000001721	rpp38	98	43.956	Cynoglossus_semilaevis
ENSRNOG00000038025	Rpp38	95	45.255	ENSCVAG00000001676	rpp38	97	43.206	Cyprinodon_variegatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	90	46.094	ENSDARG00000040350	rpp38	96	45.387	Danio_rerio
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	70.144	ENSDNOG00000040314	RPP38	98	70.863	Dasypus_novemcinctus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	66.182	ENSDORG00000009783	Rpp38	99	66.182	Dipodomys_ordii
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	71.480	ENSETEG00000002839	RPP38	98	71.480	Echinops_telfairi
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	70.863	ENSEASG00005019783	RPP38	97	71.583	Equus_asinus_asinus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	67.384	ENSEEUG00000014677	RPP38	98	67.742	Erinaceus_europaeus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	46.520	ENSELUG00000010160	rpp38	94	46.809	Esox_lucius
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	69.065	ENSFCAG00000022449	RPP38	98	69.424	Felis_catus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	91	51.351	ENSFALG00000014804	RPP38	93	51.852	Ficedula_albicollis
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	72.401	ENSFDAG00000018669	RPP38	98	72.401	Fukomys_damarensis
ENSRNOG00000038025	Rpp38	95	44.803	ENSFHEG00000013741	rpp38	97	45.583	Fundulus_heteroclitus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	92	49.615	ENSGALG00000008794	RPP38	91	50.186	Gallus_gallus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	56	51.592	ENSGACG00000009258	rpp38	97	51.592	Gasterosteus_aculeatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.833	ENSHBUG00000010937	rpp38	97	45.896	Haplochromis_burtoni
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	71.326	ENSHGLG00000012144	RPP38	98	71.326	Heterocephalus_glaber_female
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	43.388	ENSIPUG00000022879	rpp38	90	44.800	Ictalurus_punctatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	70.251	ENSSTOG00000025699	RPP38	96	71.685	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	77.778	ENSJJAG00000007523	Rpp38	98	77.778	Jaculus_jaculus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	45.385	ENSKMAG00000003986	rpp38	92	44.118	Kryptolebias_marmoratus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	97	46.071	ENSLBEG00000006853	rpp38	98	45.965	Labrus_bergylta
ENSRNOG00000038025	Rpp38	95	52.143	ENSLACG00000006502	RPP38	98	52.414	Latimeria_chalumnae
ENSRNOG00000038025	Rpp38	93	46.970	ENSLOCG00000018347	rpp38	93	47.348	Lepisosteus_oculatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	72.302	ENSLAFG00000000509	RPP38	98	72.302	Loxodonta_africana
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	74.717	ENSMMUG00000007679	RPP38	98	75.180	Macaca_mulatta
ENSRNOG00000038025	Rpp38	96	45.926	ENSMAMG00000012774	rpp38	96	45.926	Mastacembelus_armatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.802	ENSMZEG00005003189	rpp38	97	45.865	Maylandia_zebra
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.802	ENSMZEG00005003200	rpp38	97	45.489	Maylandia_zebra
ENSRNOG00000038025	Rpp38	92	47.876	ENSMGAG00000008217	RPP38	91	48.507	Meleagris_gallopavo
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	81.022	ENSMAUG00000003644	Rpp38	98	81.752	Mesocricetus_auratus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	79.348	ENSMOCG00000007020	Rpp38	98	79.348	Microtus_ochrogaster
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	43.066	ENSMMOG00000003446	rpp38	96	43.431	Mola_mola
ENSRNOG00000038025	Rpp38	95	61.710	ENSMODG00000024091	RPP38	98	61.871	Monodelphis_domestica
ENSRNOG00000038025	Rpp38	91	43.019	ENSMALG00000002356	rpp38	93	43.019	Monopterus_albus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	86.545	MGP_CAROLIEiJ_G0023133	Rpp38	98	87.273	Mus_caroli
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	85.507	ENSMUSG00000049950	Rpp38	98	86.182	Mus_musculus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	86.182	MGP_PahariEiJ_G0019193	Rpp38	98	86.182	Mus_pahari
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	85.091	MGP_SPRETEiJ_G0024051	Rpp38	98	85.818	Mus_spretus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	100	70.213	ENSMPUG00000018523	RPP38	100	70.213	Mustela_putorius_furo
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	72.075	ENSMLUG00000002153	RPP38	98	72.662	Myotis_lucifugus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	74.643	ENSNGAG00000011066	Rpp38	98	76.071	Nannospalax_galili
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	44.569	ENSNBRG00000006994	rpp38	98	45.693	Neolamprologus_brichardi
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	44.906	ENSONIG00000020467	rpp38	96	45.353	Oreochromis_niloticus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	69.057	ENSOCUG00000024367	-	98	69.784	Oryctolagus_cuniculus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	67.925	ENSOCUG00000022768	-	98	69.424	Oryctolagus_cuniculus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	90	46.693	ENSORLG00000009219	rpp38	93	46.388	Oryzias_latipes
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	46.667	ENSORLG00020011503	rpp38	87	46.484	Oryzias_latipes_hni
ENSRNOG00000038025	Rpp38	93	45.283	ENSORLG00015017702	rpp38	91	45.865	Oryzias_latipes_hsok
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	45.600	ENSOMEG00000005414	rpp38	96	46.570	Oryzias_melastigma
ENSRNOG00000038025	Rpp38	100	74.296	ENSOGAG00000008059	RPP38	100	74.205	Otolemur_garnettii
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	65.950	ENSOARG00000004534	RPP38	98	67.025	Ovis_aries
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	73.477	ENSPPAG00000041577	RPP38	89	73.477	Pan_paniscus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	68.705	ENSPPRG00000015329	RPP38	98	68.705	Panthera_pardus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	69.065	ENSPTIG00000007188	RPP38	98	69.065	Panthera_tigris_altaica
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	73.477	ENSPTRG00000002318	RPP38	89	73.477	Pan_troglodytes
ENSRNOG00000038025	Rpp38	92	46.667	ENSPKIG00000025652	rpp38	93	46.520	Paramormyrops_kingsleyae
ENSRNOG00000038025	Rpp38	95	53.333	ENSPSIG00000001527	RPP38	95	53.333	Pelodiscus_sinensis
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	81.818	ENSPEMG00000008375	Rpp38	98	82.182	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	67.148	ENSPCIG00000009096	RPP38	93	67.148	Phascolarctos_cinereus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	64	48.023	ENSPFOG00000016823	rpp38	82	48.023	Poecilia_formosa
ENSRNOG00000038025	Rpp38	89	42.636	ENSPLAG00000007626	rpp38	91	44.402	Poecilia_latipinna
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	40.081	ENSPMEG00000020392	rpp38	90	42.231	Poecilia_mexicana
ENSRNOG00000038025	Rpp38	89	42.636	ENSPREG00000017744	rpp38	93	44.402	Poecilia_reticulata
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	73.477	ENSPPYG00000002113	RPP38	98	73.477	Pongo_abelii
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	70.301	ENSPVAG00000007155	RPP38	98	70.968	Pteropus_vampyrus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.802	ENSPNYG00000004293	rpp38	97	45.865	Pundamilia_nyererei
ENSRNOG00000038025	Rpp38	88	44.262	ENSPNAG00000010633	rpp38	99	44.404	Pygocentrus_nattereri
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	64.260	ENSSHAG00000015529	RPP38	98	64.260	Sarcophilus_harrisii
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	45.660	ENSSMAG00000018276	rpp38	95	45.660	Scophthalmus_maximus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	46.183	ENSSDUG00000001651	rpp38	98	46.442	Seriola_dumerili
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	46.565	ENSSLDG00000014355	rpp38	98	46.816	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	55.762	ENSSARG00000012099	RPP38	98	55.762	Sorex_araneus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	54.839	ENSSPUG00000005237	-	98	54.839	Sphenodon_punctatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	96	52.222	ENSSPUG00000008560	-	97	52.222	Sphenodon_punctatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	98	54.152	ENSSPUG00000018363	-	98	54.152	Sphenodon_punctatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	94	44.815	ENSSPAG00000020387	rpp38	99	44.840	Stegastes_partitus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	66.312	ENSSSCG00000027110	RPP38	98	66.312	Sus_scrofa
ENSRNOG00000038025	Rpp38	91	50.193	ENSTGUG00000001366	RPP38	96	50.741	Taeniopygia_guttata
ENSRNOG00000038025	Rpp38	96	44.485	ENSTNIG00000001334	rpp38	97	44.485	Tetraodon_nigroviridis
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	66.667	ENSTTRG00000004420	RPP38	98	66.667	Tursiops_truncatus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	68.551	ENSUAMG00000002618	RPP38	98	70.863	Ursus_americanus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	70.714	ENSUMAG00000012382	RPP38	98	70.714	Ursus_maritimus
ENSRNOG00000038025	Rpp38	99	68.327	ENSVVUG00000005272	RPP38	99	68.683	Vulpes_vulpes
ENSRNOG00000038025	Rpp38	92	49.814	ENSXETG00000003419	rpp38	97	50.360	Xenopus_tropicalis

Gene Ontology

Go ID	Go_term	PubmedID	Evidence	Category
GO:0001650	fibrillar center	-	IEA	Component
GO:0001650	fibrillar center	-	ISO	Component
GO:0003674	molecular_function	-	ND	Function
GO:0005575	cellular_component	-	ND	Component
GO:0005730	nucleolus	-	ISO	Component
GO:0008150	biological_process	-	ND	Process