EuRBPDB

Description

RBDs

Expression

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Gene Ontology

Description

Ensembl ID: ENSRNOG00000060597 (Gene tree)
Gene ID: 170933
Gene Symbol: Syf2
Alias: P29
Full Name: SYF2 pre-mRNA-splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Rattus_norvegicus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 8038 bases
Position: chr5:153269526-153277563
Accession: 621592
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSRNOP00000072888	SYF2	PF08231.12	4.3e-55	1	1

Expression

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSRNOT00000091494	-	1387	-	ENSRNOP00000072888	242 (aa)	-	Q4QRB2

Gene Model

Click here to download ENSRNOG00000060597's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
rno03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSRNOG00000060597's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.535	ENSG00000117614	SYF2	100	90.947	Homo_sapiens
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	85.586	ENSAPOG00000001174	syf2	100	80.992	Acanthochromis_polyacanthus
ENSRNOG00000060597	Syf2	97	91.983	ENSAMEG00000010115	-	98	91.983	Ailuropoda_melanoleuca
ENSRNOG00000060597	Syf2	81	94.872	ENSAMEG00000010134	-	100	94.872	Ailuropoda_melanoleuca
ENSRNOG00000060597	Syf2	96	80.258	ENSACIG00000023688	syf2	92	80.258	Amphilophus_citrinellus
ENSRNOG00000060597	Syf2	93	80.444	ENSAOCG00000010912	syf2	69	80.444	Amphiprion_ocellaris
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.818	ENSAOCG00000022046	syf2	94	86.036	Amphiprion_ocellaris
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.818	ENSAPEG00000018858	syf2	92	81.818	Amphiprion_percula
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	84.793	ENSATEG00000007745	syf2	100	79.339	Anabas_testudineus
ENSRNOG00000060597	Syf2	83	87.500	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	87.500	Anas_platyrhynchos
ENSRNOG00000060597	Syf2	84	84.804	ENSACAG00000013653	-	100	84.804	Anolis_carolinensis
ENSRNOG00000060597	Syf2	69	76.048	ENSACAG00000026777	-	94	76.433	Anolis_carolinensis
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.358	ENSANAG00000032473	SYF2	100	91.358	Aotus_nancymaae
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	81.982	ENSACLG00000019916	syf2	100	78.099	Astatotilapia_calliptera
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	79.752	ENSAMXG00000004051	syf2	100	79.752	Astyanax_mexicanus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.429	ENSBTAG00000001651	SYF2	100	93.220	Bos_taurus
ENSRNOG00000060597	Syf2	86	50.952	WBGene00019402	syf-2	90	50.711	Caenorhabditis_elegans
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.123	ENSCJAG00000046570	SYF2	100	91.358	Callithrix_jacchus
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	89.344	ENSCAFG00000012895	-	99	89.344	Canis_familiaris
ENSRNOG00000060597	Syf2	97	83.761	ENSCAFG00000030331	-	96	83.761	Canis_familiaris
ENSRNOG00000060597	Syf2	75	85.165	ENSCAFG00020021094	-	83	92.949	Canis_lupus_dingo
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	89.344	ENSCAFG00020021091	-	99	89.344	Canis_lupus_dingo
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	91.701	ENSCHIG00000020874	SYF2	98	93.220	Capra_hircus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.770	ENSTSYG00000005114	SYF2	100	91.770	Carlito_syrichta
ENSRNOG00000060597	Syf2	82	95.455	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	95.455	Cavia_aperea
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.164	ENSCPOG00000005326	SYF2	100	90.164	Cavia_porcellus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.770	ENSCCAG00000022459	SYF2	100	91.770	Cebus_capucinus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.535	ENSCATG00000026917	SYF2	100	90.535	Cercocebus_atys
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	93.033	ENSCLAG00000008474	SYF2	100	93.033	Chinchilla_lanigera
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.574	ENSCSAG00000000948	SYF2	100	90.574	Chlorocebus_sabaeus
ENSRNOG00000060597	Syf2	69	77.381	ENSCHOG00000005273	-	92	77.381	Choloepus_hoffmanni
ENSRNOG00000060597	Syf2	93	88.000	ENSCPBG00000025073	SYF2	92	87.281	Chrysemys_picta_bellii
ENSRNOG00000060597	Syf2	87	53.521	ENSCING00000003017	-	89	53.521	Ciona_intestinalis
ENSRNOG00000060597	Syf2	87	50.704	ENSCSAVG00000006627	-	97	50.704	Ciona_savignyi
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	78.601	ENSCANG00000037322	SYF2	100	78.601	Colobus_angolensis_palliatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	95.868	ENSCGRG00001020733	Syf2	100	95.868	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSRNOG00000060597	Syf2	82	98.492	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	98.492	Cricetulus_griseus_crigri
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	79.817	ENSCSEG00000000117	syf2	93	78.829	Cynoglossus_semilaevis
ENSRNOG00000060597	Syf2	91	83.258	ENSCVAG00000019543	syf2	100	78.926	Cyprinodon_variegatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	79.752	ENSDARG00000004706	syf2	100	79.752	Danio_rerio
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.612	ENSDNOG00000047605	SYF2	100	90.612	Dasypus_novemcinctus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.803	ENSDORG00000001274	Syf2	100	91.803	Dipodomys_ordii
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	56.818	FBgn0033556	CG12343	97	56.818	Drosophila_melanogaster
ENSRNOG00000060597	Syf2	91	77.828	ENSETEG00000015729	SYF2	100	76.419	Echinops_telfairi
ENSRNOG00000060597	Syf2	81	60.406	ENSEBUG00000015402	syf2	95	60.406	Eptatretus_burgeri
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.020	ENSEASG00005004224	-	100	91.020	Equus_asinus_asinus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.070	ENSEASG00005004232	-	100	81.070	Equus_asinus_asinus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.837	ENSECAG00000012023	-	100	91.837	Equus_caballus
ENSRNOG00000060597	Syf2	96	93.617	ENSECAG00000010440	-	98	93.617	Equus_caballus
ENSRNOG00000060597	Syf2	75	79.781	ENSEEUG00000015084	SYF2	100	79.781	Erinaceus_europaeus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.070	ENSELUG00000003465	syf2	99	81.070	Esox_lucius
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.837	ENSFCAG00000010324	-	85	91.837	Felis_catus
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	91.393	ENSFCAG00000043095	-	99	91.393	Felis_catus
ENSRNOG00000060597	Syf2	84	85.294	ENSFALG00000000460	SYF2	93	81.545	Ficedula_albicollis
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.358	ENSFDAG00000008310	SYF2	100	91.358	Fukomys_damarensis
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	68.304	ENSFHEG00000007238	syf2	99	68.304	Fundulus_heteroclitus
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	85.321	ENSGMOG00000019138	syf2	96	86.512	Gadus_morhua
ENSRNOG00000060597	Syf2	94	87.225	ENSGALG00000013639	SYF2	90	87.281	Gallus_gallus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	76.446	ENSGAFG00000019435	syf2	100	76.446	Gambusia_affinis
ENSRNOG00000060597	Syf2	89	85.116	ENSGACG00000007305	syf2	90	85.116	Gasterosteus_aculeatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	93	88.444	ENSGAGG00000010670	SYF2	92	87.719	Gopherus_agassizii
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSGGOG00000012796	SYF2	100	91.358	Gorilla_gorilla
ENSRNOG00000060597	Syf2	96	80.258	ENSHBUG00000020477	syf2	99	80.258	Haplochromis_burtoni
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	82.063	ENSHGLG00000004304	-	100	75.620	Heterocephalus_glaber_female
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.574	ENSHGLG00000014393	SYF2	100	90.574	Heterocephalus_glaber_female
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.574	ENSHGLG00100014722	SYF2	100	90.574	Heterocephalus_glaber_male
ENSRNOG00000060597	Syf2	98	78.423	ENSHCOG00000012904	syf2	77	78.423	Hippocampus_comes
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.070	ENSIPUG00000019859	syf2	100	81.070	Ictalurus_punctatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	60	93.836	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	93.836	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	82	96.985	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	96.985	Jaculus_jaculus
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	82.432	ENSKMAG00000013856	syf2	94	82.432	Kryptolebias_marmoratus
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	84.932	ENSLBEG00000014425	syf2	100	79.339	Labrus_bergylta
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	86.239	ENSLACG00000012064	SYF2	92	86.239	Latimeria_chalumnae
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.405	ENSLOCG00000002728	syf2	95	81.405	Lepisosteus_oculatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	76	63.043	ENSLAFG00000030814	-	100	63.043	Loxodonta_africana
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.020	ENSLAFG00000023150	-	100	91.020	Loxodonta_africana
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSMFAG00000041831	SYF2	100	90.947	Macaca_fascicularis
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.535	ENSMMUG00000002968	SYF2	100	90.947	Macaca_mulatta
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSMNEG00000030180	SYF2	100	90.947	Macaca_nemestrina
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.535	ENSMLEG00000030248	SYF2	100	90.535	Mandrillus_leucophaeus
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	83.410	ENSMAMG00000010403	syf2	98	78.099	Mastacembelus_armatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	78.099	ENSMZEG00005006429	syf2	100	78.099	Maylandia_zebra
ENSRNOG00000060597	Syf2	82	87.940	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	87.940	Meleagris_gallopavo
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	97.521	ENSMAUG00000018974	Syf2	100	97.521	Mesocricetus_auratus
ENSRNOG00000060597	Syf2	82	96.482	ENSMICG00000016191	SYF2	100	96.482	Microcebus_murinus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	97.521	ENSMOCG00000022938	Syf2	100	97.521	Microtus_ochrogaster
ENSRNOG00000060597	Syf2	96	78.541	ENSMMOG00000002396	syf2	97	78.541	Mola_mola
ENSRNOG00000060597	Syf2	93	87.773	ENSMODG00000013951	-	100	87.773	Monodelphis_domestica
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	78.189	ENSMALG00000010706	syf2	100	78.189	Monopterus_albus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	100.000	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	100	100.000	Mus_caroli
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	100.000	ENSMUSG00000028821	Syf2	100	100.000	Mus_musculus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	100.000	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	100	100.000	Mus_pahari
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	100.000	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	100	100.000	Mus_spretus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	89.837	ENSMPUG00000015801	-	100	89.837	Mustela_putorius_furo
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	90.164	ENSMPUG00000015802	-	99	90.984	Mustela_putorius_furo
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	89.583	ENSMLUG00000001885	SYF2	98	89.583	Myotis_lucifugus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	93.496	ENSNGAG00000007912	Syf2	100	93.496	Nannospalax_galili
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	70.732	ENSNBRG00000010720	syf2	100	71.130	Neolamprologus_brichardi
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.358	ENSNLEG00000035185	SYF2	100	91.770	Nomascus_leucogenys
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	92.181	ENSOPRG00000012870	SYF2	100	92.181	Ochotona_princeps
ENSRNOG00000060597	Syf2	98	91.102	ENSODEG00000017664	-	98	91.102	Octodon_degus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	79.918	ENSODEG00000014338	-	99	81.013	Octodon_degus
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	81.982	ENSONIG00000008213	syf2	100	78.099	Oreochromis_niloticus
ENSRNOG00000060597	Syf2	83	90.099	ENSOANG00000009552	SYF2	100	90.099	Ornithorhynchus_anatinus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	92.623	ENSOCUG00000013050	SYF2	100	93.033	Oryctolagus_cuniculus
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	82.432	ENSORLG00000028820	syf2	95	82.432	Oryzias_latipes
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	82.432	ENSORLG00020018333	syf2	94	82.432	Oryzias_latipes_hni
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	83.486	ENSORLG00015014665	syf2	92	83.486	Oryzias_latipes_hsok
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	83.333	ENSOMEG00000013911	syf2	93	83.333	Oryzias_melastigma
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	93.033	ENSOGAG00000009962	SYF2	100	93.033	Otolemur_garnettii
ENSRNOG00000060597	Syf2	81	65.128	ENSOARG00000006269	-	100	65.128	Ovis_aries
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	91.837	ENSOARG00000006348	-	99	91.837	Ovis_aries
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSPPAG00000036579	SYF2	100	91.358	Pan_paniscus
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	91.393	ENSPPRG00000001651	-	99	91.393	Panthera_pardus
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	90.574	ENSPPRG00000001638	-	99	90.574	Panthera_pardus
ENSRNOG00000060597	Syf2	89	96.296	ENSPTIG00000005711	-	81	95.067	Panthera_tigris_altaica
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	91.393	ENSPTIG00000007036	-	99	91.393	Panthera_tigris_altaica
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSPTRG00000000352	SYF2	100	91.358	Pan_troglodytes
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSPANG00000008139	SYF2	100	90.947	Papio_anubis
ENSRNOG00000060597	Syf2	96	80.342	ENSPKIG00000008130	syf2	99	80.342	Paramormyrops_kingsleyae
ENSRNOG00000060597	Syf2	94	86.404	ENSPSIG00000011816	SYF2	89	86.404	Pelodiscus_sinensis
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	82.511	ENSPMGG00000008755	syf2	87	82.511	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	97.521	ENSPEMG00000008283	Syf2	100	97.521	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	91.928	ENSPCIG00000014235	SYF2	92	91.266	Phascolarctos_cinereus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	76.033	ENSPFOG00000004116	syf2	100	76.033	Poecilia_formosa
ENSRNOG00000060597	Syf2	96	78.541	ENSPLAG00000006691	syf2	99	78.541	Poecilia_latipinna
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	74.689	ENSPMEG00000011684	syf2	99	74.689	Poecilia_mexicana
ENSRNOG00000060597	Syf2	89	82.870	ENSPREG00000003009	syf2	100	76.446	Poecilia_reticulata
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.770	ENSPPYG00000001713	SYF2	100	91.770	Pongo_abelii
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	63.374	ENSPCOG00000027011	SYF2	100	62.963	Propithecus_coquereli
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	79.012	ENSPVAG00000005841	SYF2	99	79.012	Pteropus_vampyrus
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	81.982	ENSPNYG00000004979	syf2	100	78.099	Pundamilia_nyererei
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	81.818	ENSPNAG00000015570	syf2	100	81.818	Pygocentrus_nattereri
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	89.300	ENSRBIG00000042970	SYF2	100	89.300	Rhinopithecus_bieti
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	90.947	ENSRROG00000001347	SYF2	100	90.947	Rhinopithecus_roxellana
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.358	ENSSBOG00000020184	SYF2	100	91.358	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSRNOG00000060597	Syf2	85	91.262	ENSSHAG00000007152	-	100	91.262	Sarcophilus_harrisii
ENSRNOG00000060597	Syf2	93	90.749	ENSSHAG00000015630	-	91	90.749	Sarcophilus_harrisii
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	80.247	ENSSFOG00015023647	syf2	100	80.247	Scleropages_formosus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	76.860	ENSSMAG00000009867	syf2	100	76.860	Scophthalmus_maximus
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	84.404	ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.099	Seriola_dumerili
ENSRNOG00000060597	Syf2	90	84.404	ENSSLDG00000012677	syf2	100	78.099	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	72.951	ENSSARG00000012889	SYF2	100	72.951	Sorex_araneus
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	87.892	ENSSPUG00000005251	SYF2	88	87.892	Sphenodon_punctatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	78.926	ENSSPAG00000009626	syf2	100	78.926	Stegastes_partitus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.837	ENSSSCG00000037481	SYF2	100	91.837	Sus_scrofa
ENSRNOG00000060597	Syf2	62	59.603	ENSTGUG00000001126	SYF2	86	59.302	Taeniopygia_guttata
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	76.446	ENSTRUG00000001499	syf2	89	81.532	Takifugu_rubripes
ENSRNOG00000060597	Syf2	92	80.269	ENSTNIG00000016912	syf2	100	80.269	Tetraodon_nigroviridis
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	70.370	ENSTBEG00000017370	SYF2	99	69.959	Tupaia_belangeri
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.803	ENSTTRG00000003550	SYF2	100	91.803	Tursiops_truncatus
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	89.754	ENSUAMG00000002897	SYF2	99	89.754	Ursus_americanus
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	88.934	ENSUMAG00000013108	SYF2	99	90.164	Ursus_maritimus
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	91.393	ENSVPAG00000005705	SYF2	100	91.393	Vicugna_pacos
ENSRNOG00000060597	Syf2	100	87.500	ENSVVUG00000027181	-	100	87.500	Vulpes_vulpes
ENSRNOG00000060597	Syf2	99	89.344	ENSVVUG00000027175	-	99	89.344	Vulpes_vulpes
ENSRNOG00000060597	Syf2	98	81.092	ENSXETG00000022797	syf2	96	81.092	Xenopus_tropicalis
ENSRNOG00000060597	Syf2	89	82.791	ENSXMAG00000022698	syf2	100	76.033	Xiphophorus_maculatus

Gene Ontology

Go ID	Go_term	PubmedID	Evidence	Category
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	-	ISO	Process
GO:0000398	mRNA splicing, via spliceosome	-	ISS	Process
GO:0000974	Prp19 complex	21873635.	IBA	Component
GO:0001701	in utero embryonic development	-	IEA	Process
GO:0001701	in utero embryonic development	-	ISO	Process
GO:0003674	molecular_function	-	ND	Function
GO:0005634	nucleus	24301298.	IDA	Component
GO:0005634	nucleus	-	ISO	Component
GO:0007095	mitotic G2 DNA damage checkpoint	-	IEA	Process
GO:0007095	mitotic G2 DNA damage checkpoint	-	ISO	Process
GO:0007369	gastrulation	-	IEA	Process
GO:0007369	gastrulation	-	ISO	Process
GO:0008284	positive regulation of cell proliferation	24301298.	IMP	Process
GO:0016607	nuclear speck	-	IEA	Component
GO:0016607	nuclear speck	-	ISO	Component
GO:0048568	embryonic organ development	-	IEA	Process
GO:0048568	embryonic organ development	-	ISO	Process
GO:0071007	U2-type catalytic step 2 spliceosome	-	ISO	Component
GO:0071007	U2-type catalytic step 2 spliceosome	-	ISS	Component
GO:0071013	catalytic step 2 spliceosome	21873635.	IBA	Component
GO:0071013	catalytic step 2 spliceosome	-	ISO	Component
GO:0071014	post-mRNA release spliceosomal complex	21873635.	IBA	Component