EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSDUG00000013072 (Gene tree)
Gene ID: 111225387
Gene Symbol: syf2
Alias: hm:zeh0031|zeh0031|zgc:113871|zgc:92835
Full Name: SYF2 pre-mRNA splicing factor
Gene Type: protein_coding
Species: Seriola_dumerili
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 8063 bases
Position: chrBDQW01000149.1:16446888-16454950
Accession: 111225387
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSDUP00000017885	SYF2	PF08231.12	4.1e-54	1	1
ENSSDUP00000017896	SYF2	PF08231.12	4.2e-54	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSDUT00000018211	-	3294	XM_022750219	ENSSDUP00000017885	238 (aa)	XP_022605940	UPI000BBED14C
ENSSDUT00000018223	-	3295	-	ENSSDUP00000017896	240 (aa)	-	-

Gene Model

Click here to download ENSSDUG00000013072's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
sdu03040	Spliceosome	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSSDUG00000013072's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSG00000117614	SYF2	90	83.028	Homo_sapiens
ENSSDUG00000013072	syf2	100	92.857	ENSAPOG00000001174	syf2	100	92.857	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	82.110	ENSAMEG00000010115	-	90	82.110	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSDUG00000013072	syf2	82	83.590	ENSAMEG00000010134	-	100	83.590	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSDUG00000013072	syf2	97	90.000	ENSACIG00000023688	syf2	87	93.119	Amphilophus_citrinellus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	92.017	ENSAOCG00000022046	syf2	93	94.954	Amphiprion_ocellaris
ENSSDUG00000013072	syf2	93	91.403	ENSAOCG00000010912	syf2	69	91.403	Amphiprion_ocellaris
ENSSDUG00000013072	syf2	100	92.017	ENSAPEG00000018858	syf2	92	92.017	Amphiprion_percula
ENSSDUG00000013072	syf2	91	93.548	ENSATEG00000007745	syf2	100	92.017	Anabas_testudineus
ENSSDUG00000013072	syf2	84	84.000	ENSAPLG00000016435	SYF2	99	84.000	Anas_platyrhynchos
ENSSDUG00000013072	syf2	86	82.843	ENSACAG00000013653	-	100	82.843	Anolis_carolinensis
ENSSDUG00000013072	syf2	70	69.461	ENSACAG00000026777	-	100	69.461	Anolis_carolinensis
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.796	ENSANAG00000032473	SYF2	90	83.486	Aotus_nancymaae
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.916	ENSACLG00000019916	syf2	100	89.916	Astatotilapia_calliptera
ENSSDUG00000013072	syf2	100	84.874	ENSAMXG00000004051	syf2	100	84.874	Astyanax_mexicanus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.486	ENSBTAG00000001651	SYF2	92	83.486	Bos_taurus
ENSSDUG00000013072	syf2	87	53.810	WBGene00019402	syf-2	89	53.333	Caenorhabditis_elegans
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.796	ENSCJAG00000046570	SYF2	90	83.486	Callithrix_jacchus
ENSSDUG00000013072	syf2	91	82.407	ENSCAFG00000012895	-	89	82.110	Canis_familiaris
ENSSDUG00000013072	syf2	92	76.364	ENSCAFG00000030331	-	96	76.712	Canis_familiaris
ENSSDUG00000013072	syf2	91	82.407	ENSCAFG00020021091	-	89	82.110	Canis_lupus_dingo
ENSSDUG00000013072	syf2	76	74.725	ENSCAFG00020021094	-	95	74.725	Canis_lupus_dingo
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.028	ENSCHIG00000020874	SYF2	90	83.028	Capra_hircus
ENSSDUG00000013072	syf2	99	77.917	ENSTSYG00000005114	SYF2	99	77.500	Carlito_syrichta
ENSSDUG00000013072	syf2	83	83.333	ENSCAPG00000010006	SYF2	100	83.333	Cavia_aperea
ENSSDUG00000013072	syf2	100	77.049	ENSCPOG00000005326	SYF2	89	83.486	Cavia_porcellus
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.796	ENSCCAG00000022459	SYF2	90	83.486	Cebus_capucinus
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.059	ENSCATG00000026917	SYF2	90	82.569	Cercocebus_atys
ENSSDUG00000013072	syf2	100	77.049	ENSCLAG00000008474	SYF2	89	83.486	Chinchilla_lanigera
ENSSDUG00000013072	syf2	92	82.569	ENSCSAG00000000948	SYF2	90	82.569	Chlorocebus_sabaeus
ENSSDUG00000013072	syf2	72	63.218	ENSCHOG00000005273	-	89	65.031	Choloepus_hoffmanni
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.945	ENSCPBG00000025073	SYF2	88	83.945	Chrysemys_picta_bellii
ENSSDUG00000013072	syf2	89	56.338	ENSCING00000003017	-	89	56.808	Ciona_intestinalis
ENSSDUG00000013072	syf2	89	51.174	ENSCSAVG00000006627	-	97	51.174	Ciona_savignyi
ENSSDUG00000013072	syf2	98	68.354	ENSCANG00000037322	SYF2	97	68.067	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSDUG00000013072	syf2	99	78.243	ENSCGRG00001020733	Syf2	90	83.028	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSDUG00000013072	syf2	82	83.673	ENSCGRG00000005095	Syf2	96	83.838	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSDUG00000013072	syf2	92	90.411	ENSCSEG00000000117	syf2	92	90.411	Cynoglossus_semilaevis
ENSSDUG00000013072	syf2	93	91.441	ENSCVAG00000019543	syf2	100	88.703	Cyprinodon_variegatus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	86.134	ENSDARG00000004706	syf2	100	86.134	Danio_rerio
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.903	ENSDNOG00000047605	SYF2	89	83.028	Dasypus_novemcinctus
ENSSDUG00000013072	syf2	99	78.423	ENSDORG00000001274	Syf2	89	83.486	Dipodomys_ordii
ENSSDUG00000013072	syf2	94	55.752	FBgn0033556	CG12343	97	55.909	Drosophila_melanogaster
ENSSDUG00000013072	syf2	94	65.471	ENSETEG00000015729	SYF2	89	68.627	Echinops_telfairi
ENSSDUG00000013072	syf2	88	57.416	ENSEBUG00000015402	syf2	95	58.883	Eptatretus_burgeri
ENSSDUG00000013072	syf2	92	73.394	ENSEASG00005004232	-	100	67.769	Equus_asinus_asinus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.945	ENSEASG00005004224	-	89	83.945	Equus_asinus_asinus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.945	ENSECAG00000010440	-	91	83.945	Equus_caballus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.486	ENSECAG00000012023	-	89	83.486	Equus_caballus
ENSSDUG00000013072	syf2	73	67.797	ENSEEUG00000015084	SYF2	86	72.611	Erinaceus_europaeus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	86.134	ENSELUG00000003465	syf2	99	86.134	Esox_lucius
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.945	ENSFCAG00000010324	-	75	83.945	Felis_catus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	82.569	ENSFCAG00000043095	-	89	82.569	Felis_catus
ENSSDUG00000013072	syf2	86	80.882	ENSFALG00000000460	SYF2	89	80.275	Ficedula_albicollis
ENSSDUG00000013072	syf2	100	77.778	ENSFDAG00000008310	SYF2	90	83.028	Fukomys_damarensis
ENSSDUG00000013072	syf2	95	77.434	ENSFHEG00000007238	syf2	97	77.626	Fundulus_heteroclitus
ENSSDUG00000013072	syf2	90	90.698	ENSGMOG00000019138	syf2	96	90.698	Gadus_morhua
ENSSDUG00000013072	syf2	94	81.614	ENSGALG00000013639	SYF2	87	83.486	Gallus_gallus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	87.815	ENSGAFG00000019435	syf2	100	87.815	Gambusia_affinis
ENSSDUG00000013072	syf2	100	86.611	ENSGACG00000007305	syf2	100	88.285	Gasterosteus_aculeatus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.945	ENSGAGG00000010670	SYF2	88	83.945	Gopherus_agassizii
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSGGOG00000012796	SYF2	90	83.028	Gorilla_gorilla
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.496	ENSHBUG00000020477	syf2	100	89.496	Haplochromis_burtoni
ENSSDUG00000013072	syf2	92	72.936	ENSHGLG00000004304	-	100	68.487	Heterocephalus_glaber_female
ENSSDUG00000013072	syf2	100	76.639	ENSHGLG00000014393	SYF2	89	83.028	Heterocephalus_glaber_female
ENSSDUG00000013072	syf2	100	76.639	ENSHGLG00100014722	SYF2	89	83.028	Heterocephalus_glaber_male
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.496	ENSHCOG00000012904	syf2	78	89.496	Hippocampus_comes
ENSSDUG00000013072	syf2	100	84.100	ENSIPUG00000019859	syf2	100	82.773	Ictalurus_punctatus
ENSSDUG00000013072	syf2	61	78.082	ENSSTOG00000023984	SYF2	100	78.082	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSDUG00000013072	syf2	84	83.920	ENSJJAG00000013301	Syf2	94	83.920	Jaculus_jaculus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.916	ENSKMAG00000013856	syf2	100	89.496	Kryptolebias_marmoratus
ENSSDUG00000013072	syf2	91	94.931	ENSLBEG00000014425	syf2	100	92.857	Labrus_bergylta
ENSSDUG00000013072	syf2	99	77.311	ENSLACG00000012064	SYF2	99	77.637	Latimeria_chalumnae
ENSSDUG00000013072	syf2	100	83.613	ENSLOCG00000002728	syf2	95	83.613	Lepisosteus_oculatus
ENSSDUG00000013072	syf2	99	77.686	ENSLAFG00000023150	-	89	83.486	Loxodonta_africana
ENSSDUG00000013072	syf2	77	53.804	ENSLAFG00000030814	-	100	53.804	Loxodonta_africana
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.059	ENSMFAG00000041831	SYF2	90	82.569	Macaca_fascicularis
ENSSDUG00000013072	syf2	91	82.870	ENSMMUG00000002968	SYF2	90	82.569	Macaca_mulatta
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.059	ENSMNEG00000030180	SYF2	90	82.569	Macaca_nemestrina
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.059	ENSMLEG00000030248	SYF2	90	82.569	Mandrillus_leucophaeus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	91.597	ENSMAMG00000010403	syf2	98	91.597	Mastacembelus_armatus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.916	ENSMZEG00005006429	syf2	100	89.916	Maylandia_zebra
ENSSDUG00000013072	syf2	84	83.920	ENSMGAG00000002019	SYF2	100	83.920	Meleagris_gallopavo
ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.279	ENSMAUG00000018974	Syf2	90	84.404	Mesocricetus_auratus
ENSSDUG00000013072	syf2	84	83.920	ENSMICG00000016191	SYF2	100	83.920	Microcebus_murinus
ENSSDUG00000013072	syf2	99	79.079	ENSMOCG00000022938	Syf2	90	83.945	Microtus_ochrogaster
ENSSDUG00000013072	syf2	95	90.749	ENSMMOG00000002396	syf2	91	92.661	Mola_mola
ENSSDUG00000013072	syf2	92	78.636	ENSMODG00000013951	-	96	78.636	Monodelphis_domestica
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.212	ENSMALG00000010706	syf2	100	88.797	Monopterus_albus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.099	MGP_CAROLIEiJ_G0026633	Syf2	90	84.404	Mus_caroli
ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.099	ENSMUSG00000028821	Syf2	90	84.404	Mus_musculus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.099	MGP_PahariEiJ_G0028966	Syf2	90	84.404	Mus_pahari
ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.099	MGP_SPRETEiJ_G0027613	Syf2	90	84.404	Mus_spretus
ENSSDUG00000013072	syf2	91	82.407	ENSMPUG00000015802	-	89	82.110	Mustela_putorius_furo
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.028	ENSMPUG00000015801	-	89	83.028	Mustela_putorius_furo
ENSSDUG00000013072	syf2	99	77.500	ENSMLUG00000001885	SYF2	98	76.151	Myotis_lucifugus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	76.016	ENSNGAG00000007912	Syf2	89	83.028	Nannospalax_galili
ENSSDUG00000013072	syf2	100	80.579	ENSNBRG00000010720	syf2	99	80.579	Neolamprologus_brichardi
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSNLEG00000035185	SYF2	90	83.028	Nomascus_leucogenys
ENSSDUG00000013072	syf2	100	76.132	ENSOPRG00000012870	SYF2	100	75.720	Ochotona_princeps
ENSSDUG00000013072	syf2	99	68.465	ENSODEG00000014338	-	90	73.394	Octodon_degus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	76.132	ENSODEG00000017664	-	92	82.110	Octodon_degus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	90.336	ENSONIG00000008213	syf2	100	90.336	Oreochromis_niloticus
ENSSDUG00000013072	syf2	85	82.673	ENSOANG00000009552	SYF2	100	82.673	Ornithorhynchus_anatinus
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.796	ENSOCUG00000013050	SYF2	100	77.049	Oryctolagus_cuniculus
ENSSDUG00000013072	syf2	98	89.270	ENSORLG00000028820	syf2	94	93.119	Oryzias_latipes
ENSSDUG00000013072	syf2	100	87.815	ENSORLG00020018333	syf2	92	93.119	Oryzias_latipes_hni
ENSSDUG00000013072	syf2	100	87.815	ENSORLG00015014665	syf2	92	93.119	Oryzias_latipes_hsok
ENSSDUG00000013072	syf2	100	90.336	ENSOMEG00000013911	syf2	100	90.336	Oryzias_melastigma
ENSSDUG00000013072	syf2	98	81.116	ENSOGAG00000009962	SYF2	89	83.945	Otolemur_garnettii
ENSSDUG00000013072	syf2	82	56.923	ENSOARG00000006269	-	100	56.923	Ovis_aries
ENSSDUG00000013072	syf2	92	82.273	ENSOARG00000006348	-	89	82.273	Ovis_aries
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSPPAG00000036579	SYF2	90	83.028	Pan_paniscus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.945	ENSPPRG00000001638	-	89	83.945	Panthera_pardus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	82.569	ENSPPRG00000001651	-	89	82.569	Panthera_pardus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	76.033	ENSPTIG00000007036	-	89	82.569	Panthera_tigris_altaica
ENSSDUG00000013072	syf2	91	84.259	ENSPTIG00000005711	-	80	84.018	Panthera_tigris_altaica
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSPTRG00000000352	SYF2	90	83.028	Pan_troglodytes
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.059	ENSPANG00000008139	SYF2	90	82.569	Papio_anubis
ENSSDUG00000013072	syf2	100	83.613	ENSPKIG00000008130	syf2	93	88.128	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSDUG00000013072	syf2	99	78.481	ENSPSIG00000011816	SYF2	85	82.569	Pelodiscus_sinensis
ENSSDUG00000013072	syf2	98	89.270	ENSPMGG00000008755	syf2	85	94.037	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	77.459	ENSPEMG00000008283	Syf2	90	83.486	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.028	ENSPCIG00000014235	SYF2	87	83.028	Phascolarctos_cinereus
ENSSDUG00000013072	syf2	97	89.565	ENSPFOG00000004116	syf2	90	91.743	Poecilia_formosa
ENSSDUG00000013072	syf2	98	88.412	ENSPLAG00000006691	syf2	94	91.284	Poecilia_latipinna
ENSSDUG00000013072	syf2	100	85.294	ENSPMEG00000011684	syf2	100	85.294	Poecilia_mexicana
ENSSDUG00000013072	syf2	100	88.235	ENSPREG00000003009	syf2	100	88.235	Poecilia_reticulata
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.028	ENSPPYG00000001713	SYF2	90	83.028	Pongo_abelii
ENSSDUG00000013072	syf2	92	56.422	ENSPCOG00000027011	SYF2	85	56.422	Propithecus_coquereli
ENSSDUG00000013072	syf2	99	67.901	ENSPVAG00000005841	SYF2	89	73.272	Pteropus_vampyrus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.916	ENSPNYG00000004979	syf2	100	89.916	Pundamilia_nyererei
ENSSDUG00000013072	syf2	100	85.294	ENSPNAG00000015570	syf2	100	85.294	Pygocentrus_nattereri
ENSSDUG00000013072	syf2	100	78.099	ENSRNOG00000060597	Syf2	90	84.404	Rattus_norvegicus
ENSSDUG00000013072	syf2	98	75.949	ENSRBIG00000042970	SYF2	90	80.275	Rhinopithecus_bieti
ENSSDUG00000013072	syf2	98	78.059	ENSRROG00000001347	SYF2	90	82.569	Rhinopithecus_roxellana
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSSBOG00000020184	SYF2	90	83.028	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSSDUG00000013072	syf2	86	82.524	ENSSHAG00000007152	-	100	82.524	Sarcophilus_harrisii
ENSSDUG00000013072	syf2	92	81.651	ENSSHAG00000015630	-	88	81.651	Sarcophilus_harrisii
ENSSDUG00000013072	syf2	100	83.613	ENSSFOG00015023647	syf2	92	88.584	Scleropages_formosus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	89.916	ENSSMAG00000009867	syf2	100	89.916	Scophthalmus_maximus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	100.000	ENSSLDG00000012677	syf2	100	100.000	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSSDUG00000013072	syf2	100	59.836	ENSSARG00000012889	SYF2	89	63.761	Sorex_araneus
ENSSDUG00000013072	syf2	98	79.747	ENSSPUG00000005251	SYF2	86	83.945	Sphenodon_punctatus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	93.697	ENSSPAG00000009626	syf2	100	93.697	Stegastes_partitus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	83.028	ENSSSCG00000037481	SYF2	89	83.028	Sus_scrofa
ENSSDUG00000013072	syf2	63	54.305	ENSTGUG00000001126	SYF2	81	55.758	Taeniopygia_guttata
ENSSDUG00000013072	syf2	100	85.417	ENSTRUG00000001499	syf2	88	90.367	Takifugu_rubripes
ENSSDUG00000013072	syf2	94	88.341	ENSTNIG00000016912	syf2	98	89.498	Tetraodon_nigroviridis
ENSSDUG00000013072	syf2	100	56.379	ENSTBEG00000017370	SYF2	87	60.550	Tupaia_belangeri
ENSSDUG00000013072	syf2	91	83.333	ENSTTRG00000003550	SYF2	89	83.028	Tursiops_truncatus
ENSSDUG00000013072	syf2	100	75.934	ENSUAMG00000002897	SYF2	89	82.110	Ursus_americanus
ENSSDUG00000013072	syf2	91	81.944	ENSUMAG00000013108	SYF2	89	81.651	Ursus_maritimus
ENSSDUG00000013072	syf2	92	82.569	ENSVPAG00000005705	SYF2	89	82.569	Vicugna_pacos
ENSSDUG00000013072	syf2	86	82.927	ENSVVUG00000027181	-	88	82.110	Vulpes_vulpes
ENSSDUG00000013072	syf2	91	82.407	ENSVVUG00000027175	-	89	82.110	Vulpes_vulpes
ENSSDUG00000013072	syf2	98	76.068	ENSXETG00000022797	syf2	88	80.734	Xenopus_tropicalis
ENSSDUG00000013072	syf2	100	87.815	ENSXMAG00000022698	syf2	100	87.815	Xiphophorus_maculatus