EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Paralogs

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSDUG00000019977 (Gene tree)
Gene ID: 111223163
Gene Symbol: skiv2l
Alias: fb70b07|wu:fb70b07
Full Name: Ski2 like RNA helicase
Gene Type: protein_coding
Species: Seriola_dumerili
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 16646 bases
Position: chrBDQW01000110.1:10849040-10865685
Accession: 111223163
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSDUP00000027687	rRNA_proc-arch	PF13234.6	2.4e-28	1	1
ENSSDUP00000027735	rRNA_proc-arch	PF13234.6	4.2e-25	1	1
ENSSDUP00000027735	DEAD	PF00270.29	2.9e-16	1	1
ENSSDUP00000027687	DEAD	PF00270.29	3.1e-16	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSDUT00000028173	-	3990	XM_022747199	ENSSDUP00000027687	1244 (aa)	XP_022602920	UPI000BBE754D
ENSSDUT00000028221	-	3546	-	ENSSDUP00000027735	1181 (aa)	-	-

Gene Model

Click here to download ENSSDUG00000019977's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
sdu03018	RNA degradation	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSSDUG00000019977's network

Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSDUG00000019977	skiv2l	79	35.487	ENSSDUG00000023789	mtrex	92	35.501

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.557	ENSG00000204351	SKIV2L	99	61.362	Homo_sapiens
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.997	ENSAPOG00000008257	skiv2l	100	90.997	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.156	ENSAMEG00000002078	SKIV2L	99	61.203	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	88.655	ENSACIG00000016719	skiv2l	100	88.655	Amphilophus_citrinellus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	91.720	ENSAOCG00000017352	skiv2l	100	91.720	Amphiprion_ocellaris
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	91.479	ENSAPEG00000001055	skiv2l	100	91.479	Amphiprion_percula
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	92.691	ENSATEG00000007601	skiv2l	100	92.691	Anabas_testudineus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	97	68.519	ENSACAG00000011746	SKIV2L	99	63.565	Anolis_carolinensis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.828	ENSANAG00000037992	SKIV2L	99	61.630	Aotus_nancymaae
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.361	ENSACLG00000006886	skiv2l	100	90.361	Astatotilapia_calliptera
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	82.960	ENSAMXG00000011517	skiv2l	100	83.120	Astyanax_mexicanus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.156	ENSBTAG00000005587	SKIV2L	99	61.203	Bos_taurus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	95	40.625	WBGene00008502	skih-2	99	40.625	Caenorhabditis_elegans
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.878	ENSCJAG00000002263	SKIV2L	99	61.679	Callithrix_jacchus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.316	ENSCAFG00000000679	SKIV2L	99	61.283	Canis_familiaris
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.316	ENSCAFG00020000948	SKIV2L	99	61.283	Canis_lupus_dingo
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.477	ENSCHIG00000012897	SKIV2L	99	61.520	Capra_hircus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.365	ENSTSYG00000012133	SKIV2L	99	61.173	Carlito_syrichta
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.290	ENSCPOG00000001307	SKIV2L	99	60.828	Cavia_porcellus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.798	ENSCCAG00000026206	SKIV2L	99	61.599	Cebus_capucinus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.285	ENSCATG00000036901	SKIV2L	99	61.270	Cercocebus_atys
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.637	ENSCLAG00000007678	SKIV2L	99	61.441	Chinchilla_lanigera
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.687	ENSCSAG00000008988	SKIV2L	99	61.587	Chlorocebus_sabaeus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	83	69.207	ENSCPBG00000000343	SKIV2L	89	70.142	Chrysemys_picta_bellii
ENSSDUG00000019977	skiv2l	93	50.555	ENSCING00000005576	-	99	50.555	Ciona_intestinalis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.446	ENSCANG00000039709	SKIV2L	100	61.098	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.625	ENSCGRG00001008385	Skiv2l	99	61.349	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	88.254	ENSCSEG00000011326	skiv2l	99	88.254	Cynoglossus_semilaevis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	89.807	ENSCVAG00000003072	skiv2l	100	89.879	Cyprinodon_variegatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	84.652	ENSDARG00000062206	skiv2l	100	84.652	Danio_rerio
ENSSDUG00000019977	skiv2l	92	65.212	ENSDNOG00000037590	SKIV2L	99	58.034	Dasypus_novemcinctus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	93	45.151	FBgn0039117	tst	97	45.196	Drosophila_melanogaster
ENSSDUG00000019977	skiv2l	71	74.684	ENSETEG00000009522	SKIV2L	69	74.684	Echinops_telfairi
ENSSDUG00000019977	skiv2l	91	55.469	ENSEBUG00000013680	-	98	54.880	Eptatretus_burgeri
ENSSDUG00000019977	skiv2l	92	62.618	ENSEASG00005015534	SKIV2L	99	62.874	Equus_asinus_asinus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	93	61.323	ENSECAG00000021823	SKIV2L	95	61.455	Equus_caballus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	54	75.099	ENSEEUG00000005049	SKIV2L	57	75.099	Erinaceus_europaeus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	85.942	ENSELUG00000000181	skiv2l	100	85.851	Esox_lucius
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.477	ENSFCAG00000004519	SKIV2L	99	61.441	Felis_catus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	95	66.183	ENSFDAG00000009438	SKIV2L	99	60.143	Fukomys_damarensis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	89.888	ENSFHEG00000008853	skiv2l	100	89.888	Fundulus_heteroclitus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	82.528	ENSGMOG00000005926	skiv2l	99	82.528	Gadus_morhua
ENSSDUG00000019977	skiv2l	79	57.664	ENSGALG00000035499	SKIV2L	98	57.423	Gallus_gallus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.369	ENSGAFG00000002382	skiv2l	100	90.369	Gambusia_affinis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	89.448	ENSGACG00000002927	skiv2l	99	89.448	Gasterosteus_aculeatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.637	ENSGGOG00000002270	SKIV2L	99	61.441	Gorilla_gorilla
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.361	ENSHBUG00000000726	skiv2l	100	90.361	Haplochromis_burtoni
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.187	ENSHGLG00000016596	SKIV2L	99	61.058	Heterocephalus_glaber_female
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	59.503	ENSHGLG00100014161	SKIV2L	99	59.355	Heterocephalus_glaber_male
ENSSDUG00000019977	skiv2l	98	85.959	ENSHCOG00000007191	skiv2l	100	85.959	Hippocampus_comes
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	82.706	ENSIPUG00000016263	skiv2l	100	83.076	Ictalurus_punctatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.094	ENSSTOG00000014596	SKIV2L	99	61.331	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	56	62.245	ENSLACG00000002986	-	60	62.245	Latimeria_chalumnae
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.736	ENSLAFG00000014231	SKIV2L	99	61.679	Loxodonta_africana
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.526	ENSMFAG00000034235	SKIV2L	99	61.508	Macaca_fascicularis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.526	ENSMMUG00000000736	SKIV2L	99	61.538	Macaca_mulatta
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.526	ENSMNEG00000044474	SKIV2L	99	61.464	Macaca_nemestrina
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.285	ENSMLEG00000030512	SKIV2L	99	61.270	Mandrillus_leucophaeus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	93.018	ENSMAMG00000002927	skiv2l	100	93.018	Mastacembelus_armatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.281	ENSMZEG00005026415	skiv2l	100	90.281	Maylandia_zebra
ENSSDUG00000019977	skiv2l	55	72.269	ENSMGAG00000001320	SKIV2L	84	72.269	Meleagris_gallopavo
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.736	ENSMAUG00000018613	Skiv2l	99	61.459	Mesocricetus_auratus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.446	ENSMICG00000046331	SKIV2L	99	61.520	Microcebus_murinus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	60.611	ENSMOCG00000014240	Skiv2l	99	60.349	Microtus_ochrogaster
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	89.958	ENSMMOG00000014547	skiv2l	99	89.958	Mola_mola
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	62.282	ENSMODG00000015052	SKIV2L	99	62.520	Monodelphis_domestica
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	85.931	ENSMALG00000010535	skiv2l	99	85.931	Monopterus_albus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.656	MGP_CAROLIEiJ_G0021477	Skiv2l	99	61.380	Mus_caroli
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.384	ENSMUSG00000040356	Skiv2l	99	61.459	Mus_musculus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.625	MGP_PahariEiJ_G0020472	Skiv2l	99	61.697	Mus_pahari
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.223	MGP_SPRETEiJ_G0022382	Skiv2l	99	61.301	Mus_spretus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.169	ENSMPUG00000010567	SKIV2L	99	61.124	Mustela_putorius_furo
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.156	ENSMLUG00000000628	SKIV2L	99	60.966	Myotis_lucifugus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	87.718	ENSNBRG00000018650	skiv2l	99	87.718	Neolamprologus_brichardi
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	60.838	ENSNLEG00000006451	SKIV2L	100	60.686	Nomascus_leucogenys
ENSSDUG00000019977	skiv2l	74	69.527	ENSMEUG00000006072	SKIV2L	78	62.832	Notamacropus_eugenii
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	60.964	ENSOPRG00000003972	SKIV2L	99	61.094	Ochotona_princeps
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.446	ENSODEG00000017516	SKIV2L	99	61.410	Octodon_degus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.522	ENSONIG00000013500	skiv2l	100	90.522	Oreochromis_niloticus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.847	ENSOCUG00000007019	SKIV2L	99	61.807	Oryctolagus_cuniculus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	88.292	ENSORLG00000002021	skiv2l	100	88.292	Oryzias_latipes
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	88.132	ENSORLG00020009462	skiv2l	100	88.132	Oryzias_latipes_hni
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	88.051	ENSORLG00015016750	skiv2l	100	88.051	Oryzias_latipes_hsok
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	88.283	ENSOMEG00000008531	skiv2l	100	88.283	Oryzias_melastigma
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.089	ENSOGAG00000009578	SKIV2L	99	60.900	Otolemur_garnettii
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	58.006	ENSOARG00000002411	-	99	58.095	Ovis_aries
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.053	ENSPPAG00000040211	SKIV2L	100	60.979	Pan_paniscus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.637	ENSPPRG00000005017	SKIV2L	99	61.599	Panthera_pardus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.236	ENSPTIG00000021656	SKIV2L	99	61.203	Panthera_tigris_altaica
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.637	ENSPTRG00000017997	SKIV2L	99	61.441	Pan_troglodytes
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	60.432	ENSPANG00000011501	SKIV2L	100	60.539	Papio_anubis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	79.236	ENSPKIG00000011876	skiv2l	100	79.236	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	86.722	ENSPMGG00000019707	skiv2l	99	87.241	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.384	ENSPEMG00000019001	Skiv2l	99	61.349	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	62.074	ENSPCIG00000018792	SKIV2L	99	62.312	Phascolarctos_cinereus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.048	ENSPFOG00000002424	skiv2l	100	90.048	Poecilia_formosa
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	89.807	ENSPLAG00000018304	skiv2l	100	89.807	Poecilia_latipinna
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	90.048	ENSPMEG00000006997	skiv2l	100	90.048	Poecilia_mexicana
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	88.608	ENSPREG00000002277	skiv2l	99	88.608	Poecilia_reticulata
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.236	ENSPPYG00000016472	SKIV2L	99	61.045	Pongo_abelii
ENSSDUG00000019977	skiv2l	78	68.478	ENSPCAG00000004178	SKIV2L	76	68.478	Procavia_capensis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.606	ENSPCOG00000010308	SKIV2L	99	61.758	Propithecus_coquereli
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.477	ENSPVAG00000005136	SKIV2L	99	61.380	Pteropus_vampyrus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	88.270	ENSPNYG00000017853	skiv2l	99	90.031	Pundamilia_nyererei
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	84.565	ENSPNAG00000011823	skiv2l	100	84.122	Pygocentrus_nattereri
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.637	ENSRNOG00000000421	Skiv2l	99	61.362	Rattus_norvegicus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	60.255	ENSRBIG00000035485	SKIV2L	100	60.128	Rhinopithecus_bieti
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.446	ENSRROG00000036429	SKIV2L	99	61.429	Rhinopithecus_roxellana
ENSSDUG00000019977	skiv2l	98	38.628	YLR398C	-	96	38.106	Saccharomyces_cerevisiae
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.878	ENSSBOG00000027920	SKIV2L	99	61.679	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	96	68.116	ENSSHAG00000008963	SKIV2L	99	61.094	Sarcophilus_harrisii
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	82.231	ENSSFOG00015016930	skiv2l	100	82.231	Scleropages_formosus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	91.814	ENSSMAG00000020185	skiv2l	100	91.822	Scophthalmus_maximus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	96.447	ENSSLDG00000024382	skiv2l	100	96.447	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	98	65.816	ENSSPUG00000012945	SKIV2L	99	60.604	Sphenodon_punctatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	95	92.027	ENSSPAG00000012904	skiv2l	99	92.027	Stegastes_partitus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.094	ENSSSCG00000001424	SKIV2L	99	61.490	Sus_scrofa
ENSSDUG00000019977	skiv2l	69	90.909	ENSTRUG00000000966	skiv2l	100	72.515	Takifugu_rubripes
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	85.108	ENSTNIG00000004382	skiv2l	99	85.268	Tetraodon_nigroviridis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	93	63.681	ENSTBEG00000003462	SKIV2L	94	63.681	Tupaia_belangeri
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	57.384	ENSTTRG00000005931	SKIV2L	99	57.324	Tursiops_truncatus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.316	ENSUAMG00000024336	SKIV2L	99	61.362	Ursus_americanus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	92	62.564	ENSUMAG00000012666	SKIV2L	99	62.821	Ursus_maritimus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	61.156	ENSVVUG00000022807	SKIV2L	99	61.142	Vulpes_vulpes
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	58.591	ENSXETG00000010932	skiv2l	99	58.591	Xenopus_tropicalis
ENSSDUG00000019977	skiv2l	99	88.486	ENSXCOG00000019517	skiv2l	97	88.486	Xiphophorus_couchianus
ENSSDUG00000019977	skiv2l	100	89.647	ENSXMAG00000014079	skiv2l	100	89.398	Xiphophorus_maculatus