EuRBPDB

Description

RBDs

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Gene Model

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSFOG00015000339 (Gene tree)
Gene ID: 108941994
Gene Symbol: urb1
Alias: mp:zf637-1-000544|zf637-1-000544
Full Name: URB1 ribosome biogenesis homolog
Gene Type: protein_coding
Species: Scleropages_formosus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 20222 bases
Position: chrKV410800.1:2843990-2864211
Accession: 108941994
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSFOP00015000380	Npa1	PF11707.8	3.8e-82	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
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Protein-Protein Interaction (PPI)

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.035	ENSG00000142207	URB1	93	46.201	Homo_sapiens
ENSSFOG00015000339	urb1	99	55.045	ENSAPOG00000020308	urb1	92	54.882	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.059	ENSAMEG00000011998	URB1	93	46.208	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSFOG00015000339	urb1	97	53.382	ENSACIG00000003248	urb1	92	53.382	Amphilophus_citrinellus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	51.468	ENSAOCG00000010364	urb1	91	51.540	Amphiprion_ocellaris
ENSSFOG00015000339	urb1	96	63.002	ENSAPEG00000010758	urb1	92	62.474	Amphiprion_percula
ENSSFOG00015000339	urb1	99	55.400	ENSATEG00000011790	urb1	93	55.400	Anabas_testudineus
ENSSFOG00015000339	urb1	97	47.901	ENSAPLG00000012791	URB1	94	47.901	Anas_platyrhynchos
ENSSFOG00015000339	urb1	98	47.366	ENSACAG00000002817	URB1	91	47.092	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015000339	urb1	97	46.561	ENSANAG00000024617	URB1	91	46.274	Aotus_nancymaae
ENSSFOG00015000339	urb1	99	56.899	ENSACLG00000024865	urb1	93	56.520	Astatotilapia_calliptera
ENSSFOG00015000339	urb1	99	51.525	ENSAMXG00000012306	urb1	93	51.335	Astyanax_mexicanus
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.613	ENSBTAG00000012412	URB1	92	46.917	Bos_taurus
ENSSFOG00015000339	urb1	97	46.261	ENSCJAG00000009118	URB1	91	46.004	Callithrix_jacchus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.988	ENSCAFG00000008892	URB1	93	45.945	Canis_familiaris
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.198	ENSCAFG00020025994	-	93	45.129	Canis_lupus_dingo
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.857	ENSCAFG00020025987	-	93	45.814	Canis_lupus_dingo
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.335	ENSCHIG00000015645	URB1	93	46.620	Capra_hircus
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.625	ENSTSYG00000013286	URB1	91	46.483	Carlito_syrichta
ENSSFOG00015000339	urb1	96	45.730	ENSCAPG00000015589	URB1	90	45.730	Cavia_aperea
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.044	ENSCPOG00000006748	URB1	92	46.018	Cavia_porcellus
ENSSFOG00015000339	urb1	97	46.734	ENSCCAG00000021299	URB1	91	46.286	Cebus_capucinus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.403	ENSCATG00000042630	URB1	93	46.591	Cercocebus_atys
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.132	ENSCLAG00000005262	URB1	93	46.183	Chinchilla_lanigera
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.722	ENSCSAG00000009584	URB1	93	45.909	Chlorocebus_sabaeus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	49.575	ENSCPBG00000006454	URB1	92	49.528	Chrysemys_picta_bellii
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.497	ENSCANG00000031088	URB1	93	46.685	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSFOG00015000339	urb1	98	45.126	ENSCGRG00001010616	Urb1	93	44.866	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSFOG00015000339	urb1	97	45.171	ENSCGRG00000015840	Urb1	93	45.101	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSFOG00015000339	urb1	99	53.560	ENSCSEG00000012616	urb1	93	53.465	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015000339	urb1	92	61.417	ENSCVAG00000009076	urb1	99	60.465	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	54.563	ENSDARG00000060308	urb1	93	54.846	Danio_rerio
ENSSFOG00015000339	urb1	91	48.125	ENSDNOG00000015586	URB1	99	47.844	Dasypus_novemcinctus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.403	ENSDORG00000006735	Urb1	93	46.400	Dipodomys_ordii
ENSSFOG00015000339	urb1	91	55.844	ENSETEG00000009080	URB1	84	56.522	Echinops_telfairi
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.073	ENSEASG00005007711	URB1	93	45.233	Equus_asinus_asinus
ENSSFOG00015000339	urb1	94	55.227	ENSECAG00000013206	URB1	92	55.102	Equus_caballus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	56.866	ENSELUG00000020516	urb1	92	57.183	Esox_lucius
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.378	ENSFCAG00000002177	URB1	93	46.335	Felis_catus
ENSSFOG00015000339	urb1	97	43.753	ENSFALG00000004636	URB1	92	43.685	Ficedula_albicollis
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.384	ENSFDAG00000007288	URB1	89	45.845	Fukomys_damarensis
ENSSFOG00015000339	urb1	99	52.155	ENSFHEG00000000202	urb1	91	53.664	Fundulus_heteroclitus
ENSSFOG00015000339	urb1	92	54.656	ENSGMOG00000001838	urb1	86	54.538	Gadus_morhua
ENSSFOG00015000339	urb1	98	48.241	ENSGALG00000015887	URB1	90	48.504	Gallus_gallus
ENSSFOG00015000339	urb1	98	60.275	ENSGAFG00000020694	urb1	94	51.781	Gambusia_affinis
ENSSFOG00015000339	urb1	98	57.122	ENSGACG00000011703	urb1	92	57.122	Gasterosteus_aculeatus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	49.434	ENSGAGG00000022544	URB1	92	49.293	Gopherus_agassizii
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ENSSFOG00015000339	urb1	99	56.946	ENSHBUG00000001904	urb1	93	56.567	Haplochromis_burtoni
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ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.926	ENSHGLG00100010749	URB1	93	45.835	Heterocephalus_glaber_male
ENSSFOG00015000339	urb1	76	64.547	ENSHCOG00000018683	urb1	98	64.740	Hippocampus_comes
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ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.097	ENSLACG00000017059	URB1	93	46.064	Latimeria_chalumnae
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ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.706	MGP_PahariEiJ_G0016653	Urb1	93	45.565	Mus_pahari
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.395	MGP_SPRETEiJ_G0021854	Urb1	93	45.373	Mus_spretus
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ENSSFOG00015000339	urb1	79	54.164	ENSNBRG00000001049	urb1	90	53.608	Neolamprologus_brichardi
ENSSFOG00015000339	urb1	99	44.862	ENSNLEG00000026872	URB1	93	44.841	Nomascus_leucogenys
ENSSFOG00015000339	urb1	94	41.481	ENSMEUG00000010828	URB1	86	52.863	Notamacropus_eugenii
ENSSFOG00015000339	urb1	99	44.718	ENSOPRG00000013482	URB1	93	44.550	Ochotona_princeps
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.430	ENSODEG00000002587	URB1	91	46.538	Octodon_degus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	56.730	ENSONIG00000005599	urb1	93	56.445	Oreochromis_niloticus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.695	ENSOCUG00000009381	URB1	92	46.789	Oryctolagus_cuniculus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	54.459	ENSORLG00000003429	urb1	93	54.382	Oryzias_latipes
ENSSFOG00015000339	urb1	99	54.382	ENSORLG00020013785	urb1	93	54.382	Oryzias_latipes_hni
ENSSFOG00015000339	urb1	99	52.460	ENSORLG00015019421	urb1	88	59.780	Oryzias_latipes_hsok
ENSSFOG00015000339	urb1	87	58.353	ENSOMEG00000002094	urb1	98	58.353	Oryzias_melastigma
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.549	ENSOGAG00000017140	URB1	91	46.502	Otolemur_garnettii
ENSSFOG00015000339	urb1	94	49.355	ENSOARG00000013679	URB1	92	49.038	Ovis_aries
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.176	ENSPPAG00000003423	URB1	93	46.295	Pan_paniscus
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.457	ENSPPRG00000023131	URB1	93	46.341	Panthera_pardus
ENSSFOG00015000339	urb1	95	46.249	ENSPTIG00000016125	URB1	95	46.101	Panthera_tigris_altaica
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.082	ENSPTRG00000013852	URB1	93	46.201	Pan_troglodytes
ENSSFOG00015000339	urb1	99	46.378	ENSPANG00000021964	URB1	93	46.566	Papio_anubis
ENSSFOG00015000339	urb1	99	64.692	ENSPKIG00000003683	urb1	92	64.548	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSFOG00015000339	urb1	99	45.403	ENSPEMG00000021205	Urb1	92	45.356	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSFOG00015000339	urb1	82	33.407	ENSPMAG00000009733	URB1	99	33.425	Petromyzon_marinus
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ENSSFOG00015000339	urb1	99	41.121	ENSPCAG00000007430	URB1	92	41.235	Procavia_capensis
ENSSFOG00015000339	urb1	98	46.946	ENSPCOG00000022695	URB1	91	47.141	Propithecus_coquereli
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ENSSFOG00015000339	urb1	98	45.963	ENSSBOG00000027672	URB1	91	46.158	Saimiri_boliviensis_boliviensis
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ENSSFOG00015000339	urb1	99	57.521	ENSSMAG00000003782	urb1	93	57.711	Scophthalmus_maximus
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