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PPI

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Description

Ensembl ID: ENSSFOG00015005350 (Gene tree)
Gene ID: 108921874
Gene Symbol: MSI1
Alias: fb40b12|wu:fb40b12|zgc:103751
Full Name: musashi RNA binding protein 1
Gene Type: protein_coding
Species: Scleropages_formosus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 28942 bases
Position: chrKV410808.1:3214511-3243452
Accession: 108921874
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSFOP00015008230	RRM_1	PF00076.22	1.3e-34	1	2
ENSSFOP00015008230	RRM_1	PF00076.22	1.3e-34	2	2
ENSSFOP00015008215	RRM_1	PF00076.22	1.9e-34	1	2
ENSSFOP00015008215	RRM_1	PF00076.22	1.9e-34	2	2

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSFOT00015008332	MSI1-201	4025	XM_018731589	ENSSFOP00015008215	346 (aa)	XP_018587105	-
ENSSFOT00015008347	MSI1-202	930	XM_018731590	ENSSFOP00015008230	309 (aa)	XP_018587106	-

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
sfm03015	mRNA surveillance pathway	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.593	ENSSFOG00015014964	-	95	95.783
ENSSFOG00015005350	MSI1	56	48.503	ENSSFOG00015005913	hnrnpd	73	47.619
ENSSFOG00015005350	MSI1	57	45.763	ENSSFOG00015005893	hnrnpdl	79	39.834
ENSSFOG00015005350	MSI1	54	49.405	ENSSFOG00015022519	hnrnpabb	73	41.699
ENSSFOG00015005350	MSI1	50	32.836	ENSSFOG00015018567	zgc:77262	86	32.836
ENSSFOG00015005350	MSI1	58	40.556	ENSSFOG00015001814	hnrnpa3	62	38.182
ENSSFOG00015005350	MSI1	58	40.331	ENSSFOG00015007588	-	65	38.326
ENSSFOG00015005350	MSI1	99	51.862	ENSSFOG00015012168	msi2b	92	51.070
ENSSFOG00015005350	MSI1	54	49.405	ENSSFOG00015015634	hnrnpaba	84	40.076
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	76.375	ENSSFOG00015021687	-	97	76.375
ENSSFOG00015005350	MSI1	55	40.351	ENSSFOG00015002650	HNRNPA0	57	40.659
ENSSFOG00015005350	MSI1	58	42.308	ENSSFOG00015016280	hnrnpa1	71	39.130

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSG00000135097	MSI1	99	87.069	Homo_sapiens
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	94.260	ENSAPOG00000023458	-	94	94.260	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	91.475	ENSAPOG00000003191	MSI1	94	93.051	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	68.407	ENSAMEG00000013302	MSI1	100	68.407	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	93.662	ENSACIG00000017754	-	78	90.260	Amphilophus_citrinellus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	93.051	ENSAOCG00000003804	MSI1	94	93.051	Amphiprion_ocellaris
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.103	ENSAOCG00000009031	-	95	88.103	Amphiprion_ocellaris
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	93.051	ENSAPEG00000003245	MSI1	94	93.051	Amphiprion_percula
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	94.260	ENSAPEG00000006857	-	79	94.260	Amphiprion_percula
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	94.613	ENSATEG00000017059	MSI1	95	94.044	Anabas_testudineus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	84.894	ENSATEG00000023779	-	93	85.498	Anabas_testudineus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	89.118	ENSACAG00000002762	MSI1	99	84.956	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSANAG00000027151	MSI1	94	88.012	Aotus_nancymaae
ENSSFOG00015005350	MSI1	94	74.277	ENSANAG00000027901	-	89	86.667	Aotus_nancymaae
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	94.260	ENSACLG00000000117	-	100	94.242	Astatotilapia_calliptera
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.997	ENSACLG00000011230	MSI1	94	92.749	Astatotilapia_calliptera
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.333	ENSAMXG00000038960	msi1	76	92.212	Astyanax_mexicanus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.820	ENSBTAG00000009800	MSI1	100	88.820	Bos_taurus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.820	ENSCJAG00000008578	MSI1	94	88.012	Callithrix_jacchus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.719	ENSCAFG00000010283	MSI1	94	87.719	Canis_familiaris
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.103	ENSCAFG00020020585	MSI1	100	88.103	Canis_lupus_dingo
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	83.140	ENSCHIG00000024304	MSI1	98	85.591	Capra_hircus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.462	ENSTSYG00000033949	MSI1	95	87.462	Carlito_syrichta
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.912	ENSCAPG00000003919	MSI1	78	87.912	Cavia_aperea
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSCPOG00000012361	MSI1	100	88.012	Cavia_porcellus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSCCAG00000035567	MSI1	94	88.012	Cebus_capucinus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	86.103	ENSCATG00000030019	MSI1	98	86.103	Cercocebus_atys
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSCLAG00000011329	MSI1	100	88.012	Chinchilla_lanigera
ENSSFOG00015005350	MSI1	72	91.480	ENSCSAG00000002265	MSI1	89	85.992	Chlorocebus_sabaeus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.605	ENSCPBG00000011349	MSI1	100	87.273	Chrysemys_picta_bellii
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.500	ENSCANG00000040651	MSI1	100	87.500	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSCGRG00001018883	Msi1	98	84.438	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.538	ENSCGRG00000002191	Msi1	72	87.538	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	89.644	ENSCSEG00000011032	MSI1	100	89.644	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	92.145	ENSCSEG00000005834	-	94	92.145	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.880	ENSCSEG00000008352	-	94	92.880	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015005350	MSI1	50	63.964	ENSCVAG00000017430	zgc:110796	78	64.286	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	94.498	ENSCVAG00000009100	MSI1	94	94.498	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	77	75.000	ENSCVAG00000017463	-	89	75.000	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	93.581	ENSDARG00000010710	msi1	100	94.907	Danio_rerio
ENSSFOG00015005350	MSI1	81	92.202	ENSDARG00000102015	CABZ01037298.1	89	92.202	Danio_rerio
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	80.063	ENSDNOG00000005713	MSI1	91	83.025	Dasypus_novemcinctus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	86.826	ENSDORG00000005610	Msi1	94	86.826	Dipodomys_ordii
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	80.183	ENSETEG00000004756	MSI1	100	83.537	Echinops_telfairi
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.820	ENSEASG00005004736	MSI1	98	88.820	Equus_asinus_asinus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.820	ENSECAG00000017526	MSI1	94	88.012	Equus_caballus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	87.578	ENSELUG00000023280	-	100	87.267	Esox_lucius
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.636	ENSELUG00000023219	MSI1	92	88.636	Esox_lucius
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.820	ENSFCAG00000011007	MSI1	94	88.012	Felis_catus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	92.000	ENSFALG00000007574	MSI1	100	92.000	Ficedula_albicollis
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.805	ENSFDAG00000019586	MSI1	100	87.805	Fukomys_damarensis
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	90.260	ENSFHEG00000003560	-	94	92.447	Fundulus_heteroclitus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	93.958	ENSFHEG00000022446	MSI1	94	93.958	Fundulus_heteroclitus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	92.145	ENSGMOG00000001006	MSI1	94	92.145	Gadus_morhua
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	83.832	ENSGMOG00000017838	-	94	83.832	Gadus_morhua
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	92.366	ENSGALG00000007227	MSI1	96	79.202	Gallus_gallus
ENSSFOG00015005350	MSI1	97	76.744	ENSGAFG00000005860	-	90	76.744	Gambusia_affinis
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	91.867	ENSGAFG00000021522	MSI1	94	91.867	Gambusia_affinis
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	91.909	ENSGACG00000012679	MSI1	94	93.051	Gasterosteus_aculeatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	84.795	ENSGACG00000008674	-	94	84.795	Gasterosteus_aculeatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.605	ENSGAGG00000016037	MSI1	94	92.605	Gopherus_agassizii
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.898	ENSGGOG00000010328	MSI1	100	87.898	Gorilla_gorilla
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	92.749	ENSHBUG00000021921	MSI1	94	92.749	Haplochromis_burtoni
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	94.260	ENSHBUG00000011841	-	94	94.260	Haplochromis_burtoni
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.304	ENSHGLG00000012782	MSI1	94	88.304	Heterocephalus_glaber_female
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.805	ENSHGLG00100016848	MSI1	100	87.805	Heterocephalus_glaber_male
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.593	ENSHCOG00000012067	-	89	92.593	Hippocampus_comes
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	91.262	ENSHCOG00000012019	MSI1	100	91.262	Hippocampus_comes
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.000	ENSIPUG00000001976	msi1	99	92.000	Ictalurus_punctatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.103	ENSSTOG00000009799	MSI1	100	88.103	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	85.119	ENSJJAG00000010463	Msi1	98	85.380	Jaculus_jaculus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	74.845	ENSJJAG00000010643	-	94	74.845	Jaculus_jaculus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	93.353	ENSKMAG00000011251	MSI1	94	93.353	Kryptolebias_marmoratus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.880	ENSKMAG00000019877	-	100	92.880	Kryptolebias_marmoratus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	94.498	ENSLBEG00000008789	MSI1	94	94.498	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	93.851	ENSLBEG00000001375	-	94	93.051	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	85.251	ENSLACG00000018287	MSI1	100	86.842	Latimeria_chalumnae
ENSSFOG00015005350	MSI1	52	76.404	ENSLOCG00000008618	zgc:110796	58	76.667	Lepisosteus_oculatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	78.689	ENSLAFG00000009412	MSI1	100	78.689	Loxodonta_africana
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSMFAG00000001798	MSI1	100	88.012	Macaca_fascicularis
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	88.012	ENSMMUG00000031527	MSI1	97	87.755	Macaca_mulatta
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	88.820	ENSMNEG00000040034	MSI1	98	88.820	Macaca_nemestrina
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.500	ENSMLEG00000003921	MSI1	100	87.500	Mandrillus_leucophaeus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	93.958	ENSMAMG00000002279	MSI1	94	93.958	Mastacembelus_armatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	93.204	ENSMAMG00000018426	-	95	93.204	Mastacembelus_armatus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	92.749	ENSMZEG00005026892	MSI1	94	92.749	Maylandia_zebra
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	94.498	ENSMZEG00005000340	-	94	94.498	Maylandia_zebra
ENSSFOG00015005350	MSI1	71	94.048	ENSMGAG00000016518	-	99	94.048	Meleagris_gallopavo
ENSSFOG00015005350	MSI1	72	91.480	ENSMAUG00000016820	Msi1	100	89.300	Mesocricetus_auratus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	84.821	ENSMICG00000033181	MSI1	98	84.821	Microcebus_murinus
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	87.719	ENSMOCG00000002286	Msi1	98	84.150	Microtus_ochrogaster
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	87.379	ENSMMOG00000010492	MSI1	96	87.379	Mola_mola
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	91.148	ENSMMOG00000012265	-	99	91.148	Mola_mola
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	58.735	ENSMODG00000003189	-	100	59.940	Monodelphis_domestica
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	92.557	ENSMALG00000001426	-	100	92.557	Monopterus_albus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	91.824	ENSMALG00000017889	MSI1	94	94.260	Monopterus_albus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	83.578	MGP_CAROLIEiJ_G0027626	Msi1	98	90.114	Mus_caroli
ENSSFOG00015005350	MSI1	96	90.123	ENSMUSG00000054256	Msi1	99	90.123	Mus_musculus
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	86.061	MGP_PahariEiJ_G0024206	Msi1	98	89.734	Mus_pahari
ENSSFOG00015005350	MSI1	100	83.578	MGP_SPRETEiJ_G0028624	Msi1	98	90.114	Mus_spretus
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