EuRBPDB

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Description

Ensembl ID: ENSSFOG00015007429 (Gene tree)
Gene ID: 108940695
Gene Symbol: pop1
Alias: -
Full Name: POP1 homolog%2C ribonuclease P/MRP subunit
Gene Type: protein_coding
Species: Scleropages_formosus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 8318 bases
Position: chrKV411212.1:5975626-5983943
Accession: 108940695
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSFOP00015011483	POP1	PF06978.11	2.9e-38	1	2
ENSSFOP00015011483	POP1	PF06978.11	2.9e-38	2	2
ENSSFOP00015011483	POPLD	PF08170.12	2.8e-29	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSFOT00015011633	-	2892	XM_018763017	ENSSFOP00015011483	963 (aa)	XP_018618533	-

Gene Model

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Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
sfm03008	Ribosome biogenesis in eukaryotes	KEGG
sfm03013	RNA transport	KEGG

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Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.947	ENSG00000104356	POP1	100	48.473	Homo_sapiens
ENSSFOG00015007429	pop1	99	60.080	ENSAPOG00000008198	pop1	100	60.080	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.328	ENSAMEG00000000556	POP1	100	47.328	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSFOG00015007429	pop1	99	57.794	ENSACIG00000004169	POP1	100	57.794	Amphilophus_citrinellus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.602	ENSAOCG00000010991	pop1	100	59.880	Amphiprion_ocellaris
ENSSFOG00015007429	pop1	99	56.256	ENSAPEG00000007607	pop1	100	56.456	Amphiprion_percula
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.960	ENSATEG00000024814	POP1	100	60.060	Anabas_testudineus
ENSSFOG00015007429	pop1	92	50.266	ENSAPLG00000014418	POP1	99	50.477	Anas_platyrhynchos
ENSSFOG00015007429	pop1	97	47.053	ENSACAG00000016083	POP1	100	47.190	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015007429	pop1	85	55.891	ENSANAG00000026360	POP1	98	55.488	Aotus_nancymaae
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.059	ENSACLG00000010951	pop1	100	59.660	Astatotilapia_calliptera
ENSSFOG00015007429	pop1	99	57.030	ENSAMXG00000014483	POP1	100	57.030	Astyanax_mexicanus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	49.228	ENSBTAG00000012596	POP1	100	49.421	Bos_taurus
ENSSFOG00015007429	pop1	67	33.463	WBGene00015486	C05D11.9	70	33.871	Caenorhabditis_elegans
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.552	ENSCJAG00000015567	POP1	100	49.084	Callithrix_jacchus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	49.164	ENSCAFG00000000469	POP1	100	49.164	Canis_familiaris
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.035	ENSCAFG00020026765	POP1	100	48.035	Canis_lupus_dingo
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.795	ENSCHIG00000017066	POP1	100	49.038	Capra_hircus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.184	ENSTSYG00000003097	POP1	100	48.517	Carlito_syrichta
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.818	ENSCAPG00000007251	POP1	100	48.012	Cavia_aperea
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.062	ENSCPOG00000002901	POP1	100	48.266	Cavia_porcellus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.731	ENSCCAG00000018939	POP1	100	47.241	Cebus_capucinus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.483	ENSCATG00000040916	POP1	100	46.705	Cercocebus_atys
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.678	ENSCLAG00000007208	POP1	97	47.867	Chinchilla_lanigera
ENSSFOG00015007429	pop1	90	48.207	ENSCSAG00000012340	POP1	99	47.987	Chlorocebus_sabaeus
ENSSFOG00015007429	pop1	93	46.830	ENSCHOG00000011432	POP1	97	47.320	Choloepus_hoffmanni
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.885	ENSCPBG00000006373	POP1	100	49.182	Chrysemys_picta_bellii
ENSSFOG00015007429	pop1	83	33.803	ENSCING00000008323	-	91	33.569	Ciona_intestinalis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.425	ENSCANG00000001647	POP1	100	46.699	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.379	ENSCGRG00001017308	Pop1	100	47.476	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSFOG00015007429	pop1	99	44.098	ENSCGRG00000010824	Pop1	100	44.466	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSFOG00015007429	pop1	99	57.157	ENSCSEG00000008737	POP1	100	57.157	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	57.825	ENSCVAG00000022248	pop1	100	58.316	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015007429	pop1	53	52.290	ENSDARG00000102087	pop1	99	52.290	Danio_rerio
ENSSFOG00015007429	pop1	99	45.709	ENSDNOG00000019974	POP1	100	45.370	Dasypus_novemcinctus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	41.555	ENSDORG00000015384	Pop1	100	42.171	Dipodomys_ordii
ENSSFOG00015007429	pop1	90	31.135	FBgn0026702	l(1)G0045	97	31.135	Drosophila_melanogaster
ENSSFOG00015007429	pop1	87	45.408	ENSETEG00000007839	POP1	88	45.408	Echinops_telfairi
ENSSFOG00015007429	pop1	52	45.437	ENSEBUG00000009897	pop1	95	46.000	Eptatretus_burgeri
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.853	ENSEASG00005003189	POP1	99	48.948	Equus_asinus_asinus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.893	ENSECAG00000024236	POP1	100	48.989	Equus_caballus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	61.484	ENSELUG00000003526	pop1	100	61.484	Esox_lucius
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.412	ENSFCAG00000002168	POP1	100	48.412	Felis_catus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.609	ENSFALG00000005711	POP1	100	47.624	Ficedula_albicollis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.155	ENSFDAG00000017068	POP1	100	48.396	Fukomys_damarensis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.252	ENSFHEG00000019518	pop1	100	59.454	Fundulus_heteroclitus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	56.269	ENSGMOG00000000659	POP1	100	56.269	Gadus_morhua
ENSSFOG00015007429	pop1	99	58.836	ENSGAFG00000019770	POP1	100	58.836	Gambusia_affinis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	55.418	ENSGACG00000003499	pop1	100	55.513	Gasterosteus_aculeatus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.166	ENSGAGG00000011737	POP1	99	48.359	Gopherus_agassizii
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.800	ENSGGOG00000003176	POP1	100	47.469	Gorilla_gorilla
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.419	ENSHBUG00000021583	pop1	100	59.719	Haplochromis_burtoni
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.288	ENSHGLG00000006029	POP1	100	47.483	Heterocephalus_glaber_female
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.288	ENSHGLG00100016879	POP1	100	47.483	Heterocephalus_glaber_male
ENSSFOG00015007429	pop1	99	55.567	ENSHCOG00000013888	pop1	100	55.567	Hippocampus_comes
ENSSFOG00015007429	pop1	98	56.415	ENSIPUG00000018336	pop1	99	56.415	Ictalurus_punctatus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.467	ENSSTOG00000011455	POP1	97	48.467	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.973	ENSJJAG00000013325	Pop1	100	47.013	Jaculus_jaculus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	60.062	ENSKMAG00000001346	POP1	100	60.164	Kryptolebias_marmoratus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	56.504	ENSLBEG00000024457	POP1	100	56.504	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015007429	pop1	91	51.312	ENSLACG00000012498	POP1	98	51.731	Latimeria_chalumnae
ENSSFOG00015007429	pop1	99	57.379	ENSLOCG00000009817	POP1	100	57.793	Lepisosteus_oculatus
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ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.235	ENSMFAG00000000347	POP1	100	46.507	Macaca_fascicularis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.235	ENSMNEG00000036870	POP1	100	46.507	Macaca_nemestrina
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.139	ENSMLEG00000034986	POP1	100	46.456	Mandrillus_leucophaeus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.381	ENSMAMG00000004040	pop1	100	59.208	Mastacembelus_armatus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.495	ENSMZEG00005025448	pop1	100	59.660	Maylandia_zebra
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.896	ENSMGAG00000012167	POP1	100	47.469	Meleagris_gallopavo
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.882	ENSMAUG00000017537	Pop1	100	48.882	Mesocricetus_auratus
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ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.353	ENSMOCG00000006356	Pop1	100	48.450	Microtus_ochrogaster
ENSSFOG00015007429	pop1	99	55.809	ENSMMOG00000018242	pop1	100	55.809	Mola_mola
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.724	ENSMODG00000006561	POP1	100	46.991	Monodelphis_domestica
ENSSFOG00015007429	pop1	99	59.980	ENSMALG00000012621	POP1	100	60.181	Monopterus_albus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.788	MGP_CAROLIEiJ_G0019726	Pop1	100	47.788	Mus_caroli
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ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.066	MGP_PahariEiJ_G0019735	Pop1	100	48.259	Mus_pahari
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.679	MGP_SPRETEiJ_G0020622	Pop1	100	47.679	Mus_spretus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.992	ENSMPUG00000015250	POP1	100	47.992	Mustela_putorius_furo
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.262	ENSMLUG00000010204	POP1	100	47.646	Myotis_lucifugus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.098	ENSNGAG00000001582	Pop1	100	47.560	Nannospalax_galili
ENSSFOG00015007429	pop1	99	55.826	ENSNBRG00000002356	pop1	100	56.142	Neolamprologus_brichardi
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.943	ENSNLEG00000002541	POP1	100	47.943	Nomascus_leucogenys
ENSSFOG00015007429	pop1	86	57.391	ENSMEUG00000003118	POP1	90	57.391	Notamacropus_eugenii
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.252	ENSOPRG00000007667	POP1	100	48.058	Ochotona_princeps
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.323	ENSODEG00000003984	POP1	100	47.843	Octodon_degus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	60.263	ENSONIG00000016445	pop1	100	60.421	Oreochromis_niloticus
ENSSFOG00015007429	pop1	62	46.457	ENSOANG00000001278	-	95	46.457	Ornithorhynchus_anatinus
ENSSFOG00015007429	pop1	98	50.066	ENSOCUG00000017400	POP1	94	50.066	Oryctolagus_cuniculus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	58.539	ENSORLG00000002839	pop1	100	58.884	Oryzias_latipes
ENSSFOG00015007429	pop1	99	54.555	ENSORLG00020022450	POP1	100	55.000	Oryzias_latipes_hni
ENSSFOG00015007429	pop1	99	58.240	ENSORLG00015012746	POP1	100	58.444	Oryzias_latipes_hsok
ENSSFOG00015007429	pop1	99	58.866	ENSOMEG00000006915	pop1	99	58.866	Oryzias_melastigma
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.583	ENSOGAG00000001466	POP1	100	47.822	Otolemur_garnettii
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.991	ENSPPAG00000018410	POP1	100	47.278	Pan_paniscus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.701	ENSPPRG00000005002	POP1	100	47.885	Panthera_pardus
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.885	ENSPTIG00000016527	POP1	100	47.885	Panthera_tigris_altaica
ENSSFOG00015007429	pop1	99	48.138	ENSPTRG00000020458	POP1	100	48.664	Pan_troglodytes
ENSSFOG00015007429	pop1	99	46.330	ENSPANG00000009704	POP1	100	46.603	Papio_anubis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	66.531	ENSPKIG00000016325	POP1	100	66.531	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSFOG00015007429	pop1	99	47.830	ENSPSIG00000012343	POP1	100	48.077	Pelodiscus_sinensis
ENSSFOG00015007429	pop1	99	55.600	ENSPMGG00000022253	POP1	100	55.600	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSSFOG00015007429	pop1	98	48.517	ENSPEMG00000023633	Pop1	100	48.517	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSFOG00015007429	pop1	90	43.652	ENSPMAG00000003209	POP1	100	43.757	Petromyzon_marinus
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