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Description

Ensembl ID: ENSSFOG00015009043 (Gene tree)
Gene ID: 108920060
Gene Symbol: smarca1
Alias: si:dkey-148b12.1
Full Name: probable global transcription activator SNF2L1
Gene Type: protein_coding
Species: Scleropages_formosus
Status: putative
Strand: Plus strand
Length: 16330 bases
Position: chrKV411281.1:676992-693321
Accession: 108920060
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSFOP00015014067	ResIII	PF04851.15	9.6e-12	1	1
ENSSFOP00015014067	DEAD	PF00270.29	2.2e-06	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSFOT00015014238	-	4343	XM_018728528	ENSSFOP00015014067	1020 (aa)	XP_018584044	A0A1W4XWV6

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Paralogs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Paralog	Gene Symbol	Coverage	Identiy
ENSSFOG00015009043	smarca1	54	44.765	ENSSFOG00015003649	chd1l	63	44.765
ENSSFOG00015009043	smarca1	97	84.802	ENSSFOG00015016794	smarca5	99	85.449
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	83.481	ENSSFOG00015013252	SMARCA5	98	83.481

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSG00000102038	SMARCA1	98	85.314	Homo_sapiens
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	85.010	ENSAPOG00000016035	smarca5	98	85.214	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.436	ENSAMEG00000015218	SMARCA1	97	84.712	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSFOG00015009043	smarca1	88	85.239	ENSACIG00000016982	smarca5	99	85.347	Amphilophus_citrinellus
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	85.010	ENSAOCG00000015578	smarca5	97	82.330	Amphiprion_ocellaris
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	85.010	ENSAPEG00000011117	smarca5	99	85.579	Amphiprion_percula
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.521	ENSATEG00000012894	smarca5	95	84.350	Anabas_testudineus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	90.964	ENSAPLG00000013149	SMARCA1	100	90.964	Anas_platyrhynchos
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	89.638	ENSACAG00000011376	SMARCA1	97	89.638	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	82.565	ENSANAG00000023098	SMARCA1	97	80.386	Aotus_nancymaae
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.521	ENSACLG00000025356	smarca5	95	84.024	Astatotilapia_calliptera
ENSSFOG00015009043	smarca1	92	94.231	ENSAMXG00000011227	smarca1	99	95.537	Astyanax_mexicanus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	83.021	ENSAMXG00000005709	smarca5	97	83.021	Astyanax_mexicanus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.437	ENSBTAG00000002292	SMARCA1	96	85.149	Bos_taurus
ENSSFOG00015009043	smarca1	97	63.573	WBGene00002169	isw-1	99	62.327	Caenorhabditis_elegans
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSCJAG00000002868	SMARCA1	98	85.314	Callithrix_jacchus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	77.931	ENSCAFG00000018673	SMARCA1	99	79.601	Canis_familiaris
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSCAFG00020001751	SMARCA1	98	85.314	Canis_lupus_dingo
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.487	ENSCHIG00000009837	SMARCA1	98	85.067	Capra_hircus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.876	ENSTSYG00000004240	SMARCA1	96	88.773	Carlito_syrichta
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.169	ENSCPOG00000013601	SMARCA1	97	84.848	Cavia_porcellus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	84.669	ENSCCAG00000030817	SMARCA1	98	81.471	Cebus_capucinus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	88.730	ENSCATG00000015921	SMARCA1	98	84.336	Cercocebus_atys
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.787	ENSCLAG00000002171	SMARCA1	98	84.682	Chinchilla_lanigera
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSCSAG00000008460	SMARCA1	98	85.314	Chlorocebus_sabaeus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	89.861	ENSCPBG00000001146	SMARCA1	95	89.861	Chrysemys_picta_bellii
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	72.255	ENSCING00000004110	swi/snf	99	72.157	Ciona_intestinalis
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	71.961	ENSCSAVG00000004620	-	99	76.063	Ciona_savignyi
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.776	ENSCANG00000007183	SMARCA1	98	85.411	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.687	ENSCGRG00001010776	Smarca1	96	85.714	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	87.067	ENSCGRG00000015301	Smarca1	96	87.344	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	84.702	ENSCSEG00000000328	smarca5	95	84.045	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.521	ENSCVAG00000008668	smarca5	99	85.242	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	82.104	ENSDARG00000052348	smarca5	98	82.104	Danio_rerio
ENSSFOG00015009043	smarca1	100	90.586	ENSDARG00000012776	smarca1	100	90.586	Danio_rerio
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.640	ENSDNOG00000004315	SMARCA1	95	86.842	Dasypus_novemcinctus
ENSSFOG00015009043	smarca1	97	86.405	ENSDORG00000009270	Smarca1	93	86.667	Dipodomys_ordii
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	74.335	FBgn0011604	Iswi	95	74.770	Drosophila_melanogaster
ENSSFOG00015009043	smarca1	80	86.607	ENSETEG00000017426	SMARCA1	83	86.607	Echinops_telfairi
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	81.373	ENSEBUG00000001239	smarca5	99	81.373	Eptatretus_burgeri
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	82.488	ENSEASG00005008218	SMARCA1	99	83.956	Equus_asinus_asinus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.487	ENSECAG00000012106	SMARCA1	95	86.404	Equus_caballus
ENSSFOG00015009043	smarca1	78	89.073	ENSEEUG00000014927	SMARCA1	80	89.073	Erinaceus_europaeus
ENSSFOG00015009043	smarca1	100	93.151	ENSELUG00000010515	smarca1	100	93.498	Esox_lucius
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	85.300	ENSFCAG00000018496	SMARCA1	98	85.300	Felis_catus
ENSSFOG00015009043	smarca1	90	92.022	ENSFALG00000000209	SMARCA1	98	92.022	Ficedula_albicollis
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	87.058	ENSFDAG00000009818	SMARCA1	95	87.333	Fukomys_damarensis
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.521	ENSFHEG00000007687	smarca5	94	84.350	Fundulus_heteroclitus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	90.844	ENSGALG00000008431	SMARCA1	97	90.844	Gallus_gallus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.929	ENSGAFG00000017731	smarca5	95	84.756	Gambusia_affinis
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	90.965	ENSGAGG00000023575	SMARCA1	99	90.965	Gopherus_agassizii
ENSSFOG00015009043	smarca1	72	82.436	ENSGGOG00000012841	-	94	82.714	Gorilla_gorilla
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ENSSFOG00015009043	smarca1	98	85.857	ENSHGLG00100001102	SMARCA1	100	85.857	Heterocephalus_glaber_male
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.836	ENSHCOG00000005458	smarca5	95	84.350	Hippocampus_comes
ENSSFOG00015009043	smarca1	100	92.654	ENSIPUG00000016905	Smarca1	99	94.094	Ictalurus_punctatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	83.136	ENSIPUG00000005229	SMARCA5	98	84.631	Ictalurus_punctatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	100	85.260	ENSSTOG00000014524	SMARCA1	98	85.435	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	85.503	ENSJJAG00000002593	Smarca1	96	84.946	Jaculus_jaculus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	85.246	ENSKMAG00000003777	smarca5	95	84.756	Kryptolebias_marmoratus
ENSSFOG00015009043	smarca1	97	83.620	ENSLBEG00000018112	smarca5	97	82.034	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015009043	smarca1	92	84.690	ENSLBEG00000013295	SMARCA1	100	86.129	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	89.774	ENSLACG00000016697	SMARCA1	99	89.774	Latimeria_chalumnae
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	94.118	ENSLOCG00000014591	smarca1	100	92.027	Lepisosteus_oculatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.667	ENSLAFG00000000896	SMARCA1	99	86.667	Loxodonta_africana
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSMFAG00000002117	SMARCA1	95	88.854	Macaca_fascicularis
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	88.730	ENSMMUG00000008818	SMARCA1	97	89.479	Macaca_mulatta
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	88.730	ENSMNEG00000041768	SMARCA1	95	88.854	Macaca_nemestrina
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.575	ENSMLEG00000043198	SMARCA1	98	85.217	Mandrillus_leucophaeus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.827	ENSMAMG00000014294	smarca5	95	84.328	Mastacembelus_armatus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.521	ENSMZEG00005009369	smarca5	95	84.024	Maylandia_zebra
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	89.437	ENSMGAG00000007042	SMARCA1	99	89.437	Meleagris_gallopavo
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	87.067	ENSMAUG00000008133	Smarca1	94	85.947	Mesocricetus_auratus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	85.783	ENSMICG00000015768	SMARCA1	98	85.783	Microcebus_murinus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.056	ENSMOCG00000009464	Smarca1	98	83.605	Microtus_ochrogaster
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	82.622	ENSMMOG00000005547	smarca5	99	82.622	Mola_mola
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	88.035	ENSMODG00000013187	-	99	88.230	Monodelphis_domestica
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.631	ENSMALG00000002081	smarca5	97	83.845	Monopterus_albus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.355	MGP_CAROLIEiJ_G0033034	Smarca1	96	85.182	Mus_caroli
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.355	ENSMUSG00000031099	Smarca1	96	85.280	Mus_musculus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	85.956	MGP_PahariEiJ_G0031579	Smarca1	96	84.887	Mus_pahari
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.355	MGP_SPRETEiJ_G0034192	Smarca1	96	85.280	Mus_spretus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.436	ENSMPUG00000017423	SMARCA1	92	84.145	Mustela_putorius_furo
ENSSFOG00015009043	smarca1	100	83.238	ENSMLUG00000029614	SMARCA1	98	83.238	Myotis_lucifugus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	87.576	ENSNGAG00000006492	Smarca1	93	86.939	Nannospalax_galili
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.623	ENSNBRG00000004463	smarca5	99	84.125	Neolamprologus_brichardi
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	85.842	ENSNLEG00000015179	SMARCA1	96	87.929	Nomascus_leucogenys
ENSSFOG00015009043	smarca1	92	81.112	ENSMEUG00000008819	SMARCA1	99	81.112	Notamacropus_eugenii
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	84.863	ENSODEG00000012163	SMARCA1	95	85.089	Octodon_degus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	84.623	ENSONIG00000009993	smarca5	95	84.125	Oreochromis_niloticus
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	91.068	ENSOANG00000002862	SMARCA1	99	91.068	Ornithorhynchus_anatinus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.387	ENSOCUG00000001047	SMARCA1	96	86.404	Oryctolagus_cuniculus
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	85.451	ENSORLG00000021998	smarca5	97	83.119	Oryzias_latipes
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	85.348	ENSORLG00020017679	smarca5	97	83.021	Oryzias_latipes_hni
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	85.451	ENSORLG00015017210	smarca5	97	83.021	Oryzias_latipes_hsok
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	85.656	ENSOMEG00000000086	smarca5	97	83.218	Oryzias_melastigma
ENSSFOG00015009043	smarca1	95	88.211	ENSOGAG00000004399	SMARCA1	95	85.899	Otolemur_garnettii
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	86.364	ENSOARG00000014638	SMARCA1	100	88.301	Ovis_aries
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSPPAG00000034647	SMARCA1	98	85.314	Pan_paniscus
ENSSFOG00015009043	smarca1	99	85.397	ENSPPRG00000008929	SMARCA1	98	85.397	Panthera_pardus
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	85.714	ENSPTIG00000000915	SMARCA1	98	85.714	Panthera_tigris_altaica
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSPTRG00000049876	SMARCA1	98	84.336	Pan_troglodytes
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	87.675	ENSPANG00000003871	SMARCA1	98	85.314	Papio_anubis
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	92.300	ENSPKIG00000013411	smarca1	99	92.300	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSFOG00015009043	smarca1	98	89.141	ENSPSIG00000010101	SMARCA1	99	90.965	Pelodiscus_sinensis
ENSSFOG00015009043	smarca1	96	87.576	ENSPEMG00000017503	Smarca1	93	86.837	Peromyscus_maniculatus_bairdii
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