EuRBPDB

Description

RBDs

Transcripts

Gene Model

Pathways

PPI

Orthologs

Description

Ensembl ID: ENSSFOG00015013920 (Gene tree)
Gene ID: 108923710
Gene Symbol: srp54
Alias: zgc:55842|zgc:85713
Full Name: signal recognition particle 54
Gene Type: protein_coding
Species: Scleropages_formosus
Status: putative
Strand: Minus strand
Length: 10540 bases
Position: chrKV410829.1:2590781-2601320
Accession: 108923710
RBP type: canonical RBP
Summary: -

RNA binding domains(RBDs)

Protein ID	Domain	Pfam ID	E-value	Domain number	Total number
ENSSFOP00015021667	SRP54	PF00448.22	1e-77	1	1
ENSSFOP00015021703	SRP54	PF00448.22	8e-72	1	1
ENSSFOP00015021667	SRP54_N	PF02881.19	8.1e-19	1	1
ENSSFOP00015021703	SRP54_N	PF02881.19	8.3e-19	1	1

Transcripts

Transcript ID	Name	Length	RefSeq ID	Protein ID	Length	RefSeq ID	UniportKB ID
ENSSFOT00015021944	-	1530	-	ENSSFOP00015021703	509 (aa)	-	-
ENSSFOT00015021909	-	1805	XM_018734654	ENSSFOP00015021667	504 (aa)	XP_018590170	A0A1W4YPF4

Gene Model

Click here to download ENSSFOG00015013920's gene model file

Pathways

Pathway ID	Pathway Name	Source
sfm03060	Protein export	KEGG

Protein-Protein Interaction (PPI)

Clik here to download ENSSFOG00015013920's network

Orthologs

Ensembl ID	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Ortholog	Gene Symbol	Coverage	Identiy	Species
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSG00000100883	SRP54	100	96.364	Homo_sapiens
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSAPOG00000011314	srp54	100	98.214	Acanthochromis_polyacanthus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSAMEG00000015544	SRP54	100	96.230	Ailuropoda_melanoleuca
ENSSFOG00015013920	srp54	89	96.437	ENSACIG00000022831	srp54	97	96.437	Amphilophus_citrinellus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSAOCG00000019401	srp54	100	98.214	Amphiprion_ocellaris
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSAPEG00000001977	srp54	100	98.312	Amphiprion_percula
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSATEG00000013877	srp54	100	98.214	Anabas_testudineus
ENSSFOG00015013920	srp54	94	95.570	ENSAPLG00000010125	SRP54	95	95.570	Anas_platyrhynchos
ENSSFOG00015013920	srp54	86	93.088	ENSACAG00000010631	-	100	93.088	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015013920	srp54	65	80.665	ENSACAG00000001124	-	100	80.665	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.635	ENSACAG00000002103	-	100	95.635	Anolis_carolinensis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSANAG00000022133	SRP54	100	96.230	Aotus_nancymaae
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSACLG00000015866	srp54	100	98.016	Astatotilapia_calliptera
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.619	ENSAMXG00000032669	SRP54	100	97.619	Astyanax_mexicanus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSBTAG00000019085	SRP54	100	96.230	Bos_taurus
ENSSFOG00015013920	srp54	98	73.293	WBGene00009012	F21D5.7	100	73.293	Caenorhabditis_elegans
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCJAG00000006581	SRP54	100	96.230	Callithrix_jacchus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCAFG00000013331	SRP54	100	96.230	Canis_familiaris
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCAFG00020023427	SRP54	100	96.230	Canis_lupus_dingo
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCHIG00000026345	SRP54	100	96.230	Capra_hircus
ENSSFOG00015013920	srp54	94	84.632	ENSTSYG00000035333	-	93	84.632	Carlito_syrichta
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.032	ENSTSYG00000002680	-	100	96.032	Carlito_syrichta
ENSSFOG00015013920	srp54	94	62.041	ENSCAPG00000008780	SRP54	100	62.041	Cavia_aperea
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.833	ENSCPOG00000003691	SRP54	100	95.833	Cavia_porcellus
ENSSFOG00015013920	srp54	90	96.190	ENSCCAG00000024179	SRP54	100	96.420	Cebus_capucinus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCATG00000034083	SRP54	100	96.230	Cercocebus_atys
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCLAG00000015076	SRP54	100	96.230	Chinchilla_lanigera
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCSAG00000015575	SRP54	100	96.230	Chlorocebus_sabaeus
ENSSFOG00015013920	srp54	95	85.031	ENSCHOG00000008986	SRP54	100	85.031	Choloepus_hoffmanni
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCPBG00000026195	SRP54	100	96.230	Chrysemys_picta_bellii
ENSSFOG00015013920	srp54	100	83.135	ENSCING00000007380	-	100	83.135	Ciona_intestinalis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCANG00000028532	SRP54	100	96.230	Colobus_angolensis_palliatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSCGRG00001009525	-	100	96.230	Cricetulus_griseus_chok1gshd
ENSSFOG00015013920	srp54	76	96.623	ENSCGRG00000009453	-	89	96.623	Cricetulus_griseus_crigri
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.619	ENSCSEG00000012392	srp54	100	97.619	Cynoglossus_semilaevis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSCVAG00000010395	srp54	100	98.214	Cyprinodon_variegatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSDARG00000098367	srp54	100	98.413	Danio_rerio
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSDNOG00000032525	SRP54	100	96.230	Dasypus_novemcinctus
ENSSFOG00015013920	srp54	89	80.973	ENSDORG00000005159	-	98	80.973	Dipodomys_ordii
ENSSFOG00015013920	srp54	96	79.588	FBgn0010747	Srp54k	98	79.116	Drosophila_melanogaster
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.040	ENSETEG00000016307	-	100	95.040	Echinops_telfairi
ENSSFOG00015013920	srp54	83	56.459	ENSETEG00000012102	-	99	56.459	Echinops_telfairi
ENSSFOG00015013920	srp54	100	88.492	ENSEBUG00000009437	-	100	88.492	Eptatretus_burgeri
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSEASG00005002057	SRP54	100	96.230	Equus_asinus_asinus
ENSSFOG00015013920	srp54	99	95.984	ENSECAG00000018042	SRP54	98	95.984	Equus_caballus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	80.357	ENSEEUG00000001511	SRP54	100	80.357	Erinaceus_europaeus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.817	ENSELUG00000003395	srp54	100	97.817	Esox_lucius
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.032	ENSFCAG00000032033	SRP54	100	96.032	Felis_catus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.833	ENSFALG00000005995	SRP54	100	95.833	Ficedula_albicollis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSFDAG00000016767	SRP54	100	96.230	Fukomys_damarensis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSFHEG00000004263	srp54	100	98.214	Fundulus_heteroclitus
ENSSFOG00015013920	srp54	95	92.469	ENSGMOG00000011391	srp54	100	92.469	Gadus_morhua
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.833	ENSGALG00000023135	SRP54	100	95.833	Gallus_gallus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSGAFG00000011586	srp54	100	98.413	Gambusia_affinis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.817	ENSGACG00000004181	srp54	100	97.817	Gasterosteus_aculeatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSGAGG00000014766	SRP54	100	96.230	Gopherus_agassizii
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSGGOG00000002926	SRP54	100	96.230	Gorilla_gorilla
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSHBUG00000005678	srp54	100	98.016	Haplochromis_burtoni
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSHGLG00000002850	SRP54	100	96.230	Heterocephalus_glaber_female
ENSSFOG00015013920	srp54	100	66.931	ENSHGLG00100007281	-	100	66.931	Heterocephalus_glaber_male
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSHGLG00100005263	SRP54	100	96.230	Heterocephalus_glaber_male
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	ENSHCOG00000021127	srp54	100	96.429	Hippocampus_comes
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.619	ENSIPUG00000001420	srp54	100	97.619	Ictalurus_punctatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSSTOG00000016023	SRP54	100	96.230	Ictidomys_tridecemlineatus
ENSSFOG00015013920	srp54	87	74.318	ENSJJAG00000016404	-	100	74.318	Jaculus_jaculus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	91.270	ENSJJAG00000013417	-	100	91.270	Jaculus_jaculus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.817	ENSKMAG00000007707	srp54	100	97.817	Kryptolebias_marmoratus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSLBEG00000018690	srp54	100	98.214	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSLBEG00000021122	srp54	100	98.214	Labrus_bergylta
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSLACG00000017890	SRP54	100	96.230	Latimeria_chalumnae
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSLOCG00000009440	srp54	100	98.214	Lepisosteus_oculatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSLAFG00000012007	SRP54	100	96.230	Loxodonta_africana
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMFAG00000044371	SRP54	100	96.230	Macaca_fascicularis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMMUG00000015073	FAM177A1	100	96.230	Macaca_mulatta
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMNEG00000006947	SRP54	100	96.230	Macaca_nemestrina
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMLEG00000042251	SRP54	100	96.230	Mandrillus_leucophaeus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSMAMG00000004803	srp54	100	98.016	Mastacembelus_armatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSMZEG00005027528	srp54	100	98.016	Maylandia_zebra
ENSSFOG00015013920	srp54	100	91.502	ENSMGAG00000012481	SRP54	100	91.502	Meleagris_gallopavo
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	ENSMAUG00000014447	-	100	96.429	Mesocricetus_auratus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMICG00000010270	SRP54	100	96.230	Microcebus_murinus
ENSSFOG00015013920	srp54	87	96.591	ENSMOCG00000000948	-	100	96.591	Microtus_ochrogaster
ENSSFOG00015013920	srp54	90	95.374	ENSMMOG00000020303	srp54	99	95.374	Mola_mola
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMODG00000023150	-	100	96.230	Monodelphis_domestica
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMODG00000012925	-	100	96.230	Monodelphis_domestica
ENSSFOG00015013920	srp54	88	97.291	ENSMALG00000009163	srp54	98	97.291	Monopterus_albus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	MGP_CAROLIEiJ_G0017754	-	100	96.429	Mus_caroli
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	ENSMUSG00000073079	Srp54a	100	96.429	Mus_musculus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.635	ENSMUSG00000079108	Srp54c	100	95.635	Mus_musculus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	ENSMUSG00000112449	Srp54b	100	96.429	Mus_musculus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	MGP_PahariEiJ_G0029510	-	100	96.429	Mus_pahari
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSMPUG00000016302	SRP54	100	96.230	Mustela_putorius_furo
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.635	ENSMLUG00000008958	SRP54	100	95.635	Myotis_lucifugus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	87.103	ENSNGAG00000019806	-	100	87.103	Nannospalax_galili
ENSSFOG00015013920	srp54	87	98.182	ENSNBRG00000006000	srp54	100	98.182	Neolamprologus_brichardi
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSNLEG00000003496	SRP54	100	96.230	Nomascus_leucogenys
ENSSFOG00015013920	srp54	67	96.429	ENSMEUG00000000138	-	76	96.429	Notamacropus_eugenii
ENSSFOG00015013920	srp54	58	96.721	ENSOPRG00000014502	-	60	96.721	Ochotona_princeps
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSODEG00000004865	SRP54	100	96.230	Octodon_degus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSONIG00000011768	srp54	100	98.016	Oreochromis_niloticus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSOANG00000014051	SRP54	100	96.230	Ornithorhynchus_anatinus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.635	ENSOCUG00000007838	SRP54	100	95.635	Oryctolagus_cuniculus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSORLG00000010027	srp54	100	98.214	Oryzias_latipes
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSORLG00020001878	srp54	100	98.214	Oryzias_latipes_hni
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSORLG00015021866	srp54	100	98.214	Oryzias_latipes_hsok
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSOMEG00000020952	srp54	100	98.016	Oryzias_melastigma
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSOGAG00000012188	SRP54	100	96.230	Otolemur_garnettii
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSOARG00000007160	SRP54	100	96.230	Ovis_aries
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSPPAG00000017434	SRP54	100	96.230	Pan_paniscus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	95.238	ENSPPRG00000014047	SRP54	100	95.238	Panthera_pardus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.032	ENSPTIG00000000744	SRP54	96	96.032	Panthera_tigris_altaica
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSPTRG00000006259	FAM177A1	100	96.230	Pan_troglodytes
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSPANG00000023853	SRP54	100	96.230	Papio_anubis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	99.206	ENSPKIG00000001953	srp54	100	99.206	Paramormyrops_kingsleyae
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.032	ENSPSIG00000006476	SRP54	100	96.032	Pelodiscus_sinensis
ENSSFOG00015013920	srp54	91	95.000	ENSPMGG00000004127	srp54	99	95.000	Periophthalmus_magnuspinnatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	84.325	ENSPEMG00000019634	-	100	84.325	Peromyscus_maniculatus_bairdii
ENSSFOG00015013920	srp54	100	90.476	ENSPMAG00000006078	-	100	90.476	Petromyzon_marinus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.429	ENSPCIG00000016175	SRP54	100	96.429	Phascolarctos_cinereus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSPFOG00000008870	srp54	100	98.413	Poecilia_formosa
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSPLAG00000009889	srp54	100	98.413	Poecilia_latipinna
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSPMEG00000008601	srp54	100	98.413	Poecilia_mexicana
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSPREG00000004505	srp54	100	98.413	Poecilia_reticulata
ENSSFOG00015013920	srp54	100	91.468	ENSPPYG00000005739	SRP54	100	91.468	Pongo_abelii
ENSSFOG00015013920	srp54	100	92.659	ENSPCAG00000006268	SRP54	100	92.659	Procavia_capensis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	94.257	ENSPCOG00000022473	SRP54	100	94.257	Propithecus_coquereli
ENSSFOG00015013920	srp54	63	96.413	ENSPVAG00000010056	SRP54	82	96.413	Pteropus_vampyrus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.016	ENSPNYG00000009717	srp54	100	98.016	Pundamilia_nyererei
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.817	ENSPNAG00000008544	srp54	100	97.817	Pygocentrus_nattereri
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSRNOG00000032776	Srp54a	100	96.230	Rattus_norvegicus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSRROG00000041292	SRP54	100	96.230	Rhinopithecus_roxellana
ENSSFOG00015013920	srp54	86	51.474	YPR088C	SRP54	95	47.126	Saccharomyces_cerevisiae
ENSSFOG00015013920	srp54	94	96.203	ENSSBOG00000035145	SRP54	100	96.203	Saimiri_boliviensis_boliviensis
ENSSFOG00015013920	srp54	68	95.918	ENSSHAG00000000671	SRP54	100	95.918	Sarcophilus_harrisii
ENSSFOG00015013920	srp54	100	92.322	ENSSMAG00000002441	srp54	100	92.322	Scophthalmus_maximus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.619	ENSSDUG00000018586	srp54	100	97.619	Seriola_dumerili
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.817	ENSSLDG00000010476	srp54	100	97.817	Seriola_lalandi_dorsalis
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSSARG00000002744	SRP54	100	96.230	Sorex_araneus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSSPUG00000013101	SRP54	100	96.230	Sphenodon_punctatus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.214	ENSSPAG00000002354	srp54	100	98.214	Stegastes_partitus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSSSCG00000001955	SRP54	100	96.230	Sus_scrofa
ENSSFOG00015013920	srp54	94	95.570	ENSTGUG00000011945	-	95	95.570	Taeniopygia_guttata
ENSSFOG00015013920	srp54	100	97.619	ENSTRUG00000007057	srp54	100	97.619	Takifugu_rubripes
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.825	ENSTNIG00000002589	srp54	100	96.825	Tetraodon_nigroviridis
ENSSFOG00015013920	srp54	89	87.696	ENSTBEG00000011409	SRP54	100	87.696	Tupaia_belangeri
ENSSFOG00015013920	srp54	100	87.103	ENSTTRG00000000928	SRP54	100	87.103	Tursiops_truncatus
ENSSFOG00015013920	srp54	52	96.183	ENSUAMG00000012385	SRP54	100	96.183	Ursus_americanus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSUMAG00000011234	SRP54	100	96.230	Ursus_maritimus
ENSSFOG00015013920	srp54	94	95.781	ENSVPAG00000005668	SRP54	100	95.781	Vicugna_pacos
ENSSFOG00015013920	srp54	100	96.230	ENSVVUG00000019962	SRP54	100	96.230	Vulpes_vulpes
ENSSFOG00015013920	srp54	100	81.262	ENSXETG00000012290	srp54	100	81.262	Xenopus_tropicalis
ENSSFOG00015013920	srp54	88	98.194	ENSXCOG00000004658	srp54	96	98.194	Xiphophorus_couchianus
ENSSFOG00015013920	srp54	100	98.413	ENSXMAG00000018315	srp54	100	98.413	Xiphophorus_maculatus